有的書上說，建文帝在城即將被他叔叔朱棣攻破時，準備自殺。但是接下來，奇跡發生了。
時任欽天監少監的王鉞，攔住建文帝說：「陛下不可輕生，從前太祖升遐時，曾留有一個箱子，囑我待子孫有大難，可開箱一視，自有辦法」。
也就是說，這個鐵匣子是朱元璋留下的，並告訴王鉞：「我的子孫，如果哪天遇到大難時，可以打開這個鐵箱子看一下，就能救他一命」。
很快，有四個太監，扛來了一個鐵箱。箱的四圍都用鐵皮包裹著，連鎖心內也灌了生鐵。
王鉞火急火燎的取來鐵錐，將箱子敲開，裡面藏著度牒三張，分別寫著「應文」、「應能」、「應賢」，裡面還有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及銀元寶十錠。
第一張「應文」的度牒寫著：「應文從鬼門出，其餘人等從水關御溝而行，薄暮時分在神樂觀的西房會合。」
建文帝身邊一個叫程濟大臣，馬上為建文帝剃掉頭髮，換上袈裟、僧帽、僧鞋，經過這一番喬裝打扮後，但從外表上看，建文帝就成了一個地地道道的僧人模樣。另一個大臣楊應能，表示願意剃度，隨建文帝一起流亡，他的名字裡有一個「能」字，正好和三張度牒裡的「應能」對應；監察御史葉希賢也毅然說：「臣名賢，就應該是三張度牒裡的『應賢』，這也是命中定數，因此，臣也願剃度追隨陛下左右，至死不離」。也剃度改裝隨從。
當時在殿上有五六十人，都痛哭流涕，紛紛表示願意隨建文帝一起逃亡。建文帝覺得這麼多人一起走的話，很容易引起注意，於是決定先帶九個人前往鬼門，在神樂觀乘船至太平門。
楊應能、葉希賢等十三人也隨後趕到。於是，這二十二個人開始了逃亡生涯。建文帝交代，今後互相以師兄弟稱呼，不必再拘泥君臣之禮。其中一個大臣建議，隨從不必多，更不可多，人多嘴雜，增加暴露的幾率。大家都覺得他這個建議很好，於是就只挑選了五個身體強壯，並且沒有家室之累的五個人，其餘的就遣散了。
並決定楊應能、葉希賢裝扮成和尚，程濟則變成道人，這三人貼身護衛建文帝，不離他左右；而另外六人負責探路，運送衣食等。第一站來到吳江縣的史彬家中。當年的八月十六日，建文帝除了貼身裝扮成和尚道士的三大臣陪同外，其餘人都慢慢散去。十月，來到襄陽的廖平家。但很快，朱棣的密探得到風聲，隨後就跟了過來，建文帝和三個大臣簡單商議後，便決定前往雲南。
建文帝的逃亡，使已經當上皇帝的的朱棣，坐臥不安。他到處都廣佈眼線，發動各路人馬，拚命尋找建文帝下落，其中暗中派遣一路人馬，表面宣稱是探訪道教創始人張三豐，其實還是權力搜尋建文帝的下落。建文帝得到這個消息後，決定躲到深山裡，因為那種大山裡還是相對安全的地點。
永樂八年三月，朱棣又讓工部尚書嚴震，以出使安南(即現在越南)的名義，到雲南秘密探訪建文帝的蹤跡。說來也巧，經過嚴震的不斷努力，慢慢逼近建文帝的藏身地點。說來也湊巧，某一天，嚴震竟然在山道上，和建文帝意外撞見，兩人相對而泣。建文帝問他：「你準備怎麼處置我？「嚴震回答：「皇上請便，臣自有辦法」。於是就這樣，嚴震就這樣把建文帝放走了。夜間，嚴震在驛站裡上吊自殺。建文帝見自己的行蹤已經暴露，便再次躲進白龍山。
長期的野外生活，使得他身心疲憊不堪，面容憔悴、枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被發現，不敢出山找東西吃、更不敢去求醫，有時拉的褲子都提不上，狼狽到了極點。這時，恰好有以前的大臣史彬等三人趕來照顧他，情況才得到了改善。幾天後，史彬三人要離開，建文帝和他們抱頭痛哭一場。建文帝還特地向三個人交代，今後不必再來了，一則因為道路艱險，二則關津盤查特別嚴密，容易暴露身份。
永樂十年三四月間，一直隨從建文帝的楊應能、葉希賢也相繼病逝，建文帝收了一名弟子，賜名「應慧」。
永樂十四年六月，建文帝腳病發作，這時，在身邊的唯一一個跟著他逃亡的大臣程濟，冒著危險進城賣藥回來，給建文帝治療，建文帝才痊癒。
越來越艱苦的流亡生活，使建文帝感到自己隨時都會死掉，為了是自己的這段經歷，不被歷史湮滅，便口述流亡的經過，由程濟筆錄，寫成《從亡傳》，建文帝還親筆寫了序言，然後讓程濟藏在山巖中。此後幾年，建文帝奔走於雲南、貴州、四川之間。
永樂十八年十月，在程濟的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，賦詩一首，其中兩句為：「登高不待東翹首，但見雲從故國飛。」這位曾經擁有天下的皇帝，竟然落到這種地步，怎麼能不感慨萬千呢。
永樂二十二年二月，隨著時間的流逝，對建文帝的搜捕行動，也稍稍寬鬆一點了。於是建文帝開始向東遊歷。到了十月，他在旅店遇到了、前來看望他的史彬。史彬還關切地問起了建文帝的身體狀況，建文帝說自己「近來強飯，精爽倍常」——也就是說自己胃口好，精神也不錯。
然後，建文帝跟著史彬下江南，來到了吳江的史彬家中，可是，隨之而來的，卻是一件差點釀成大禍的意外。
