大理寺所掌為「審讞平反刑獄之政令」。要做到「推情定法」，「刑必當罪」，使「獄以無冤」是很不容易的。所以大理寺官員選任之當否是非常重要的，據《夢余錄》記載，宣德時，吏部尚書蹇義特為此事向宣宗上疏說：
刑部都察院職典刑名，而大理寺尤專詳讞。居是職者，必得其人。其官屬，宜從堂上官精加考，庸劣不稱者黜之，貪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，責令互相糾舉。違者，一體論罪。
蹇義奏疏所提出的原則實際上是無法實行的，尤其是明中期以後，大理寺之權竟落入「庸劣不稱者」之手。以至刑獄不清，冤案四出。所以，嘉靖六年，黃綰又上疏世宗：
法司所以理刑名，至於大理寺職司參駁，關係尤重。凡任兩寺官，非精律例，見出原問官之上，何以評其輕重，服其心乎？近見兩寺官，有初入仕途，律之名例尚未通曉，即欲斷按庶獄，未免有差。原問官因得指摘罅漏，借為口實，至於參駁。本寺亦不降心，輒逞雄辯，往複數次，淹累囚眾，至不得已，將就允行。刑獄不清，職此之故。
由於用人不當，庸劣當權，不精律例，偏執己見，因而拷掠成獄，「捶死獄中」，論罪不當，「重囚稱冤」者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理獄，執法不阿。如《明史·虞謙傳》記載仁宗時，虞謙為大理寺卿、呂升為少卿，能「悉心奏當，凡法司及四方所上獄，謙等再四參復，必求其平，嘗語人曰：『彼無憾，斯我無憾矣』。」又《明史·馬森傳》載，馬森為大理卿，屢駁疑獄，與刑部尚書鄭曉、都御史周廷稱為「三平」。但大理寺卿有時也受到權臣的制約，不能公正治獄，《明史·王用汲傳》載，萬歷時，王用汲為大理少卿，遇法司議胡檟、龍宗武殺吳仕期案，定胡、龍二案犯謫戍。用汲認為量刑不公，駁奏曰：「按律：刑部及大小官吏不依法律，聽從上司主使出入人罪者，罪如之。蓋謂如上文『罪斬，妻子為奴，財產入官』之律也。仕期之死，檟非主使者乎？宗武非聽上司主使者乎？今僅謫戍，不知所遵何律也？」神宗欲從用汲之言，可是閣臣申時行等則認為仕期自斃，宜減等。這個依法本該判處死刑的案犯，就以謫戍從輕發落，可見在封建社會，正直的刑官往往不能維護法律尊嚴的。明代的大理寺與刑部、都察院合稱為「三法司」，國家的重大案件，常由「三法司」會審。但是中期以後，大理寺執法之權被奪，實際上只能核閱案卷而已。
明代初年，對宦官的限制非常嚴格，據《昭代典則》記載，洪武二年八月，在確定內侍官制時，太祖詔諭吏部說：
朕觀《周禮》，閽寺不及百人，後世多至數千，卒為大患。今雖未能復古，亦當為防微之計。此輩所事，不過供灑掃，給使令而已。若求善良，百無一二。用為耳目，即耳目蔽；用為心腹，即心腹病。馭之之道，但當使之畏法，不可使之有功。有功則驕恣畏法則檢束，自不為非也。可見明太祖對宦官禍害的認識是很深刻的。洪武六年十一月，特命延臣考究前代糾劾內官的辦法。禮部議置內正司，設司正、司副各一人，專門糾察內官失儀及不法的行為。據《明會要·職官十一》引《明政統宗》載，洪武十年五月，有一個內侍官因在內廷時間較久，偶而言及政事，當即被太祖斥遣歸還鄉里，並令終身不得敘用。又對諸臣說：
此輩日在左右，其小忠小信，足以固結君心。及其久也，假竊威權，以干政事，遂至於不可抑。自古以此輩亂者多矣。今立法不許寺人干預朝政，決去之，所以懲將來也隨後規定內臣不許讀書識字。洪武十七年，特鑄一個鐵牌，上刻文字：「內臣不得干預政事，犯者斬。」置於宮門之中。又敕令諸司，不得與內官監文移往來。自古以來，對宦官之禁，未有如明太祖之周備。當時有個御用監名叫杜安道，以鑷工侍太祖數十年，朝中許多機密計議他都知道，但他個性慎密，嚴遵太祖的禁令，在諸大臣面前僅一揖而退，從不啟口洩漏機密。太祖對他很寵愛，但不給予優遇，後來遷出為光祿寺卿。
