在最後一天的會議上面，尼米茲將軍根據參謀長聯席會議的指示，要求麥克阿瑟和他共同制定一個抄近路快速向呂宋——台灣——中國大陸三角地帶推進的補充作戰計劃。但是麥克阿瑟一聽這個立馬就火了，因為參謀長聯席會議的計劃並沒有明確是否先行攻佔菲律賓。在麥克阿瑟心中，重返菲律賓已經成為一切作戰計劃的出發點，凡是有悖於這個目標的計劃，他都毫無例外地予以反對。
麥克阿瑟似乎忘記了前兩天的友好和微笑，對尼米茲將軍大發脾氣：「將軍閣下不會懂得我的心情，你不瞭解我對菲律賓1700萬人民所負有的義務是多麼神聖，我不能拋下菲律賓不管，永遠不會！菲律賓從我的手中落到日本人手裡面，我要親手把菲律賓從日本人手中奪回來！」
麥克阿瑟不無譏諷地說道：「華盛頓的那幫先生們為什麼對菲律賓不感興趣？就是因為他們不瞭解實際情況，從來沒有聽過槍聲，卻在那裡炮製太平洋戰爭的戰略，一個不切實際的戰略！」
尼米茲將軍見狀立刻插話道：「將軍，我理解你的心情，但是我不同意你的看法。參謀長聯席會議的成員們和你我一樣，都在努力工作，並且想把工作做得更好，從內心上講，他們是值得欽佩的。」不過當看到麥克阿瑟仍然還是一副怒氣難消的模樣，尼米茲將軍就知道再談下去也已經沒什麼益處，於是便不再討論這個問題。
儘管尼米茲將軍和麥克阿瑟在一些細節問題上面還存在意見分歧，但是雙方最終還是在相互諒解的基礎上，達成了有關戰略計劃方面的共識。尼米茲將軍對於這次會晤也感到比較滿意，他在回到珍珠港之後立刻給金上將寫了一份報告，匯報了這次會議的相關情況，尼米茲將軍在報告中寫道：「我和我的隨行人員在整個訪問期間，受到了麥克阿瑟將軍真誠而周到的熱情接待，沒有什麼值得挑剔的，會議自始至終都開得很好，很順利。」
當喬治和尼米茲將軍於3月29日返回珍珠港的時候，斯普魯恩斯上將已經率領第58特混艦隊所屬的第1、2、3特混大隊駛往西加羅林群島，準備前去襲擊撤到帕勞群島新基地的聯合艦隊主力部隊。斯普魯恩斯上將通過電報向尼米茲將軍報告，特混艦隊已經被日軍飛機發現，他們將在48小時之內進攻帕勞群島，以防聯合艦隊主力外逃。
而在小日本方面，古賀峰一根據偵察機的報告，也察覺到了美軍艦隊的動向，所以他命令聯合艦隊的司令部從軍艦轉移到了陸地，同時命令旗艦「武藏」號戰列艦等大型艦隻趕緊撤離。當美軍飛機轟炸帕勞群島的時候，日軍傾盡全力進行反擊，但最終還是損失了100多架飛機和沒有來得及撤退的6艘軍艦以及21艘油船，陸地上面的軍事設施和軍用物資也被炸毀了很多，而美軍方面只損失了25架飛機和18名飛行員。
3月31日上午，古賀峰一決定在第二天凌晨把自己的司令部從帕勞群島撤往菲律賓南部棉蘭老島的達沃，同時他命令從塞班島派來3架水上飛機進行轉移。然而就在這天下午，第58特混艦隊很早就鳴金收兵了，已經成為驚弓之鳥的古賀峰一據此錯誤地判斷美軍明天還要前來進行攻擊，而且還有可能實施登陸作戰。所以，古賀峰一改變了原來的撤離計劃，決定在當天夜裡就開始行動。
31日晚上9點30分，前來接應的3架水上飛機在帕勞群島的科羅爾水上基地著陸。聯合艦隊司令部的要員們乘坐橡皮艇駛向水上飛機，然而就在他們剛剛開始登機的時候就聽到岸上有人大聲喊道：「敵機來了，趕快起飛吧！」
於是，聯合艦隊司令古賀峰一海軍大將等8人、參謀長福留繁海軍中將等11人分別乘坐的1、2號飛機，就這樣匆匆忙忙地起飛了，連油料都沒有來得及補充。
