鳳翔府大部分高級官員和將領的被解職，並沒有給鳳翔府帶來什麼嚴重的後遺症。
事實上，這部分高級官員和將領中的文官，即使不解職，也根本沒有太大的作用。畢竟行朝已經在鳳翔建立，鳳翔的行政管理也被順理成章地直接被行朝接管。只要中下層官員仍然能夠正常運行，高級官員沒有也沒什麼。所以那些高級官員被解職後，鳳翔府空缺出來的那些官職，朝廷一個都沒有任命。
而那些將領就更不用說了。有了赤衛軍這個極大的人才基地，這些將領的人才是並不缺乏的。
在這樣的背景下，可以想像，鳳翔軍隊的整編工作將會多麼順利。
在整編軍隊的過程中，並不僅僅只有鳳翔本部的兵馬將會得到整編，其他的幾支軍隊：諸如赤衛軍、赤衛副軍，已經在盩屋已經初步整編完成的那部分鳳翔兵馬也同樣會被整編。而鳳翔本部兵馬的整編將會是最後一步。
赤衛軍由於抽調了大批的人手出去擔任中下層軍官。因此，他們的軍隊也出現了一定的缺額。雖然並不多，但隨著整編的繼續下去，這部分缺額也將會越來越大。這種情況自然不能繼續下去。所以再向外抽調人手的同時，赤衛軍也十分嚴格的在赤衛副軍中選拔人手進入赤衛軍中彌補他們的人手空額。這種抽調地原則就是寧缺毋濫，只要精英。這些精銳雖然還比不上赤衛軍的人馬。但是在赤衛軍中經過一定時間的嚴格訓練後，很快就能達到原赤衛軍戰士的水平。而關於他們的洗腦問題，不要說那些刻意灌輸的東西，單單是他們生活在那麼一個狂熱的崇拜和效忠皇帝地環境中，就能夠潛移默化地改變他們的思想，一點都不用擔心。
赤衛軍地人手缺額從赤衛副軍中選拔。而赤衛副軍的人手則是從其他整編軍隊中選拔。當然，有選拔。也有淘汰。眼下的當務之急，是盡快讓赤衛副軍形成戰鬥力。並且在最短的時間內至少達到赤衛軍的一半戰鬥力。而整編的白虎軍團，要求並沒有那麼高，但是也要求最少達到赤衛軍的三分之一戰鬥力。而其戰鬥力地上限並沒有要求。不過，赤衛軍的三分之一戰鬥力也不是那麼容易達到的。
整編並不僅僅是選拔精銳，同時也要剔除那些老弱病殘以及不適合當兵的人。李儼的目的就是要讓軍隊中成為整個大唐的精英集中地。毛老人家曾經說過，槍桿子裡出政權。只要牢牢地控制住軍隊，李儼完全有信心結束大唐眼下的分裂割據局面。
為了盡量減少整編帶來地負面影響。那些高級官員被沒收的田地，被李儼拿了出來分給那些被剔除出去的人，讓他們安心耕作。只要這一部分人安分守己，社會的不安定因素也就降到了最低。
對那些被淘汰的人尚且如此大方，對沒有被淘汰的人自然更加大方了。
關中、淮南、山東等地由於黃巢賊兵肆虐，那裡地地主豪強逃的逃，被黃巢軍殺的殺，力量已經到了最低。而李儼則對那些軍隊中的士兵。分別給他們一張這幾個地方的地契。並且告訴他們，只要他們成功剿滅黃巢軍，他們就將可以拿著這個地契到這幾個地方，根據自己的職務大小、功勞大小，挑選一定面積的自己滿意的無主肥沃土地。功勞越大，土地就越多。而這些土地受國家保護。任何人不得將之剝奪。當然也不得買賣。實際上，這個時代的老百姓，最希望的就是擁有屬於自己地土地。這些土地他們愛惜還來不及，更不用說買賣了。這幾個地方地土地本來就是中國古代土地最肥沃的土地之一，擁有了這些地方地土地，那些軍人的家人將會生活得很好。而這類的物質獎勵，加上種種榮譽獎勵，再加上對他們的教育洗腦，自然能夠將為天下、為大唐、為自己的父老鄉親而戰的戰士們的戰鬥力提升到最高。畢竟這些東西眼下還只是一個想頭，要想真正擁有。還得等他們將黃巢賊兵趕跑了再說。就算不提那些大義。僅僅為了自己和家人的前途命運，他們也得賣命效力。