洪武末，太祖重新整頓宦官機構，定十二監及各司局，並制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官傳序》說：
明太祖既定江左，鑒前代之失，置宦官不及百人。迨末年頒《祖訓》，乃定為十有二監及各司局，稍稱備員矣。然定制，不得兼外臣文武銜，不得御外臣冠服，官無過四品，月米一石，衣食於內庭。
後來宦官設置不斷增多，《明史·職官志三》說：「宦官……十二監、四司、八局，所謂二十四衙門也。」其機構之龐大，為歷代所無。因各監、司、局官稱職掌繁雜，二十四衙門官制簡述:
十二監:每監各太監一員，正四品，左、右少監各一員，從四品，左、右監丞各一員，正五品，典簿一員，正六品，長隨、奉御無定員，從六品。此洪武舊制也。後漸更革，詳見各條下:
司禮監，提督掌督理皇城內一應儀禮刑名，及鈐束長隨、當差、聽事各役，關防門禁，催督光祿供應等事。掌印掌理內外章奏及御前勘合。秉筆、隨堂掌章奏文書，照閣票批朱。掌司各掌所司。典簿典記奏章及諸出納號簿。
內官監，掌印太監一員，總理、管理、僉書、典簿、掌司、寫字、監工無定員，掌木、石、瓦、土、塔材、東行、西行、油漆、婚禮、火藥十作，及米鹽庫、營造庫、皇壇庫，凡國家營造宮室、陵墓，並銅錫妝奩、器用暨冰窨諸事。
御用監，掌印太監一員，裡外監把總二員，典簿、掌司、寫字、監工無定員。凡御前所用圍屏、床榻諸木器，及紫檀、象牙、烏木、螺甸諸玩器，皆造辦之。又有仁智殿監工一員，掌武英殿中書承旨所寫書籍畫冊等，奏進御前。
司設監，員同內官監，掌鹵簿、儀仗、帷幕諸事。
御馬監，掌印、監督、提督太監各一員。騰驤四衛營各設監官、掌司、典簿、寫字、拿馬等員。像房有掌司等員。
神宮監，掌印太監一員，僉書、掌司、管理無定員，掌太廟各廟灑掃、香燈等事。
尚膳監，掌印太監一員，提督光祿太監一員，總理一員，管理、僉書、掌司、寫字、監工及各牛羊等房廠監工無定員，掌御膳及宮內食用並筵宴諸事。
尚寶監，掌印一員，僉書、掌司無定員，掌寶璽、敕符、將軍印信。凡用寶，外尚寶司以揭帖赴監請旨，至女官尚寶司領取，監視外司用訖，存號簿，繳進。
印綬監，員同尚寶，掌古今通集庫，並鐵券、誥敕、貼黃、印信、勘合、符驗、信符諸事。
直殿監，員同上，掌各殿及廊廡掃除事。
尚衣監，掌印太監一員，掌御用冠冕、袍服及屨舄、靴襪之事。
都知監。掌印太監一員，僉書、掌司、長隨、奉御無定員，舊掌各監行移、關知、勘合之事，後惟隨駕前導警蹕。
四司:舊制每司各司正一人，正五品；左、右司副各一人，從五品。
惜薪司，掌印太監一員，總理、僉書、掌道、掌司、寫字、監工及外廠、北廠、南廠、新南廠、新西廠各設僉書、監工，俱無定員，掌所用薪炭之事。
鐘鼓司，掌印太監一員，僉書、司房、學藝官無定員，掌管出朝鐘鼓，及內樂、傳奇、過錦、打稻諸雜戲。
寶鈔司，掌印太監一員，僉書、管理、監工無定員，掌造粗細草紙。
混堂司。掌印太監一員，僉書、監工無定員，掌沐浴之事。
八局:舊制每局大使一人，正五品；左、右副使各一人，從五品。
兵仗局，掌印太監一員，提督軍器庫太監一員，管理、僉書、掌司、寫字、監工無定員，掌製造軍器。火藥司屬之。
銀作局，掌印太監一員，管理、僉書、寫字、監工無定員，掌打造金銀器飾。
浣衣局，掌印太監一員，僉書、監工無定員。凡宮人年老及罷退廢者，發此局居住。惟此局不在皇城內。
巾帽局，掌印太監一員，管理、僉書、掌司、監工無定員，掌宮內使帽靴，駙馬冠靴及籓王之國諸旗尉帽靴。
針工局，員同巾帽局，掌造宮中衣服。
內織染局，員同上，掌染造御用及宮內應用緞匹。城西藍靛廠為此局外署。