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有了第一團成功改編的經驗，李定國部的改編就更加容易了。
在朱由檢的設想中，秦兵應該在短期內擴充到三萬人左右的規模，解勝、解勇、李定國、郝永忠、李來亨，這五員虎將各統兵六千。有了這三萬精兵，朱由檢就有了最大的本錢，在必要的時候完全可以和魏忠賢翻臉攤牌。
按理說六千人已經接近前世一個師的兵力，最起碼和一個獨立旅相當。但在這個時代，「師」這個字眼比較大，幾乎等同於全國規模的兵力。為了隱瞞秦兵的真正實力，朱由檢還是沿用解勝部的建制規則，把李定國部改編為秦兵第二團，團長自然是李定國。
第二團與第一團一樣，同樣下轄八個營，步兵營、騎兵營、炮兵營、車兵營、工兵營、偵察營一應俱全。所不同的是，因為李定國部有豐富的作戰經驗，兵力也較解勝的第一團更多，所以步兵一、二營和騎兵三、四營，都是加強營的編制。
步兵營每個營下轄六個連，再加上通訊排、警衛排、炮兵排、炊事排、狙擊班，標準建制接近千人。騎兵營每個營下轄五個連，約有六百人。這四個主戰營加起來，就是三千多人，幾乎佔了李定國部現有兵力的絕大部分。至於其他營，兵力與第一團相仿，由於裝備還在完善中，尤其是炮兵還不成型，因此只能暫時起到輔助的作用。
至於頗為重要的各營營長職務，也不勞朱由檢費心。因為李定國部和解勝部不同，這一年來與流賊戰鬥不斷。戰場雖然殘酷，但也是最能鍛煉人的地方。秦兵本來也不過是農戶出身，但這一年來，李定國手下已經湧現出不少優秀將領。李定國本人又是智勇雙全，在他的熏陶下，他手下的各位將領也都能獨擋一面。
在這其中，較為突出的有四個，分別是竇名望、靳統武、高文貴和王國璽。這四個小伙子與李定國年紀相仿，卻同樣立下赫赫戰功，在軍中很有名氣。於是朱由檢任命他們分別擔任一至四營的營長。至於其他長官，也由李定國提名、眾將官公議，很快選了出來，在此不消詳述。
在接下來的授銜儀式上，因為李定國戰功卓著，被朱由檢授予上校軍銜。同為團長，解勝只是少校軍銜，這就看出區別來了。軍人最重榮譽，為了不被李定國落下，解勝等將領也必然渴望上陣殺敵立功，軍銜的激勵作用就體現出來了。
其他將領也獲得少校至尉官不等的軍銜。全部授銜完畢後，朱由檢對他們發表了簡短的講話道：「諸位，我們秦兵是自行組建的，朝廷到現在也不給我們糧餉，你們的團長李定國立下了擒獲高迎祥的大功，可到現在還只是個六品千戶，你們就更別提了。是不是覺得很不公平？」
「沒錯！」諸將皆忿忿不平地道，「朝廷瞧不起我們秦兵，其他官軍也瞧不起我們，別看他們到了戰場上個個是草包，可碰到我們還要耍威風！」
「威風不是抖出來的，而是打出來的！」朱由檢目光炯炯地道，「諸位不要不平衡，朝廷雖然不重視秦兵，但本王沒有忘記你們，陝西父老也沒有忘記你們。雖然朝廷不給糧餉，但秦兵的糧餉絕對遠超任何一支官軍，因為你們在戰場上的表現配得上這麼多糧餉。我朱由檢就是頭拱地，也要確保將士們的軍需供應！你們接下來要做的，就是好生練兵，不斷地殺敵立功。總有一天，朝廷的那些總兵都得靠邊站，你們個個都得成為統兵一方的大將。誰要是沒有這個志向，就趁早給我脫下軍裝，回秦王莊抱孩子去！」
眾將登時一片哄笑，可也從朱由檢的話語中獲得了更多的希望和無窮的力量。
這時已是掌燈時分，遣散眾將後，朱由檢與李定國就著兩碟小菜促膝談心，一聊就聊到了深夜。
朱由檢對李定國的戰略眼光是十分看重的。如果說在這個時代，盧象升是他在人品上最為敬重的忠勇之將，孫傳庭、楊嗣昌是善於籌劃和執行政令的治世能臣，那麼李定國就絕對是在軍事上首屈一指的天才統帥。因此有些事朱由檢不願意對別人說，因為即使說了別人也幫不上他什麼忙，但他卻願意跟李定國說，李定國也經常能給他非常好的建議。
首先朱由檢對李定國講了他對洪承疇的擔心。李定國凝神思索了片刻便笑道：「殿下，這個不妨。殿下是萬歲親弟，連魏忠賢都不敢與您明著做對，洪承疇恐怕也沒這個膽子。即使他對殿下有歹心，但他的洪兵是以高傑部為班底建起來的。高傑本來就是秦兵的手下敗將，軍紀又差，以秦王莊的堅固城防，只要嚴加防備，高傑三日攻城不下，第四日末將與李來亨、郝永忠等人必率軍來援，高傑就死無葬身之地了。
「而且孫大人出任陝西巡撫後，也能控制一部分兵力，比如左光先對殿下一直崇敬有加，他是不可能跟著洪承疇來打殿下的。至於洪承疇那個師爺似有陰謀，殿下更不用擔心。這世上邪不勝正，陽謀永遠大過陰謀，殿下只要不斷地壯大實力，奸邪小人自然無機可乘。」
朱由檢聽了頓有豁然開朗之感，興奮地連喝了好幾大碗茶水。接著二人又談論起秦兵下一階段的作戰目標，以及如何快速壯大實力。李定國誠懇地道：「殿下傾力支持秦兵，每月軍餉達數十萬兩，王府壓力實在不小。屯田又遠水不解近渴，因此末將閒時總在想，有個什麼法子，既能快速提升秦兵的戰鬥力，又能盡量少消耗殿下的糧餉呢？」
「你是想說以戰養戰？」朱由檢有點明白了李定國的意思，「但是高迎祥部被你擊潰以後，陝西附近已經沒有大股流賊了吧？即使有，流賊飄忽不定，你去哪、去和誰打呢？有目標沒有？」
李定國忙攤開一張地圖，重重地點著一處，目光炯炯地道：「有的，河套！」——
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