放著威脅更大的建虜和流賊不管，朱由檢卻決定先平西南土司叛亂，實在大出群臣意料之外。()在他們看來，土司叛亂不過是癬疥之疾，遠不足以威脅朝廷的根基，似乎用不著大動干戈。
朱由檢也懶得和他們多解釋，直接把萬曆皇帝搬了出來。這下大臣們立刻沒詞了，因為「萬曆三大征」裡確實包括平定土司叛亂。如果反對皇帝用兵，那就等於說神宗這一仗也打錯了。詆毀先帝，誰敢？
其實朱由檢當然有自己的盤算。做為穿越之人，他深知後金和流賊這兩股勢力都不是那麼好對付的，即使自己能扭轉乾坤戰而勝之，也必須做好艱苦的持久戰的準備。
對後金，現在缺乏有效的打擊手段，只能憑借堅城防守，增兵不但起不到多大效果，還會加重朝廷的負擔；對流賊，只要民生沒有大的改觀，老百姓仍然有餓死的危險，那麼流賊就會此起彼伏，野火燒不盡，春風吹又生，單靠軍事打擊是不成的。
而相較之下，西南雖然看著不起眼，卻正是用兵之地。首先，朝廷對土司的政策是羈縻，而朱由檢向來反對羈縻政策。在他看來，羈縻之地都存在分裂的隱患，自己絕不能把這個問題再遺留給後代解決。
而在所有羈縻之地中，貴州和四川是處於內陸的。比他們更靠近邊疆的廣西、雲南，反而已經實現了改土歸流，朝廷對這些地方可以進行有效的管理。所以相對而言，貴州和四川的問題是比較容易解決的，因為那些土司只能在有限的範圍內折騰，不會像蒙古人、女真人那樣，有遼闊而荒涼、明軍之力難以企及的大後方。
而根據老人家的戰略思想，應該集中優勢兵力，各個殲滅敵人；並且先打弱敵，在打擊敵人的同時壯大自己，絕不打無準備、無把握之仗。從這個角度來說，土司也應該是優先打擊的對象，因為不管他們再怎麼折騰，畢竟實力有限，完全可以速戰速決。
若能快速平定土司叛亂，好處也是顯而易見的。首先，朱由檢剛剛經歷了「遼東之敗」，需要用一場及時的勝利挽回面子，鞏固自己的權威；
第二，拋開貴州不說，四川位於中國腹地，土地肥沃，人丁興旺，是重要的戰略大後方，不容有失；
第三，貴州和四川乃是通往西南邊疆的必經之路，兩省若亂，則邊疆地區只會更亂；兩省安定，邊疆也會安寧不少，朝廷才能心無旁騖地對付後金和流賊；
第四，朝廷可以藉著這個機會繼續推行改土歸流，盡快實現對這些地區的有效管理。
因此朱由檢當機立斷，立即決定首先對西南用兵。
有了黃道周等人的前車之鑒，這次倒是無人敢公然反對朱由檢的決策了。但是他們生怕皇帝又一時興起御駕親征，於是趕緊提出了若干具體方案。
其實這些方案都大同小異，無非是皇帝降旨，調動廣西、雲南、湖南、湖北、陝西等鄰省衛所官軍入黔、川助戰，區別只是調動誰罷了。
朱由檢卻深知這些地方衛所久疏戰陣，戰鬥力基本為零，吃空餉的情況卻是有過之而無不及。若指望這些官軍平叛，即使能成功，也必拖上個三年五載，耗費大量錢糧。而朱由檢的目標是迅速平叛，他聽罷群臣保薦的文臣武將，在心中一一盤算，覺得沒有一支部隊可以完成這個任務。
此時已近正午，朱由檢宣佈散朝，明日再議。大臣們並未多想，因為貴州、四川與京師遠隔三千里，就算決策再快，傳達過去也得十天半個月，倒也不差這一時。
不過朱由檢可沒打算再和大臣們商量，他立即降旨召見李定國、郝永忠、解勝和李來亨。不到一個時辰，這四位青年將領已經趕到乾清宮覲見。
除了李來亨之外，朱由檢已經與其他三人分別將近一個月了，此時見面感到格外親切，爽朗地笑道：「朕急著見你們，大概你們還沒來得及吃午飯吧？朕也沒吃，就等著你們呢。梅劍，通知炊事處馬上開飯！」
這幾位都是朱由檢當秦王時的老部下，沒少和他出生入死，已經隨便慣了。此時沒有其他大臣在場，也就不再拘束，放開肚皮和朱由檢吃了一頓御膳。
其實所謂御膳，也不過是四菜一湯。但葷素搭配，營養豐富，味道可口，幾人吃飽喝足，腦門上都見了汗，真是暢快至極。
「都吃飽了吧？嘿嘿，朕的飯可不是白吃的。」朱由檢奸笑道，「先說說，這段時間你們整頓三大營的情況如何？」
郝永忠脾氣最急，率先稟道：「聖上，末將奉旨暫時統領三千營。過去聽說這三千營是三大營中最精銳的，末將一帶才知道，簡直是驢唇不對馬嘴！什麼精銳，三千營下轄六十四衛，定員六萬四千人，實際連三萬都不到，其餘都是空額。就這兩萬多人，還有將近一半老弱病殘，連馬都上不去，還能打什麼仗？末將勉強選出八千人，隨秦兵一起訓練，剩下的練也練不出來了。但他們都是軍戶，末將也不知道如何處理，還請聖上定奪。」
李定國暫管五軍營，解勝暫管神機營，情況與三千營也大同小異。說起三大營官軍的素質低下，幾人均是連連搖頭。郝永忠更是瞪了李來亨一眼道：「就你小子會討聖上歡心，跟聖上去了一趟遼東，不但打得痛快，還幾乎沒折損兵力，大功一件是跑不了啦。哪像我們幾個悶頭帶一幫廢物，簡直是費力不討好！」
「喂喂喂，郝大哥，小弟也沒得罪你啊，你怎麼老是拿我撒氣？」李來亨壞笑道，「聖上要用我，又不是我搶你的位子！要不是小鳳歸嫂子管，哼哼…對了聖上，小鳳來京師後還習慣吧？末將也沒好意思去看望她！」
「你大爺的，說正事呢，你想哪去了？」朱由檢笑罵了李來亨一句，又對郝永忠等人道，「你們也不用嫉妒李來亨立功，現在就輪到你們了！」
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