魏忠賢雖然死了，但這場震撼整個大明官場的地震還遠遠沒有結束。不論是朝中還是地方官員，很快就分為涇渭分明的兩派。
一派以內閣閣臣黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國普為首，他們或本身就是閹黨，或與閹黨過從甚密，都怕崇禎對閹黨窮追不捨，算賬算到自己頭上。因此一方面玩命地揭發魏忠賢的各種不法行為，竭力與魏忠賢撇清關係；另一方面對崇禎明令逮捕的「五虎」田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥，以及「五彪」田爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊寰、崔應元等人暗中維護。因為這些人都是閹黨中與魏忠賢關係最密、為禍最烈者，如果他們都能從輕發落，那自己就更容易矇混過關了。
尤其是負責會審這些犯人的刑部、大理寺和都察院這「三法司」，很多官員自己就是閹黨，審起案來自是避重就輕，並且將大部分罪責都歸於死鬼魏忠賢，對五虎、五彪等人則頗有維護之意。
第一輪審訊完畢，三法司僅將田爾耕、許顯純二人問成了充軍、籍家之罪，孫雲鶴、楊寰、崔應元削職為民永不敘用。至於田吉等「五虎」，則僅僅是罷官了事。
而另一派官員，則是與閹黨無甚瓜葛，甚至是前幾年受到閹黨打壓的東林黨人。他們很想藉著這個機會，將攀附閹黨的齊黨、楚黨、浙黨等政治勢力統統連根拔起，恢復東林黨昔日的輝煌。因此他們堅決主張嚴審欽犯，並且不停地上疏參劾其他閹黨成員，上至首輔，下至國子監的監生，凡是與閹黨沾點邊的，無不在他們的參劾之列。
在這場你死我活的鬥爭中，崇禎皇帝的態度無疑起著至關重要的作用。但令很多人感到不解的是，皇帝似乎並不急於處置閹黨成員。除了五虎五彪，朱由檢並未再逮捕其他閹黨，甚至就連魏忠賢的侄子魏良卿也好好地呆在府中。
這時京師的大街小巷上已經在紛傳，說崇禎此次進京，倒有一多半是因為魏良卿要娶郡主朱存棋。而朱存棋早是崇禎的意中人，崇禎理應對魏良卿有「奪妻之恨」。就這樣都不重責魏良卿，說明皇帝生性仁慈，無意將所有閹黨大臣一網打盡。
外界猜測紛紛，朱由檢卻不為所動，仍按照自己的節奏，傳出一道道看似各不相關、實則環環相扣的聖旨。
首先，他宣佈為「東林六君子」平反，並立即命燕凌趕至河南幾人的隱居之地，將六人請回京師。
這下真是滿朝大嘩，誰都以為楊漣、左光斗等人已經死在錦衣衛詔獄裡了，哪料想是被當時還是信王的朱由檢秘密救出？只憑這一件事，很多人就斷定，皇帝是絕不會輕饒閹黨的。
第二，朱由檢令各地搗毀為魏忠賢立的「生祠」，但對當時提議修祠之人則不予嚴懲，只要求誰最先提出動議的，修祠花了多少銀子，現在得個人掏腰包，將雙倍的罰銀交入國庫。
這下又讓閹黨中人覺得皇帝還是打算高抬貴手，幾個銀子他們還是掏得起的，於是紛紛認罰。就連遼東巡撫袁崇煥，當年迫於魏忠賢的銀威，不得不違心地在寧遠立了生祠；此時也只好上表請罪，並乖乖地交了幾千兩銀子的罰款。
第三，朱由檢令各地守備太監、鎮守太監、監軍太監回京述職，並重新進行任命。這些太監裡有不少是魏忠賢的死黨，比如南京守備太監管寧，一聽魏忠賢死了，都沒等朱由檢下旨，直接棄鎮逃跑，不知所蹤。其他黨附魏忠賢的太監也人心惶惶，但又不敢不回京師，只得硬著頭皮啟程。
當然也有些太監覺得自己和魏忠賢關係不大，這次可是個獲得皇帝重用的好機會。因此有的人還沒到京師，就開始暗中活動，讓一些無恥的官員編造一些自己的「德政」，以圖博得崇禎的好感。如果能混進司禮監，那就更妙不可言了。
第四，朱由檢宣佈五虎五彪之案尚未審清，將擇日在京師最熱鬧的正陽門外天橋上進行公審，並且皇帝親自主審！
這下又是滿朝大嘩，一方面，皇帝這道旨意等於徹底否定了「三法司」的審判和量刑，讓閹黨中人惶恐至極；另一方面，皇帝親自主審，還是在宮外的天橋上公審，這簡直聞所未聞！
因此，很多大臣紛紛上疏勸阻朱由檢，不單是閹黨，也包括一些中立派和東林黨，合計竟有四五十人之多，帶頭的則是內閣的四位輔臣。理由則完全相同：不合禮制。
第二天，朱由檢以一道極其簡短的的聖旨，乾淨利落地向眾人做出了回答。這道聖旨只有五個字：「聽朕獨斷行！」
聖旨一出，黃立極做為首輔的面子可有些掛不住了。他覺得如果真是皇帝獨斷獨行，還要內閣輔臣幹什麼？持有這種想法也不止他一個，黃立極與其他幾位閣臣，以及六部官員商議過後，行使了「封駁」之權，竟把朱由檢這道聖旨給退了回去。
朱由檢也吃了一驚，他原本以為自己當了皇帝，群臣自然要百依百順。沒想到內閣還有這麼大的權力，竟連聖旨也能退還！
後來他從《皇明祖訓》中查到，原來這「封駁」制度古已有之，明代同樣繼承下來。其本意是「凡制敕有不便於時者，得封奏之」，說白了就是皇帝的聖旨如果出於一時衝動，或者實在不靠譜，內閣可以將其退回，讓皇帝再慎重考慮一次。
這樣看來，這項制度還是有它存在的必要，因為皇帝也難免有犯錯之時，這等於給了皇帝一次糾錯的機會。而且最關鍵的是，如果皇帝心意已決，即使「封駁」了，皇帝還可以再次降旨，這時內閣再「封駁」，那就是抗旨不遵了。
明白了這一節，朱由檢當即把聖旨原樣發回內閣，仍是「聽朕獨斷行」五個大字。
黃立極看罷覺得腦袋嗡嗡作響，已知這位年輕的皇帝看似話不太多，卻是極有主見，親自公審這件事怕是難以更改了。但抱著最後的一線希望，他又上奏稱自己年老體衰，票擬太多力不從心，懇請辭官回鄉養老。
這一招「以退為進」也是內閣大臣經常用的，而且屢試不爽，皇帝一般總會挽留。因為內閣負責票擬，簡單說就是替皇帝做出決策，皇帝只需點頭同意就行了。國事繁重，沒了閣臣的輔助，皇帝一個人哪能忙得過來？因此黃立極將奏折遞上去後，還是有所期待的，心想就算皇帝不改初衷，怎麼也得對自己安慰幾句，他這個首輔也就在朝臣面前賺足面子了。
哪知聖旨很快再次傳來，這次更簡單，只有兩個字：「准奏！」