但是最終成祖還是立了朱高熾為太子，因為明朝的內閣制度和漢族的封建社會長幼有序制度在某種程度制約著帝王。而且朱高熾作為世子的時候確實沒有什麼重大的錯誤，因此廢之無名，很重要的一點是朱高熾的長子朱瞻基敏慧異常，深得朱棣的喜愛，著名的文臣解縉曾經以「好聖孫」來說服成祖，成祖終於下定了決心，於公元1404年立朱高熾為太子。
次子朱高煦並沒有就這樣屈服，他遲遲不肯就藩，留在京城伺機行動，他先是進讒言使得立儲的第一功臣解縉遭到貶黜，幾年之後慘遭殺害，然後私養了許多武士圖謀不軌，好在楊士奇、徐皇后說服了朱棣削奪了朱高煦的部分護衛，強令他就藩樂安。高煦與高熾之爭才算暫時告一段落。誰知半路又殺出個程咬金，皇三子朱高燧在成祖得病期間曾密謀殺死成祖，然後矯詔即位，幸得有人告密，一場災難才沒有降臨，事後，由於朱高熾為朱高燧求情，成祖總算沒有再追究。
永樂22年7月18日，65歲的永樂皇帝在北征返京的途中病逝，國公張輔、閣臣楊榮為了避免朱高煦、朱高燧趁機作亂，因此秘不發喪，將軍中的漆器融成一口大棺材，將成祖的遺體裝入棺材中，每日還是照例進餐、請安，只是皇帝的車簾再也沒有掀開、皇帝也再沒有說話，軍中一切如常，同時，派楊榮與太監海壽進京密報，朱高熾得知後立即派兒子朱瞻基出京迎喪，由於大臣們的精心安排，總算沒有爆發什麼叛亂，政權得以平穩過渡。
朱高熾即位後，改年號為洪熙，開始了他一系列的改革，首先朱高熾赦免了建文帝的舊臣和成祖時遭連坐流放邊境的官員家屬，並允許他們返回原處，又平反冤獄，使得許多冤案得以昭雪如建文朝忠臣方孝孺的冤案，永樂朝解縉的冤案都在這一時期得到平反。並恢復一些大臣的官爵，從而緩和了統治集團內部的矛盾。
其次朱高熾選用賢臣，削汰冗官，任命楊榮、楊士奇、楊溥三人輔政。廢除了古代的宮刑，停止寶船下西洋，停止了皇家的採辦珠寶；處處以唐太宗為楷模，修明綱紀，愛民如子，他下令減免賦稅，對於受災的地區無償給以賑濟，開放一些山澤，供農民漁獵，對於流民一改往常的刑罰，採取妥善安置的做法，這一切都使得洪熙朝人民得到了充分的休養生息，生產力得到了空前的發展，明朝進入了一個穩定、強盛的時期，也是史稱「仁宣之治」的開端。
在思想上，他崇尚儒學，褒獎忠孝，他統治期間儒家思想得到了充分的發展，仁宗還在京城思善門外建弘文館，常與儒臣終日談論經史。仁宗非常善於納諫，曾經給楊士奇等人一枚小印，鼓勵他們進諫，因此洪熙朝政治非常清明，朝臣可以各抒己見，皇帝可以擇善而行。朱高熾在後宮之中也不戀女色，除皇后張氏之外，僅譚妃一人。張皇后非常賢惠，與朱高熾相敬相受；譚妃也是一位賢內助。在朱高熾死後自縊殉節，被謚為昭容恭禧順妃。
朱高熾對科舉制度也做出了重要的貢獻，當時由於南方人聰明而且刻苦，進士之中多為南方人，但北方人天性純樸，忠貞，也是皇家不可或缺的支柱，但北方人文采出眾的較少，為了保證北方人可以考中進士，朱高熾規定了取中比例「南六十、北四十」這一制度一直被沿用至清朝。
公元1425年5月29日。朱高熾猝死於宮內欽安殿。死後被謚為孝昭皇帝，廟號仁宗。
有人曾提出仁宗在位不到一年，因此對於他的貢獻提出了質疑，但是殊不知成祖在位期間有大部分時間都在北征，朝中的政務一直是交給朱高熾來掌管，因此他又充分的時間來推行自己政策，為自己即位打下了良好的基礎，如果加上這段時間，朱高熾對明朝做出的貢獻就毋庸置疑了。明仁宗朱高熾一代仁君的稱號當之無愧。
朱高熾即位後，改年號為洪熙，開始了他一系列的改革，首先朱高熾赦免了建文帝的舊臣和成祖時遭連坐流放邊境的官員家屬，並允許他們返回原處，又平反冤獄，使得許多冤案得以昭雪如建文朝忠臣方孝孺的冤案，永樂朝解縉的冤案都在這一時期得到平反。並恢復一些大臣的官爵，從而緩和了統治集團內部的矛盾。
