1909年9月17日，滿清朝廷正式發出退位詔書，立時震動天下。
「朕欽奉隆裕皇太后懿旨：前因廣東起事，南北響應，九夏沸騰，生靈塗炭，商輟於途，士露於野。徒以國體一日不決，故民生一日不安。今全國人民多傾向共和，人心所向，天命可知。予何忍因一姓之尊榮，拂兆民之好惡。是用外觀大勢，內審輿情，特將統治權公諸全國，近慰海內厭亂望治之心，遠協古聖天下為公之意。總期人民安堵，海宇乂安，仍合滿漢蒙回藏五族為領土完整之大中國。予與皇帝得以退處寬閒，優遊歲月，長受國民之優禮，親見郅治之告成，豈不懿歟。欽此。」
這封退位詔書的起草，徐世昌本來是要寫入龍謙的——擬由龍謙組建共和政府。但載灃堅決反對，只好作罷。另外，特意提到了「長受國民之優禮」字樣，算是為滿清朝廷爭一爭最後的待遇。
待遇如何，還要未來的當國者確認。人為刀俎，我為魚肉，滿清貴族不過是寄予一點希望而已。比如皇室的費用，比如居住地，隆裕仍想佔據皇宮，至少將頤和園給皇室。但這些要求是不能寫在詔書上的，只能等王士珍向龍謙討要了。不過，徐、段二人證實魯山大軍雖佔京師，但未入皇宮並派兵嚴密保護，總算給流落在外的滿清貴族們幾分安慰。
但次日來自東南的一份通電令天下士民再次震驚。
孫文在上海就任中華民國臨時大總統。發自上海的通電聲明，「滿清退位乃順應民意之舉，中華民國臨時政府深表歡迎。為迅速結束內戰，提議全國各黨各派立即派遣代表至上海，商討建國大業。」
孫文通電一出，立即引發了國內各派勢力的劇烈反應。正在武昌因與蒙山軍和談破裂而心憂局勢的宋教仁、譚人鳳至為不滿，這叫什麼事？蒙山軍已定北方，京師已下，南方也佔盡優勢。這時候成立中華民國，龍謙會認？這不是自啟戰端嗎？
譚人鳳直截了當地說，「此乃無謀之舉！龍謙停大兵於湖南不動，又派人來武昌商談。已是先禮後兵。上海之舉，必致無可挽回之後果！」
而停留在直隸境內的北洋諸將則有些幸災樂禍。很想看看蒙山軍將如何應對突發的態勢。孫文此舉不啻是對龍謙最嚴厲的將軍，將蒙山軍逼至了死角。這邊清室剛剛發佈了退位詔書，那邊就宣佈成立中華民國臨時政府了，蒙山軍豈能善罷甘休？
全國及世界的目光立即全部投向了上海。同時密切關注著長沙的反應，所有人都等著蒙山軍表態，想知道蒙山軍是什麼態度。
蒙山軍總部及山東、北方兩軍一直沉默著。
9月19日，進抵蒲圻、咸寧以南休整待命的南方軍部隊開始北上，這是一個明確無誤的信號，蒙山軍不理會孫文。他們決心武力平定全國了！
果然，9月20日，蒙山軍總部發出通電，不承認中華民國臨時政府及孫文的臨時大總統，這份通電很有些霸道的意味。
「蒙山軍自建軍起。十餘年間臥薪嘗膽，整軍經武，唯以復興中華為最高目標。在此目標之下，我軍願意聯合國內各黨各派，協商成立共和政府，著手制定臨時憲法並組織成立中央政府，以團結我四萬萬同胞。為實現中華民族的偉大復興而努力奮鬥。
自『勘電』發出，蒙山軍南北諸軍迭番血戰，方致清廷退位，結束統治我中華數千年已腐朽沒落之封建政權。我國初現民主共和之曙光，實賴蒙山軍之應用奮戰。武昌舉義成功，實為我南方軍對清軍武力壓迫下的順理成章之舉。為表示我軍團結各派之誠意。我南方軍停止北上，派員聯絡武昌軍政府以協商解決軍事問題，足以表明我軍之誠意。國內某政治派別未與我軍商量，擅自成立旨在竊取蒙山軍奮戰成果之全國性政府，是對我蒙山奮戰犧牲的數萬將士的極大侮辱！對此。蒙山軍數十萬將士至為憤慨！今通電全國，勒令自即日起，取消偽中華民國臨時政府！否則蒙山軍將向東南進軍，實現全國的真正統一。」
