混沌初開，生靈萬物俱無，天地連成一片，只在其間孕育著一株混沌青蓮，那青蓮有葉五片，開花二十四瓣，結成一顆蓮子。蓮子歷經萬年幻化為「扶桑神樹」，混沌青蓮的五片葉子後化為神秘的「五海」。正是滄海、慾海、苦海、無情海、淚海。而曼陀羅花正是開在五海的神秘花兒，曼陀羅花世傳有五種，若是湊齊這五種曼陀羅花足以毀天滅地，乾坤逆轉，時間倒流。
待得億萬年期滿，蓮子裂開，盤古大神手執開天斧出世。開天斧後被盤古丟棄，盤古孤身生於蠻荒時代，盤古始祖開天闢地之時，一斧裂天地，清氣升為天，濁氣墜而成地，天地初開，宇宙初立。天地之間最初的混沌（太一）之氣其後有了陰陽之分，五行成靈。宇宙便有了金木水火土五種自然元素。在神秘力量的驅使演化下先天八卦「河圖」與後天八卦「洛書」伴隨著天地而生，即是後世傳說中的第九部「天書」。
陽氣與陰氣飄忽不定，有的上升，有的下澱，上升的氣流後凝為清氣，下沉的氣流凝澱成為濁氣，是以又有了清濁之變。而上升的清氣分為兩支，西華至妙之氣化為崑崙，東華至玄之氣化為蓬萊。濁氣也分為兩支，北極至善之氣化為靈山，南極至惡之氣化為九幽。原始的大荒世界於是形成。
這個時期稱為「洪荒時代」。最初的世界便由這清濁二氣產生的諸神所領導，再過了千百年，各種生靈才在大荒的土地上開始繁衍生息。
宇宙間各條河流，甚至連天上銀河中的水，最後都彙集到這原始而神秘的無底之洞「歸墟」。但歸墟裡的神奇之水，並不因此而有一絲一毫的增減，因為它是匯通上層宇宙（天庭）和中層宇宙（大地）和下層宇宙（九幽）的心臟。注入歸墟的神秘五海之水不進不出，只有一條不知名的溪流悄然潛出，流向北極冰原。
後盤古大神有感於天地間萬物皆無，便身化洪荒：左眼為日，右眼為月，頭髮成繁星點點；氣為風雲，聲為雷霆，汗成雨露；盤古大神倒下時，頭與四肢化成了五嶽，而脊樑卻成了天地間的支點不周山脈……肚濟卻化成了一片血海，那血海方圓幾萬里，裡面血浪滾滾，魚蝦不興、鳥蟲不至，天地戾氣全都聚在了此處，洪荒眾人將此處喚做幽冥血海。天地戾氣盡居於此處，常年不散。陰風陣陣，大勢可怖。
盤古涅槃，氣感陰陽，五行承靈，最早誕生的是帝俊與女媧，帝俊生於盤古左眼之中，女媧與常羲生於盤古右眼之中，獨羲和得盤古主魂而生。帝俊與女媧都是陰陽同體，帝俊較之女媧更為強橫，乃是洪荒第一位大神，也被稱之為太陽神，帝俊有兩個妻子，一個名叫羲和，住在東方海外的甘淵，生了十個太陽；另一個名叫常羲，住在西方的荒野，生了十二個月亮。因此這才有了「十天干十二地支」。
常羲即是「月母」，而羲和來歷不明，傳言來自於神秘的歸墟之所，極是聰慧蘭心慧質，一生鍾愛天帝，後不知所終留下《神魔誌異》四卷，即「神器篇」、「煉器篇」、「洪荒篇」、「陣道篇」，更相傳湊齊這四卷即可得到第五篇，這第五篇與「天書」有著千絲萬縷的聯繫，極有可能是「天書第十卷」。帝俊雖有兩位神力廣博的妻子，奈何其天性無意於世爭之，仍無法與女媧抗衡。
有了「十天干」與「十二地支」之後，宇宙星辰運行便有了規律，擺脫了混沌狀態。十二個月亮在夜間輪流出現，形成月相變化，陰晴圓缺。十個太陽在白天輪流出現，普照大地，萬物得以生長。其後千年這才正式步入「洪荒時期」。
女媧的法寶名為五彩石，即是後世相傳的「女媧石」。女媧石的本源就是補天的五色石，女媧將自己萬年修為貫注於一顆昔日補天所餘的五彩玉石上，自此該靈石就具有特別之力。也就是說，女媧石的力量，之所以可以復活再生，修補結界，也是因為女媧力量的加持。彩虹的七色神光正是女媧石補天余留的法力的幻象。
後女媧石被天行極雷擊中，遂一分為五。落於九幽冥界後化為「三生石」，駐於忘川之畔望鄉台旁，前生的夙願，今生的情緣，來世的牽絆；都刻在三生石上，流轉的歲月，一一見證！另一塊碎石落在魔界化作「咒怨石」，據說是受到「惡魔之花」黑色曼陀羅的引誘，具有詛咒的力量。以鮮血澆灌此石，以靈魂獻祭便可引發「咒怨石」的靈力，可以引誘修羅之魂附身。