同時這也是李儼為了抑制土地兼併採取的措施之一。相信有軍隊的保駕護航。還不太可能有哪個人敢不要命了去兼併這些軍人家的土地。
賞賜土地，僅僅是諸多改善軍人待遇的其中一個措施。另外，李儼還參照後世的榮譽勳章的方法，設立了勳章制度。
目前暫時定下來的從高到低依次排列的是：最高赤血神龍勳章（只頒發給有極大功勞的人），為三爪赤龍造型，上面鑲嵌有三顆紅寶石（李儼決定從此以後，以紅色為尊），視同親王待遇；次等赤血神龍勳章，為兩爪赤龍造型，上面鑲嵌有兩顆紅寶石，視同郡王待遇；三等赤血神靈勳章，為一爪赤龍造型，上面鑲嵌有一顆紅寶石，視同國公待遇。
最高紫晶麒麟勳章，為麒麟造型，上面鑲嵌有三顆紫色水晶體，視同郡公待遇；次等紫晶麒麟勳章，麒麟造型，鑲嵌兩顆紫色水晶體，視同縣公待遇；三等紫晶麒麟勳章，麒麟造型，鑲嵌一顆紫色水晶體，視同縣候待遇。
一等白金白虎勳章（由於白虎軍團最早整編，因此四象中除了青龍外，白虎地位極高。而在勳章制度中，青龍由赤龍代替），白虎造型，鑲嵌三顆白金星，視同一等縣候待遇（李儼決定改革勳爵制度，在縣侯以後。每一級分三等。不加任何等級前綴的是最高等縣候，然後依次是一等、二等、三等縣候。再下來是一等縣伯，以此類推。縣男之後是爵士，爵士下來是名譽爵士。這一制度目前還沒有正式推出）；次等白金白虎勳章，白虎造型，鑲嵌兩顆白金星，視同二等縣候待遇；三等白金白虎勳章。白虎造型，鑲嵌一顆白金星。視同三等縣候待遇。
接下來是黃金朱雀勳章，分三等，朱雀造型，依等級鑲嵌三到一顆黃金星，視同同等級縣伯待遇。
白銀玄武勳章，玄武造型，分三等。玄武身上依等級鑲嵌三到一顆白銀星，視同同等級縣子待遇。
青銅狻猊（龍生九子之一，造型類似於獅子）勳章，分三等，狻猊造型，依等級鑲嵌三到一顆青銅星，視同同等級縣男待遇。
寶劍忠勇勳章，分三等。長劍造型，依等級鑲嵌三到一對地交叉小劍，視同同等級爵士待遇。
以上都是軍人的勳章。此外，還有給有功的軍人家屬或者地方治安部隊（也就是衙役、捕快等）有寶馬忠義勳章，分三等，駿馬造型。依等級鑲嵌三到一把小劍，視同同等級名譽爵士待遇。
當然，所有的勳章都只是一種榮譽，並沒有實質上的封邑。
這套勳章制度一出，其代表的無上榮譽，自然讓士兵將領一個個熱血沸騰，期待立功。說起來這個比起封爵還要讓軍人激動。因為封爵文人、武將都能擁有，但是勳章則只有軍人才能擁有。軍隊本來就是一個非常崇尚榮譽的地方，尤其是在經過李儼灌輸榮譽觀念之後更是如此。他們對物質地獎勵雖然也很喜歡，但是精神上的榮譽獎勵。更讓他們嚮往。這套制度。可以說在提高軍隊戰鬥力方面出力不小。當然這都是後話了。
