清微派為符菉三宗分衍的支派之一。形成於南宋，流傳於元至明初，清初間有傳承。
清微道士為了將自己的道派托之古遠，宣稱傳自元始天尊。陳采《清微仙譜》序云：『其傳始於元始，二之為玉晨與老君，又再一傳，衍而為真元、太華、關令、正一之四派。十傳至昭凝祖元君，又復合於一。繼是八傳，至混隱真人南公。公學極天人，仕宋為顯官，遇保一真人授以至道。遂役鬼神，致雷雨，動天使，陟仙曹。晚見雷淵黃先生，奇之，悉以其書傳焉。『該序作於元世祖至元三十年，是目前所見到的清微派源流和歷史最早的記載。所云元始天尊傳衍為二，再衍為四派等語，事屬教內傳說。但所云：『十傳至昭凝祖元君，又復合於一『云云，是否可信呢？趙道一《歷世真仙體道通鑒續編》卷五《祖元君傳》云：『祖舒，又名遂道，字昉仲，唐廣西零陵永川祈陽縣人。……九月九日生。壽一百三十二歲。遍游名山，師事許真君、鄭真人、靈光聖母，……遇太玄夫人降於溪濱，又從而師之。乃授以元始大道。……由是會四派而一之。職位清微元上侍宸。復化身為清微察令昭化無君，又號通化一輝元君，統轄雷霆，變相不一。……功成沖舉，居金闕昭凝宮，主清微洞照府。『觀此，即使唐代有祖舒其人，已被完全仙化，是清微派道徒所奉的一代祖師，似不可能是清微派的創始人。即清微派在後代尚未出現。該書又謂：從祖舒以後，八傳而至『混隱真人南公『，據該書和《清微神烈秘法》《清微齋法》等所記，系指祖舒下傳的休端、郭玉隆、傅央煜、姚莊、高垓11𠯿118於叢𠕇16釕儻120媳系賴染糯䇊謔Γㄊ滴𤪱糯滙v釷樗瑴敲耼致雜脅鉅歟鍨v釷槎岳釕儻14隕習巳說氖錄k瑴羌厠穎𠵎椅醋19髕浠疃㮡氖貝棊𪅐誓丫菀耘卸ㄇ邐1稍詰筆幣丫帮閃16閱媳系賴募竊厴韻輳𡈼叙遠嗥繅於𤂑路稹！肚邐11善住吩疲耗媳系潰𡉏拕靖蔥斬叅希啓焵映墪𡟹絞䃘輝魯躒𧶏孴鄙竂諉忌劍n袷羲拇ā𠕇兪𧵓咦3𨰦𦹅走儁蹇疲𡈼鞘稅妗3𤒹y湖右。夜夢神人語以師至，達旦郊迎，果肖夢中之相，詢其姓名，即保一真人也。迎歸待以師禮，數以難事試之，堅心如金石，遂悉付以隱奧。……後佐宋理宗，數諫不從，歸隱不知所在，人以為仙去。『《清微齋法》云：『南畢道，字斗文，乃清微保元仙卿，眉州人，丙辰十一月初三日寅時降生眉山，性淡榮利，學通天人，仕宋累官至廣西憲。
嘗遇保一真人授至道，能役使神*。……隱青城山。『《道法會元》卷二云：『諱畢道，號西濱，眉州人。……十月初三日生。……李真人數試之，不怠，以四派玄奧授之。……後西濱仕至廣西憲司，休官入青城山。『略其岐異之文不論，南畢道蓋生於宋理宗之前的丙辰年，即寧宗慶元二年，至理宗即位之甲申，已三十歲。他在理宗朝仕至廣西憲司。曾受李少微傳清微法，後隱青城山，不知所終。觀南畢道一生，除傳授弟子黃舜生外，別無二人，故尚未形成為一個道派。清微道派的形成，蓋始於南畢道之弟子黃舜申時。黃舜申，名應炎，字晦伯，舜申為其法名。福建建寧人。出身閩中世家，少通經史百家之學。年十六，侍父於廣西幕府。某日染疾，遇官於廣西的南畢道，以符療之。病癒，授以清微雷法。寶皊中，出任檢閱。理宗召見，御書『雷淵真人『四字賜之。元世祖至元二十三年應詔赴闕，奏對明敏。未幾，乞請還山，制授『雷淵廣福普化真人『。黃舜申有弟子近百人，使清微道法大行於世。
