來到軍務院，待群臣見過禮天啟問：「發生什麼事了？」
孫承宗面色焦慮地說：「皇上，高第的寧遠六百里加急，說山海關總兵馬世龍的部下副總兵魯之甲、參將李承先失蹤，隨同不見的還有所部一千人馬。高第向馬世龍一再追問魯之甲及所部人馬去向馬世龍不肯明言。」
天啟問：「高第什麼時候發現人不見的？」
孫承宗說：「塘報裡說高第二十日晚就是前晚聽人報告的，昨日一早尋訪馬世龍見馬世龍言語不詳才知道出事。」
天啟問：「就這些？軍情處有沒有發現跟他們有關的情報？」
錦衣衛右都督孫雲鶴稟報道：「十天前，有個叫劉伯鏹的人自耀州跑回來，說三岔河對岸的耀州只有女真奴酋的四王子領的三百兵，可以趁機攻取，有人建議去奪取被高大人否決了。」
天啟問道：「當時馬世龍在哪裡？」
孫雲鶴說：「由於寧遠關還差一點沒有修好，馬總兵的人馬還在錦州等地防守。」
王在晉說：「估計不是投敵而是知道了劉伯鏹的消息私自取耀州去了。」
天啟看了看地圖說：「三岔河有多寬？能不能泅渡？」
孫雲鶴說：「雖然天熱可以下水但我軍將士多身著鐵甲必須要船。」
王在晉說：「一千兵不通過總兵馬世龍是調不動的，而要調運兵船只有從覺華島調，寧前道袁崇煥斷無不知之理，他們都隱瞞不上報，這兩個混蛋！」
天啟說：「耀州離寧遠太遠離錦州都有一段距離，中間還隔著大凌河跟三岔河兩條河打下來也守不住，如果是為了殺敵三百人也少了點，他們有什麼其他目的？」
這時，孫雲鶴跑過來說：「皇上，這還有條五天前的消息，說遼東有士兵因為馬料銀子不夠鬧事。」
王在晉說：「這就很明顯了，十天前劉伯鏹逃回來所說的情報被馬總兵知道了，他下達了取耀州的命令，明軍由於屢戰屢敗因為懼戰所以鬧事，至於馬總兵為什麼要違抗只守不戰的命令臣略知一二，連幾月來彈劾他吃空額、耗費銀錢的折子都要把他壓垮了，常言道一俊遮百丑，他需要一場勝利來抵擋群臣對他的指責。」
孫承宗不悅地看了王在晉一眼說：「王大人，我們還是就事論事的好，風聞言事那是言官的事，幾個月前本官還在遼東，這吃空額、耗費銀錢的罪名一旦坐實本官也脫不了干係。」
王在晉說：「下官無意扯上孫大人，也沒有說這些彈劾是真有其事，只是說有人在彈劾他他可能會因此不安。」
天啟說：「如果不是帶人投敵就只有自主取耀州一種可能，而取耀州有三種結果：大獲全勝、損兵折將、無功而返，軍務院準備分別怎麼處理？」
王在晉說：「在違抗軍令的情況下，損兵折將肯定是罪無可恕，無功而返需要嚴辭責罰，大獲全勝可獎可不獎。」
天啟輕輕說道：「違抗軍令就罪不容誅！軍務院成立之初就宣佈過打不打由軍機處決斷，怎麼打前方邊行動邊上報，前一陣更是三令五申不許出戰要一切行動聽指揮，他們為什麼還敢這樣幹？就是因為他們心存僥倖認為立了功就沒了罪，這次姑息了還會有第二、第三次，朕絕不允許這種事再發生。」
張維迎說：「這打了勝仗就不好處罰。」
天啟說：「此戰如果敗了朕或許會酌情處理，一千人偷襲三百人假如失敗或許會讓大家明白很多東西，此戰如果勝了朕一定要處死兩個！讓大家都明白朕的軍隊裡不需要不聽號令的人，這樣的人能力越大危害越大。」
見孫承宗也有出言辯解的意思天啟說：「大家不必說了，這軍隊的指揮就是把所有人的力量用在一個目標上，如果每個人都各自為戰不聽指揮這戰鬥力就會分散，指揮之人指揮不力，作戰之人一盤散沙，這樣的軍隊沒有什麼存在的價值，與其今後損兵折將喪師辱國，不如現在就防患於未然。」