這天夜裡，當聽到「敵機來了，趕快起飛吧」的喊聲之後，2號飛機的機長田村太郎海軍少尉立即啟動發動機做好了起飛準備。這時候，給參謀長福留繁等人安排座位的副駕駛吉村安綱飛行兵曹長也趕回到了自己的位置，西村太郎笑著對他說道：「嘿嘿，空速管蓋忘記打開了。」吉村安綱聽了之後很吃驚地說道：「哎呀！那可就糟了！」但是西村太郎卻並不在意，一推油門便升空前去追趕比他們早幾分鐘起飛的1號飛機去了。
2架小日本水上飛機離開帕勞群島的時候天氣良好，風平浪靜，明月當空，他們在3000米的高空向著目的地達沃飛去。但是天有不測風雲，小日本飛行不到1個小時就遇上了颱風，西村太郎急忙降低高度貼著海面飛行。飛了一會兒，西村太郎感到沒有打開空速管蓋不知道飛行速度是很危險的，所以他和懂飛行的聯合艦隊航空參謀寺內正雄海軍中佐商量了一下，還是決定返回高空。就在這段時間裡面，吉村安綱也曾幾次試圖打開空速管蓋，但是都沒有成功。當2號飛機重新回到3000米高空的時候，卻已經失去了和1號飛機的聯繫，與此同時，領航員小林乙男飛行兵長又發現飛機已經偏離航線到達沃以北300公里的卡米京島上空了。航空參謀寺內正雄提議改飛馬尼拉，但是田村太郎通過計算得知飛機的燃料只夠飛行30分鐘了，根本就飛不到馬尼拉。於是他們決定飛向西北方向150公里處的宿務島，因為那裡是菲律賓中部的戰略要地，設有水上飛機基地。
當田村太郎駕駛著2號飛機飛到宿務島南端之後，又沿著東海岸向北飛去。這時候，月亮早就已經消失不見，周圍一片漆黑。不大一會兒，田村太郎就看到飛機前方出現了一片燈光，他以為那就是宿務市，於是便準備降落，但其實這裡是宿務市南面22公里處的納加町，這裡的小野田水泥廠正在為搶運水泥而挑燈夜戰。2號飛機在進行降落的時候，由於測錯了高度，把50米高度處當成了海平面，結果機腹被摔壞了。
從飛機上面率先鑽出來的十幾個人連救生艇都沒有來得及取下來飛機就起火了，飛機裡面剩下的十幾個人則連同飛機一起葬身火海，倖存者集合到一起面向飛機敬禮並唱起了日本國歌和海軍軍歌，副駕駛吉村安綱卻為沒有能夠取下空速管蓋，以致造成如此重大事故而默默地流下了傷心的眼淚。倖免於難的十幾個人以北斗星為目標向北遊去，游了一會兒便不知不覺地被分成了三隊人馬，而隊伍中最年輕的吉川清夫海軍少尉，說了一聲「給自己人送信去！」就首先遊走了。
就在小日本飛機墜毀處附近有一個叫做馬格塔裡賽村的小村莊，村長名叫裡卡多?托爾伯特，他平時偽裝成鬼子的順民，但實際上卻是反日游擊隊成員。4月1日早上，托爾伯特發現海邊有好幾個人在游動，於是他便和鄰居卡洛斯?帕拉德羅各自駕起一條獨木舟把這些人救上了岸。很快，菲律賓游擊隊就趕來把這些小日本捆了起來，托爾伯特根據這些鬼子的對話判斷，他們是和日本聯合艦隊司令古賀峰一密切相關的重要人物，於是便吩咐游擊隊員把這些人帶到位於曼加洪山的游擊隊司令部去。
首先遊走的吉川清夫在凌晨5點鐘左右游上了岸，趕到小野田水泥廠，向值班負責人川田敬民技師報告了飛機失事的情況。川田敬民立刻用卡車把吉川清夫送到宿務市的第31警備派遣隊前去請求營救，警備隊司令山本俊雄陸軍大佐聽了吉川清夫的報告之後，馬上派出巡邏艇趕到出事地點進行搜索，但是卻連一個人影都沒有看到，因為福留繁等人早就已經被菲律賓的游擊隊員帶走了。
駐紮在馬尼拉的日軍第3南遣艦隊先後接到了聯合艦隊司令古賀峰一下落不明和參謀長福留繁等人失蹤的報告，司令官吉岡新一海軍中將馬上命令所屬部隊，全力以赴對宿務島一帶進行地毯式搜索，但最終還是一無所獲。
