三年的時間，很快就過去了。晶臧感覺彷彿完成了一次蛻變，大家都長大了，只有猿飛日斬和自來也還是老樣子。白更加的美貌迷人，君麻呂瀟灑飄逸，二人宛如金童玉女，一對璧人。晶臧16歲了，個子長高了，依然是黑色的短髮，普普通通的相貌，但神采飛揚，臉上充滿了自信。當年被戲稱為矮冬瓜的鳴人，也長高了，依然是狐狸臉，身上卻充滿了陽光氣息。猿飛親眼看著幾個人的成長歷程，心裡非常自豪，「晶臧三人的實力進步之快，超乎了我的想像，距離影級的日子已經不遠了，剩下就要看機緣和實戰了。」
君麻呂的體術和骨遁已經到了出神入化的境界，唯一讓猿飛感到遺憾的是，君麻呂在幻術上沒有任何天賦，這一點跟鳴人完全一樣，猿飛只好將破解幻術的辦法教給君麻呂，還好君麻呂的骨頭在危急時刻能夠自動打散身體的查克拉解開幻術。
白的冰遁，也是進境神速，許多新奇的忍術都已經可以自由施展，她將水無月一族的天賦發揮到了極致，尤其是在溫度的把握和控制上。絕對零度，雖然白現在還達不到，但已經摸到了門徑。白在體忍幻三個方面中，忍術最強，體術其次，幻術也是最差，但比君麻呂要好很多。
晶臧的進境是最快的，無論是查克拉的增長還是劍術的修為。三年裡，猿飛不斷地逼迫、磨練晶臧，將晶臧的潛力都挖掘出來。現在的晶臧，幾乎就是二代火影千手扉間的翻版。水遁忍術和劍術都到了極高的層次，所欠缺的只是實戰經驗。體術上，晶臧的速度奇快，幾乎達到了人類的極限，攻擊力卻稍差一些，但金遁忍術的攻擊性彌補了這個缺陷。
幻術上，晶臧依靠自身的光遁查克拉，對幻術的免疫力很強，而且經過苦修，學會了唯一的一個幻術，二代火影的黑暗行之術！這個幻術依賴對水的精確控制，將敵人逼到黑暗中去，而且這個幻術非常難以解開，這是個讓猿飛和大蛇丸都同樣頭疼的幻術。猿飛告知晶臧，這個幻術雖然厲害，卻對付不了萬花筒寫輪眼，只能應付普通的寫輪眼。黑暗行之術是個無法複製的幻術，除非對方同樣擁有最高的控水能力，如二代火影那個層次。
忍術上，晶臧最強的依然是水遁忍術，已經能夠使用極少的查克拉，發出強大的水遁。金遁忍術無堅不摧，卻必須依賴兵器，這三年的進境有限，這也是為何忍界公認金遁忍術是雞肋忍術的原因。但這個忍術對晶臧而言，還是很有用的。雷遁忍術，晶臧必須依靠金雷劍才能使用，在猿飛看來，除了加強了金雷劍的攻擊力之外，用處並不是太大。所以，金遁和雷遁都是輔助屬性的，晶臧依然是以水屬性查克拉為主體。
劍術上，無論飛劍術還是木葉流劍術，晶臧的進步都是最大的，日日夜夜的苦修呈現出最好的結果。與三年前相比，即便是一樣的招數，威力也完全不同了，可以說今非昔比遠勝從前。精彩的劍術，犀利的寶劍，即便是猿飛日斬也要召喚出金箍棒，全力應付，才能擋住晶臧的攻擊。而晶臧基本放棄了劍指的修行，因為這不適合水屬性的忍者，劍指更適合擁有風屬性的月光疾風。人的精力有限，晶臧自認為不是天才，沒有繼續在劍指上花費時間，醫療忍術上同樣如此，當然這也是猿飛日斬勸導的原因。
在修行上，晶臧練成了螺旋丸，但必須依賴柔雲掌才能單手用出螺旋丸。晶臧的螺旋丸與鳴人不同，晶臧命名為「柔雲螺旋丸」，由於柔雲掌的關係，柔雲螺旋丸可以投擲攻擊，也可以近距離貼中攻擊，威力與鳴人的大玉螺旋丸相同，遠超過普通的螺旋丸。單純的螺旋丸，晶臧卻是使用不出來，因為他不能像鳴人那樣用影分身來幫忙完成。在猿飛看來，這是晶臧和鳴人各自的特點造成的，鳴人必須要依靠影分身協助才能完成螺旋丸的形成，同樣的道理，晶臧也要依賴柔雲掌的柔性，才能形成螺旋丸。相比之下，四代火影和自來也直接可以單手使用螺旋丸，在查克拉運用的修為上強過晶臧和鳴人太多了。
