朱由檢與孫承宗終於率軍返回京師。不出所料，皇帝在大敵當前之際突然連續兩天閉門不出，大臣們都快急瘋了。宮中也只有皇后蕊兒知道內情，其間除了接到過兩次紅娘子的飛鴿傳書，告知行軍所至的大致地點外，蕊兒能做的也只有等待，因為朱由檢等人一直在移動之中，只能發信，不能收信。
因此朱由檢趕緊回宮上朝。其實還有好多大事急事等著他去處理，上朝只為露一下臉，好讓眾人安心。
孰料他屁股還沒在御座上坐穩，就被雪片般飛來的奏章包圍了。這些奏章主要分為兩大類：一是告急塘報，二是各級官員對戰事的見解。
朱由檢當然先看塘報。因為在行軍途中抓到過俘虜，他已經有一定心理準備，但後金軍的推進速度之快，還是讓他感到觸目驚心。除了遵化和薊州陷落外，阿敏統帥著鑲白旗和蒙古八旗中的三旗揮戈東進，一天之內連破遷安和灤州兩座縣城，並繼續向東威脅永平府，也就是前世的盧龍縣；一部還繞過永平，逕取東面的撫寧和昌黎兩縣。
由於遼東巡撫高第嚴格執行了朱由檢的聖旨，山海關邊軍堅守不出，永平等地的官軍和百姓也紛紛撤至山海關，因此後金軍佔領上述府縣只是時間問題。如此一來，山海關就成了一座孤城，與京師和天津衛之間的聯繫完全被切斷。
而在京師東南方向，天津衛、霸州等地也紛紛告急。不過朱由檢知道後金軍的南路，也就是豪格統領的鑲藍旗，是四路大軍中實力最弱的一支，應該只是疑兵。而且各地勤王兵馬都在向保定、河間一帶集結，豪格也不可能再毫無顧忌地向南猛突，因此倒沒太放在心上。
至於西來的兩路大軍，也是後金軍的絕對主力，已經從薊鎮突進順天府，並於昨天攻破平谷縣。而代善和岳托率領的西路軍則馬不停蹄，從平谷向西北直撲密雲、懷柔二縣。
按照這種進兵速度，今天皇太極就有可能打到通州、順義一線，而西路軍攻破密雲和懷柔後，則會繼續向西攻打昌平縣。中、南、西三路大軍，已經對京師形成了品字形的包圍圈，看樣子皇太極是準備直接攻擊京師了。
至於大臣們上的奏章，自然也都是與戰事有關的。過去後金遠在遼東，離京師尚有近千里，這些大臣們雖然嘴上說的激昂慷慨，心裡真正著急的卻沒幾個。
可是現在敵軍眼看就要打到京師了，有不少大臣可真害怕了。別說攻破京師，就是兵臨城下他們都受不了，因此很多人都對朱由檢之前下的幾道聖旨極為不滿。在他們看來，就該立即調山海關邊軍、宣大邊軍與各地勤王兵馬，在薊州一帶與後金軍進行決戰，至不濟也要逐城堅守，延緩皇太極進軍的步伐。
尤其是朱由檢命孫承宗放棄通州，更是遭到以東林系大臣為首的大部分官員的堅決反對。他們的理由有兩條，一是通州是京師的東大門，如果通州不丟，後金軍是打不到京師來的，所以守住通州就等於保證了京師的安全；二是通州物資豐富，放棄等於資敵。
其實還有兩條理由，這些官員不好說出口。一是通州的富豪大戶中，有不少人與朝中官員都有千絲萬縷的聯繫。現在這些人被趕到京師，一旦通州陷落，他們的家產就全完蛋了，因此竭力攛掇官員們上奏，打算勸說皇帝改變主意，重新死守通州。
第二條理由就更上不得檯面，因為這次撤退是孫承宗主持的。本來孫承宗雖非東林黨人，但與楊漣、左光斗等東林舊臣關係都不錯，對閹黨迫害東林黨人也抱有很大同情，否則他也不會在做了吏部尚書之後，大力舉薦東林黨人出任各種要職。
但隨著時間的推移，東林系大臣在與皇帝的明爭暗鬥中，越來越覺得孫承宗是朱由檢那一頭的，又佔據著吏部尚書這個至關重要的位子，所以就很想找個借口把他參劾下來，換上東林黨人，那樣東林黨對朝政的控制就更強了。
但是孫承宗德高望重，平素做事又很謹慎，東林黨人一時間也找不到合適的理由參他。這次主持通州撤退，可給了東林黨一個絕好的機會，不單是都察院的御史言官，六部之中也有不少官員紛紛上奏，言孫承宗畏敵如虎，野蠻撤退以致怨聲載道，必須予以懲治。
朱由檢把所有奏章匆匆看過一遍，只沉著臉說了一句：「通州是朕要放棄的，尚書大人也是奉了朕的聖旨去監督撤退的。懲治孫承宗之議不允。韃子大軍很快就要開到了，朕還要去巡視城防，先退朝吧！」
說完他就撇下所有大臣，立即出宮趕赴天壇。在這裡朱由檢宣佈，將天壇做為京師戒嚴期間的臨時駐陛之所，韃子不退走絕不回宮。因為天壇位於崇文門外，屬於外城，而紫禁城則在內城和皇城之內。朱由檢駐陛外城，那就是告訴京師全體軍民：外城絕不會放棄，皇帝誓死守衛京師！
緊接著朱由檢又下達了一系列旨意。第一條就是立即派出偵察部隊，除了打探後金軍的動向外，主要是搜尋郝永忠的下落。
第二條就是在安置通州及各地撤入京師的百姓，並命五城兵馬司更加嚴格地執行戒嚴令，皇城警衛團和錦衣衛則負責皇城和天壇的宿衛。
第三條是三大營即刻接管京師防務，並任命孫承宗守北城，王在晉守西城，袁可立守南城，他自己親自守東城。當然這個「守」的含義其實是督戰，作戰指揮權仍屬五軍營主將解勝。
第四條是立即把運回來的火炮送至軍工廠試『射』。在此之前，軍工廠早已獲知這批火炮的口徑等技術數據，並預制了一小批彈藥。但在火炮運來之前，也不好大規模生產，因為只要尺寸稍有偏差，就根本無法使用。這批火炮將會在京師保衛戰中派上大用場，朱由檢自然極為重視。
正當他準備親赴軍工廠視察時，侍衛匆匆來報：「郝將軍回來了！」.