時間一天天地過去，在百官和宮中的宦官、宮女眼中，李儼煉丹的行為變得更加變本加厲。
在鍾老神仙和呂小神仙幫忙煉丹的同時，他又在全國各地尋找到了更多精於煉丹的道士前來幫忙。鍾離權交遊廣泛，認識的煉丹道士不少，正好讓他一一寫信前去延請。鼎盛時期曾經有多達三十多個的煉丹道士聚集在一起搞什麼「煉丹」。
這麼一來，太液池裡面的蓬萊山早已經地方不夠了，於是他們又在太液池東側尋找了大批宮室，作為新的「煉丹室」。
本來這類實驗室不應該在皇家禁苑中建立，但現在李儼並沒有掌握大權，他可不願意讓這些東西脫離自己的視線。實驗室中研究的東西都是關係到日後整個大唐格局的東西，萬一不慎洩露，被什麼有眼光的人學去，那就麻煩了。要知道古代的科學雖然理論不怎麼樣，實踐方面可是相當了不起的。有眼光的人也是多不勝舉，難保有誰看穿了其中奧秘。
如此規模宏大的科學研究，當然也得有個名目。要對那些一心想成仙的道士們講什麼科學，講什麼唯物主義，什麼無神論，那是不可能的。於是乎，李儼就將他們的科學研究，說成是求仙的一種方法。
所謂「究物之理以近道也」，說是世上萬物，已經包含了大道的奧秘，研究這些東西，也就是間接研究大道的過程。又說那些直接去追求「道」的人，只有極其稀少的天賦極高的人才能夠成功。從古到今，也只有老莊二人成功。其他人通過這種方法，很少能夠成功。而研究世間萬物的奧秘，反而是這些天賦不高的人更加容易成道的一個途徑。
同時還舉出了許多傳言中已經成仙，而在科學研究中做出過卓越貢獻的人。這樣的人並不少見。畢竟古代的很多求仙道士，都同時在科學研究中有很大的成就。
於是乎，李儼主持的晚唐科學研究，就成了「仙學」研究。而由於這種研究跟傳統「仙學」的不同，又被稱為「新仙學」研究。而那些研究中的物理、化學現象，在那些沒有現代科學知識的古代道士眼中也十分神奇，十足的是「仙跡」，倒也讓他們更加增添了通過這種方法成仙的信心，於是研究起來也就更加賣力了。
李儼對這種現象並沒有什麼不滿。因為在科學還不發達的時候，更了便於發展傳播，便於讓人接受，科學的研究，掛著宗教的牌子，這在後世的歷史上是有先例的。西方近代科學最先就是打著神學的幌子進行的。很多科學家同時也是虔誠的基督徒。直到後來，科學的發展徹底戳穿了神學的假面具，科學才開始變得跟神學勢不兩立起來。他認為在古代的科學研究，也可以按照同樣的方式進行。
當然，這樣的情況下，所謂的科學知識的這個「科學」二字，就要改名了。畢竟這些東西原本就是泊來品，在後世歷史上中國科學發展遠遠低於西方的時候，當然沒有任何能力修改「科學」的名字，只能被動地接受國外的名字。但是現在嘛，最先進的科學知識、科學實踐、科學理論都是在中國進行的，名字叫什麼，自然就要由中國人說話了。而在道家之外，儒家也有「格物以致知」的說法，為了跟風行全國的儒學相聯繫，李儼就給這個「新仙學」取了個「格物學」的名字。後來相關知識傳播到歐洲，被稱為「g乳e」學。當然這都是後話了。
（註：為了協調全書風格，從此以後，本書中的科學都被稱為「格物學」或者「格物」，技術一詞因為其翻譯和單字原含義比較符合中國傳統語法，使用原稱呼不變。）