影分身上，晶臧先後製造出了10個超量影分身，4個放置在異界的恐龍神殿的結界裡面，處於休眠狀態，分別代表奇門遁甲裡，最尊貴的甲和三奇的乙丙丁，三奇的作用是保護甲。當本體有生命危險時，甲分身可以直接將本體逆通靈到異界躲避。剩下6個超量影分身代表六儀，封存在卷軸裡，留作危險時使用。可以說，晶臧用超量影分身來協助使用時空忍術。這個奇怪的方法，讓猿飛也大開眼界。實際上，晶臧是參考了日後鳴人的仙人模式影分身的方法，鳴人就是將獨特的影分身放在異界吸收自然界查克拉，需要時，使用通靈術再召喚過來。
而晶臧將其進行了改變，直接按照奇門遁甲的方法，將其中四個放置在異界，給時空忍術創造條件。在奇門遁甲的研究上，晶臧也只是初步摸到些門徑，要想像四代火影和二代火影那樣自由使用時空忍術，目前還做不到。由於晶臧查克拉量的大增，在不影響戰鬥力的情況下，還能夠分出12個普通影分身，不是每個人都能像鳴人那樣分出成千上萬影分身的。晶臧將10個超量影分身稱之為天干影分身，12個普通影分身呼之為地支影分身。當然，鳴人認為晶臧純粹是多此一舉，「每個影分身還不是都一樣使用。」
有2個忍術，一直是晶臧最好奇的，那就是四代火影的飛雷神之術和二代火影的穢土轉生。猿飛日斬不肯將這兩個忍術教給晶臧，不僅僅是因為猿飛自己不會的原因，而是其他的原因。猿飛仔細解釋過，「穢土轉生打破了禁忌，是禁術，二代火影並不希望這個忍術傳承下來。飛雷神之術，是水門的絕技，可是這個時空忍術對個人的素質要求很高，並不適合你。」晶臧並沒有失望，「我本來也沒打算學會這兩個忍術，只是有些好奇罷了。我又不會土遁，玩不了穢土。至於空間忍術，等我完善了最適合我的奇門遁甲之術，一定不會輸給四代火影的飛雷神之術。」猿飛好笑，「那你試試吧，像這樣高級的時空忍術，可不是那麼容易研究明白的。」
木葉其他人的進步也都很大，這三年的時間大家都沒有荒廢。小櫻繼承了綱手的衣缽，除了精通醫療忍術外，學會了強大的怪力拳，中級層次的幻術。志乃的蟲術也非常精熟，運用自如，牙和赤丸也已經能夠自由施展牙狼牙和狂犬吠日這種高級的忍術了。雛田的柔拳進步也不小，而在太極上的進境超過了寧次。寧次則相反，在柔拳和八卦掌上穩穩壓住雛田，但在太極的領悟上，卻遠不如雛田。八雲的幻術突飛猛進，她現在用畫板描繪攻擊的速度，已經與結印發出忍術相差無幾了。她的體術也有了很大進步。當然，八雲依然是小組墊底，這是先天體質造成的，沒辦法彌補。
阿雪的感知能力和火遁忍術，都非常了得，已經是木葉最知名的感知忍者。梁襄的刀法一日千里，在卡卡西的幫助下，梁襄將白牙的刀法進行了改造，讓這套刀法更適合自己，因為梁襄不具備旗木朔茂的一些強大能力。千夏的木遁忍術和劍法也都非常精熟了，火遁也能夠正常使用了，大和功不可沒。三年來大和付出了不少心血，將千夏培養成了強力的木遁忍者。豬鹿蝶三人組，也都有了長足的進步。井野的醫療術只比小櫻稍差一點，鹿丸和丁次的家傳忍術更加精進了，鹿丸能夠自由使用影子，而丁次也可以將身體任意放大了。
