遣送回籍、以工代罰，這就是朱由檢對被裹挾百姓的處置方法，總體上說還是十分寬大的。經過如此處置，城中的外來人口大大減少。等兩座城牆徹底完工後，那些青壯年也會被釋放，秦王莊的百姓就又可以恢復平靜而又生機勃勃的生活了。
最後還有一個遺留問題不能不解決，那就是真正的流賊。這些被俘的流賊如今都關押在名為「勤恩所」的監獄中，數量也達到一千多人。如果再加上他們的家屬，總數就有三千人之多。
流賊和普通百姓可不一樣。雖然他們也出身於百姓，但隨李自成征戰多年之後，農戶的淳樸已經丟得差不多了，剩下的只有殺人不眨眼的戾氣。
對於如何處置這些流賊，朱由檢與孫傳庭、楊嗣昌等人產生了較大的分歧。按照那兩位的意思，這些人都是大奸大惡之徒，基本上都殺過人，身犯不赦之罪，必須明正典刑。就算涇陽縣無權處置罪犯，也應解送到西安府或京師，總之不能再留著，免生禍患。
朱由檢卻不這樣看。他認為流賊雖然給國家和民族造成了很大損害，但從根本上來說，他們造反也是迫不得已。正如李自成當日在陣前所言，但凡有一條活路，誰肯冒著殺頭的危險造反？這屬於官迫民反，罪無可赦，情有可原。
因此，將這批全部殺死固然簡單省事，可不根除朝廷的**，老百姓不能安居樂業，最後還是只有造反一途。在這裡殺一百，別處又會冒出一千；再殺一千，又會激起一萬。到最後形成星火燎原之勢，那大明可就徹底玩完了。
但如果對流賊不嚴加懲處，那也是不行的。比如說如果像對待普通百姓一樣將他們釋放，朱由檢敢打包票，這些人肯定會立刻投奔舊主李自成。
道理很簡單，他們已經習慣了刀頭舔血、走一路搶一路的生活，再讓他們面朝黃土背朝天地土裡刨食，他們已經做不來了。在這種情況下將他們釋放，無異於縱虎歸山，只能讓流賊勢力越打越大。
而且朱由檢從前世穿越而來，自然知道歷史的進程。就算流賊真的「修成正果」推翻了大明王朝，他們也絕不是凶殘的滿清騎兵的對手。不論是李自成還是張獻忠，最後都落得兵敗身死，這誰也不能怪，只能怪他們目光短淺、水平有限，既沒有治國安邦之才，也沒有外禦敵寇的能力。
所以朱由檢對流賊的態度也很鮮明，那就是他們的隊伍必須剿滅，首惡必辦！餘者可以不殺，但要進行嚴格的改造，讓他們用艱辛的勞動為過去的所作所為贖罪！
因此，朱由檢將這件事委託給縣令孫傳庭，讓他立即啟動了對流賊的分類工作。
所謂分類，首先就是將參與作戰的流賊，與非戰鬥人員的眷屬區分開來。這一步倒很簡單，眷屬都是老弱病殘和婦孺，一眼就看得出來。對這些人可以稍稍優待，只限制她們不許出城，在城內則可相對自由地活動。從事的也都是些力所能及的勞動，比如漿洗衣物、清掃街道等。
而對於戰鬥人員，按照孫傳庭的想法，還是要嚴加審訊，看殺沒殺過人。如果殺過人，那還是要處以極刑。
按理說殺人償命，孫傳庭的觀點也不無道理。但朱由檢經過深思熟慮之後，還是沒有採納這個建議。首先這取證工作就非常難，這些流賊造反多年，他們在別處殺沒殺過人誰能知道？
如果靠僅刑訊迫問口供，用刑輕了誰也不會招供，用刑重了那就是屈打成招，其實也沒什麼意義。尤其朱由檢又是穿越而來，在原來的那個時空，刑訊迫供由於極易造成冤假錯案，是被嚴格禁止的，口供也不能成為定罪的唯一依據，還是要有其他證據。
再者說，在戰鬥中殺死敵人，和普通的行兇殺人也是有區別的。不管朝廷承認與否，現在流賊的行為已經不是小打小鬧，而是真正意義上的戰爭。
而在戰爭中，軍人殺死對方的軍人是不應該判死刑的，除非對方已經放下武器。這在前世已是常識，當然《大明律》肯定不是這麼規定的。不過朱由檢壓根就沒想遵守《大明律》，他現在是沒權力，有朝一日他還要把《大明律》按照自己的要求全部修訂一遍呢。
所以朱由檢也主張審訊，但審訊的重點不是殺沒殺過人，而是在近期有沒有虐殺過平民，以及犯下過奸銀婦女等暴行。這個取證工作就相對容易了，孫傳庭每天都押著一批流賊，讓那些被裹挾的百姓辨認。
俗話說得好，群眾的眼睛是雪亮的。百姓們對害得他們家破人亡的兇手當然記憶深刻，沒幾天就揪出了大約一百名犯下濫殺無辜、侮辱婦女等嚴重罪行的流賊。而且不但指認出來，還把他們犯下暴行的細節也講述得清清楚楚，讓這些人根本無法狡辯。
按照這個時代正常的審案程序，接下來就要對這些罪犯一一審訊，並錄下口供，讓他們簽字畫押，然後收監，之後就得將卷宗層層遞送給上級衙門。由於皆是死罪，按規矩得一直報到京師的刑部，最後由皇帝本人親筆勾決。然後再層層發回縣裡，縣裡接到正式批文，才能執行死刑。這一來一回，最快也得幾個月的時間。
朱由檢聽完孫傳庭的匯報，卻將手一揮，不耐煩地道：「哪有那麼多糧食和空氣讓他們糟蹋，明天正午全都斬了！」
「這…」孫傳庭和在場閒坐的楊嗣昌聽了皆有些猶豫，心想這王爺也太目無法紀了。雖然這些流賊確實罪大惡極，可也不能如此草率行事啊。
朱由檢看出他們的猶豫，當即微微一笑道：「二位大人不懂變通。這些惡徒反正到哪也是個死，何苦給朝廷、也給咱們自己添麻煩呢。回頭就報一個勝仗，把這些人的首級當作戰功交上去，不就結了麼。不是有殺良冒功麼，咱們這回來個殺賊冒功！」
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