朱由檢欽定逆案，將魏忠賢最忠實的爪牙「五虎」、「五彪」全部判處斬刑，並且現場將三法司負責人鎖拿問罪，拉開了對閹黨分子總清算的序幕。
三天之內，孫承宗、袁可立和王在晉三位老臣也陸續趕到京師。此時全國各地已經掀起了一個彈劾閹黨分子的高朝，因為魏忠賢黨羽眾多，除了五虎五彪之外，尚有「十狗」、「十孩兒」、「四十孫」等，在朝中做官的加起來至少也有二三百人。
首當其衝的是吏部尚書周應秋，此人位居「十狗」之首，居然是憑著一手烤豬蹄的好廚藝討得魏忠賢的歡心，從微末小官直升為左都御史，又坐到了「吏部天官」的重要位置上，故有「煨蹄總憲」之謔稱。
周應秋在天橋親見朱由檢的雷霆手段，這時再害怕、進而提出辭官，已經來不及了。朱由檢先順勢將他免職，由孫承宗接任吏部尚書，進而將周應秋下獄，嚴查其行賄受賄等罪。
而兵部尚書一職自從崔呈秀死後一直空缺，朱由檢也順理成章地把袁可立放到了這個位置上。因為他遍觀守邊諸臣，將孫承宗、王在晉、袁崇煥等人全算在內，沒有一個讓他滿意的。只有袁可立，能夠巧妙地利用皮島的地理優勢牽制後金的後方，還成功策反劉興祚，可謂有勇有謀，戰略和戰術上均有獨到之處。
至於王在晉，朱由檢讓他出任戶部尚書也是經過認真考慮的。因為王在晉深知邊事，曾出任總理戶、兵、工三部侍郎，不但對遼東敵我雙方的綜合實力有著較為清醒的認識，也熟悉各種相關事務。雖然朱由檢對他和孫承宗的平遼方略都不大贊成，但自己擬定大計之後，讓王在晉去執行，以他的能力，絕對不會出什麼岔子。
六部按照重要性排序為吏、戶、禮、兵、刑、工，現在六部之中已有四部換了尚書，只有禮部尚書來宗道未換，工部尚書暫時空缺。明眼人都看得出來，崇禎皇帝刷新吏治的意圖已經非常明顯。
其實按照明代的規矩，某一部要新任命尚書，須先由閣臣、六部尚書、都察院左右都御史及各地督撫提名，然後經商議推出一個人選，這就叫「廷推」。廷推之後，皇帝要做的只是正式任命或是否決而已。
現在情況特殊，朝中重臣很多都是閹黨，首輔黃立極又被罷免，其餘閣臣泥菩薩過河，自身尚且難保，哪有什麼心思推舉六部尚書人選。因此孫承宗、袁可立、王在晉、喬允升這四人都相當於是未經廷推，由皇帝直接任命的，這也是朱由檢對舊秩序的一次成功挑戰。
不過朱由檢也知道，這次挑戰成功有其特殊性，除了自己以雷霆手段剪除閹黨，在朝廷中初步豎立起了權威以外，也和孫承宗等人都是老資格的官員，威望甚高有很大的關係。如果自己任命其他人，比如孫傳庭或楊嗣昌，那就會激起很大反對了。飯還是要一口一口吃，所以朱由檢也暫時到此為止，剩下的閹黨分子去職後留下的空缺，還是由廷推方法產生。
不過對於最受矚目、掌握票擬大權的內閣，朱由檢一直不做任何表態。現在施鳳來、張瑞圖和李國普這三個閣臣處境極為尷尬，一方面他們過去與閹黨過從甚密，現在彈劾他們的奏章已是鋪天蓋地；另一方面，朱由檢卻既不說撤換，也不扶任何一人出任首輔，讓這三人心中驚疑不定，也只得做一天和尚撞一天鐘。
現在喪禮結束，逆案已定，朝廷也算重新回到了正軌。除了每天的早朝以外，還有一件事也要馬上恢復，那就是「日講」。尤其是孫承宗、來宗道、王在晉、袁可立等人，都是當世大儒，更主張崇禎應早開日講，以正君心、促聖德、明經通史。
朱由檢欣然同意，不過也提出了自己的要求。首先，他要求第一次日講要閣臣、六部尚書侍郎集體參加，國子監也要派出監生陪聽。其次，他特別提出，要不久前被閹黨罷去官職的徐光啟出席。
對於第一條，孫承宗等人當然非常高興，認為此舉正體現了皇帝對日講的重視。要知道有明一朝，勤政的皇帝少，懶政的皇帝多，好學的皇帝就更是寥若晨星。
這「日講」又稱「經筵」，本應每月三次大講，每天都要小講；但自正德、嘉靖時起，皇帝多以天氣不好或是龍體欠安為由推脫不出席。到了天啟時，這位木匠皇帝更是加起來也沒出席過十次，讓孫承宗、袁可立等帝師也無可奈何。現在崇禎一改此風，這些飽學儒士自是求之不得。
不過對於徐光啟，孫承宗等人卻頗不以為然，因為誰都知道徐光啟是天主教徒，這在當時可絕對是離經叛道的行為。但皇帝提出來了，大臣們也不願因為徐光啟一個人而影響日講盡快恢復，便奏稱徐光啟去職回鄉，他是松江人氏，去松江召他來京也需要時日，不如先行開講，等徐光啟來了再讓他出席。
朱由檢卻狡黠地一笑道：「徐光啟今日已經抵京。準備一下，明天就開講吧！」
大臣們都搞不清崇禎是怎麼把徐光啟找回來的，不過按照規矩，「經筵」應由禮部尚書來宗道主講、閣臣及其他尚書補充，徐光啟來不來也沒多大區別。因此眾臣還是各自回府精心準備，尤其是來宗道，他過去和魏忠賢關係也不差，現在居然還沒丟官，自是不免慶幸，打算明天在日講上好好表現一番，以獲取崇禎的認可。
第二天早朝結束後，朱由檢移駕文昭閣，出席登基以後的第一次日講。
文昭閣位於皇極殿前廣場東側，坐東朝西，亦是一座宏偉的建築，向為講經之所。朱由檢從文昭閣的位置上判斷出，在歷史上，這座樓到了清朝就改名為「體仁閣」了。不過就像三大殿皇極殿、中極殿、建極殿讓滿清改名為太和殿、中和殿、保和殿一樣，朱由檢認為還是原來的名字更好一些。
君臣各自落座後，來宗道自信滿滿地開講準備好的題目。今天他講的是《詩經?小雅?北山》，這也是他特意為奉承朱由檢而挑選的。
「溥天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣…」
剛講了開頭幾句，朱由檢卻笑吟吟地打斷來宗道：「且慢。你說這溥天之下莫非王土，那天下到底有多大？」