肅清行動第一天結束，長安城被扣押的普通教民有數千人之眾。劉愈把京兆府、六防司以及三司的官員召集起來，做一日後的總結感想，這些官員基本只有一種表示，就是事態之大超出他們的預料。
各牢房才一日已人滿為患，各種栽贓舉報屢見不鮮，城中居民有得罪人的，生怕被人舉報為教徒，落下牢獄之災。在這年頭，進過牢房就好像走一遭閻王殿，百姓心中懼怕，打死都不願進牢房。
劉愈聽了下面的匯報，覺得是時候調整一下戰略，把網先收緊。
「明日，將牢房內所關押的普通邪教教徒，登記造冊後釋放，對一些傳教者，仍舊關押，等朝廷進一步指示。」
等官員都離開，劉愈估摸了一下，現在整個長安城中教民數量不在少數，若這次事情處理的不好，會演變成一次大規模的暴動。長安城中也有不少的逆黨人員，他們也在等起事的機會。
劉愈回到內廷，本來想好好休息一晚的劉愈，一夜卻被打擾了多次。主要因長安城內發生了一點小的動亂。
李糜作為總防司衙門統領，兼兵部尚書，當晚可說是非常緊張來皇宮求見劉愈。劉愈在得知後開始並未理會，覺得城中有小亂也可理解，不過李糜一而再地找人進內廷傳話，也讓劉愈感覺到問題的緊要性。
連覺都沒睡好，劉愈的心情也不佳，等他到了雅前殿。發現除了李糜。還有右相韓升也在。
「到底外面到何等嚴重的地步？」劉愈看了李糜臨時的奏本。並未全信上面所寫的內容，到雅前殿裡，便劈頭蓋臉問道。
李糜道：「城中到處有人放火，搗亂，也有盜匪夜間行動，還有趁機殺人搶掠者，長安城內一片風聲鶴唳。」
「京兆府……王府尹呢？」劉愈看了下四下，沒見王虎的身影。
李糜道：「王府尹在外帶著衙差到處奔波。城中尚有火龍隊在四下救火，六防司衙門也在幫忙救火，城防懈怠，怕會被外人所趁……」
劉愈畢竟沒到皇宮外面去，不知外面混亂到了何等狀況。劉愈看了看一邊的韓升，問道：「韓相所為何事前來？」
韓升神色凝重道：「四皇子和五皇子母子……今夜被發現死於囚所……」
劉愈先一愣，再轉過頭看著韓升，驚訝道：「都死了？怎麼死的，商量好的？」
韓升無奈搖搖頭道：「似是被人所殺。」
劉愈心中有些惱怒，現在亂黨的人要刺殺一些朝廷中人。目標卻非劉愈和身邊的嫡系政要，因為這些人身邊保衛緊密。反倒是那些曾經落罪的皇子，因為本身就被看守著，朝廷沒去過於理會，才會令其被殺。
「這倒是挺狠毒。」劉愈道，「把幾個皇子，還有李貴妃一殺，屎盆子全扣到我身上來了。韓相，你去看看，順帶加強對其他居住在長安城內蘇家皇子和公主的保護，務求不能再出半點意外。」
韓升領命，連夜去安排，而李糜仍舊留下，在等劉愈進一步安排。
劉愈讓李糜跟著他進雅前殿內，才站定，王虎便在外面求見，劉愈讓王虎進來，此時的王虎灰頭土臉，像是剛被人搶劫，又掉池塘裡剛被撈出來。
「怎麼個狀況？」劉愈問道。
「先生，您快出去坐鎮，學生……學生快撐不住了。」王虎累的夠嗆，一到雅前殿，身上一股惡臭伴著燒焦的味道，令劉愈覺得刺鼻。
經過王虎的解釋，劉愈才大概瞭解了城中的狀況。基本跟李糜說的一樣，城中到處都有人在鬧事，有教民，也有三教九流跟著鬧事的人，燒殺搶掠，整個長安城內都不得安寧。王虎和京兆府幾百名衙差，跑斷了腿也無法兼顧整個長安城的混亂，只好跟李糜一樣跑來找劉愈求助。
「城中戒嚴情況如何？」劉愈聽完王虎的講述，問道。
「先生，若是戒嚴有用的話，何至於到如此地步？」王虎一臉頹喪道，「您就快點發威，治治那些暴民，只有如此，京城才不至於混亂。」
王虎對劉愈還算崇拜，他覺得劉愈只要出手，一定能穩定大局。
可現在劉愈除了調軍隊進城這一途，沒別的辦法。在調哪支軍隊上，劉愈思考了一下，長安城兩大營因為本身建制問題，並非他嫡系，如今最好是調新軍入城。
劉愈馬上下達手令，讓霍病連夜出城調兵，新軍從東門和南門入城，全城戒嚴。