隨著新仙學也就是格物學研究的發展，那些煉丹道士們都掌握了一定的格物學知識。但是這些知識要麼不能直接用在實用方面，要麼殘缺不全，只有幾個掌握了同一知識的不同方面的道士聯合起來才能夠重現原貌。而其中每一項知識都有一個比較關鍵的環節掌握在李儼、鍾離權、呂洞賓手中。只有極少數通過審核，絕對安全可靠的核心道士，才能夠掌握全面的技術。而那些技術的原理，更是極少人能夠瞭解。這些煉丹道士們都著迷於對物質各種性質和物質間各種看起來很神奇的變化反應的試驗和研究，沒有多少人認識到理論的重要性。實際上，這也是為什麼中國古代格物學實踐相當發達，而其理論知識卻十分薄弱的一個原因。然而這些理論知識，才是真正的格物學發展的基石。
在掌握了那麼多所謂「仙學」之後，道士們為了更快的「成仙了道」，也在李儼的號召下將各自掌握的秘方貢獻出來。理由是「仙道無私，有私者必不能成仙」。這頂帽子扣下來，再加上各種神奇現象對他們的吸引力，他們倒也又是心疼可惜又是期待的將自己掌握的一部分秘傳知識傳授了出來。這倒讓李儼得到了好幾個現代已經失傳的秘方和知識。畢竟格物學的發展是無窮無盡的。後世的現代格物學雖然在絕大多數方面遠遠超過古代，但是還是有極少數古代已經失傳的東西，就算用現代格物學也無法仿造出來。李儼得到的這幾條秘方，就有好幾個這方面的東西，倒讓李儼欣喜不已。
除了鍾離權、呂洞賓二人，其他那些加入了格物學研究核心，並得到了格物學研究理論傳授的可靠道士，都在初步掌握這些東西之後，被遣出了宮，在某些山川上隱居，等待李儼的再度徵召。這樣做的目的是為了保護他們。幾年後全國性的大亂將至，李儼可不想他親親苦苦培養出來的大唐格物學先驅，死在戰亂之中。
一頭撲在「煉丹」之上，李儼的表現，變得越來越「昏饋」了。他知道現在田令孜掌握大權，眼下又不是奪權的時候，還不如利用田令孜對自己沒有防備或者沒打算對付自己的時候，大力發展格物學，盡量多儲備那些能夠形成或者很快形成先進武器的技術。這樣一來，等到自己掌握大權，建設裝備自己軍隊的時候，就不用花太多功夫去研究先進武器了。
然而他的這種種心機，外人豈能得知？不要說別人，就連來鵠都擔心他是真的沉浸在「煉丹」、「求長生」當中了。如果不是李儼對他再三保證，只怕來鵠也會為此進諫了。對李儼有較強信心和瞭解的來鵠尚且如此，更何況別人呢？
皇帝昏庸，有人歡喜有人愁。
歡喜的，自然是那些心有異心和那些貪官污吏了。
就在乾符二年秋七月，京城一帶鬧蝗災，自東飛到西邊，遮天蔽日，所過之地盡為赤地，草木五穀皆被吃盡。然而京兆尹楊知至卻向李儼上奏稱：「蝗蟲飛入京畿地區，不吃莊稼，全都抱著荊棘而死去。」宰相們都來致賀。
李儼心中冷笑之餘，表面上卻欣然受之。不過後來沒多久，就找了個觸怒自己的小錯誤，將這個竟敢愚弄自己的楊知至下獄抄家。就連田令孜前來說情，都沒有改變偽裝成盛怒樣子的李儼的主意。說到底李儼在名義上始終是皇帝，他一發怒，還是沒有人敢明目張膽地跟他作對的。
愁的，自然就是那些忠臣。