4月1日夜裡，位於東京的日本海軍省也接到了事件的報告，海軍大臣、軍令部總長等首腦人物連夜召開了緊急會議，他們對聯合艦隊司令部的遭遇深感不安。會議最終決定對於此事要進行秘密處理，尤其不能讓陸軍方面知道，同時任命在蘇臘巴亞的西南艦隊司令高須四郎海軍大將為聯合艦隊代理司令。
正當小日本在宿務島附近全力搜尋福留繁等人下落的時候，菲律賓的游擊隊員正帶著他們巧妙地向北迂迴，到了4月8日晚上，他們總算是安全地把俘虜帶到了位於曼加洪山南麓托帕斯高地的游擊隊司令部。當天晚上，游擊隊長泰溫?蘭尼斯特中校在審問福留繁的時候，老奸巨猾的福留繁謊稱自己只是望加錫的海軍司令官，並沒有暴露自己的真實身份。
但是到了9日早上又出現了一些新情況：其一是有人從漂泊到卡爾卡海邊的2號飛機殘骸上面發現了一個公文包，並且把它交給了蘭尼斯特中校；其二是日軍放回了一個關押在宿務監獄的游擊隊員吉恩?弗洛萊，讓他給蘭尼斯特中校送來一封要求歸還俘虜和公文包的信件；其三是8日晚上，由酒井法次陸軍中佐率領的日軍第173獨立大隊已經包圍了曼加洪山，不過酒井法次實際上並不知道福留繁被俘的具體情況，他只是因為得到了游擊隊司令部設在這裡的確切情報而趕來準備營救俘虜的。
眼看情況危急，蘭尼斯特中校一邊向西南太平洋戰區司令部發報請示，一邊把小日本的俘虜轉移到更加安全的馬斯萊拉。然而，西南太平洋戰區司令部方面遲遲沒有給予答覆，這可把蘭尼斯特中校給急壞了。為了解決目前的燃眉之急，蘭尼斯特中校召集游擊隊的主要幹部進行緊急會議，最後決定給酒井法次寫信，以釋放俘虜為條件，要求對方解除包圍。這封信由游擊隊的副隊長伯納諾?布謝塔上尉起草，然後再翻譯成日文，最終由飛行員田村太郎把它送到了即將發起總攻的酒井法次手上。酒井法次考慮到目前救出俘虜要緊，於是便順水推舟地答應了游擊隊提出的條件。
4月10日上午11點，菲律賓游擊隊在安全地帶把福留繁等9名俘虜全部交給了酒井法次，但是當游擊隊剛把俘虜交給小日本之後不久，蘭尼斯特中校就收到了西南太平洋戰區司令部發來的電報。電報上面說道：「已經派出潛艇前去內格羅斯島接運俘虜，希望你們不惜一切代價保住俘虜。」但是這封電報顯而易見已經為時已晚了，蘭尼斯特中校只好讓人把那個裝有誰也看不懂的日語文件的公文包，從內格羅斯島送上了美軍潛艇。
福留繁等人雖然被救了出來，但是等待他們的卻將是軍法的處置，因為小日本在軍法中明確規定「無論何種原因都不能當俘虜。」然而沒過幾天，田村太郎等幾名飛行員就被告知「不算俘虜」而被送回了塞班島，日本海軍當局決定這次的被俘人員都不按俘虜對待，只是將他們撤職了事。之所以要這麼做，當然是為了保留福留繁的面子，畢竟堂堂聯合艦隊的參謀長居然被菲律賓的游擊隊給俘虜了，那可不是什麼光彩告人的事情。
至於古賀峰一乘坐的1號飛機在遭遇颱風和2號飛機失散之後，就一直下落不明，杳無音信。日軍方面最終將古賀峰一判定為陣亡，但是頗具諷刺意味的就是事故發生在愚人節這天，這或許是上帝和小日本開的一個玩笑吧。日本海軍還把古賀峰一的失蹤稱之為「海軍乙事件」，用以和山本五十六之死的「海軍甲事件」相對應。
古賀峰一之的離奇失蹤，引來了種種猜測，有人認為是由於特魯克島的潰敗，致使古賀峰一引咎自殺；也有人判斷他和前任山本五十六一樣，都是因為座機被美軍飛機擊落而身亡。在不到一年的時間裡面，竟然發生了兩次聯合艦隊司令長官座機墜毀事件，這自然不可避免地給小日本籠上了一層不祥之兆，但是巧合的是，在這兩次墜機事件之中，聯合艦隊的參謀長都得以倖免於難。