登基之後，李治並沒有在朝會上多待，而是把事務打包扔給了宰相會議，接下來的幾天主要是給禁軍官兵和原東宮衛率的軍官授勳。這些軍官一部分是通過《封爵令》繼承來名額，然後在李靖的軍事學院洗腦合格之後，選擇軍事路線的軍官。在職軍官平日不允許回家，終日必須和士兵待在封閉的軍營內，因此軍官的輪崗制度以及作為皇帝的犒勞制度，就成為了把軍隊和皇帝聯繫起來的重要樞紐。
禁軍軍營坐落在長安東北的禁苑之中，這裡有一座糧倉，一座軍械庫」「小說章節。駐紮三萬禁軍，其中兩萬人是原有編製，一萬人是東宮衛率擴建的編制。擴建而來的炮兵府，成為軍營中最嚴密，最精銳的存在。
軍隊的士兵不完全來自府兵制，李治過去三年不理政事，最主要的工作就是改組禁軍。禁軍最低級的兵種：是勤雜兵和火頭兵，他們全部來自府兵制度，來自關中，河東和河南地區。服役期限三個月。在以前，他們自備軍糧，也要自備兵器。現在他們不需要，包吃住，管工具。日常工作是勤務和給募兵制的士兵做飯服務，此外還有簡單的操練。
禁軍的一級兵種，稱為輕兵，武器是橫刀和弓箭，訓練要求比較低，主要兵員來自十六歲成人的少年。徵兵令規定，新的丁男如果需要得到土地，必須先服役三年，否則不予授田。這個強制的要求是出於兩方面考慮，第一隨著人口增多，土地兼併，可以分的土地已經越來越少，因此李治乾脆給這個均田制先下一個限制。這樣那些需要授田的人，就不得不推遲了三年的需求。緩解了一時的緊張局面。第二自然就是給全國的青壯一個軍事訓練的機會，讓他們身體強壯，有自保的本領。
這些少年郎第一年的任務，就是輕兵的訓練，主要是射箭和近身戰鬥。他們在軍伍中享受津貼，管衣管飯，新皇給他們的待遇，讓他們感激不盡，自然成為了最忠實的護衛力量。
第一年的年末，他們會通過體力，速射，固定靶，移動靶，橫刀戰鬥和空手搏鬥的測驗。通過考核就能進入下一個兵種，可以根據成績，選擇成為騎兵，槍兵和陌刀兵，並且新增加了高等的戰鬥課程。
第二年同樣有年末考核，通過考核之後，可以留任這個級別，考核不過的就要回到輕兵序列。有大概10%優秀的，可以獲得進一步的成為高級兵種和升任下級士官的機會。
三年服役期滿，大部分人都回家領田，有少部分拿到軍校推薦的，就進一步接受李靖校長各種變態折磨的操練，有的專精特種戰鬥，成為高級保安人才；有的專精後勤策略類，成為各軍區參謀部的後備文官。有的專精戰術和指揮，成為後備軍官。這些人員都會受到李治的親切接見，他不停的重複著：「士兵！你很棒。你是學什麼的，希望做成一番什麼事業？……哦真不錯，加油，朕看好你！希望以後的嘉獎中再次看到你。」一天下來，少說重複了四五十遍，還要同這些幸運兒共進午餐。這些幸運兒雖然沒有官員品級，但待遇一點也不差。往後只要做到足夠的軍功，就可以獲得官員相應品級的嘉獎，成為《封爵令》的受益群體。
這些草根出來的平民，只要能脫穎而出，得到這樣的嘉獎，自然也是忠心的一塌糊塗，五體投地。有這些人給他看著長安，一個字：放心！
同一幫彪形大漢喝完酒，李治就離開了長安，他先在洛陽行宮會見了一批預約的官員，然後趕往長江口的松江港口，這裡是他私人出資80%，同雲定海合資建設的江南船廠和海軍基地。這裡生產著混合動力的卡納維爾改進型帆船。它有著高船首，深龍骨，長30米，寬9米，船高5.5米，吃水3.5米，排水量800噸，有兩個主桅桿和橫帆。一面船首三角帆。一台改進型蒸汽主機，設計航速蒸汽機12節，使用蒸汽動力最大航程4000海里，需要40名船員操縱。三年來，終於組成了一隻十艘船的艦隊，這一隻艦隊，同樣適用了軍事編制。艦隊由一千名水手，一千名海上綜合戰鬥人員組成。此外，船上正在進行的便是海上的炮擊實驗。雖然這個時代遠遠沒有什麼海盜的概念，但既然有了炮，不裝上總覺得有點缺憾不是嗎。
這個軍府的校尉也是來自李靖軍校的畢業生孟強。他的畢業論文是：「論海上戰爭的地理要素。」李治看過他的這篇文章，文中他指出，海上戰爭對中國內地戰爭幾乎毫無影響，但對遼東，高麗局勢和林邑局勢是致命的，因此他建議在崖州和河北建立海軍基地即可。當時他還不知道大小琉球的存在，也不知道海外大局勢。後來李治把他嘉獎一番之後，給他看了看保密的世界地圖，當時就把孟強囧得面紅耳赤。
此番一見面，李治便打趣道：「孟校尉，你這地理探索進展如何了？」
孟強強忍尷尬，行禮正色道：「報告聖人，我部海軍第一折衝府已經順利完成了琉球，扶桑和百濟的探索任務，勘探出一份近海經緯圖，累計航行時間十一個月零五天，行程超過五萬海裡！」
「做的不錯。」李治點點頭，「既然你們第一步任務完成了。朕自然有新的任務給你們。」
他一揮手，手下便遞上了一份詳細的海圖。
「想必你們對經緯度的測定已經有了一部分的經驗。但是距離越遠，經度的測定就越困難。現在的航海鐘，還達不到一定的要求。不過，定州已經在製作新的航海鐘，預計一兩年後才會投產。眼下，你的船隊，有兩個任務可以選擇，第一，南下往西，沿著大食人的商路，繪製印度和東非的海圖。第二，北上往東，探索扶桑全境，繪製出全島圖。這樣的航程極其遙遠，所耗時間可能一次就超過你們過去航行時間的總和。前途的危險也是重重，你好好考慮一下。」
孟強聽了之後，臉色果然有點為難。他說道：「陛下，是立刻出發，還是……」
「自然會給你們時間準備。怎麼了，有什麼事情放不下，家裡有什麼困難？朕不會讓你們吃虧的。」李治關心道，這種苦力活利益極高，不好好安撫，怎麼把這幫人拐騙過去賣命？而事實上，李治也確實沒讓這些新軍吃虧。畢竟新軍規模不過是炮兵和海軍兩支部隊，不過三四千人，有了運政和工業盈利的補貼，養起來還是沒有壓力的。
「過去一年，部下們大多在海上，不少軍官想休假回家團聚。而且如果出行這麼遠的話，卑職斗膽請一次回家探親的機會。」孟強說道。
李治大手一揮：「准了！不過，朕現在要檢閱你們的本事，如果不讓朕滿意……」
孟強啪的一聲站直，回答：「保證完成任務！」