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且說當初巫妖大戰之時，卻是有一部分巫人存得了性命，正是那十二祖巫中水之祖巫共工部落之眾。原來共工為水之祖巫，掌控洪荒萬水，其族人自也是極擅控水，因此，九天渾水雖然是厲害無比，卻是傷不了性命，這些巫人只被九天渾水沖得七零八落，待九天渾水過後，巫人們養好精氣，又各自來到了不周山腳下尋找族人，卻哪裡找得著，只當巫妖兩族其他人已全部被九天渾水淹死。這些巫人清點了一下人數，共有八十一名之眾，眼下巫族大衰，眾巫人不敢以巫族自居，也不想躲到極北之地那等窮鄉僻壤。於是便隱姓埋名，在人族聚集地偏遠之處留了下來，取九九八一之數，號稱九黎部落，和當地人族之眾聚集在一起。
經過了千多年來和人族的融合，九黎部落也發展有了千萬之眾，因為有巫人血統，九黎部落民風尚武，個個身強力壯，武藝高強，不過卻不遵教化，性格極是蠻橫，鬥毆乃是常有之事。因此，天皇伏羲與地皇神農教化萬民，卻是沒有能普及到九黎部落。
九黎一族於三十年前曾誕下一兒，那時恰逢軒轅降生不久，當時天有大變，方圓千里之地盡暗，雲層中更有紅黑色閃電糾結交纏，天有血光降下於九黎族中，更有萬鬼齊哭於天，嚇得一干族人心驚膽戰不已，紛紛關緊門窗躲避在家裡不敢出來。
如此持續了三日，方才散盡異象，卻有九黎族族長之妻誕下一麟兒，哭聲震天，直將天上的浮雲震散。那嬰兒小小年紀便長得濃眉大眼，叫聲響亮，手腿壯碩且頭上長角。族長大喜不已，認為是天將神子於他，並為他取名為：蚩尤，將希望都寄托在蚩尤身上。
蚩尤乃是天生神力，少時就以力大聞名於族中。每次在族中的比武中蚩尤都大獲全勝，且其為人豪爽異常，那些戰士因其武勇，故而對他言聽計從，小小年紀就在族中的威望甚高，族長看後心中興奮不已，暗歎九黎族終於有了傳人！且蚩尤生而有大神通，能操縱天地間的元素力量，更為讓族人敬重的是他身體極具強悍，莫說尋常的刀刃，即便是神兵利器也無法在他身上留下一絲一毫的痕跡，皆謂為天人也！
那八十一名巫人在蚩尤身上感覺到濃厚的巫族氣息，卻又見蚩尤絲毫不記得過去之事，於是也就對之隱瞞巫妖兩族之事，只齊心將蚩尤培養成人，又扶植蚩尤做了九黎部落首領，
其實這蚩尤乃是原本是巫族大巫之一，其生而奇異，竟然無緣無故有了元神，此事震驚巫族，十二祖巫費盡苦心卻不能找出原因，只能遺憾了事。當初巫妖大戰，蚩尤身死，，卻留下元神飄蕩在天地之間，直到后土建立六道之後投胎轉世。歷經十數世，終於秉承天命而生。
自蚩尤擔任首領之後，蚩尤也是為九黎部落的發展作出了自己的貢獻。
蚩尤命八十一名巫人為長老分管四方，自己居中協調，為洪荒最早的管理模式；蚩尤發明了長弓長矛，增加的捕獵的容易程度，改善了族人生活水平；蚩尤又命八十一名巫人將一些普通巫法傳給百姓，使百姓能夠改善體質，壽命變長；如此等等，使蚩尤在九黎部落中聲望無兩。