蒙山軍的通電再次引發國內輿論的軒然大波。
次日，段祺瑞、馮國璋、曹錕等北洋將領發出了支持蒙山軍協商建國的通電，正式亮明瞭北洋的態度。
同日，中華民國臨時政府發出通電，對蒙山軍20日通電痛加駁斥，聲明國內有如此局面，是同盟會十數年奮鬥之結果。龍謙竊取革命成果，首鼠兩端，毫無廉恥，不配領導全國。號召全**民站在中華民國臨時政府一邊，聲討並抵抗蒙山軍的軍事威脅，「強權永遠不能戰勝公理！孫文堅信，正義必將戰勝邪惡，中華民國萬歲！」這封署名孫文的通電以高呼口號結束。
現在，國內矛盾轉為了蒙山軍與同盟會之間。
話題要從8月10日那次導致同盟會分裂的東京會議說起。會後，陶成章、宋教仁、譚人鳳等紛紛回國，各自選定自己的目標幹起來。而孫文仍滯留於東京，籌劃建立中華革命黨。
1909年對於孫文是極為不利的一年。同盟會策動的武裝起義連續失敗，特別是失去了兩廣這個孫文最寄托希望的根據地，國內的力量喪失殆盡，而山頭滿等一直傾力支持孫文在國內奪取政權的日人也開始失望起來，認為中國局勢漸趨明朗，將來或龍或袁，絕不會姓孫了。相比之下，日本人更願意選擇袁而不是龍，因為龍謙的反日情緒比袁世凱強烈的多，若是顯現越來越強烈的德美色彩的龍謙集團上台，日本的對華政策將困難的多，其在華利或益將受到重大損失。但目前情況下，日本人還不願意徹底站在袁世凱一方驅逐孫文，因為孫文畢竟在國內有著很強的影響力，孫文這張牌還沒有完全褪色，還可以再打一打，還對日本人有用。
日本人的冷淡是一方面。更令孫文惱火的是黨內的反對聲音越來越高，特別是陶成章為代表的光復會勢力和譚、宋為代表的原華興會勢力的分離趨勢越發明顯。8月10日的會議議得到了驗證，同盟會事實上分裂了。
孫文當然痛苦。但性格堅毅的他頗有些愈挫愈奮的勁頭，思慮再三。孫文拿出的對策是改組組織，成立中華革命黨。
經他親手修訂的新黨成立宣言中頗有些封建意味的東西，「此次辦法，務在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命黨，以收完全統一之效，不致如第一次革命時代，異黨入據，以偽亂真。
為此，孫文新成立的中華革命黨要求黨員入黨時必須按指模。立誓約，願意服從孫文的個人指揮。
孫文還對建國提出了三個時期的理論，及軍政、訓政和憲政三階段。軍政階段是以積極武力掃除一切障礙而奠定民國基礎，訓政階段是以文明法理，督率國民建設地方自治。等到自治完備之後，才創製憲法進入憲政時代。孫文認為，憲法頒布之日，即為革命成功之時。在此之前，都叫做革命期。
孫文明確強調，在憲政未成之前，一切軍國庶政。悉歸本黨負完全責任。他還異想天開地將黨員分為三等，明確他們不同的權利。在革命軍未起義以前入黨的為首義黨員，他們在革命時期都稱為元勳公民，享有一切參政執政之優先權利。革命軍起義後入黨的是協助黨員，在革命期間稱為有功公民，有選舉和被選舉的權利。等革命政府成立後入黨的是普通黨員。稱為先進公民，只享有選舉權了。
對於廣大的非黨員，在所謂的革命期之內，不得有公民資格。
國內局勢如火如荼，孫文則埋頭於東京寓所制定他的革命大綱。終於。上海傳來了光復的消息，陳其美這個死忠竟然一舉成功了。而且，武昌舉義成功，譚宋二人在長江中游竟然也幹成了！緊接著，江蘇宣佈光復，民主革命意識較強的江蘇巡撫程德全順應民心，促成了江蘇的異幟。這樣，長江下游的富庶地區全部被革命黨所掌控。