如此一來，長安城回到了軍事高壓狀態，這也是劉愈趕蘇彥下台時候所使用的方法，就是以武力暫時將長安城的混亂壓制下來。等軍隊把守了城中各處街口和要隘，再派京兆府衙差和六防司的士兵挨家挨戶去盤查三清教的教徒。
這種軍事高壓姿態不會像年初一樣只持續一個月，在徹底剷除三清教之前，這種狀態會一直存在。劉愈也決定，一切政令的實施都配合著武力的行動，同時調一批駐紮在外地的新軍入關中，謹防三清教的人利用政治關係圖謀篡位。
李糜和王虎聽到劉愈所下的命令，便知道長安城風花雪月的好日子到頭了，現在朝廷要拿三清教開整，這就好像一場沒有兵戈的戰爭，誰更狠誰就能笑到最後。等劉愈安排完，對王虎喝了一聲：「出去辦事，沒平息好城裡的騷亂，連覺也別想睡！」
王虎悻悻然出皇宮，堅守自己的崗位，而李糜則要代表兵部跟劉愈商談軍隊入城後的一些安排。
到後半夜，新軍開始分批次進城，從東、南兩個方向進駐到城裡的街口，接替原本京兆府和六防司衙門戒嚴的職責。
這次負責帶兵進城的是霍病，劉愈也是有意如此安排。霍病雖然衝動，但這次軍隊進城要的就是他這股衝勁，在戒嚴之後，任何趁著混亂鬧事的人，一律可就地格殺，夜晚除非要看病生孩子，又或者有官家路引，否則一切後果，百姓需要自負。
軍隊一入城，在城中少數地方發生一點小衝突之後，長安城基本也安靜下來。軍隊畢竟不同於京兆府和六防司，軍人不慣毛病，拿著人不會往衙門裡塞，被抓著的不用問到底是主使還是從犯，一律格殺，只要殺幾個，剩下那些也就怕了，出來挑事的渾水摸魚的一看情況不對，就趕緊散去，就算是回不了家的也趕緊找個地方藏起來，被抓著小命就沒了。
到快天明時，劉愈仍舊在雅前殿內等候消息，從各方的反饋來看，長安城中已經大致安定下來。
雖然軍隊進城能很快平息事態，但後續問題也就跟著產生。等天明後，長安城中居民的普通生活無以為繼，朝廷接下來的戒嚴，會令整個長安城進入長時間的大蕭條。
等天命，尚書檯的官員，包括韓升、隋妤和柴錦等大小官員到齊，劉愈開了個臨時的會議，主要交待了此事。
因為朝廷連番對外開戰已經結束，錢糧方面已經不是特別緊張，劉愈準備在城中暫時開放不少的地方為粥場，一者是為賑濟困難百姓，再者是為了防止城中因為這次事件而造成普通百姓流離失所。劉愈讓隋妤負責此事，嚴查上下中飽私囊的問題，一定要令長安城中居民能安定下來。
同時，劉愈還準備了一整套的措施，用以防止一些突然情況的發生。在開市交易方面，劉愈沿用了上次全城戒嚴的經驗，在城中幾個重要的地點，每日開放一個時辰用來易市，為了防止不法商人對一些日用品囤積居奇，劉愈也讓隋妤安排商貿司，在市場上出售平價的日用品，柴米油鹽醬醋茶，只要負責好這七件事，城中百姓大致便可安定。
把事情交待好，尚書檯的人也趕緊下去安排。隋妤單獨留下，跟劉愈商議了一些文武接洽的事宜，因為現在軍隊入城，長安城中事務很多要以軍事為主，朝政也暫時要服從於軍事的安排，所以隋妤希望劉愈能開闢一個渠道，令朝廷能跟入城的武將有一定的協調。
「此事我會交給兵部來辦理。」劉愈點頭道，「你先去做你的，回頭會把消息帶過去。」
隋妤離開，劉愈沒有馬上召見過來請見的一批大臣，現在長安城內不管是誰，都在自危，連官員進皇宮打探消息的也不在少數。劉愈先是做了一下人員上安排，把一直在禮部形同賦閒的隋乂，調到兵部去幫李糜的忙，在官職上，劉愈讓隋乂暫代兵部侍郎。而他真正的職責，卻是負責城中京兆府、商貿司、朝廷及六防司衙門跟進駐長安城軍隊的溝通，並將一切消息轉達到劉愈這裡。
等劉愈把隋乂叫來，把差事一安排，隋乂吸口涼氣問：「是不是……太複雜了些？」
「沒多複雜，你現在的職位緊要，另外我會派一批人手給你，讓他們幫你做事。這幾天你也用心做事，等事情結束，給你封侯拜相都行。你可要用心了。」
劉愈畫出一張很大的餅，雖然是虛無的，但這招對隋乂很好使。隋乂在禮部半年多來悶也快悶死，他是閒不住的那種人，憋了這麼久，巴不得大幹一場。(