蚩尤慢慢的便積累了一些功德，睡覺的時候腦海中便經常出現了一座宏偉的宮殿，蚩尤甚覺奇怪，但也想不清到底是哪裡，又因為為部落首領，事物繁忙，因此也不大將此事放在心上。
這一日，卻有一位族人來向蚩尤匯報，說在深山打獵時候發現了一把刀，那刀殺氣甚烈，方圓十里丈內寸草不生，若是鳥獸走盡，頃刻間便血肉無存，化做一堆枯骨。蚩尤聞此情況後十分驚奇，便親自去查探那刀。
那把刀卻正是幾千年以前聞名洪荒的火神祝融之兵器『吳刀』，這吳刀本是火神祝融之兵器，但在祝融共工大戰之時遺失了，沒想到卻是在這裡出現了。
那吳刀見得蚩尤前來，突然陰風怒號，化做一道黑光，逕直裡向蚩尤刺來，蚩尤大駭，只覺渾身冷汗直冒，趕忙運功抵抗，促不及防之下卻是被吳刀劃了一道傷口，鮮血直噴在吳刀上。
那吳刀在接收了蚩尤的鮮血後，突的劍身一彈，由黑色變成了血色，又飛了起來，卻是繞在蚩尤身邊飛了三圈，便直插在蚩尤腳下泥土中。
蚩尤長噓了一口氣，暗道好險，差點就將小命給無緣無故的丟在了這裡，又想到這把刀真是鋒利，自己早就煉成金剛不壞之身，卻是被它輕輕一帶就給割得鮮血直流。
蚩尤看到那刀此刻甚是安靜的插在地裡，想到這把吳刀在被自己鮮血侵染過後的狀態，心中一想，暗道神兵利器都有其認主過程，這把吳刀剛才舉動卻是像極了認主動作。
心念一動，吳刀卻是直接飛到了蚩尤手中，蚩尤手一接觸，頓時感覺到一股冰寒氣息直接由刀上向腦海內傳去，腦袋內轟隆作響，片刻後，蚩尤卻是將自己的前世今生全部記起。
蚩尤終於想起了那時常在自己夢中出現的宮殿便是巫族聖地祖巫殿，而十二大祖巫，卻早已經煙消雲散了，曾經稱雄洪荒的巫族，只不過是千多年前的歷史……
蚩尤虔誠的向巫神殿方向深深一拜，一言不發，向九黎族走來。
蚩尤回到族中後，只立即將族中八十一名巫人長老召來，這些長老經歷了人間千多年後，如今已個個有地仙後期修為，只是礙於資質，再不能寸進半步。此刻聽得蚩尤相召，自然全部前來，待看到蚩尤手持吳刀，淚流滿面的向祖巫殿方向拜倒。八十一名巫人哪裡還不知道是何事發生，只個個失聲痛哭，跟著蚩尤一起下拜。
千多年的壓抑，此刻才能夠盡情釋放……
既然明瞭自己身份，蚩尤自然要肩負起讓巫族重新在洪荒大興的使命，八十一名巫人等這一日已經等了一千多年，自然唯蚩尤之命是從，只個個回去操練族人，幾年下來，九黎族本就是戰力強悍經此鍛煉，幾乎人人都能搏虎裂豹。
蚩尤又根據十二祖巫的十二天都煞神大陣，將八十一名巫人長老聯合起來，一起練成了九九寂滅大陣，自己親自手握虎魄刀主持陣眼。虎魄刀即是那吳刀，如今在蚩尤手中，經過蚩尤祭煉，將鎮壓西方的神獸白虎封印於內，更添凶氣。九九寂滅大陣雖不如十二天都煞神大陣那般毀天滅地，但也是威力巨大，殺氣沖天，配合起虎魄刀施展開來，怕是一般準聖級別者也只有逃命的份。
有了這些準備，蚩尤雄心萬丈，九黎部落在他的帶領之下也走上了擴張的道路。不過蚩尤沒有妄動，他在等待軒轅犯錯，畢竟軒轅是人族共主，無故而伐之會不得人心。而軒轅自從從神農手上接受人皇之位後也開始對人族施政······