這下子孫文坐不住了！他急忙找到忍辱負重一直支持他的黃興，提出回國主持大局的建議。正好，陳其美也派人來了，請他速回上海。
權力慾極強的孫文當即與黃興回國。一到上海，立刻感受到了在日本完全感受不到的火熱氣氛。那是一種天下大變來臨的氣氛，連普通人都感受得到，何況是置身其中的政治家？孫文興奮異常，立即在陳其美的大力支持下接過了最高指揮權。他要做兩件事，一是派黃興赴武昌，組建武昌軍政府，出任軍政府大元帥，控制成分複雜的起義軍，堅決與龍謙的北伐軍打到底，決不能讓其佔領武昌這個重要的工業城市及南北交通樞紐！第二件就是抓緊成立中華民國臨時中央，佔據道義的高度以號令天下！
於是，在9月3日，孫文召集了上海、浙江及江蘇的革命領袖們齊聚上海，研究對當前局勢的應對之策。上海雖是江蘇轄區，但事實已然自成一體，所以，這次會議也叫做三方會議。
在會上，主持會議的孫文提出了自己的綱領，那就是建黨、建軍、建國兩大主張。
孫文說，無數先烈的鮮血早就了今天大好的革命局勢。各省風起雲湧的**運動證明了同盟會建立民國，驅除韃虜的主張已深入人心，滿清已經完了，北洋軍也完蛋了，我們必須抓緊行動，立即以三地的革命武裝成立革命軍正規部隊，以保衛革命成果，立即成立中華民國臨時政府以號令天下。二者互為表裡，沒有大義相召，軍隊難以建立，經費難以籌措；沒有忠於革命的軍隊，革命萬難成功。所以，這兩件事要一起辦。建國之事，我責無旁貸，建軍之事，卻要有勞克強。為今之計，必須牢牢抓住武昌義軍這支革命武裝，千萬不能坐視其被蒙山軍消滅或招降。另一方面，三地要抓緊將民**隊建立起來，此事則交給了陳其美、陳炯明、許崇智、李烈鈞數人，以陳其美總其事。
陳其美表字英士。因為上海起義的成功，成為了孫文眼中的第一大功臣。會議雖然邀了浙江、江蘇乃至廣東的代表，但明確將主導權歸於自己的嫡系。
至於建黨，孫文認為同盟會已經完成了其歷史使命。而且，近年來的鬥爭證明，同盟會缺少嚴明的組織紀律（這確是事實），難以承擔領導全國完成革命的重任。因此，改組同盟會組建新黨勢在必行。建黨的原則，必須強化對領袖的忠誠，這是革命成功的最關鍵條件。這件事，孫文交給了胡漢民和汪兆銘。
一樣對全國巨變的形勢興奮不已的黃興並不在意建黨以及建國，他作為同盟會事實上的二把手，精力始終在軍事上。黃興問孫文。蒙山軍怎麼辦？我們對他們採取何種政策？
孫文堅定地說，龍謙是同盟會的敵人，他們跟滿清一樣，是阻礙革命成功的絆腳石！當然，如果龍謙幡然悔悟。同意加入我民國政府，其部接受我的領導，過去的事，可以既往不咎。龍謙反清有功，未嘗不可以在中央給予安置。
黃興似乎不贊成與蒙山軍為敵。他在軍事上的造詣雖然有限，但比孫文要強的多！黃興冷靜地指出，造成眼下局勢的不是同盟會。而是蒙山軍！以區區萬餘武昌義軍萬難抵禦龍謙的北伐大軍。為今之計，與龍謙進行和談聯合建國方是正確的主張。若是與蒙山軍為敵，只怕凶多吉少。
「克強兄！如何能挫自己銳氣，長敵人威風？」與會的汪兆銘大聲反駁，「龍謙不過是鑽了我同盟會的空子而已。總理威望著於宇內，現在有總理主持大局。海內無不望風歸順。第八、第九兩鎮新軍的起義就是明證。只要我們這邊佔據大義的高度，蒙山軍不在話下。」
「說的輕巧！」陶成章是參加了這次會議的，立即對汪兆銘的話表示反對，「蒙山軍可不只是廣東湖南的這一股，山東、關外均有重兵！山東兵既然能打敗北洋。實力豈容小覷？關外之兵已經破關而入，京師旦夕可下，其為何要接受上海的領導？我看你是癡人說夢！」
