如此持續了三日，方才散盡異象，卻有九黎族族長之妻誕下一麟兒，哭聲震天，直將天上的浮雲震散。那嬰兒小小年紀便長得濃眉大眼，叫聲響亮，手腿壯碩且頭上長角。族長大喜不已，認為是天將神子於他，並為他取名為：蚩尤，將希望都寄托在蚩尤身上。
蚩尤乃是天生神力，少年時就以力大聞名於族中，東夷人好戰，故而九黎族也不例外。每次在族中的比武中蚩尤都大獲全勝，且其為人豪爽異常，那些戰士因其武勇，故而對他言聽計從，小小年紀的他，就在族中的威望甚高，族長看後心中興奮不已，暗歎九黎族終於有了傳人！
蚩尤出生時就有大神通，能操縱天地間的元素力量，更為讓族人敬重的是他**極具強悍，莫說尋常的刀刃，即便是神兵利器也無法在他身上留下一絲一毫的痕跡。族人都說蚩尤為天人也！可是蚩尤自己明白，自己身上有著巫族的血脈，他是巫族與人族通婚後出生的。雖然巫族早就已經戰敗，但蚩尤卻對巫族當年的輝煌念念不忘。總是是想著怎麼樣才能讓巫族再次統一大地。終於蚩尤在廬山腳下發現了銅礦，他們把這些銅製成了劍、矛、戟、盾等兵器，軍威大振，再加上巫族天生不會臣服的性格，便起野心要奪取人皇之位。
蚩尤首創法規，實施刑事法，以肅綱紀，士卒的戰鬥力卻來越高，蚩尤等士卒都練成之後便開始用兵，將周圍的幾個部落給滅掉了，一時九黎部落周圍的部落大為恐懼，這些部落要麼搬遷道北方去了，要麼融入了九黎部落，最終有八十一個部落加入九黎部落，蚩尤將眾巫人全部散到八十一個部落之中，讓他們去管理這八十一個部落，經過數十年的發展，九黎部落中有巫族血脈的人越來越多，九黎部落也越來越強。蚩尤聯合了風伯、雨師和誇父部族的人，一起伺機而動。
就在此時神農終於將丹藥之術研習完畢，給族民留下了煉製藥丸的方法和一些藥方，而他的《神農本草經》也終於完成了。於是神農得到太上老君的符詔，說他功德已滿，讓他將人皇之位傳於他人，自己隨伏羲去火雲洞清修。
神農在接到符詔之後便著手準備傳位所需的一些事物，最終神農還是將人皇之位傳於公孫軒轅，在傳位的這天，太上老君和伏羲兩位聖人都前來觀禮，只見在神農將人皇之位傳於軒轅之時，天降功德籠罩在神農身上，霞光散去，神農也依然證了地皇之位。伏羲上前稽首道：「恭喜師弟證得地皇之位。」說完便讓童兒牽來龍馬與神農同乘，在萬民的恭送下向三十三天外火雲洞飛去。一點也不擔心自己小師弟的安危~！可見人品多麼惡略。
自從神農將人皇之位傳給軒轅去火雲洞清修，軒轅便成為天下共主，因軒轅有土德故號黃帝。黃帝軒轅接任後便在人族中推廣自己在有熊部落所發現的新的耕種之法，與民休養生息。可是蚩尤對於黃帝接任人皇之位並不服氣，他認為自己九黎部落的實力超越了有熊部落，黃帝不該成為人皇，於是仗著自己部落有一眾巫族助陣，而且部落的士卒戰力也超過黃帝便開始不斷的騷擾黃帝，氣勢洶洶地來向黃帝挑戰。黃帝生**民，不想戰伐，一直想勸蚩尤休戰。
黃帝生**民，不想戰伐，一直想勸蚩尤休戰。可是蚩尤不聽勸告，屢犯邊界。黃帝不得已，歎息道：「我若失去了天下，蚩尤掌管了天下，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是養虎為患了。現在他不行仁義，一味侵犯，我只有懲罰不義！」於是黃帝親自帶兵出征，與蚩尤對陣。
黃帝先派大將應龍出戰。應龍能飛，能從口中噴水，它一上陣，就飛上天空，居高臨下地向蚩尤陣中噴水。剎那間，大水洶湧，波濤直向蚩尤衝去。蚩尤忙命風伯雨師上陣。風伯和雨師，一個刮起滿天狂風，一個把應龍噴的水收集起來，反過來兩人又施出神威，颳風下雨，把狂風暴雨向黃帝陣中打去。應龍只會噴水，不會收水，結果不但沒有對蚩尤造成什麼損失，還將自己的兵將虐待了一通。
無法，軒轅只好寄希望於自己的士兵，妄圖憑借士兵的戰鬥力與蚩尤決一勝負。可是九黎部落裡面有巫族族人，部落勇士的戰鬥力也當然超過黃帝，並且九黎部落已經開始使用銅做的兵器，而黃帝的士卒卻還在使用石頭和動物的骨頭做的兵器，在裝備上也根本不是蚩尤九黎部落戰士的對手，一接戰黃帝就是大敗而歸。