可以說至黃舜申時，其教派組織始正式宣告成立。
黃舜申既是清微派的組成者，又是清微法理論的集大成者。陳采《清微仙譜》序云：黃舜申『覃思著述，闡揚宗旨，而其書始大備。『張宇初《道門十規》也稱：『清微自魏、祖二師而下，則有朱、李、南、黃諸師，傳衍猶盛。凡符章經道齋法雷法之文，率多黃師所衍。『《正統道藏》中所存的清微道法著作，如《清微元降**》《清微神烈秘法》《清微齋法》《清微丹法》《清微玄樞奏告儀》等，蓋皆出於黃舜申及其門人之手。
清微派亦以行雷法為事，其雷法理論，亦類於神霄派。仍主天人合一，內外結合，而以內煉為基礎。強調誠於中，方能感於天；修於內，方能發於外。《清微齋法》捲上云：『蓋行持以正心誠意為主。心不正，則不足以感物；
意不誠，則不足以通神。神運於此，物應於彼，故雖萬里，可呼吸於咫尺之間。『又：『將吏只在身中，神明不離方寸。『將吏、神明，皆指施行雷法時所劾召的鬼神。意謂能劾召鬼神，全在於心誠意正和深厚的內煉工夫。《道法會元》卷一《法序》也稱：『五行之妙用，寂然不動，感而遂通。夫天地以至虛中生神，至靜中生氣。人能虛其心則神見，靜其念則氣融。
……凡氣之在彼，感之在我；應之在彼，行之在我。是以雷霆由我作，神明由我召，感召之機在此不在彼。『故該宗著《清微丹法》，專言內丹修煉之道。其《發用章》引雷淵真人之言曰：風、雲、雷、雨、火等，皆以行法者深厚的內煉工夫為基礎，待臨場時，靠運氣從體內發放出來：『耳熱生風，眼黑生雲，腹中震動即雷鳴，汗流大小皆為雨，目眩之時便火生。入息靜定良久，神息既調，直待內境不出，外境不入，但覺身非我有，天地虛無入定光中，……次復收斂運一氣七遍之妙，……釀成五事，臨壇之際，撥動關捩，隨竅而發也。『
清微派在南宋形成之後，至元代，取得很大發展，名目甚多。鄭所南《太極祭煉內法序》：『正一法外，別有清微法雷，名逾數百。『元代清微派，仍以黃舜申一系所傳最盛，他的弟子分為兩支向南、北發展，一支以福建建寧為中心，傳行於南，一支以武當山為中心，傳行於北，從而使清微道法很快傳播於大江南北。南傳一系為黃舜申弟子西山熊道輝，道輝傳安城彭汝勵，汝勵傳安福曾貴寬，貴寬傳浚儀趙宜真。因未見熊道輝、彭汝勵、曾貴寬等人的傳記和其他資料，唯知趙宜真活動於元未明初，故此繫在元代的發展情況不詳。北傳一系的主要傳人是黃舜申弟子張道貴，其主要特點是全真道士兼傳清微法。
張道貴先為全真道士汪真常的門徒，《武當山志》載，張道貴，名雲巖，號雷翁，長沙人。至元間入武當，禮汪真常為師。隨後又『同雲萊、洞陽謁雷淵黃真人得先天之道。歸五龍宮，潛行利濟，門下嗣法者二百餘人。行其奧旨，唯張洞淵焉，終於自然庵。『可見張道貴是兼傳全真與清微的道士。
葉雲萊與劉道明也是黃舜申弟子，同樣是兼傳全真和清微的道士。據上書所載，『葉雲萊，名希真，號雲萊子。辛亥年三月初五日巳時生，唐天師葉法善之後裔。生於建寧，得清微道法之妙，避兵遷古禳，入武當山。