陶成章已接到秋瑾的親筆書信，秋瑾奉龍謙之命，向他轉達了龍謙對他的敬意，闡述了蒙山軍協商建國的基本綱領。秋瑾自然沒有少說自己的主張，認為蒙山軍已是一支沛然難御的強大武力，龍謙有頭腦，有手段，有氣度，完全值得我們擁戴。秋瑾的信中明確表示，龍謙歡迎陶成章及浙江革命黨加入蒙山軍為主的聯合政府。
陶成章雖然倨傲，但並非無知，他倒認為龍謙的態度不錯，至少沒有想著吃獨食，想著打清一色，這就不錯。本來陶就是地方領袖，從沒想過會登「大寶」，蒙山軍在勢如破竹的軍鋒威逼下，仍然表示出願意成立聯合政府，這就很好。
不等汪兆銘反駁，陶成章站起來說，「反清大業已成，我陶某人這些年的辛苦總算沒有白費，徐錫麟等同志的鮮血沒有白流，浙江不願與蒙山軍為敵，我贊成黃克強的意見，應當立即與龍謙和談，共商建國大業。孫先生若是執意要用武力消滅蒙山軍，恕我不能相從。」
迎頭被潑了一瓢冷水的孫文大怒，「你願意走就走，革命不缺你一個。」
上海會議最終還是不歡而散。雖然強行通過了孫文的主張，黃興出於維護同盟會團結及孫文領袖地位的一貫態度，勉強接受了赴武昌指揮武昌戰事的差事，但心情極度鬱悶。他也想離開上海，離開孫文的廣東系人馬，去前線未必不是一件好事。相比之下，宋教仁等人似乎更有共同語言。
孫文意識到武昌是當今局勢的樞紐。北方鞭長莫及，但男方卻是自己與龍謙角力的地方，所以，在黃興動身前往武昌之前，孫文與其促膝談心，力勸黃興打消與蒙山軍和談的念頭，孫文指出，我們勝在政治上的影響力，龍謙勝在武力暫時超過我們。這個局面需要時間來扭轉，需要一場勝仗來扭轉。我抓緊時間在東南組織政府及軍隊，你呢，一定要將龍謙擋在武昌之南。如果丟掉武昌——不管以什麼方式，必然導致東南人心的巨變，轉而對民國政府懷疑起來。所以，要抱定軍事上對抗蒙山軍的基本態度，讓天下之人看到民國政府的實力才行。一味的和談退讓事實上就是投降，龍謙自1906年起，屠殺了多少我們的同志？怎麼能相信他能夠包容我們？沒有了軍隊，我們這些人都將死無葬身之地！
這番話打動了黃興。
接下來孫文馬不停蹄地開動起來，在胡漢民、汪兆銘、陳其美等人的協助下整日開會，商討建國建軍建黨大業，忙得不可開交。隨即傳來京師被蒙山軍北方軍佔領，清廷出逃保定的消息，孫文愈覺時間急迫，連日催促黃興急赴武昌主持大局，黃興遂於9月9日離開上海，登上了前往武昌的江輪。就在同日，因生病暫未返回杭州的陶成章在上海一家教會醫院被不明身份的兇手刺殺，身中四槍，當即斃命。兇手逃之夭夭。主持上海政務的陳其美親自指揮了緝兇，但無果。宣佈是滿清餘孽所為，發誓要抓到兇手，為陶成章報仇。
因為陶氏素與孫文不睦，且與陳其美多有齷蹉，世人多疑是孫、陳所為，其中陳其美嫌疑最大。因為上海光復，軍警力量已基本掌控於陳氏之手，他是最有條件辦這件事的。而據醫院目擊兇案的護士供稱，兇手是兩個人，操浙江口音，其中一人消瘦清癯。聞者認為面貌酷似陳其美結義兄弟蔣志清。但此事只是傳聞，兇手已逃之夭夭，案子也就懸了下來。但陶成章斃命上海，卻沒有達成浙江與所謂臨時政府的緊密合作，反而進一步導致了浙江勢力與同盟會的分離。
待滿清正式發出退位詔書，孫文認為時機已至，立即通電成立中華民國臨時政府並出任臨時大總統。發出的第一道「總統令」便是委任黃興為武昌軍政府大元帥，全權負責武昌軍政。
國內局勢再次為之一變。
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