乾符二年九月，右補闕董禹上言諫李儼沉迷煉丹，李儼賜給董禹金、帛，以示褒獎。寧節度使李侃是已故宦官華清宮使道雅的義子，因而上奏李儼為其義父求贈官，董禹又上疏對此事提出異論，其疏文有一些冒犯宦官的言語。樞密使楊復恭等人在李儼面前列舉訴說，再加上田令孜暗中做了手腳，於是在冬季十月，董禹因冒犯宦官被貶為郴州司馬。（楊復恭是楊欽義的養孫。楊欽義是唐武宗時候的內樞密，為當時極有權勢的大宦官。）
這一事件，幾乎跟後世歷史上發生的一模一樣。只不過董禹諫言的內容從「施獵太過、乘驢擊球」變成了「沉迷煉丹」而已。董禹這個人還算有點骨氣，算得上一個直臣。李儼有心保護他，卻不能做得太明目張膽，也只好將董禹的抄家下獄結果改成了貶官，除此之外也就無能為力了。
董禹之外，還有一些忠直的大臣為此擔憂。但他們地位大都不高，鑒於董禹的前車之鑒加上田令孜的滔天權勢，有心進諫卻又無能為力。
當然，這些忠臣中間地位高點的也不是沒有，那就是當朝宰相鄭畋了。為了進諫皇帝，他三番五次求見皇帝，要求皇帝停止煉丹修道，將精力放在國家政務上。不過每一次都被李儼掩飾過去，總說自己馬上就改馬上就改，但說了之後，卻依然煉丹如故。
這一日，鄭畋又照例跑去進諫李儼。連日來他見勸說無效，心中那股忠臣的脾氣就上來了，竟然直直地跪在大明宮門口，說是除非皇帝答應他改弦更張，否則絕不起身。
這一下可驚動了整個宮廷，田令孜慌忙封鎖消息，隨後親自去見李儼，目的自然就是為了在李儼面前進讒言，早日將這個鄭畋趕出朝廷。
朝廷之上，田令孜雖然一手遮天，但是卻並不是完全沒有人反對他。而所有反對他的人中，都是以鄭畋為首的。田令孜早就有心對付他，卻一直沒有機會。
鄭畋此人乃是大唐豪門，幾個大姓之一的鄭家出身，身後的錢實力極為龐大，就算田令孜也不敢輕易動他。而一直以來，李儼對鄭畋也相當看重，鄭畋曾經因為李儼整天煉丹，不聽諫言，而向李儼提出致仕的請求（致仕，也就是辭官的意思。）。但李儼只是好言撫慰，一直沒有答應。
皇帝的這種行為，讓本來有心灰意冷的鄭畋重新燃起了希望。畢竟皇帝還是很看重自己的，傳統的忠君思想加上那「士為知己者死」的傳統讀書人品德，讓他終於暫時息了致仕的念頭，轉而想一心輔佐皇帝。而他第一個要做的，就是不惜一切代價，讓皇帝明白煉丹的危害，將精力放到政務上來，好好勵精圖治，中興大唐。
於是乎，他進諫的行為變得更加頻繁，行動也變得越來越激烈起來。這一次竟然長跪在大明宮門口，揚言李儼不答應他自己就不起來。
「皇上，鄭畋竟敢在大明宮門口跪地要挾，說什麼皇上不答應他的要求他就不起來。這……這簡直太猖狂了！太目無君上了！皇上乃是九五至尊，當今天子，得天命之人！皇上要作什麼事情，那輪得到他一個小小的臣子的干涉？從前他三番五次地干涉皇上行事，皇上本著寬仁之心，沒有與他計較，這是何等的恩德！他不但不敬謝皇上的大恩德，反而變本加厲，竟然敢要挾皇上，這是欺君之罪，大不敬之罪啊！要是天下的臣子都學他這樣，個個都來要挾皇上，那皇上還是皇上嗎？那皇上還怎麼治理這個天下？要是讓這種情況蔓延開去，國將不國呀皇上！老奴懇請皇上立刻將鄭畋下獄查辦！以儆傚尤！」
將事情說完，田令孜一副慷慨激昂的忠君愛國模樣，在李儼耳邊大聲叫道，攛掇李儼將鄭畋問罪。
李儼心中冷笑：鄭畋他這樣就國將不國了，你個老奴才竟敢讓朕做傀儡，豈不該千刀萬剮？
表面上卻裝出一副憤怒模樣，喝道：「鄭畋竟敢如此作為？簡直太放肆了！阿父你先去封了宮門，朕隨後就到！」
