聖武殿上，林啟榮宣讀完整編章程之後，蕭雲貴緩緩站起身說道：「通過這次整編，還要裁汰一批老弱之兵，裁汰下來的一部分有資質的可以留任講武學堂，一部分配到刑部警察司充任地方警察，還有一部分分流到鄉兵司。整個西殿兵馬本王希望通過整編能保持在三個軍九個師十三萬人之內。」
聽到軍隊要縮編，在座的將軍們沒有出聲，反倒是王闓運有些不解的問道：「西王殿下，將人馬縮減到十三萬，將來咱們還要打蘇北、福建，江西那邊也還需要增兵，會不會兵力太少了？」
蕭雲貴微微頷首道：「壬秋精於政務，可能不清楚軍中之事，這次整編之後，西殿兵馬每一個將士都要用上火槍，西殿兵馬將變成熱兵器軍隊。熱兵器軍隊和冷兵器軍隊不同，熱兵器軍隊更加看重後勤保障，而不是像冷兵器部隊那樣注重人數優勢。所以我西殿要養十三萬之巨的熱兵器部隊，正所謂大炮一響、黃金萬兩，今後咱們西殿兵馬作戰，那銀錢就跟流水一般花出去。要不是本王佔了蘇褔省這富庶之地，還和洋人做著生意、收著關稅，本王也不敢想養這麼多的火槍兵馬的。況且清妖的兵力也不怎麼充裕，十三萬兵馬眼下也夠用，等打下福建、廣東、江西等地再擴充兵馬也不遲。而這十三萬兵馬整編之後，便是西殿攻城略地的野戰之軍，至於今後地方上的治安、防務，除了險要之地外，各大郡縣本王不打算派駐太多的野戰兵馬，地方防務和治安交給鄉兵和警察便可，如此就不會佔用太多的精銳兵馬守城。十三萬兵馬，盤算、盤算還是夠用了。」
王闓運明白過來。當下點點頭道：「西王所慮甚是。」
蕭雲貴站著輕輕敲了敲桌案環視眾將一眼道：「還有不清楚的嗎？」
眾將異口同聲的道：「沒有！」
蕭雲貴滿意的點點頭沉聲說道：「這次整編關乎未來西殿大軍武運，甚至關乎天國國運。整編章程即是軍法，本王坐鎮上海，看著各部整編，左相和李開芳坐鎮蘇州策應，各部接令後即行。但有拖延時日著，按軍法從事，本王不管他是誰，也不管他從前立過多大的功勞，但犯我軍法者，一律從嚴懲處！絕不姑息！」
西王的威嚴和決心讓在座的將領都是心中一凜，一起站起身來。齊刷刷的敬了個大聲道：「保證完成任務！」
會後蕭雲貴和各兵科、司部的中外教官、學員都一一單獨見面詳談，對各兵科、司部提出了一些新的建議和要求，同時也算認識了一下講武學堂內的人。
當天下午第一批駐守上海的林啟榮部太平軍便開到了講武學堂外紮營，其餘地方抽調的整編部隊也都在未來三天內陸續到達。
隨後便開始了為期三個月的整訓和重新編組。新編第一師仍由林啟榮指揮，新編第二師則由周立春指揮。潘啟亮、陳阿林、黃威、黃德美等小刀會、青浦義軍將領則充任新編師的旅長、團長等職位。林啟榮部下太平軍將領如陳知命、李天熙等也出任新編師的旅長、團長等職。
整編章程還附粘了整編後軍隊的新稱謂和新軍銜制，和後世一樣。普通士兵分為列兵、一等至三等兵四個軍銜，士官分為上中下三級，尉官分為上中少三級，校官也分為上中少三級，將領分為準將、上中少三級，最上面是大元帥。
蕭雲貴當仁不讓的自加了一個西殿大元帥的名號，加個大元帥的名號不算什麼。他那長得不能再長的封號裡經過天京方面的文飾和加上的大元帥頭銜已經變成：傳救世主天兄基督太子聖旨聖神上帝之雨電右弼又正軍師西殿大元帥頂天扶朝綱西王蕭朝貴。
其餘將士們也沒有太過在意這個軍銜，蕭雲貴也沒有廢除天京方面還在用的檢點、監軍等名稱，雖然在西殿官吏中，天國這些舊時的官爵早已經被蕭雲貴變成了虛銜，但蕭雲貴還是沒有廢除它，畢竟西殿的官還是要向天京報備的，沒有這些虛銜還是很麻煩，而且天京那邊也不明白一個少校是多大的官啊。
與天國舊時虛銜官爵不同，西殿這套軍銜卻是實打實的好處，按照不同的軍銜，你享受到的待遇也是不一樣的。天京那邊因為開始擴張、擴兵的緣故，天王、東王等王爺們為了籠絡人心，那官爵也是大加派送，如今在天京可謂是檢點滿地是，監軍不如狗。聯想到後期天國一口氣居然封了兩千七百多個王爺，那就更加可怕了。