小李的體術完全繼承了阿凱的真傳，但八門遁甲依然只能開到第五門。天天的忍具能力增長很多，功夫熊貓已經長大，與天天配合默契，彌補了天天近戰能力不足的弱點。干筍的定位在輔助忍者上，他能夠大幅度增強隊友的戰鬥力，聲音攻擊和幻術攻擊也都有了更多的進步，而且他的體術也沒有放鬆，尤其是在速度上，僅次於小李，還在天天和寧次之上。
不過，干筍的近身戰鬥能力遠不如小李和寧次，跟天天在同一個水平。寧次在太極上雖然進步一般，但卻讓他開了眼界，見識到了新的層次。籠中鳥的開啟，讓寧次完全脫離了束縛。日足已經將日向家的絕技，能夠遠程攻擊的八卦空掌破例傳授給了寧次。寧次的確是天才，在這幫夥伴中，是進步最快，也是最強的一個，至少表明上看是這個樣子的。
三年的苦修，赤門學終於有了「長足」的進步，已經可以接受c級任務的委託了，神月出雲和鋼子鐵都認為赤門學從實力上來講，勉強具備了中忍的資格，但在其他方面，比如意志、精神層次等，依然是糟糕的不能再糟，臨陣退縮是家常便飯。
月光疾風和卯月夕顏、阿斯瑪和夕日紅已經是木葉公認的兩對情侶，疾風和夕顏都還年輕，想要再等幾年再考慮婚事。而阿斯瑪和紅結婚的事情已經提上日程，打算等猿飛回到木葉，就舉行婚禮。水木已經病死在監獄裡，伊魯卡和椿也開始正式交往，似乎木葉又要出現一對令人羨慕的情侶。這些事情，都是八雲和雛田給晶臧的信裡提到的。
這三年，大蛇丸也沒閒著，領著手下那幫稀奇古怪的人，三次入侵雲隱，意圖染指完美人柱力。第一次入侵只是試探，前文已經提過。在第二次入侵時，大蛇丸在雷之國的山澗投了劇毒，讓整個雷之國都陷入瘟疫恐慌中。大蛇丸的這種毒藥，就如同歐陽鋒的蛇毒一樣，流毒無窮，但實際上並沒有那麼可怕，也不可能將所有的水源都污染，而且隨著水的流動，毒性也會減弱。但在當時，卻給雷之國和雲隱造成了巨大的損壞，恐慌、騷亂、暴動，一時間遍佈整個雷之國。這次入侵中，雷影和奇拉比兄弟聯手，又使用了雲隱的寶具才將大蛇丸擋了回去，但雲隱損失極大。
第三次入侵時，大蛇丸使用穢土轉生，召喚出許多千奇百怪的忍者，又用了不少禁術，差一點就將毛毛躁躁的奇拉比給抓走，多虧了雲隱的一些精英忍者拚死阻擊，才沒讓大蛇丸得逞。這次造成的損失更大，折損的都是雲隱的軍事骨幹，連二尾人柱力都被打成了重傷，雷影氣得將房子都掀了。自此以後，整個雲隱談蛇色變，綜合實力只剩下原來的一半，再也無力向其他四國挑釁。就這樣，忍界平平安安地過了三年，除了雷之國其他國家沒有爆發大的戰爭。雷影不是沒想過去找大蛇丸報復，可是大蛇丸的蛇窟太多，又非常隱蔽，根本找不到人，況且派去的人如果不夠影級，只能被大蛇丸虐。
雷影也幾次派使者去木葉問罪，五代火影綱手直接給擋了回去，「大蛇丸已經是叛忍，如果雲隱能夠將他除去，我們也可以理解。如果能抓住大蛇丸，將他交給我們木葉，那再好也沒有了，我們會萬分感激的。」雷影得到這樣的答覆，大發雷霆，卻也無可奈何。不得已的情況下，雷影只好讓奇拉比躲起來修行，禁止他離開村子。又在附近加派了很多的人手，暗中保護奇拉比。奇拉比雖然不高興，但由於是大哥的命令，也只好服從。
經過這三次戰役，三忍的威名再次震動忍界，大蛇丸名噪天下，很多人都認為大蛇丸已經超過了他的老師猿飛日斬。只有猿飛聽到這個說法後，黯然不語，心裡充滿了傷痛。晶臧歎氣，「在猿飛大人心目中，大蛇丸永遠是他最喜歡，也是最有能力繼承衣缽的弟子。只可惜……」白悄悄遞上精心做好的食物，又低聲說起一些趣事，希望能緩解猿飛的心情。君麻呂卻非常氣憤，「猿飛大人對大蛇丸恩重如山，大蛇丸卻背叛了自己的師父，這是絕對不可以原諒的！」