關於整編地軍隊編制，李儼也加以了修改。並沒有完全參照大唐原來的制度。而原來一萬赤衛軍的編制，在規模擴大後，也早就進行了調整。現在這個軍隊編制，就是參照調整後的赤衛軍編制制定的。
新的編制，在團之前和從前差不多。最小的單位是伙，十人一夥，設伙長。三伙為一隊，設隊正。三隊為一連，設連長。又因為一連差不多有百人，故又叫百夫長。三連為一營，設營正。三營為一團，設校尉（以前是都尉），因為每團差不多一千多人，故又叫千夫長。三團為一旅，設都尉。三旅為一衛，設將軍。整個赤衛軍分為左中右三衛。
這是赤衛軍地編製。赤衛副軍的編制基本上差不多。不過三衛改成了四衛。左右赤衛副軍每義軍都有左右兩衛。另外還專門抽調出來，一軍的精銳中的精銳組成三千烈血衛，是進入赤衛軍的預備隊。人數固定，人選卻不固定。另外，赤衛副軍聽起來像是赤衛軍的附庸，屬於明顯的差別待遇，讓其中的將士有些怨言。於是李儼就重新給左赤衛副軍命名為近衛軍，給右赤衛副軍命名為鐵衛軍。同時又向赤衛軍解釋赤衛軍在預備建立地皇帝三衛部隊中排列第一，為護衛皇帝的第一選擇。這才將三方面的怨言平息。三衛部隊統稱中央衛隊，為中央軍團的絕對中心和絕對主力。
這樣一來，近衛軍有左右兩衛，鐵衛軍也有左右兩衛。皇帝身邊有三隻衛隊。基本上規模也就差不多了。人數也基本上固定。近衛軍、鐵衛軍將在適當的時候各增加一萬人馬，完全按照赤衛軍的編制建立各自三萬人馬地軍隊。不過此時由於兩軍整編沒有完成，忠誠度還不能完全保證，所以還不敢讓他們的人數再增加兩萬。
除此之外，就是整編鳳翔地方軍的白虎軍團了。
四個即將建立的中央軍團，每一個軍團人數將會定在十萬左右。合起來差不多五十萬大軍的中央軍團，基本上可以保證中央軍對其他軍隊的絕對威懾力。
而這四個軍團的編制，也基本上照搬赤衛軍編制。不過，由於人數的因素，在旅之後設師，三旅為一師而不是一衛，設裨將。三師為一軍，設偏將。三軍為一軍團。設將軍。同時，獨立一個師出來，作為軍團將軍的直屬衛隊或者預備隊。
除此以外，軍隊中將不常設大將軍。只有抽調兩個軍團以上，四個軍團以下地軍隊執行作戰任務，才設一個臨時地大將軍。戰爭結束後，大將軍職務即必須上交。不得以任何理由延誤。同時，大將軍之上。設一個上將軍。上將軍，必須在四隻軍團以上（包括中央或者地方軍團）地軍隊協同作戰的時候（比如攻打一個較大地國家，就將會出現這種情況）才能夠任命。此時每兩個軍團設一個大將軍。如果有多出來的一個軍團，那就成為上將軍直屬的近衛軍團。如果沒有，那麼從每個軍團中調集一部分人馬組成臨時地直屬近衛軍團。跟大將軍一樣，戰爭任務結束後，必須無條件上交上將軍職權。
以上都是陸軍軍制。至於海軍。目前還沒有建立，因此軍制僅僅在醞釀中，還沒有拿出來。
