秦兵入城之後，一切都沒有懸念了。雖然由於閹黨提前全城戒嚴，通訊受到了限制，導致內外行動的時間不大協同，但總算有驚無險，在朱由檢守住紫禁城的同時，秦兵也從永定門由南向北殺入外城，又一鼓作氣突破正陽門，殺入內城之中。
而閹黨控制下的五軍營，再加上一部分五城兵馬司的兵力，以及東廠、錦衣衛的打手，合計雖也有將近兩萬人，但皆是步兵，又從未經歷過真正的戰場，再加上分散於城中各處，哪能和身經百戰、矢志護駕的秦兵相比？從永定門直到皇城的南門承天門，是一條寬闊平坦的青石大道，以郝永忠為首的輕騎兵先頭部隊勢如摧枯拉朽，一個衝鋒就殺到了承天門外。
而此次行動的總指揮李定國見郝永忠已經得手，一方面繼續揮兵入城，另一方面委派解勝指揮三千偏師兵分兩路，在城外沿著城牆左右包抄，封死所有出城之路，讓亂兵一個也無法逃脫。
而亂兵方面，兩個指揮官裡，一個王朝奉重傷被逮，一個崔呈秀跳城自殺，已是群龍無首，徹底陷入混亂之中。有的拚命往小胡同裡鑽，有的甚至扒掉甲冑想冒充老百姓，還有的想負隅頑抗，結果秦兵別說火器，連刀槍都不用，直接縱馬衝過，這些人登時被踏做一團血肉模糊的爛泥。()
時間不長，郝永忠已經攻破承天門。其實殺到這裡，已經沒有什麼像樣的戰鬥了，亂兵只顧逃命，根本無力抵抗，倒是高大的城台和皇城宮牆給秦兵造成了一定的阻礙。秦兵是星夜奔襲而來，當然不會攜帶重型攻城器械，但這也難不倒他們，郝永忠命令騎兵下馬「蟻附攻城」，簡單地說就是搭成「人梯」，不多時就攀上無人防守的城門樓，再從裡面打開城門。秦兵隨即鼓噪而入，沿著御道一路向北，終於抵達了朱由檢所在的午門之外！
此時郝永忠已經將長槍掛在鳥翅環上，雙手高擎一面大旗，上繡一個斗大的「秦」字，晌午門城頭高聲喊道：「秦兵奉詔護駕討逆，守將速開宮門！」
朱由檢聽出是郝永忠的聲音，一顆懸著的心終於放回肚裡，激動得熱淚盈眶道：「朕在這裡！將士們辛苦了！」
秦兵這才發現曾經的秦王、現在的皇帝朱由檢就在城頭，忙轟然下馬，齊齊地跪伏於地，整齊劃一地高呼道：「吾皇萬歲，萬歲，萬萬歲！！！」
接下來的一夜，就是收拾殘局了。由於文華殿已經被燒燬，朱由檢就將午門上的城樓做為臨時下榻之處。不過他可沒時間睡覺，首先他命令秦兵繼續在城中追剿亂兵，並重兵保護皇城及內外城諸城門；其次救滅文華殿的大火，安撫宮中受驚的先帝嬪妃；然後在京師的主要街道上徹夜巡視，並將六部、東廠、錦衣衛等官府設施嚴密地監管起來。當然，也不會少了魏忠賢等閹黨分子的府第。
依著張惟賢等人的建議，應該連夜逮捕魏忠賢等人。不過朱由檢疲憊地搖搖頭道：「魏忠賢並未直接指揮亂兵，而且他素為先帝倚重，如今先帝剛剛駕崩，朕就將魏忠賢鎖拿，似乎對先帝不恭。不如等明日朝會再做道理。」
張惟賢大惑不解，還想進言，朱由檢卻忙活別的去了。
第二日清晨，京師所有七品以上官員都接到通知，馬上趕赴乾清宮參加朝會！這次可沒人敢裝病或是偷懶了，因為誰都知道京師昨夜發生了大變故，崇禎密詔勤王軍攻入城內，一舉消滅了閹黨控制的五軍營。沒想到這個年齡未滿十七歲的青年皇帝看似與他哥哥一樣荒唐，卻有如此雷霆手段，誰還敢有半分不敬之心！
閹黨分子自是感到末日到來，又不敢不去，只得簡單向家人交待幾句後事，面如死灰地趕赴「刑場」；平日自覺和閹黨較為疏遠的大臣們，則是洋洋得意，心想這次皇帝扳倒了魏忠賢，正所謂「一朝天子一朝臣」，自己可就有了出頭之日。只要重重地參奏魏忠賢，討得皇帝歡心，飛黃騰達也許就在今朝。
出家門來到街上，見各處要道均有全副武裝的秦兵把守，尤其是進入皇城以後，更是戒備森嚴，氣象與往日大不相同。眾官從東華門外集合以後，數百人排成長隊依次入宮，路過被燒成斷壁殘垣的文華殿，心中不禁惴惴，暗想崇禎也是九死一生，正所謂天子一怒伏屍百萬，只怕京師之內是要血流成河了。
來到乾清宮外，眾官正要按以往的規矩，由四品以上官員入宮覲見，卻見崇禎皇帝在兩員全身披掛的年輕將領陪同下，逕直站到殿門之外，先環顧全場沉默片刻，然後緩慢而又堅定地道：「列位臣工，想必你們已經知道了，昨夜京師有亂兵企圖謀逆，已經被朕派兵鎮壓了。現在朕有數道旨意，李來亨，宣！」
他身旁的一位年輕將領立即踏前一步，捧著一疊聖旨依次朗聲宣讀起來。主要內容包括：一，崔呈秀、王朝奉擁兵叛亂，罪在不赦。崔呈秀已死不問，著三法司會審王朝奉，嚴審定讞；二，根據掌握的大量貪贓枉法、迫害無辜官民的鐵證，立即逮捕田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥等「五虎」，以及田爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊寰、崔應元等「五彪」，同樣交三法司審訊；三，由於宮中四衛、五城兵馬司及三大營中皆有參與叛亂者，暫時解除上述各部所有將領之職，待審查清楚之後，未參與者官復原職，確參與者則依律定罪。至於所部官軍，暫時收繳兵器禁於營中，京師內外城防務暫歸逍遙伯周奎指揮，皇城之內則由崇禎皇帝做藩王時的貼身侍衛、剛剛升任武驤左衛指揮使的燕凌負總責，三大營則由勤王軍中的參將李定國、解勝、郝永忠暫管。
李來亨一邊宣讀著聖旨，秦兵已經動手抓人，將田吉等官員直接從班中揪了出來，剝掉朝服，押往刑部大牢。
眾官鴉雀無聲地聽完宣旨，都覺得有些詫異，因為這些聖旨只是對一些具體事宜做出了安排，卻隻字未提如何處理閹黨的魁首魏忠賢。有人腦子轉得真快，當即出列奏道：「臣參劾東廠太監魏忠賢實為叛亂主謀！」
他這麼一帶頭，幾十名大臣也搶著參劾魏忠賢，拚命把各種罪名往魏忠賢腦袋上扣。看他們那義憤填膺的架勢，如果魏忠賢在場的話，他們恨不得能衝上去將他活活咬死。
朱由檢冷冷地看著他們的表演，待眾人都覺得訕訕的而停止住的時候，朱由檢故作驚訝地道：「既然魏忠賢有這麼多大罪，前日錢嘉征參劾他的時候，你們都幹什麼去了？」