說完轉頭問孫雲鶴：「王大人開始根據情報馬上就分析出大致情況，你們只會獲取情報不會將所有情報綜合分析？」
孫雲鶴說：「這情報來源廣種類多，涉及的人員、地點、時間也很繁雜，分析起來不是很容易，而且還有很多情報似是而非，軍情處的人多是搜集情報的。」
天啟點了點頭說：「三件事，一是不管此戰是勝是敗，讓當事人和知情不報的人來軍務院說明情況等候處理；二是士兵分流，未戰先喪膽的人不適合留在軍隊裡，下文讓高第責成遼東各總兵在軍隊裡選出敢戰者組建敢死隊每天操練，懼戰厭戰者都拉去修城；三是軍務院選人組建軍參處，軍參處的作用就是分析情報、預構戰況、從情報中及時分析出各種可能。」
孫承宗說：「另建部門來專門分析情報，假設勝敗等各種可能，繼而準備各種防備措施確有必要，這樣也可以讓軍機處專心根據實際情況做出決斷。但請問皇上這從何處選人？」
天啟說：「上次大學士朱延禧說有翰林院裡的人和國子監裡的學生願意為國效力，朕在裡面選了兩百人讓楊漣他們在培訓，本來準備讓他們專門去做清理糧庫、丈量土地、製造錢幣、審查官吏等事，現在軍務急就先讓軍務院在他們中選人。這古人說十步之內必有忠信，先生也不必局限於在他們中選，六部的主事、府縣的官員，只要現在在京的都可以選，只要有這方面的興趣和才幹。」
孫承宗說：「臣遵旨。」說完慢慢轉身看著地圖說：「這一戰也可以檢驗一下我大明軍隊現在的戰鬥力和指揮能力，皇上說得對，如果一千人去偷襲都敗給了三百人，或許會得到很多東西，臣覺得從失敗中得到的這個東西說不准比這一千人的性命還有用。」
此時在三岔河邊上，副總兵魯之甲兩眼焦急地看著河面上，除了奔流的河水河裡沒有發現任何東西，對岸除了土堆和石頭也沒有任何人，這時參將李承先過來說：「將軍，上游和下游都沒有看到接應我們過河的船，怎麼辦？」
魯之甲問：「你的人上下游各尋了幾里地？」
李承先說：「各五里。」
魯之甲想了想說：「等不到了，你找些人去尋幾條漁船，其他人就地安營休息，找到漁船等天黑後連夜過河。」
到了夜裡，明軍只找到三條能裝十幾人的小船，如果要載馬就裝得更少了，魯之甲一咬牙說：「過，先載一部分人後載一部分馬，過去搜索一段地後原地待命。」
在夜色中，一個個面露怯色的士兵被強行推上了船，擠著腰的踩了腳的抱怨聲不絕於耳，伴隨著軍官的喝罵聲和士兵的叫嚷聲，一船一船的人被慢慢地載了過去，偶爾有一兩匹馬發出長長的嘶叫，叫聲在夜風中顯得分外嘹亮。三岔河不是很寬，但夏秋之際河水很急，來來往往第四天才勉強渡完，雖然大家都很疲乏但預想中的勝利卻讓人十分興奮。
第四天夜裡，一千明軍趁夜色摸到耀州城下，士兵被嚴令不得交頭接耳說話，連騎的馬都被摘了鈴鐺裹了蹄子，除了身上甲葉隨著前行發出的磨擦聲還有手中長槍偶爾相碰沒有任何聲音，月底的夜色也很暗使他們不易暴露行蹤。看到耀州城牆並不高副總兵魯之甲暗暗心喜，他下馬左右看了看，見士兵們都準備好在等他的命令，他伸出手慢慢拔出了腰刀低聲喝道：「弟兄們，殺進耀州，雞犬不留！」說完後率先衝了上去，周圍士兵有的舉著刀槍，有的抬著梯子，低呼著向城牆邊衝了過去。