在三太子走後不久。只見自海中飄起一道精魄。隱隱約約。正是女娃地魂魄。精魄回首望著陳都地方向。仰天長嘶。卻又發不出聲音。她不甘地奮力嘶喊。可是毫無作用。頓時心生怨氣。直騰天際。瞬間化作一鳥。其狀如烏。文首。白喙。赤足。發出「精衛、精衛、精衛」之聲。叫聲淒切！
精衛痛恨無情的大海奪去了自己年輕的生命，她要報仇雪恨。因此，她一刻不停地從她住的發鳩山上銜了一粒小石子，展翅高飛，一直飛到東海。她在波濤洶湧的海面上迴翔闃，悲鳴著，把石子樹枝投下去，想把大海填平。
大海奔騰著，咆哮著，嘲笑她：「小鳥兒，算了吧，你這工作就幹一百萬年，也休想把我填平！」
精衛在高空答覆大海：「哪怕是幹上一千萬年，一萬萬年，干到宇宙的盡頭，世界的末日，我終將把你填平的！」
「你為什麼這麼恨我呢？」
「因為你奪去了我年輕的生命，你將來還會奪去許多年輕無辜的生命。我要永無休止地幹下去，總有一天會把你填成平地。」
精衛飛翔著、鳴叫著，離開大海，又飛回發鳩山去銜石子和樹枝。她銜呀，扔呀，成年累月，往復飛翔，從不停息。
話說神農三年巡視天下而歸，聽家人說女娃有三年未歸，到處找也找不到，心中大驚，，女娃幼小，地仙界又多妖獸靈怪，是以擔心不已。
神農無奈，只得來到老師的住處，向兩人詢問女娃的下落。有巢氏掐指一算大驚，對神農道：「你且隨我等來！」言罷也不待神農言語，架起祥雲載著神農往北而去，行了一日路程，來到了發鳩山前。
只見發鳩山上多有枯木，在一棵枯木上立著一隻鳥兒，正發出「精衛、精衛」的叫聲。許是血脈的緣故，神農一見精衛鳥便潸然淚下，他急步走向精衛鳥，顫抖地喊道：「女娃，可是你麼？我是父皇啊！」
精衛鳥恍若未聞，只是銜著枯木飛向東海的方向，任神農在後面如何吶喊也毫無反應！
神農呆呆地看著精衛離去的背影，兩行熱淚無聲無息地落下，他回首向有巢氏問道：「敢問師傅，女娃緣何會變成這般？」
有巢氏黯然地歎了口氣道：「女娃去東海遊玩，不想被東海龍王三太子縱水淹死，女娃死後憑著一股怨氣將精魄化作精衛鳥，誓要填平東海！」
神農聞言再也忍不住，放聲大哭，其聲悲切，聞著落淚，便是有巢氏在一旁也心情抑鬱！
神農哭罷，起身高聲唱道：
精衛鳴兮，天地動容！
山木翠兮，人為魚蟲！
嬌女不能言兮，父至悲痛！
海何以不平兮，波濤洶湧！
願子孫後代兮，勿入海中！
願吾民族兮，永以大陸為榮！
聲音遠遠傳出，在這片大地上幽幽飄蕩，附近的靈獸聞聲也一齊悲鳴，似在為女娃的悲慘遭遇而不平
卻說神農氏要將軒轅帶回陳都，有熊部落眾人對此皆是高興不已。而廣成子也馬上得知了此事，心中大喜過望。既然神農氏如此作為，那便是認可了軒轅的才能，準備將共主之位傳與軒轅，如此廣成子又怎能不讓過廣成子高興呢？如此一來，軒轅的人皇之位便已定下，只要一想到軒轅證得人皇之位以後，自己定然也會得到不少的功德。到時，也可像人族先祖一般，斬屍成為準聖。這可是准聖啊！便是在整個洪荒世界之中也是屈指可數，想到自己也將成為其中一員，指點江山，揮斥方遒，廣成子心中便忍不住激動萬分。於是，廣成子思考一番，便隨著神農氏一眾人也去了陳都。
眾人一路行來，很快便到了陳都。安排一番之後，神農氏便照伏羲傳位與自己之時的流程一樣，讓軒轅先做自己三年的副手，也好熟悉人族共主之責。而三年之後便是軒轅繼任人族共主之時。
三年轉眼即過，如今也到了軒轅即位為人族共主之時了。仍是陳都之外的那座高台之上，唯一不同的乃是人如今已變成了神農氏與軒轅，而不再是伏羲與神農氏了。
高台之下，前來觀禮的人族，比起伏羲傳位神農氏之時又增加了許多。卻是人族經過人皇神農氏的引導，如今已是又邁進了一大步，人口增加無數，無論人數還是實力，人族此時已是洪荒大陸之中當之無愧的第一大族了。
此高台自上次人皇傳承之後，便於高台之上立下幾尊聖人之像，依次供奉著女媧娘娘，通天教主，后土娘娘和太清老子。神農氏與軒轅走上高台。神農氏望了一眼軒轅，對其點點頭，然後二人便一同上前，向高台上所供奉的四位聖人禱告。
片刻之後，只見天空無數金花凝結、撒下，接著，天上出現了六個身影。卻是通天、后土、女媧、老子和原始五位聖人駕臨，而最後一位自然就是天皇伏羲了，人族的人皇接位儀式，身為上屆人皇的他怎可不來？而原始天尊此次前來，乃是因此次接位的人皇是其徒孫，自然要前來為其助陣。倒是西方二聖此番並未前來。