田令孜還以為李儼終於決定處置鄭畋，心中大喜，就這樣去了。
李儼冷冷望著他離去的背影，也不耽擱，順手拿了張白紙，在上面寫了幾個字，迅速吹乾墨跡，然後將白紙疊好，藏在袖中，露出怒氣沖沖姿態，朝大明宮宮門去了。
他當然不會像田令孜想像那樣處置鄭畋，不過他也另有打算，準備借這一次的事情，給鄭畋透個底。
儘管從歷史書上他知道，鄭畋的確是一個大唐帝國的忠實擁護者。但所謂知人之明不知心，從後世來到了在這個遙遠時代，除了極少數人，他並不敢輕易地相信任何其他人。
這一次準備給鄭畋透底，是因為經過這幾年的考察，他發現鄭畋還是相當忠心的。而且在利益方面，田令孜大權獨攬之後，一方面大力提高宦官的地位，甚至做出在晉陞宦官時，採用宰相就職時才能使用的禮儀；另一方面他同時還大力打擊豪門世家勢力，從這些豪門中奪取利益，引為己用。可以說，以鄭畋為代表的豪門世家勢力，跟以田令孜為首的宦官勢力，兩者之間根本就水火不容。不但在身份地位上有著致命的衝突，而且在利益上也是有著不可調和的矛盾。
在這樣的情況下，就算鄭畋對皇帝並不是特別忠心，但是他卻不可能不為自己的家族勢力、家族利益考慮。所以即使日後可能會引發皇帝跟鄭畋之間的矛盾衝突，但是現在，他們的矛頭還是一致的。
對於李儼這個來自後世的人來說，忠心可以相信，卻不敢太過相信。但是利益之間的聯繫，在彼此的利益關係沒有發生改變之前，卻是相當牢固的。所以他根據鄭畋表現出來的忠心，以及調查得來的豪門跟宦官勢力之間的利益衝突的情報，才作出了這樣的決定。
緊跟著田令孜的腳步，李儼來到了大明宮門口。田令孜正在一旁不陰不陽的勸導鄭畋，一看就知道並非真心。鄭畋對他理都不理。
一到了門口，見到跪在門口的鄭畋，李儼刻意裝出來的怒火頓時發作，一把衝上前去，揪住了鄭畋的胸口將他提了起來。
「鄭畋！朕已經說過很多次了！朕做的事情，輪不到你管！今天你居然敢用這個來要挾朕！你可知罪！」
一面咆哮著，李儼一面刻意避開其他人，尤其是田令孜的目光，從袖口中將那張紙條掉落到了鄭畋的手中。
鄭畋本以為皇帝真的生氣了，正在誠惶誠恐的時候，不料卻見到了這個東西，頓時一愣。抬頭一看，卻見皇帝雖然表面上怒火沖天，但在眼睛裡面噴出的怒火背後，卻隱藏著一絲清明，當然，這一點不靠近了仔細看一點都看不出來。
鄭畋為官多年，久經風浪，立刻知道有異，接過紙條，立刻緊緊地攥在手裡，口中還在大聲勸諫：「皇上！煉丹長生本是虛幻之事，前朝好幾位先帝都因為煉丹爆斃，這都是前車之鑒啊皇上……」
「夠了！朕不想再聽你說什麼了！你的宰相也別做了，給朕回家好好呆著去吧！來人啦，給朕把鄭畋逐出宮去！從今以後不要讓朕再看見他！」
鄭畋自然做足戲碼，大叫著被侍衛趕出了宮門，失魂落魄地回到了家中，到了書房裡，屏退所有下人，並嚴令任何人不得打攪，這才將李儼的紙條打開。
「南方有鳥，三年不飛，三年不鳴。三年不飛，一飛沖天，三年不鳴，一鳴驚人！」
鄭畋的臉上露出了笑容。
（註：這句話來自春秋戰國時期楚莊王地典故。當時權臣掌握朝政，楚莊王裝成昏庸模樣，麻痺敵人，最後一舉消滅權臣。這句話來自楚莊王對當時一個向他進諫的大臣說的話。）