衡陽城西南二里有花藥山，此山又命岳屏山，傳說東晉時有黃、葛二仙在山上煉丹。花藥山下，有南宋寶祐五年始建的光孝報恩寺即花藥寺，寺廟莊嚴、雄偉、清幽雅靜，為當時衡陽四大佛教叢林之一。寺西有春溪井，水清澄碧，倒現寺上鍍金雕龍，水波蕩漾，龍形時隱時現，若有若無，譽為「花藥春溪龍現爪」，亦是衡陽八景之一。
但此刻花藥山和花藥寺的寧靜被打破了，上千名頭裹紅巾的太平軍將士衝入了這裡，佔據了花藥山和花藥寺，山頭上本來有五百清軍駐守的，在清晨的薄霧中，他們被太平軍追殺、驅趕，留下上百具屍體之後，餘人一路逃回了衡州城。
當蕭雲貴帶著左宗棠和百餘名親衛趕到花藥山之時，山頭上前鋒軍已經豎起了奉天誅妖的杏黃大旗，大旗之下十餘門劈山炮正噴吐著火焰，轟擊衡州城外的清軍營砦和據點。
隆隆的炮聲中，蕭雲貴站在花藥山最高處望去，只見衡州城坐落在湘江西岸，狹長如一條玉帶，城南一片已經完全暴露在太平軍的炮火之下，城南一帶民屋廬舍毀損了不少，城外尚有不少清軍驚慌失措的要進城去，但城門死活不開。
「待會兒把千斤大炮運上來，繼續炮轟城南，號令前軍林鳳祥、林啟容部準備趁清軍大亂攻城，後軍吉文元、朱錫能部以花藥山為要地，在城南築營壘，聯結東洲島浮橋。」蕭雲貴將命令傳下後，望著左宗棠笑道：「先生真是奇謀妙算，攻下衡山縣後，便讓我軍中路和左路軍才衡山縣東渡湘江，從湘江東岸沿流霞鎮、大浦鎮迅疾南下，清軍只道我們會順著衡山縣到衡州的官道南下，注意力都集中到了北面，卻想不到我們會玩個燈下黑，從灣塘南面的東洲島打過來，西渡湘江，往城南攻城。」
左宗棠淡淡的說道：「左某乃是湘人，此間地理當然爛熟於胸，待會兒城南攻城開始之後，希望北面的左路軍也能趁勢奪取青草橋，攻打北門，這樣才能讓清軍首尾不能相顧。」跟著他頓了頓，有些猶疑的說道：「但城北有衡州石鼓書院，毀於戰火未免可惜了。」
左宗棠這已經是第三次在蕭雲貴耳邊嘮叨石鼓書院之事了，這石鼓書院建於唐代衡州石鼓山，故而得名。宋代太平興國二年，宋太宗趙匡義為賜「石鼓書院」匾額和學田。宋太宗至道三年，州人李士真請求郡守在這裡建立了正式的書院，招收生徒講學。宋仁宗景祐二年，曾擔任集賢殿校理之職的劉沆，在衡州任知府。這時，他將石鼓書院的故事上報給皇帝，宋仁宗閱後，便賜額「石鼓書院」。由於石鼓書院「獨享」兩度被宋朝皇帝「賜額」的殊榮，而步入石鼓書院的「鼎盛」時期，成為當時與睢陽、岳麓、白鹿洞齊名的宋朝四大書院之首。
時至清初，經略大臣洪承疇揮兵南下攻打南明，將石鼓書院作為軍事指揮所。同年偏沅巡撫袁廓宇上奏清廷，申請重建石鼓書院，衡陽縣知縣余天溥具體負責修復工程。此時，山上建有合江亭、禹王碑、武侯祠、大觀樓、會講堂、忠節祠、七賢祠等建築。石鼓書院為清政府允許恢復的第一家書院，這一時期，書院科舉化，石鼓書院成為傳授舉業、培養科舉人才的書香之地。
蕭雲貴沉吟片刻道：「左先生，這石鼓書院據你所說乃是滿清入關之後恢復的第一所書院，便是代表著滿清奴性儒學的根基所在，就算毀了也罷，本王答應你，將來我們會在這裡再建一所書院，恢復宋朝時候那樣的書院，也是我們漢人自己的書院！裡面教授的是我們博大精深的漢家儒學，是真正的經世致用之學，而不是頑固不化的八股文！一切滿清強加或是篡改的東西，都只有破而後立，方才能恢復昔日之觀！」跟著看了看左宗棠已經剪掉的辮發，微微一笑說道：「我們能剪掉有形的辮發，但兩百年來，心中的辮發又能否去掉呢？」
他的這句話乃是脫胎於《建黨偉業》中辜鴻銘所說的話，眼下太平軍要打破舊世界，推翻滿清，重建漢家王朝，其實最大的障礙便是人們心中的辮子。石鼓書院就像一面滿清儒學的旗幟那樣，和頑固的思想一直深入人心，就算左宗棠剪掉了辮子，但他意識之中，還是潛移默化的擔心起石鼓書院的前途，所以蕭雲貴特意說了出來。左宗棠聽了之後，果然心中一凜，低頭思忖起來，口中不時喃喃念道：「有形的辮子，無形的辮子？」
