正當星際聯邦為突然出現的自由同盟惶惶不安時，為了穩定民心，聯邦高層又爆出了一個更驚人的秘密。在銀河系遠離聯邦，與同盟正好處於反方向的地方，另有一個輝煌無比的國度——銀河帝國。它所擁有的力量，完全可以保護聯邦不受任何侵害。
公元前2000年，當天狼星人科技又一次獲得了突破，實現超光速夢想時。由於擔心受到眾神的非議和打擊，波塞東立法不准將此項技術實用化。天狼星人的科技日新月異，所能掌握的力量越來越強大。並通過星際探索和移民，將觸角伸得越來越遠。許多神靈跑到恩美雅，向波塞東施壓，要求他限制人類的科技發展。甚至建議他毀滅這些人類，重新再造。波塞東一直頂著巨大的壓力，他也明白此時己方的實力太弱了。真的和眾神鬧起來，將會是當年亞特蘭蒂斯事件的重演。但一味限制自己下邊人類的發展，也是十分不利的。如果將來有一天，真的惹來某些強大神靈的進攻，沒有實力就會遭到毀滅性打擊。波塞東經過認真思考，做出了一個大膽的決定。在銀河系與這邊相隔很遠的地方，另外發展一個勢力。做大做強，以便在危急關頭，發揮決定性的作用。在眾神的眼皮底下發展勢力是不合適的，波塞東也深諳「韜光養晦」之理。
波塞東派出一支秘密艦隊，也是利用蛙跳的方法，來到一個離聯邦及眾神領地極遠的星系，扎根發展。最初幾百年內，聯邦將許多優秀的人才暗中送到了那邊。由於聯邦內部各星系人口流動性比較大，高層巧妙地將失蹤人口掩飾掉了。在那裡，任何科技研究都是合法的。因為波塞東也希望那裡能夠培育出銀河系最強大的勢力。否則的話，天狼星人的明天，很可能就是亞特蘭蒂斯人的昨天的重演。這是波塞東一直以來的心病。畢竟在亞特蘭蒂斯經受的教訓實在是太深刻了。
經過三千年的發展，那邊出現了一個強大的存在——銀河帝國。eva技術早已被研究得登峰造極。成年人都可以接受超級化改造，變成與神一樣的存在。所以它又是一個遍地是神的國度。因為「人神統一化」這個特殊性，它沒有採用如同聯邦的政治制度，而是實行了神界常見的帝制。奉波塞東為天帝，實行典型的君主立憲制。因而它被聯邦冠以「銀河帝國」的稱號。
其實人改神是一項難度極大的科學技術。以往人體基因改造，功能增強，都是基於物質層面的，以提升細胞能力，最大發揮潛能為目的。而人改神需要另一種形式的突破，主要基於能量和精神方面。大能之神，與人類和初級神靈相比較，最顯著的特點是，脫離了**的束縛，是以巨大能量的形式存在的意識精神體。當然也可以根據需要，變化出一具**，依附其中，以此示人。
當神體內的能量強大到一定程度時，**是遠遠不能承受的。所以會導致**的毀滅，而元神則會受到強化。物質形態徹底演化成能量形態。像這種神就有一個特點，如果僅僅**受到重大創傷，是不會死的。比如說，被刺中心臟、砍下頭顱。而人類和低級的神靈就不行。神一旦強大到一定程度，可以將能量轉化為物質，憑空創造物體。也就是神話中經常出現的用精神力製造萬物。
在機器中，用逐漸增大的能量強化細胞，淬煉元神。到一定程度，毀滅**，只留下強大的精神形態。技術只能將人改造到一定水平，而實力的繼續提升，需要靠自身的悟性和努力。銀河帝國出現了不少實力出類拔萃的神靈，強大到了可以自由移動行星，將之置於恰當的軌道，使之適合普通人居住。所以銀河帝國的宜居星球數到達了56顆，遠超其它勢力。
在帝國，普通應用科技的研究也沒有停下腳步。超光速飛船的最高設計速度達到了光速1.8倍，可以進行每次100光年內的長距離跳躍。當然這邊的大能者還是喜歡自己飛行，穿梭於各個星系之間。像一條條彩色的光帶，在太空中疾掠而過。
波塞東將帝國公諸於眾，也是經過慎重考慮的。他一直以來懼怕眾神輿論的壓力，但現在形勢又起了變化。帝國的實力已經非常強大，足以應付潛在的敵人。自由同盟的出現，相對緩和了這種壓力。而且當需要兼顧兩個方向的威脅時，眾神的注意力會得到分散。
波塞東這些年專心發展帝國，對聯邦的實力已經不是很看中了。聯邦差不多成了一個幌子，主要用於對眾神的戰略欺騙。聯邦內部嚴格封鎖關於帝國的消息，絕大多數人都不知道帝國的存在。為了防止洩露秘密，聯邦頒布了宇航禁令，限制各種私人形式的宇宙探險。官方也基本上不再向聯邦外圍繼續探索，整個星域開發計劃都停滯了。
公元前77年，由無人探測器發現的美雅斯星球，基本上已經是這種探測器所能達到的極限距離。從此之後聯邦再也沒有發現新的宜居星球。聯邦的宇航禁令及超光速、空間跳躍等科技研究的限制，也使得自由同盟非常安全，一直沒有被發現。