所以蕭雲貴在沒有廢除天國舊官爵的前提下，把新軍銜當成實銜來封賞給將士們，並根據新軍銜來定將士們的軍功和待遇。如今是戰亂年代，戰功漲得很快，這也就意味著軍人升職的機會很多。從前西殿也出現過尷尬的事，就是將士們的戰功很大，個個升職都很快，而天國舊爵從低等的聖兵開始到可以領數百兵的旅帥不過四個級別，也就意味著打幾個大勝仗下來，一大批將士升職之後，一支兵馬中將官很多，而兵卒很少。也曾經出現一旅之內士兵只有不足百人，兩司馬以上的將官卻有三百多人。
這種局面會讓將士們覺得這官爵來得容易，久而久之便不太珍惜了。而新的軍銜制就不同了，光士兵的等級就有四個級別，熬到一等兵需要立多少軍功也是有明文規定的，而就算你熬到一等兵卻也還是一名士兵，要升上士官就更加不容易了。這就讓西殿太平軍的軍制更加趨於合理，而不是像從前那樣封到後面無官可封搞出幾千個王爺來。
除了軍銜制外，兵部還修訂了《蘇褔省徵兵制》，明確了西殿是徵兵制和募兵制並軌實行的。這次經過整編之後的將士都算是募兵制下的常備職業軍人，經後西殿野戰軍就是一支職業軍人組成的軍隊，他們的薪俸、糧餉都是西王府提供，也就意味著他們成了西殿的兵馬，這也打破了聖庫供養的情況，士兵們也可以有私產了。
而徵兵制則是針對鄉兵制定的，鄉間村坊的青壯凡是年滿十八歲後，就有加入地方鄉兵部隊服役三年的義務，三年後退伍，回地方務農。但每地的鄉兵都有一個限額，也不一定所有十八歲的青壯都能當上鄉兵。
蕭雲貴之所以選擇募兵制和徵兵制並行，是因為現在太平軍還沒有取得天下，而且列強還在虎視眈眈，他需要常備軍隊來作戰。雖然募兵制將來可能成為國家沉重的負擔，但蕭雲貴相信等到取得天下，列強的威脅也降低的時候，再改為徵兵制，這樣就不會有什麼大問題了。
此外西殿兵部還頒布了《傷殘捐軀將士照養章程》，西殿將士們傷殘之後，西王府也是一樣的照養，同時會安排傷殘將士就業。捐軀的將士除了得到撫恤金之外，西王府還能分家屬二十畝土地。這些都是職業兵能享受的待遇，而鄉兵因為是義務兵，能享受的待遇就差了一些，但傷殘捐軀之後也同樣有保障。
最後就是兵部頒布的《西殿榮譽爵位章程》，這個章程裡規定的則是爵位和一些榮譽稱號和榮譽勳章的種類，以及獲得勳章後可以享受到的待遇。爵位蕭雲貴依然採用了公侯伯子男五等爵位來獎勵有功之人。稱號當中有羽林衛、禁衛軍、虎賁烈士等等軍事性的榮譽稱號，也有太師、太傅、太保、上卿、少卿等文事性的榮譽稱號。勳章則是以漢家一些著名人物為名的勳章，如霍去病勳章、岳武穆勳章等等軍事性勳章，也有如班超勳章、張良勳章等等文事性勳章。值得一提的是各行各業都有勳章，這些勳章是用來表彰各行各業湧現出來的人才，反正古代漢家各行各業有的是名人，直接用名人命名勳章即可。比如工匠們的勳章叫魯班勳章，大夫們的勳章叫扁鵲勳章等等。
爵位和榮譽稱號一旦獲得，按照等級西王府會每年給予獎金或者其他免稅政策，而勳章獲得則是一次性獎勵一筆錢財。這個手段更加豐富了獎賞功勞的手段，不像之前太平軍中人人都是在聖庫吃大鍋飯，有功勞了大家都加官進爵，手段比較單一。這個章程頒行之後不但刺激了軍隊的榮譽感，也大大刺激了各行百業人等的上進之心，歷朝歷代何時明文規定會獎勵辛苦的工匠、大夫等三教九流的人物？
此令頒行之後，蕭雲貴也直接便用，封賞了一批能臣舊將，不少跟隨蕭雲貴的老將們被封為子爵、男爵不等，榮譽稱號也是發了一批，蕭雲貴更加許諾，整編結束後，有突出功績的會頒給第一批的勳章，蕭雲貴為了盡快完成整編，不介意下一陣勳章雨。
蕭雲貴選在這個時候頒布各種和軍隊有關的保障條令，也是本著打一個嘴巴，安撫一下的原則。讓軍隊看到整編後可以拿到的好處，同時也用爵位安撫了一大批能臣舊將，讓整編之事能更加順利的進行下去。