這樣，黃帝和蚩尤打了整整十五年，打了七十一仗，結果是黃帝勝少敗多，黃帝心中非常焦慮不安，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。揚塵在凌仙島是實在看不下去了，自己的徒弟被打得這麼淒慘，他這個當師傅的怎麼可以忍？當天晚上，揚塵就托夢給軒轅，讓軒轅夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。
軒轅醒來後，心中雖然覺奇怪，但身為人皇的悟性，軒轅是非常合格的。軒轅暗想「風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成?」於是當下便派出部下，在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝找到二人之後便以風後為相，力牧為將，開始大力整頓部落，為了徹底打敗蚩尤，黃帝特意召來女兒女魃助戰。女魃是個旱神，專會收雲息雨。平時住在遙遠的崑崙山上。希望能夠戰勝蚩尤還天下百姓一個安寧。
而蚩尤也卻是一天才，他利用這十五年時間將部落中的八十一名後天巫人煉成了自己的分身，而且採集北海海底萬年寒鐵，然後用首山赤銅，大巫精血才製成了八十一桿大旗，且利用巫族最強的十二都天神煞陣，將八十一個分身組成了一個威力強大的玄陰煉魂大陣，此陣一旦布出就會有都天煞氣充斥其中，端的是人進人死，神進身亡。
而且進入此陣之中一旦被殺死，魂魄無法進入六道輪迴，會被陣中附在蚩尤旗上的蚩尤分身所食，增強分身的力量，使得玄陰煉魂大陣的威力進一步增強，而且被殺死之人在魂魄被蚩尤分身所食之後會產生大量的怨氣，這怨氣又會被玄陰煉魂大陣煉成都天煞氣，大陣中的都天煞氣越多，大陣的威力又會變得越大。而此陣祭煉到最後便會形成都天神煞陣，到那時便可招出十二祖巫真身對敵，甚至若是蚩尤能得到一滴祖巫精血更是有可能煉成盤古真身，到那時就是聖人也輕易殺不死他。直到此時，巫族剩餘的一眾大巫才佩服起蚩尤來，真正願意聽從蚩尤的號令。
那蚩尤旗卻是可以逆天的寶貝，且其為至凶之物。此旗煉成之時天也為之泣，只見整個九黎部落中煞氣沖天，在天上形成一片煞雲，天降雷劫劈之，意圖將這大凶之物毀去，卻被刑天等大巫所擋，於是天降血雨，直下了七天七夜，一時間整個洪荒中的練氣士都被驚動了，一個個都緊閉洞門怕這煞氣沾上自己，毀去自己無數年的修煉。揚塵也被這無邊的血雨所驚動，忙仔細推算，卻推算出是蚩尤搞出來的動靜，也就不怎麼擔心了。蚩尤自煉出蚩尤旗後便大肆進攻黃帝，吸收了無數的靈魂和煞氣，將蚩尤旗祭煉的越發厲害。
黃帝自先得常先、大鴻後又得風後、力牧，又有大神應龍相助，且蚩尤自煉成蚩尤旗後便大肆進攻黃帝，使得黃帝族民死傷無數。黃帝便欲再次征伐蚩尤，眾臣亦願隨黃帝再次征討蚩尤以使天下太平。黃帝遂起大軍向蚩尤九黎城行去，蚩尤聞黃帝再次親帥大軍前來攻伐，謂左右道：「軒轅小兒不自量力，上次敗回，今我煉成大陣，其竟又來。實不畏死也，其心可嘉。其若做家中不出，我還需費些功夫將其擊敗，今其率大軍而來我當將其斬殺於此，奪得人皇之位。」說完便率軍而出，意欲一戰而定，將黃帝斬殺於此。
黃帝布好陣容，再次跟蚩尤決戰。兩軍對陣，黃帝下令擂起戰鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一響，聲音震天動地。黃帝的兵聽到鼓聲勇氣倍增；蚩尤的兵聽見鼓聲喪魂失魄。蚩尤看見自己族人的形勢不妙，便將九九八十一面蚩尤旗祭出，布出玄陰煉魂大陣將眾人困於其中，眾人只覺突然間天昏地暗，日月無光，陣陣煞氣滾滾如黑雲一般向眾人捲去。好在蚩尤重在逃跑，沒有使出真正的威力。黃帝見狀欲退兵改日再戰，卻不想黑霧都將天擋住樂，眾人皆是不辨東西，卻是無法退出。眾人一時極為驚慌。黃帝也是一陣無奈。