就在建文帝在史彬家，安心住下的時候，史彬的堂叔史弘，沒有提前打任何招呼，突然從從嘉興趕來，當他進入侄子史彬家時，發現一個老和尚正坐在屋裡的大堂上，並且這個老和尚，讓他覺得非常眼熟。
便問站在傍邊，有些驚慌失措的史彬：「大師從何而來？」
史彬在慌亂中，竟然一時不知如何回答才好。史弘倒是沒再問，而是把史彬拉了出來，然後悄悄的說了一句、讓史彬嚇的魂飛魄散的話：「此建文皇帝也」。史彬連忙結結巴巴的矢口否認，史弘篤定的說，自己曾經在東宮親眼見到建文帝，並且建文帝還救過他的命，算是他的救命恩人。
史彬看實在瞞不過去了，於是只得如實相告。但他知道，自己窩藏建文帝，可是禍滅九族的罪，要是自己的這個堂叔去告發，後果不堪設想。沒想到，這個史弘也是個有情有義的正人君子，並且還是個忠臣，聽完連忙來到建文帝的面前，倒頭便拜，並痛哭著問建文帝的近況。建文帝心如死灰般平靜的說：「多虧了這些一同流亡的大臣們照顧，供我衣食，我才得以周旋於險阻之間。二十年來，戰戰兢兢，今日想來，可以終老了吧！」隨後在史弘的陪同下，遊覽天台山，到寧波渡蓮花洋。
時間過得很快，一轉眼，幾十年過去了。在這幾十年裡，成祖朱棣死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年後英宗即位。皇帝已經更換了好幾個，對建文帝來說，政治環境也變得越來越寬鬆了，是他再現真身的時候了。正統五年(1430年)，正在廣西的建文帝對程濟說，我決意東行。
建文帝因為出身皇家，明太祖朱元璋對於這個皇孫的教育，也極為重視，為他找了當時一流的大儒，給他上課。建文帝自己也酷愛讀書，並且文采出眾，而從天下至尊的皇帝，淪為亡命天涯的逃犯，這其中的落差和痛苦，一般人難以想像，這種特殊的經歷，也時常讓建文帝承受這巨大的心理煎熬，而詩是他抒發這種極度痛苦的一種最常用方式，所以他有很多詩作，其中一首為：
流落西南四十秋，蕭蕭白髮已盈頭。
乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。
長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲收。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
那種逃亡的淒涼無奈，人生的悲苦無助，命運的坎坷起伏，都在詩中表達的淋漓盡致。但意想不到的是，也正是這些詩稿，使他的命運再次出現了極大的轉折。
和建文帝同住的，有個九十多歲的老和尚，這個老和尚雖然九十多了，但依舊身體非常好，並且還有些學問。不知出於什麼原因，這個老和尚偷了建文帝的詩稿後，竟然跑到思恩知州岑瑛那裡，大言不慚地說，他就是建文皇帝！
這可是驚天大事，岑瑛大為驚駭，哪敢有絲毫耽擱，馬上報告藩司。藩司下令把和尚與其合住建文帝，一併逮捕，用快馬急報朝廷。當朝皇帝很快下詔：「押解回北京」。
皇帝命御史在宮廷中進行審訊，那和自稱，自己已經九十多歲了，只求速死，只有一個要求，想死後葬於祖父朱元璋的陵墓旁。看來這個九十多歲的老和尚，追求的死後的榮耀，可能覺得自己九十多了，也活不了多久了，於是想死後虛榮一下，想被人當成建文帝下葬，滿足一下他這種畸形的虛榮心。
但這個老和尚，顯然是老的有點糊塗了，他低估了御史的智商。
御史說：「建文君生於洪武十年，現在是正統五年，當六十四歲，何得九十歲？」一下子就把這個老和尚，問的啞口無言了，後來，經過審問才知道，這和尚名叫楊應祥，鈞州白沙裡人。報請皇帝後，和尚被判處斬立決，下錦衣衛監獄關押，這算是聰明反被聰明誤，到老落得的個不得善終。
而一同被抓的、真正的建文帝，此時也把實情告訴了御史，御史馬上密奏皇帝，皇帝派曾經服侍過建文帝的老太監吳亮，來探望虛實，看看這個建文帝到底是真是假。
建文帝一見到吳亮，就脫口而出：「你不就是那個、曾經服侍過我的吳亮嗎？」
吳亮連忙故意回答說：「不是」。
建文帝非常確定的說道：「記得我有一天在便殿就餐，吃子鵝，一片肉掉到地上，你手裡拿著壺，趴在地上把它吃掉了。難道你都忘了嗎？還敢說不是你！」
吳亮聽完這些後，伏地大哭，他判斷，這個應該就是建文帝了，不過畢竟過去了幾十年，經過這麼多年的逃亡生活，建文帝的模樣，與以前當皇帝時，也大不相同了。為了進一步確定，他要求看看建文帝的左腳，因為作為貼身太監，他知道建文帝左腳趾上，有顆黑痣，查看後果然有，這確定是建文帝無疑了。吳亮做夢也想不到，幾十年後，還能與這位昔日的皇帝，在這種場合，以這種方式見面，一時間痛哭流涕，不能仰視。
在確定完身份後，皇帝下令把建文帝迎入宮中西內養老，宮中人都叫他「老佛」。建文帝壽終正寢後，葬於西山，不封不樹。因為很難給他一個名分，所以建文帝的墓，也就成為一座無名墓。
但是，在建文帝逃亡過程中，還有一些不為人知的特殊經歷。