朱由檢乾淨利落地免了首輔黃立極的職，又引發朝中的一片猜議。()一方面，皇帝連首輔都說罷就罷了，還有誰的官不能罷？這登時讓不少官員人心惶惶。
另一方面，首輔的空缺也讓一些官員看到了晉陞的希望。尤其是東林系官員，更欲藉著這個機會，將施鳳來等其他三位閣臣也全部從內閣中驅逐出去，恢復東林黨一統天下的局面。
不過接下來朱由檢的旨意，就又讓大臣們看不懂了。他連下四道聖旨，分別任命賦閒在家的孫承宗和袁可立為吏部右侍郎和兵部右侍郎，又調南京兵部尚書王在晉至京師，出任戶部尚書。最後則是宣佈今春開恩科取仕，但不再對考生資格做出限制，凡有心做官、並且有能力至京師考試者，一概准許報名。
如果說孫承宗和東林黨人關係還算不錯的話，那麼袁可立和王在晉卻和東林黨沒什麼關係，屬於大臣中的中間派。這讓滿腔熱情急於奪權的東林黨大臣們又有些摸不著頭腦了。
至於這個亙古未有的恩科，更是出乎所有人的意料之外。因為按照這個時代的科舉制度，科舉分為院試、鄉試、會試三級，通過院試的叫「生員」，通過鄉試的叫「舉人」。只有舉人才有資格參加會試，而且會試是每三年才有一次。
雖然過去的皇帝也會開「恩科」，即額外加一次會試，但考生資格這一條可從來沒變過，一般每次參考的考生規模都控制在三四千人左右，錄取率則約為百分之十。
而對絕大多數讀書人來說，別說參加會試，就連鄉試都過不了，因為鄉試的錄取率更低，只有百分之五不到。有人考了一輩子科舉，到死還是個老童生。如今崇禎竟要讓所有人都可參加恩科，這豈不是要讓幾十萬讀書人都來京趕考？又該錄取多少？就算不考慮這些，單是食宿、考場都沒法安排！
但是這次居然沒人對朱由檢的決定做出非議。一方面，黃立極的前車之鑒擺在那裡，誰反對誰就丟烏紗帽，沒人願意冒這個風險；另一方面，大臣們也多少抱著點幸災樂禍的心理，想要看看這次恩科是如何無法收場的，也好讓年輕的皇帝吃些教訓，不要再瞧不起他們這些經過科舉考試選拔出來的精英。
但是朱由檢自有打算。他當然要將閹黨勢力拔除乾淨，因為這幫人不管有才無才，全是些德行有虧、奸詐陰險、自私自利之徒。任用這樣的人為官，那是典型的禍國殃民。
但是對東林黨人，朱由檢也並不感冒。之前他就沒少和楊漣、左光斗這些東林黨人打交道，他們之中雖然有不少正人君子，也無一不是滿腹經綸，但實際工作能力卻不怎麼樣，尤其是在經濟和軍事方面，更是一竅不通。
不僅如此，東林黨為了和浙黨、楚黨等政治小集團爭鬥，也同樣拉幫結伙，排斥異己。就像前任吏部尚書**星，在京察中凡是東林黨人就提拔，凡是浙黨、楚黨就貶斥，這種行徑與閹黨也沒多大差別了。
朱由檢可不想按下葫蘆起來瓢，打倒了閹黨，又出現一個更為強大的東林黨。他真正想做的是給官場來一次大換血，能者上、庸者下，人盡其才，不論是心術不正的小人還是只會掉呆子，全都回家賣紅薯去！
當然，飯得一口一口吃，朱由檢也不可能上來就把現有大臣全部免職，那樣朝廷就無法運轉了。所以他先提拔孫承宗、袁可立、王在晉三人，這幾位都是經驗豐富的老臣，可以借用他們的人品威望，將閹黨徹底根除。然後再從恩科中選拔符合自己的用人標準的人才，用幾年時間逐步安排上重要崗位。
到目前為止，朱由檢對自己做出的一系列決定都很滿意，局勢也在按照他的預想，向著對他越來越有利的方向發展。但惟一出乎他意料之外的是，張太后不肯回宮！
禮部官員已經奉旨兩次去潭柘寺去請張太后，但張太后均閉門不見，只讓隨她一起出家的貼身宮女答覆，說太后對塵世已無留戀，情願長伴青燈古佛，為皇帝和皇后祈福。即使禮部官員說客氏已被貶入浣衣局，可說大仇得報，太后仍不為所動。朱由檢聽完回奏，不禁悵然若失。
又過了幾天，順天府尹來報：皇后與德妃已經進入順天府境，同行的還有燕凌及楊漣、左光斗等人。
原來自從接到當時還未駕崩的天啟聖旨，蕊兒和包玉憐就已經從秦王莊啟程赴京。在半路上朱由檢登基為帝，又因京師局勢凶險，戚美鳳即向蕊兒飛鴿傳書，要她們一路慢行。
後來朱由檢一舉平定亂黨，蕊兒與包玉憐卻因大雪封路，被困在開封城中。正好燕凌奉旨至河南請「東林六君子」回京，兩路人馬合在一處，這才兼程而來。
朱由檢大喜過望，立即安排親自出迎。而且不單是出城，而是接出五十里之外。這時又有朝臣覺得不合適了，上疏說朱由檢貴為天子，除了大軍凱旋可以郊迎之外，是不宜隨意出迎的。不料卻立刻遭到朱由檢降旨申斥：「朕與皇后、德妃乃患難夫妻，遠迎有何不可？楊漣、左光斗等皆忠貞盡節之國士，隆遇又有何過處？」
第二日，朱由檢就在三千秦兵的嚴密保護下，率領文武百官騎馬出城，至京南五十里外的長亭等候。
皇帝出宮，那可是極其少見的盛事。尤其崇禎甫一登基就扳倒魏忠賢，京師百姓無不歡呼雀躍，都想藉著這個機會一睹天顏。即使到了五十里外，道路兩旁還是聚滿了老百姓，山呼萬歲之聲不絕，倒讓朱由檢覺得老大不好意思。沒想到自己出來一回，竟給老百姓帶來了不小的麻煩，最起碼這一天是無法工作了。
不多時，燕凌率軍保護著蕊兒等人的車駕趕到。車子剛一停穩，蕊兒和包玉憐就從跳了下來，跌跌撞撞地跑到朱由檢跟前，摟住他抱頭痛哭道：「萬歲！您在爆炸中受了傷，現在可痊癒了？」
朱由檢心中猛一刺痛，李貞妍的音容笑貌又浮現在眼前。他雖然口中安慰著蕊兒與包玉憐「朕一切都好」，眼淚卻還是忍不住奪眶而出。
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