此外，國子監也與翰林院相接近。置祭酒1人，司業1人。其下設繩愆廳，以監丞1人掌執學規；博士廳，有《五經》博士5人分經講授，助教15人，學正10人，分率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂為士子肄業之所，這是明代所特設的；典簿廳，有典簿1人；典籍廳，有典籍1人。
首先，地方行政長官本身就是多重職能的統一，這樣就使其在處理地方事務中，自然而然的會站在「父母官」的立場與自我認識上，由此造成的弊端有目共睹。其次，在明清時代的民間法律關係中，調解與訴訟是被中外法律史研究者們討論最多的，本文也將以引用國外及國內的學者們一些觀點的方式來闡明筆者的觀點，訴訟與調解在明清地方社會中各自所具有的顯著特徵及「差異」，正是由於強大的家長意識所致。
、地方官員——行政與司法的統一明代的地方官署的建制，基本上是省、府、縣三級制，某些時期也曾有過省、州二級制和省、府、州、縣四級制，但屬於臨時之制。此外，作為基層政權的裡甲制雖非官吏建制，但裡甲在封建官吏官僚體制中有著不可或缺的職能，所以也予以論述。
首先是省。明代的省是從元代的行省制度演變而成的。明初設行省統馭郡縣，洪武九年改行省為承宣佈政使司。全國除南北直隸外，分為十三布政司，亦十三省。明代布政司的長官是布政使、提刑按察使和都指揮使。三司向為常設機構。明代中後期逐步形成總督巡撫率三司的制度，督撫由最初的差官變成地方最高長官。其中，總督轄區常常超過一省，巡撫則限於一省之內，常常有一省不止有一個巡撫的情況。
明代總督起初系因事臨時設置，具有監察考核地方官吏的職權，名稱也不固定，有「總督」、「總理」、「提督」、「經略」、「總制」等。總督往往以都御史充任，最初具有以文臣監督武臣的性質，「國初兵事專任武臣，後曾以文臣監督，文臣重者曰總督，此曰巡撫」，以後職權不斷擴大，包括軍務、民政、鹽政、河道、漕運、農桑等，所管轄的地區也由邊關擴大到內地，從一省擴大到數省，崇禎年間有管轄五省或七省的總督，尊稱督師。
巡撫作為各省最高軍政長官，設有巡撫衙門，其職權為撫循地方、考察屬吏、提督軍務。明代巡撫制度的形成適應了強化中央集權的政治需要和整肅兵備防禦外寇的需要，對於省三司職權加以統一調節，改變了三司並立的權力結構。巡撫具有一省最高權力，但卻沒有形成「地方割據勢力」，不能成為**的政治力量，其原因在於：明朝皇權空前強大，巡按御史作為中央對地方的監察官員制約著巡撫的職權，而各省鎮守、三司也不是巡撫的法定屬吏。自永樂年間全國十三省設立鎮守總兵，宣德以降各地設鎮守太監，鎮守總兵和鎮守太監製約著巡撫。不僅如此，朝廷對巡撫的推舉、考核、黜陟、改調、糾劾等控制很嚴，內閣、兵部、吏部都能指令巡撫。因此，明代的巡撫身為封疆大臣，但只能緊緊依附於中央政權，充當中央和省級政權之間的中介。
明代省級政權由布政使司、提刑按察使司和都指揮使司組成三司分掌行政、司法和軍事。布政使司俗稱藩台或方伯，為一省行政長官。左右布政使各一人，從二品；左右參政，從三品；左右參議，從四品，均無定員。其下設有經歷司、照磨所、理問所、司獄司、倉庫使、雜造局、寶泉司、織染局、軍器局等部門。
按察使司設按察使一人，正三品；副使正四品，僉視正五品，均無定員。其下有經歷司經歷、照磨所照磨、司獄司司獄等屬吏。按察使掌一省之司法，並負責整觴吏治政風，大事與布、都二司會商，報呈撫按，聽命於刑部、都察院。按察司副使、僉事分巡各道，舉凡有關兵備、提學、撫民、清軍、驛傳、水利、屯田、招練、監軍等均可過問。都指揮使司是一省的軍事長官，「掌一方之軍政，各率其衛所，以隸於五府而聽命於兵部。」都指揮使為正二品，官品高於布、按二使，凡有三司聯名公文，序銜均在二司之上。