至元乙酉，應詔赴闕。……至元丙戌，欽受聖旨領都提點，任武當住持。『『劉道明，號洞陽，荊州人。與葉雲萊同師雷淵黃真人，授以清微上道，居五龍，搜索群籍，詢諸耆舊，纂為一書，命曰《總真集紀勝錄》。『
張、葉、劉等人下傳張守清，清微法由此更盛。張守清也是一身而二任的道士，先為全真道士魯大宥弟子。陳友珊《長春道教源流》卷七云：張守清，『名洞淵，號月峽叟，宜都人。幼習舉子業，未成，棄去，更為縣曹掾。年三十一，……聞魯洞雲名，投禮出家。
洞雲傳以道要。……後由張雲巖，復得葉雲萊、劉洞明之道。至大三年，皇后聞其道行，遣使命建金菉醮。
皇慶元年春，京師不雨，召守清至，禱而雨。逾年春不雨，禱而雨，又禱又雨。兩京大悅，賜號體玄妙應太和真人。賜虛夷宮額曰：天一真慶萬壽宮。置提點甲乙住持。延皊元年春，奉旨還山致祭，管領教門公事。『由於張守清在當時頗有名望，所傳弟子又多，故被後世清微派北系道士尊為一代祖師，《清微神烈秘法》所列『師派『，在黃舜申之後，即列：葉雲萊、張道貴、張守清，張守一。
張守清弟子最著者有張悌、黃明佑、彭通微、單道安等。
從他們開始，清微派的傳法即由元入明。張悌，字信甫，號無為子。浙江象山人。奉親能備孝養，早從方士學。既壯，出遊南粵北燕，後止武當，師張守清。守清啟以道要，署為首眾。三年而化。黃明佑，字太霞，潭州人。
『早歲抗志煙霞，歷諸名岳，禮武當太和張真人，嗣清微法派，凡有祈禱，無不感應。『彭通微，『原名宏大，號素雲，河南汝陽人。大德十一年二月十五日生。年十二，事劉月淵為師。至正四年游武當山，時太和張真人主紫霄宮，素雲服勞執役三年，得真人授煉氣棲神之旨。……明洪武十四年，始至細林山，結茅居之。……
明太祖遍求天下高人，有司以聞。二十七年秋八月返真。是歲中使入山宣召，以羽化聞『。單道安，『均州人，從南巖張真人學，精究道法，執弟子禮，勤懇弗怠。……洪武初，游西華、終南諸山，仍居重陽萬壽宮。一日，以所授玄秘付與門人而去，弟子李素希攜冠履葬於五華仙塋『。但此後傳承情況缺乏記載。
明初除張守清弟子傳清微法外，還有其他武當道士傳清微雷法。如金台人李德淵，『自幼入陝西重陽萬壽宮出家，《道德》《南華》三教經書，得其要旨。壯年游武當，於紫霄宮禮高士曾仁智為師，授以清微雷法，明先天之理，知體用之源。徙居元和觀。洪武二十三年，湘王來謁武當，嘉其有修煉之功，賜住荊州長春觀。一日，謂人曰：吾將返矣。作頌曰：『八十餘年光陰，不染不著『。黎一泉，均州人，『幼出家於紫霄宮。元末游江右諸名山，訪道尋師，……
再謁毛公壇、張公洞，得林屋洞天王無偽授以太極上道清微底妙，仍歸紫霄宮，八十餘翛然蛻去『。簡中陽，字欽和，武昌人。『不喜榮達，得異人授以中黃上道清微秘法。洪武辛未來武當，居紫霄之巔，辟榖坐忘，葆和養素，江右學人聞風而至，見其才器，可入道者必納之，於是道價益增。永樂丙戌召見，問以玄帝升真事跡，一一奏陳，賜以祠部護身符牒。還山後隱於福地峰之上，杜門守靜，凝神太漠。一夕，……端坐而去『。