其次朱高熾選用賢臣，削汰冗官，任命楊榮、楊士奇、楊博三人輔政。廢除了古代的宮刑，停止寶船下西洋，停止了皇家的採辦珠寶；處處以唐太宗為楷模，修明綱紀，愛民如子，他下令減免賦稅，對於受災的地區無償給以賑濟，開放一些山澤，供農民漁獵，對於流民一改往常的刑罰，採取妥善安置的做法，這一切都使得洪熙朝人民得到了充分的休養生息，生產力得到了空前的發展，明朝進入了一個穩定、強盛的時期，也是史稱「仁宣之治」的開端。
在思想上，他崇尚儒學，褒獎忠孝，他統治期間儒家思想得到了充分的發展，仁宗還在京城思善門外建弘文館，常與儒臣終日談論經史。仁宗非常善於納諫，曾經給楊士奇等人一枚小印，鼓勵他們進諫，因此洪熙朝政治非常清明，朝臣可以各抒己見，皇帝可以擇善而行。朱高熾在後宮之中也不戀女色，皇后張氏也非常賢惠，與朱高熾相敬相受。
朱高熾對科舉制度也做出了重要的貢獻，當時由於南方人聰明而且刻苦，進士之中多為南方人，但北方人天性純樸，忠貞，也是皇家不可或缺的支柱，但北方人文采出眾的較少，為了保證北方人可以考中進士，朱高熾規定了取中比例「南六十、北四十」這一制度一直被沿用至清朝。
公元1425年5月29日。朱高熾由於心臟病突發猝死於宮內飲安殿。謚號孝昭皇帝，廟號仁宗。
有人曾提出仁宗在位不到一年，因此對於他的貢獻提出了質疑，但是殊不知成祖在位期間有大部分時間都在北征，朝中的政務一直是交給朱高熾來掌管，因此他又充分的時間來推行自己政策，為自己即位打下了良好的基礎，如果加上這段時間，朱高熾對明朝做出的貢獻就毋庸置疑了。明仁宗朱高熾一代仁君的稱號當之無愧。
洪熙元年(1425年)五月，朱高熾暴卒，享年四十八歲。葬於獻陵。從登基到去世，朱高熾在位時間不足十個月。去世前三天，他還在日理萬機地處理朝政，而從身體不適到「崩於欽安殿」，前後僅兩天時間，故明人黃景防稱他「實無疾驟崩」。
壯年天子，登基未足一年，「無疾驟崩」，其中必有緣由。但《明仁宗實錄》、《明史。仁宗紀》等，都隻字不提其死因。究竟朱高熾因何暴卒已成歷史之謎，多年來人們對此有兩種不同的看法：
一種觀點認為，朱高熾死於嗜欲過度。朱高熾之貪慾好色人所共知，大臣李時勉在他即位不久就曾上一奏疏，其中有勸他謹嗜欲之語。他覽奏後，怒不可遏，當即令武士對李時勉動刑，李時勉險些喪命。直至垂危之際，他仍難忘此恨，說「時勉廷辱我」。由此可見，朱高熾確實縱慾無度，李時勉奏疏觸及其痛處，否則不會如此耿耿於懷。繼他即位的宣宗朱瞻基，曾御審李時勉：「爾小臣敢觸先帝!疏何語，趣言之。」李時勉叩首答日：「臣言諒閣中不宜近妃嬪，皇太子不宜遠左右。」朱瞻基歎息，稱李時勉「忠」，復其官職。可見，朱瞻基對仁宗嗜欲之事也一清二楚。朱高熾因縱慾過度而得不治之症，在明人陸武《病逸漫記》中有記述：「仁宗皇帝駕崩甚速，疑為雷震，又疑宮人欲毒張後，誤中上。予嘗遇雷太監，質之，雲皆不然，蓋陰症也。」「陰症」之說出自朱高熾時一太監之，應當有一定可信度。限於當時的醫療水平，治療此等「陰症」恐無特效良藥，這使一些奸佞之徒有機可乘。對此，《明史?羅汝敬傳》中曾有記載，「……先皇帝(仁宗)嗣統未及期月……獻金石之方以致疾也。」由此看來，導致他死亡的直接原因，可能是服用治「陰症」的金石之方而中毒不治。
另一種觀點認為，朱高熾是被其長子朱瞻基、即繼他之後登位的宣宗害死的。朱高熾生性溫厚懦弱，嗜欲享樂，朱棣生前對他大為不滿，只因禮教和祖訓的關係，才立朱高熾為太子，但朱棣一直有廢朱高熾儲位之心。