在上將軍之上，還有一個名譽的全國最高統帥，大元帥，為全國所有軍隊（無論海軍陸軍甚至日後地空軍）的名譽統帥。但這僅僅是一個虛職，沒有任何實權。他的一舉一動都必須受到皇帝的直接監控。大元帥名義上可以決定全國一切關於戰爭的事務。比如「宣戰」、「議和」、「徵兵」、「全國進入戰爭狀態、准戰時狀態、緊急狀態（這三個狀態中，戰爭狀態下。全國一切資源、生產，必須無條件滿足戰爭需要，然後才能考慮其他。全隊自動進入戰時狀態，可以臨機決斷攻擊一切非本隊。准戰時狀態是指，全國一切資源生產，盡量優先滿足戰爭需要。全隊進入准戰時狀態，在得到上一級命令或者已經被敵軍攻擊的情況下攻擊一切非本隊。緊急狀態是指，全國的資源生產，隨時準備向戰爭傾斜，同時全隊進入緊急狀態，保持戒備和防禦狀態，並對一切非本隊嚴密監視。在上級命令發出後，可以隨時轉入攻擊）」等等等等。但是，這一切，都必須由皇帝審核後。並以兵部、總參謀部、總後勤部三者地聯合名義發出。大元帥僅僅是象徵性的在命令落款處第一個署名。沒有那三個軍事系統的聯名。大元帥不得單獨發佈任何命令。同時，那三個軍事系統的任何命令。如果沒有大元帥的署名，也不得生效。
在整編軍隊的時候，李儼也同時對兵部進行了改革。正好這個時候文武官員並不齊全，改革的阻力不大。等日後成了既定事實，別人也就沒辦法了。
兵部的改革是將從前兵部地職權割裂開，原本兵部有「軍籍管理」、「軍官選拔」、「軍訓講武」、「後勤管理」等職權。但是現在，兵部將只擁有「徵召士兵」和「記錄軍籍」的權力。其他的權力，分別被新成立的「總後勤部」、「總參謀部」接管。其中「總後勤部」專門管理軍隊後勤（包括糧餉、薪酬的發送）。而「總參謀部」則對「軍官選拔」、「軍訓講武」，以及軍人榮譽、勳章評定，軍官抽調和職位升降，還有軍隊的調動負責。
兵部地權力這麼一來，就受到了大大地削弱。原本的軍籍管理，本來包括了很多東西，也就是說掐住了很多軍人的生命線。但是現在，它只有記錄軍籍的用途。軍人軍籍的一切變化，他無權改變，只能被動接受總參謀部的命令，記錄存檔。
而總後勤部接管後勤事項，也讓兵部的影響力大大降低。畢竟軍隊的後勤即使在冷兵器時代也是很重要的。有了這個，也能在很大程度上影響軍隊的態度。
兵部被分割成三部之後，李儼直接將他們從尚書省獨立出來（唐時六部皆隸屬於尚書省），成立軍機省。將原來地三省六部制度改成了四省八部制度。其中，軍機省地名義長官是大元帥。但實際上，軍機省直接向皇帝負責。原本可以控制他們的宰相和宰相組成地政事堂變成只能管理政務，不能插手軍務。當然，他們對軍務也有建議的權力。
這種改革，如果放在其他時候，將會很困難才能得到通過。但眼下時俱艱難，很多官員因為種種原因不能到職，致使很多職務都有空缺。在這種情況下，李儼在手下幾萬大軍的支持下強行改革，總算推行了下來。
不過，從前的大唐皇帝如果自己手中有權力的話，改革政務、增刪機構也是正常的，而這些僅僅是對機構上的改變，並沒有從根本上觸犯到整個上層階級的利益。另外，李儼首先做通了鄭畋的工作，表示自己的改革都集中在軍隊方面，而自己也無法忍受中央無法控制地方軍隊，這種改變勢在必行。有了鄭畋支持，再加上李儼對頑固派採取漠視態度，對中立派和動搖派大力拉攏，許諾他們在新機構中的更高層次職務，這也是改革沒有遇到多大阻力的原因之一。
改革的東西，李儼目前也只能做這麼多了。其他影響更大，波及範圍更深，更加激進的改革，只能留待以後時機成熟。
可以說，李儼的一切工作，都進行得比較順利。然而，這並不意味著，就沒有反對他的力量出現……