前述南傳一系，至元末，傳至趙宜真。宜真，號原陽子。其先浚儀人，元時徙安福。早業儒，後入道。初師清微派道士曾貴寬，嗣清微法；繼師道教南宗和全真道士，得南、北派內丹之學；又師徐異，得淨明忠孝之道。師承多途，所傳亦雜，但他對上述諸派的理論多有所闡揚。如他曾據師傳，再補以他書，對清微雷法、齋法，加以整理，疏解，並對其理論加以闡發，作《玉宸登齋內旨》《玉宸經法煉度內旨》等篇。強調道為體，法為用，道與法皆具於我心。心地誠明，就能通天感神，『天人合德，此感彼應『。如奏章齋科，首在於存思凝神，方能感通天地，如果相反，『但以宣科唸咒、掐訣燒符、令色華音、馳心外想為務，徒以亂其神思，困其肢體，……尚何望有所感格哉！『超度亡靈也如此，『矧鬼神之於人，非可以聲色相通，惟可以心誠相感。若我悟，他亦悟；我迷，他亦迷。其幽冥境界，亦隨心念化現。我心昏昧猥小，則幽冥之境亦成夜府窮鄉，我心廣大光明，則幽冥亦成天宮淨界，我能修持正道，則鬼神感悟，亦返邪歸正矣『。由於趙宜真對清微道法多所闡揚，故後世清微派南系道士奉之為一代祖師。如《道法會元》卷三十二《上清龍天通明煉度**》和卷四十六《上清神烈飛捷五雷**》等中，皆在黃舜申之後，列熊道輝、彭汝礪、曾貴寬、趙宜真。
趙宜真所傳弟子中，以劉淵然為最著。劉淵然傳邵以正，邵以正傳喻道純、胡守法。劉、邵、喻、胡諸人皆是明代有名道士。劉淵然在永樂間受命任道錄司左正一，仁宗朝被封為『沖虛至道玄妙無為光范演教長春真人『，宣德初，進大真人，領天下道教事；邵以正在正統中遷道錄司左正一，領京師道教事。景泰間，賜號『悟玄養素凝神沖默闡微振法通妙真人『；喻道純在成化十年受封為『體玄守道安恬養素沖虛湛默演法翊化普濟真人『，任道錄司左正一，領道教事；胡守法在成化十一年受封為『沖虛靜默悟法從道凝誠衍范顯教真人『，弘治改元，授道錄司左正一，掌道錄司事。以上諸人皆通法術。但諸傳中皆未註明曾受清微道法的傳承。故在趙宜真之後，清微派南系的傳承如何，現尚難於稽考。
《東嶽廟志》之『靈濟先祠神牌表『，列有明代清微派的歷代祖師，為：故始祖南京朝天宮道錄司右玄義禹貴黌，稱為『明朝清微派第一代『。其下有『皇清羽化清微派第四代『劉守誼，第五代都全皊、李全安、朱全皊，直至第十五代龐源本等。據上面第四代神牌所書『皇清『二字推測，從四代至十五代，蓋皆為清代清微派的傳人。但皆無事跡可考。且此『神牌表『中稱道士禹貴黌為清微派第一代和始祖，又與上述南畢道、黃舜申等不相接，或許是清微派傳至明、清時所分衍的支派。
閔一得《金蓋心燈》卷二《呂雲隱律師傳》中，又記有清微派第二十三、二十四兩代傳人。該傳雲，全真龍門派第八代律師呂守璞之父呂貞九，在明末清初棄儒為道，嗣清微法，為第二十三代法師。呂守璞在十七歲時，受其父傳清微法，其後才拜龍門派七祖王常月為師，入龍門派。
故該傳曰：『師於清微為二十四代，於龍門為八代律師。『他下傳弟子呂徵，為龍門派傳人，但不知並傳清微法否。且此二十三、二十四之代數，又不知上承何人。明中葉後，道教衰落，清微派詳情也就難以考知-