得知高傑橫死的消息之後，當時的閣督史可法確實相當悲痛。他親自趕往高軍營中去做善後工作，立高傑子為興平世子，外甥李本深為提督，胡茂禎為閣標大廳（即中軍），李成棟為徐州總兵。
而高傑妻邢氏耽心兒子幼小，不能壓眾，她知道史可法沒有兒子，提出讓兒子拜史可法為義父。這本來是史可法增進同高部將士感情的一個機會，然而史可法卻因為高部是「流賊」出身，堅決拒絕，命高傑子轉拜提督江北兵馬糧餉太監高起潛為義父。由此可見，史可法的偏見之深和不通權變。
之後，因為左良玉叛亂，黃得功的部隊被調到長江以南的太平府（府治在當塗，轄蕪湖、繁昌三縣），這才讓高部得以喘息。在邢氏的一番努力之下，高部人馬終於收編的殘留的許定國部，並就地募兵，擴軍至近五萬。
不過到了這個時候，高部對南明不說是陽奉陰違了，他們對南明的其他各鎮兵馬的虎視眈眈，已經是防備異常。所以等到大平軍出兵，他們就在邢氏的主持下，也毫不猶豫地歸順了張彪部，其餘的一些高部人馬，更是早就歸降了南下的遲明部了。
而邢氏此人，正是李自成的前妻，她與李自成這對前夫妻，正是這個時代的一對傳奇啊！
所以在這樣的情況之下，整個長江以北的大股南明軍，幾乎全部歸順於大平朝。出兵是如此順利，讓周巡、薛勇、張彪、遲明等軍將都是為之咋舌。而南京已經變成了一顆熟透了的果子，就等著大平軍去摘取了。
直到此時，大平朝廷見木已成舟，吳世恭諭令大平軍出兵的聖旨才傳至南方諸軍之中。同時，吳世恭封遲明為浙江將軍、張彪為南直隸將軍，在周巡的總指揮之下，共同指揮南征戰役。
而薛強就被封為河南將軍。保住大平朝在河南、湖廣的控制區，並主持內部的治安、剿匪。就在這樣的情形之下，遲明的東路軍率先施行了渡江戰役。
在左部叛軍進逼池州，遲明的山東軍又大舉南下的危急關頭。弘光帝發出了「上游急，則赴上游；敵急，則禦敵」的旨意。不過這樣的旨意，完全就是頭痛醫頭、腳痛醫腳，處於一種被動局面。
弘光君臣其實都明白：無論集中兵力對付任何一方，南京都有陷落的危險。因此，他們暗中已作了擁兵出逃的準備。
而當揚州失守，史可法殉難的消息傳到南京，弘光朝廷頓時陷入一片驚惶失措之中，朱由崧等人開初還對長江天險寄於希望。可是在閏六月十一日。遲明的東路南征軍進抵長江北岸，十九日，遲明命南明降將張天祿等部，於黎明時分在瓜州以西十五里處乘船渡江，在金山擊敗南明防江水師鄭鴻逵軍。隨即登上南岸，佔領鎮江，後續東路征南軍先後渡江。
閏六月二十日，弘光帝僅同內閣大學士和少數宦官商議後，連朝廷其他公卿大臣也不告知，更不作任何部署，就在凌晨離城出逃。
天亮以後。南京城內的官紳軍民聽說皇帝和首席大學士已經逃走，立即亂成一團。一些官紳擁入獄中，把自稱「崇禎太子」的少年請出來登武英殿即位，年號仍稱崇禎十七年。然而，南京守備勳臣忻城伯趙之龍為首的勳戚大臣卻決定降平，派人前往大平軍營接洽。
二十日午後。大平軍先鋒數十騎直抵洪武門外，忻城伯趙之龍、保國公朱國弼繼降表由城牆上縋下往清營接洽投降事宜。
二十一日，遲明率東路征南軍主力進至南京城外，趙之龍、朱國弼同魏國公徐久爵、隆平侯張拱日、大學士王鐸、蔡奕琛、兵部尚書阮大鋮、禮部尚書錢謙益、左都御史李沾、司禮監秉筆太監盧九德等三十餘名高官顯貴大開城門，出迎於郊。在大平軍進城搜索警戒後。多鐸於二十三日進入南京。金陵城落入到了大平朝手中。
在上已介紹，按明朝永樂以後的兩京制度：在南京掌握實權的三個人是南京兵部尚書、守備南京勳臣、鎮守南京太監；其他勳臣和六部、都察院大臣不過虛有其名。
而當弘光帝逃亡之後，遺留在南京城的，無論是臣武將，還是勳貴太監，都像是牆頭草一般地隨風而轉，百官爭投職名以求用。看看其中幾位以後的經歷：
那個假太子：他被押赴北京城後，吳世恭下令將其與真太子朱慈烺一起送至鳳陽守陵。著實玩了一把黑色幽默。不知道這真假太子在鳳陽相遇時，會否上演全武行？
侯恂：在吳世恭再三相邀之下，侯恂都不肯赴京入閣。他以年老體弱為由回歸德養老。為此，吳世恭召其子侯方域入京，任東宮老師，後侯方域在薛呈麟即位之後入閣為相。
阮大鋮：他與王鐸、蔡奕琛、錢謙益等人都入了新朝內閣。後其連任四屆，一直為內閣宰相，但也一直未成為首輔和次輔，堪稱穹源朝的不倒翁。
錢謙益：在吳世恭再三相邀之下，赴北京城入閣。不過在一年後辭官回金陵城隱居。
劉宗周：屢召不出，一直在江南教書。後穹源朝在南京設立金陵大學，劉宗周才出任金陵大學之祭酒。
而在閏六月二十日夜間，朱由崧等人逃出南京後，原來的意圖是避往浙江杭州。不料途經溧水縣時遭到當地土兵的攔截搶掠，混亂之中，勇衛營兵擁簇著弘光帝奔往太平府（府治在當塗），可太平府官不知道是怎麼回事，閉門不納，又轉入蕪湖投靠靖國公黃得功。
東路南征軍的統帥遲明得知弘光帝出逃，自然不肯放過。進南京後即命剛剛投降的劉良佐率領部卒充當嚮導，領兵經太平追至蕪湖。
在劉良佐招誘之下，加上大平軍重兵壓境，黃得功部下將領田雄、馬得功決定降平。可黃得功不知軍心已變，把劉良佐派來招降的使者處斬，引兵出戰。
七月初
四日，叛軍趁黃得功不備，暗中猝發一箭，射中黃得功喉部。自知重傷難以逃脫的黃得功自刎而死。而弘光帝被田雄等活捉獻給大平軍中。
南明弘光朝滅！