眾人見此，趕忙紛紛跪下道：「拜見聖母，拜見伏羲共主，拜見通天聖人、后土娘娘、太清聖人。」
人族全部拜倒在地。女媧娘娘見此，便上前說道：「無需多禮，爾等起身吧。」說罷，素手一揮，眾人便被扶起。然後，女媧等六人來到高台之上，通天對神農氏點了點頭，說道：「開始吧。」
神農氏恭敬的回道：「是。」
於是，神農氏走到高台邊上，大聲道：「吾乃神農氏，近來吾漸感精力有些衰退，已經不再適合擔當人族共主之位，今天吾正式在此將人族共主之位禪讓於人族大賢，有熊部落族長軒轅氏。從今天開始，軒轅將正式成為人族共主，帶領人族繼續前進。」
高台之下的人族，在神農氏說完後，頓時開始齊聲高呼神農氏和軒轅的名字，與上次伏羲的情況一般。在人族眾人大聲高呼神農氏和軒轅名字之時，只見天外射來一道粗壯的功德金光，此次功德金光之多，甚至還在伏羲之上。
功德降下之後，分成兩份，其中一大份約有八成，歸了神農氏；剩下的一小份約有兩成，歸了金有巢氏，頓時，二人便被功德金光包圍。有巢氏在功德臨身之後，靈台一陣空明，平時模糊的大道，如今盡在眼前，清晰無比。只見有巢氏顯出慶雲，慶雲之上氣浪翻滾，三花綻放，一陣豪光閃過，從慶雲之上跳下一人，對有巢氏施禮道：「恭喜道友斬去善屍，得成准聖，卻是大道可期。」
有巢氏微微笑道：「道友與我一體，自當同喜。」那道人微微一笑，然後便化作一道流光飛入有巢氏身體，消失不見。
一旁的老子見其斬屍，淡淡看了她一眼，便不去理會，可此時老子心中到底如何，眾人就無法知曉了。而老子身旁的原始天尊則是嫉妒的望了一眼有巢氏，臉色有些不好看。不過瞬間，原始天尊便想到此次人皇乃是自己徒孫，於是，原始拿眼望向軒轅，眼中的炙熱不必三昧真火差上多少，足以融化萬物。
此時，神農氏也終於將功德吸收完畢，只見一陣金光閃爍之後，神農氏卻是已經證得了人皇之位。同伏羲一般，從此萬劫不磨，無量量劫不滅。
台上眾人見此，便一同上前，向神農氏祝賀，神農氏趕忙一一還禮。有巢氏看了一眼神農氏，對其說道：「神農氏，吾知你心中一直放不下精衛。呵呵，你不必憂心，精衛如今早已恢復，正在修煉，吾打算使其日後長居，與你老師作伴。你卻是不必著急，日後，自有相見之日。」
神農氏一聽，頓時大喜過望，對有巢氏拜謝道：「神農氏代女娃謝過老師大恩。」有巢氏卻揮了揮手，示意神農氏不必客氣。救助精衛對他而言本就是舉手之勞，而且他自己也是很喜歡精衛這個乖巧的小女孩。不過神農氏稱呼精衛為女娃，想來是精衛的小名，想到精衛那可愛的樣子，有巢氏不由的微微一笑。
這時，老子上前對眾人道：「如今三皇齊聚，吾便於此宣佈一事。人族三皇卻是不可皆以人皇稱之，如此，吾便為其命名。」頓了頓，老子接著說道：「伏羲感天道運轉，創出八卦，使人族知天時，明災禍，如此便為天皇；神農氏種植五穀，遍嘗百草，使人族饑有所食，病有所醫，如此便為地皇；而如今的軒轅，可為人皇，爾等三皇證道之後，皆於火雲洞之中隱居，從此無大事不可輕出。」這便是後世天地人三皇的由來。
伏羲、神農氏和軒轅趕忙答應。
老子點了點頭，然後便與眾人告別，與原始天尊一同駕雲離去。通天看著一同離去的老子原始二人，眼中精光閃爍，心中暗自算計不已。二人如今明顯已是聯合在一起，否則，以原始天尊得罪老子的程度，又怎會如此親密。
二人為何聯合，通天早已知曉，以他二人如今對自己的忌憚，恐怕將來定然會有一戰。不過通天卻是不甚在意，自己如今的實力，對付二人卻是不在話下，即使二人再去找其他聖人聯合，通天也不害怕。誅仙劍陣的威力，此時他雖未完全掌握，可想破去誅仙劍陣恐怕也是很難。通天此時真正在意的是如何搶奪此次人皇的功德。
此時，通天心中雖是思緒萬千，可並未表露出來，在老子原始二人離去之後，通天也向眾人告辭。女媧娘娘見眾聖皆已離去，也自顧自回媧皇宮去了。
伏羲和神農氏見眾聖離去，人皇交接也已完成，神農氏上前對軒轅笑道：「皇弟，人族便交給你了，吾與皇兄在火雲洞等你。」說罷，也不待軒轅答話，便與伏羲駕雲朝火雲洞飛去。
軒轅一聽神農氏所說，也不顧伏羲神農氏二人早已飛遠，當即跪倒在地大聲道：「軒轅定當不負二位共主所托，當竭盡全力守護人族。」眾人族也皆是拜倒在地，恭送二位人皇。直到二人消失於天際，眾人族才起身。
自此，人族進入了人皇軒轅時代。