府是省以下的行政單位，直隸於布政使司。南京應天府和北京順天府，直隸於朝廷。各省所屬之府自明初改元代的路時即設置。宣德三年，廢除交趾布政司後，全國共有一百五十九府。知府僚佐有同知，正五品；通判，正六品；均無定員。推官一人，正七品。知府屬吏有經歷、知事、照磨、檢校、司獄各一人。府下設有吏、戶、禮、兵、刑、工六房。知府掌一府之政，舉凡獄訟、賦役、教化、考察屬吏、倉庫、河防諸事，都由知府負責。縣是明代的第三級行政區劃。明初分縣為三等，「糧十萬石以下為上縣，知縣從六品；六萬石
以下為中縣，知縣正七品；三萬石以下為下縣，知縣從七品。已並為正七品。」全國共有一千一百七十一個縣。知縣掌一縣的刑名錢谷等事，獄訟、治安、徵收賦稅等均須親自過問。下設縣丞一人，正八品；主簿一人，正九品；還有典史一人。縣丞稱職者可以升任知縣，縣丞以下屬吏非經特許不得升任知縣。
裡甲是明代的基層行政單位，以自然村為單位，一百一十戶為一里，一里十甲，每甲十戶。每裡推舉丁糧多者十人為里長，每人輪流擔任一年，十年一周轉。每甲以丁糧多少為順序，每戶在十年中輪流擔任一年甲首。城市相應的組織稱之為坊，近郊區相應的組織稱為廂。里長的行政管理職責是：管理和約束裡內人戶，檢查督促生產，調處本裡的民事訴訟和輕微犯罪，催征錢糧等。
明代基層行政組織中具有半公職人員性質的是「老人」，亦即裡老。裡老由鄉民推舉，州縣政府任命，其職責在明太祖洪武三年頒布的《教民榜文》中作了明確規定。裡老主持本鄉本裡的民事審理和輕微刑事案件審理，凡屬婚姻、田土、盜竊、子孫違反教令，以及犯奸、作偽、人命案不願告官，願在鄉里解決的，可以在申明亭會審，裡甲長、糧長參加，裡老可以做出裁決，進行調解。
中央：
1。三公三孤
三公指太師、太傅、太保，三孤指少師、少傅、少保，另有太子太師、太子太傅、太子太保；太子少師、太子少傅、太子少保，這些均為加官，用來表明受官者的功績與崇高身份，沒有實際權利。
2。六部
吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部，六部各設尚書一人，直接對皇帝負責，尚書之下有左右侍郎、郎中、主事等。
吏部：負責官吏的管理，考核，陞遷等
戶部：有十三個司，分別管理各地的收支與報銷
禮部：主管國家凶吉大典，教育與考試，招待外賓，宴勞功臣等
兵部：管理天下軍政
刑部：管理天下刑名
工部：管理建築、後勤、水利、製造等。
3。督察院
直屬於皇帝的監察部門，下設正二品左右都御史、正三品左右副都御史、正四品左右僉都御史，再往下設十三道監察御史，分管每個省的檢查工作。
4。六科
分為吏、戶、禮、兵、刑、工六科，每科設正七品都給事中、從七品左右給事中與給事中。
給事中品級雖低，權力卻極大，皇帝交給各個衙門辦理的工作由六科每五天註銷一次，如果有脫拉或者辦事不力的，六科可以向皇帝報告。六科還可以參與官員的拔擢、參加御前會議、審理有罪的官員，最為重要的是六科有封還皇帝敕書的權力，即如果對皇帝的旨意認為不妥，可以退回，不予執行。六科給事中與十三道監察御史統稱「科道」，屬於言官範疇。
5。五寺
五寺是五衙門的簡稱，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺等
大理寺：相當於今天的法院，是全國最高審判機關，與督察院、刑部構成了著名的「三法司」