三天之後，在朱由檢的大力推動下，「秦川學院」在秦王莊成立了。與小學不同的是，這所中學沒有固定的校舍，課堂就設在最熱鬧的街市上；也沒有固定的學生，誰願意聽課就可以隨便聽；更沒有像這個時代的私塾、書院一樣收取任何費用。
而最讓老百姓感到好奇的，則是兩位授課的教師，因為他們均是高鼻深目、卷髮白膚的番邦人。但是這兩人漢語說得極為流利，又有深受百姓愛戴的秦王親自出席第一堂課，這個熱鬧誰不想看，因此他們剛一出現在街頭，就被圍了個裡三層外三層。
第一堂課是世界地理，由湯若望主講。湯若望便在用作黑板的木架子上鋪開一張世界地圖，先從「地球是圓的」講起，再介紹五大洲、四大洋，最後講到中國在世界上的位置，以及中國周圍有哪些國家。
大多數老百姓聽得目瞪口呆，以為是荒誕不經之談。因為自古以來，中國人就相信「天圓地方」，中國位於大地的正中央。如今這洋人卻說世上之人都住在一個大圓球上，那圓球另一面的人豈非要大頭朝下、掉將下去？
只有鄭森等出過海的水手，因為有過親身體驗，才對「地球」這個概念恍然大悟。其中更有些到過南洋的，湯若望所言諸如安南、真臘、暹羅、占城、蘇門答臘、爪哇、三佛齊、渤泥國等地，他們都親身去過。此時再從地圖上印證，方知中國並非「中土」，而只是更廣闊世界的一部分罷了。
見聽課的百姓大多不信，湯若望不禁有些沮喪。朱由檢為了給他打氣，也為了豎立「秦川學院」在百姓中的威信，便親自上陣，舉著教鞭講道：「各位父老，湯若望先生所言字字屬實。本王以後會造很多大船，只要你們有人感興趣，願意乘船出海去看這個世界，你們終會到達地圖上的這些地方。而且這張地圖還並不完備，仍有許多未知和空白之處，等著人去填補。本王希望這個人是我們大明人，而不是番邦人。你們誰有這樣的志向？」
秦王莊的百姓對朱由檢早就奉若神明，他一發話，不管能不能理解得了，全都轟然應諾。不過朱由檢看得出來，大多數人對外面的世界並不關心，他們關心的還是身邊的人和事。只有少數年輕後生，被這個新鮮的世界和朱由檢的話語所打動，臉上露出了專注和嚮往的神情。
這一點倒也在朱由檢的意料之中，因為從蒙昧到文明之間的這個「啟蒙」階段是最難的，心急吃不了熱豆腐。哪怕現在一百個人裡只有一個人能受到啟發，開始思考自己的生活小圈子以外的事情，他也就算成功了。
第二堂課是世界歷史，由馬爾蒂尼主講。朱由檢正想聽聽他如何講這麼大的題目，卻見馬爾蒂尼在木架子上攤開一幅畫作。眾人見了紛紛驚呼道：「這不是秦王千歲麼？」
朱由檢一看，也對馬爾蒂尼大為敬佩。原來這竟是一幅油畫，畫上之人就是自己。只見自己正手握佩劍，騎在奮蹄疾馳的駿馬上，似是在參加一場激烈的戰鬥，神態栩栩如生。
因為中國的國畫是以寫意為主，老百姓們從未見過能畫得與真人一模一樣的油畫，此時皆是交口稱讚，艷羨不已。
這時馬爾蒂尼才從油畫講起，逐漸講到文藝復興「三傑」達芬奇、米開朗琪羅和拉斐爾，又巧妙地轉到了古羅馬歷史。這可比湯若望的**高明多了，聽眾們聽得如癡如醉，直到正午時分仍不肯散去。
朱由檢見學院順利地開了課，兩位傳教士很快進入角色，這才悄悄地退出人群。在他的計劃中，秦王莊小學只是教會人們識字和簡單的加減乘除，滿足日常生活的需要；而這所秦川學院則要承擔起相當於前世的中學和大學的責任，為中國培養一批掌握現代科技文化知識的人才。
在這座學院裡，世界地理和世界歷史只是最基礎的，今後還要開設數學、天文、物理、生物、葡萄牙語、英語、建築等課程。這些課程就不是誰都有興趣、誰都能學得會的了，所以朱由檢才不設專門的教室，而在最熱鬧的街市上公開授課，以期能在更廣闊的範圍內選拔人才。
當然，朱由檢也組織了一批「必修」的學生，這裡面就包括鄭森和他的水手們，以及一些黃海商幫的夥計。原因也很簡單，朱由檢需要他們盡快學會葡萄牙語，在自己和葡萄牙公爵若昂會面以後，盡快與葡萄牙人開展貿易，甚至是在葡萄牙人的協助下建立海軍。
當秦川學院大張旗鼓地在城內公開授課時，「秦兵軍事學院」也於同日秘密地成立了。校長由戚美鳳擔任，這也是朱由檢早就答應她的。
第一批學員是一團副連級以上軍官，他們已經從鄜州返回了秦王莊。這些軍官都參加過實戰，本身有一定軍事素質，但缺點也同樣很突出：文化水平較低，打仗多憑著經驗與勇敢，熟悉的兵種與裝備較為單一，並且沒有碰上過真正的強敵。
像這種水平，對付同樣半吊子的流賊問題不大，偷襲蒙古人也還湊合，可要對付戰鬥力強悍、組織嚴密的後金軍，恐怕就凶多吉少了，更不要說像荷蘭人和西班牙人這樣的「現代化」軍隊。
所以朱由檢交給自己的令妃戚美鳳的任務也很重。首先要讓學員們系統地學習古今中外的軍事著作，尤其是《孫子兵法》、《武備志》與《紀效新書》，並且講解古今中外著名的戰例。
其次要讓他們每個人都熟悉秦兵的所有兵種，就算他現在不是那個營的，也要有足夠的瞭解。這一是為了讓軍官們成為多面手，以便在軍官空缺時可以有人隨時頂上；二是為了增強各兵種之間的協同作戰能力。
再者就是向他們詳細講解女真人和倭寇的作戰特點，這一點戚美鳳比誰都有發言權。學習內容還包括軍事地理，也就是遼東、登萊等地的地形，因為秦兵遲早都要走上這個戰場。
而軍事學院的重點課程就是兵棋推演，也就是大家集體探討在某一戰場、某種情況下，如何與後金作戰。
第一次兵棋推演，朱由檢親自參加，推演的內容就是假設後金現在又一次大舉進犯。眾軍官討論的氣氛十分熱烈，不過多是拘泥於寧遠、錦州一帶的攻防戰。朱由檢便趁機說出了自己最大的擔心：「如果本王是賊酋皇太極，僅以少量兵力做為疑兵佯攻寧錦，主力部隊卻繞道蒙古草原，翻越燕山直撲京師，諸位如何應對？」