蕭雲貴也不打擾他，以左宗棠的才智，這個問題得由他自己想明白才是，當下退到一邊專注的指揮起戰事來。
但接下來的戰事就不順利起來，太平軍運至花藥山的劈山炮多是四百斤的小炮，蕭雲貴命人將東岸的千斤大炮盡快運過來。但太平軍的炮隊在催促聲中運炮過東洲島浮橋時卻發生了意外，東洲島浮橋乃是昨夜連夜趕製出來的，頗為粗糙，人馬和四百斤的炮通過都有些晃晃悠悠，後面千斤炮上來後，那浮橋抵受不住重壓，竟然斷裂開來，一門千斤炮沉入了水中，好在炮手落水有會水的同伴救起，沒有死傷，但浮橋斷了造成東西兩岸運兵運糧都不暢起來，蕭雲貴不得不號令暫緩攻城，命各軍先搶通浮橋再說。
後來壞運氣接踵而至，城南的攻城戰因為炮火未至、浮橋斷散而暫時停頓，北面右路軍李開芳、李以文、曾天養、何震川等人率領四千餘人卻準時出現在衡州城北。四將按照原先商議好的策略，開始強攻青草橋，守橋的清軍倉惶逃竄回城，但清軍臨走前，在橋上澆了火油，一把火燒了起來，意圖阻攔太平軍過橋，同時也讓自己能有時間逃回城去。
北面太平軍搶到青草橋頭時，大火已經不可控制，李開芳、李以文四將只得眼睜睜的看著有著八百年歷史的木橋燒斷。北面太平軍不能渡過草河，只得在北岸尋找船隻、木料組織人手搶修浮橋渡河。
原本一場可以讓清軍首尾不能相顧的突襲戰，因為種種原因而擱置，清醒過來的和春知道長毛這次可是來真的了，也不敢怠慢，匆忙加強南北兩邊城牆的防禦，同時派出人手扮作難民百姓逃往耒陽和攸縣，同時向徐廣縉和向榮求援。
到了傍晚時分，東洲島的浮橋首先恢復，最後的一門千斤炮也運到了花藥山，居高臨下開始轟擊衡州城南。在此期間蕭雲貴數次組織人手搶佔城南外圍的民居，以堅固民居作為依托，開始準備攻城。
城南的清軍也不示弱，架起大炮還擊，一時間城南炮石箭矢如雨，民居廬舍差不多盡毀。衡州乃是清軍囤積物資的要地，錢糧輜重充足之外，城內竟然還有十二門新鑄的三千斤鐵炮，窮凶極惡的和春將十二門新炮悉數放到城南來，一度壓制得太平軍不能靠近城牆。天色漸漸黑了下去，雙方的激戰才漸漸弱了下去。
蕭雲貴也注意到了清軍的火力優於自己，想到自己這幅身軀似乎很能吸引炮彈，所以一直不敢發令大舉攻城。到了夜幕降臨之時，蕭雲貴想起歷史上長沙之戰中，太平軍曾今搞的穴地攻城，便讓頂在前面的林鳳祥準備趁著黑夜，從城南的民居內開始掘進地道。
想起歷史上太平軍穴地攻城的戰例，蕭雲貴也知道掘進單層地道極為容易被人破壞，一上來便告訴林鳳祥，讓他派人掘進雙層地道，形如曲突，直抵城門之下。又在另外幾處也假意挖掘地道突進，以迷惑清軍。同時蕭雲貴號令花藥山的炮陣不時發炮，擾亂清軍視線。
清軍沒想到天黑之後太平軍還發炮，和春仗著城內藥子充裕，財大氣粗的下令還擊，一時間城南又熱鬧的打了起來，只是黑夜之間毫無準頭可說，只要不是太倒霉，一般是不會被炮火所傷。但蕭雲貴可不敢以身試險，他的人品和運氣似乎都不怎麼樣，所以一直躲在後面，和左宗棠計議軍事。
城南一帶民居距離城牆已然很近，掘進一夜，已然完成了一半。天亮之後，蕭雲貴換了後軍吉文元、朱錫能部上前佯攻，繼續吸引清軍注意，林鳳祥部繼續掘進地道。
但吉文元、朱錫能等部頂著桌子案頭的幾次攻擊，都被清軍炮火擊退，傷亡了百餘人，城頭的清軍開始士氣大振，在城頭囂張的嘲笑城外的太平軍，更有甚者站在城頭向下撒尿，以示輕蔑。城下的太平軍見狀都是睚眥盡裂，暗暗咬著牙，等著城破的那一刻要殺光這些清妖。
當晚三更時分，地道已然掘進到城下，太平軍中西殿的人馬之中有不少貴溪銀礦的老兄弟，都是西王的舊部，最擅長的便是打土攻，地道挖好後，按著土層厚薄和城牆大小，在兩層地道都放置了上萬斤的紅藥準備爆破。這些紅藥是南路軍三分之二的藥量了，要是還攻不破南門，蕭雲貴就只得強攻了。