新編的大清陸軍共三十六個師，其中旗兵變為十個師，除了駐守京畿的兩個禁衛師，其餘分別是正紅、正黃、正白、正藍、鑲紅、鑲黃、鑲藍、鑲白各一師；
再然後是，湘軍七個師，淮軍五個師，楚軍四個師，以及裝備了繳獲的法國武器的滇軍桂軍四個師。
這三十個師，加上原來的六鎮新軍，就構成了新編的大清陸軍。綠營、練軍和大部分的團練轉為地方保安部隊或開到邊疆去進行軍屯。新編的大清陸軍的只留下了52萬人，方懷倒想像後世那樣一個國家動輒幾百萬的軍隊，但這無疑是癡人說夢。歷史上到一次世界大戰爆發前，意大利的常備軍都還只有25萬，以中國的工業水平甚至連這52萬新軍三分之一的彈藥消耗都製造不出來。在這樣的條件下，這麼多軍隊已經是中國能承受的現代軍隊的極限。
後世對這次軍事改革的評價是「其效不彰，其例可援」。在這次改革中，有大量不盡如人意的地方，尤其是已經基本喪失戰鬥力的八旗兵大部分被保留了下來，而且像義務兵役制等問題也沒有解決，但他畢竟開了中國近代軍事變革的先河，其中的一些章程，如：士兵年齡必須在十八歲到二十八歲之間，身高必須在五尺（大約1.65米）以上，有抽煙、賭博、嫖娼等惡劣作風問題的官兵一律淘汰以及將士兵的資料嚴格的登記造冊等等，對提高軍隊的戰鬥力還是起了積極的作用，在這次改革中，方懷他們甚至倣傚西方制定了一部《大清步兵操典》。
方懷立下規矩，改編後的番號是活動的，軍餉也是按等級發，番號一到十的師排在第一等，現在只有6支部隊，乃是由「護國六鎮」改編而來的六個主力師，他們代表第一流的王牌主力師。採用的是「三三」大編製，一個師有三個旅，一個旅有三個團，全師人數超過2萬人。只要番號排在後面的師戰鬥力能超過「護國六鎮」，就可以取代他們的番號，即便只是趕上「護國六鎮」的戰鬥力，也可以得到前十的番號。
在方懷看來，軍人就應該有不服輸的勁頭，為此他特地空出了四個番號。
但方懷這麼做，不但激勵番號排在後面的部隊，同樣也刺激了排在前面的「護國六鎮」。即使在幾十年後的二次世界大戰中，帝國陸軍擁有了幾百個主力野戰師，但前十的番號依然只有六個師。方懷恐怕沒有想到他今日之舉，為這個國家培養了六支多麼恐怖的部隊。
除了一到十的番號，第十一到第二十的番號也是不固定的，他們雖然定位上不如前面的部隊，但也代表甲等的主力野戰師。基本上採用的是「四四」大編製，即一個師下屬兩個旅，一個旅下屬兩個團，加上師屬警衛營、炮兵營、工兵營、輜重營，一個師在一萬三千人左右。不過然而現在看來，這十個師中，除了其中第十七、十八、十九、二十四個師因為是來自滇軍和桂軍，裝備了繳獲的法國武器，具備一定的戰鬥力外。其它的六個師全是八旗旗營改編過來，完全是一副爛攤子。
如此別彆扭扭，好像新媳婦嫁人一樣把軍制改了也實在是無奈之舉。方懷自然知道禮親王世鐸他們死抱著那些不能打仗的軍隊有什麼用。在他們手裡，軍隊就像個生錢的機器，吃空額、走私鴉片、倒賣槍炮、販賣人口幾乎無惡不作。不過現在要解散旗兵，方懷還真拿不出這筆遣散費。現在三十六個師中，除了滇軍桂軍改編而來的裝備了繳獲的法國武器，其它的師就只有原來是新軍六鎮的六個師裝備了新式槍炮。
所以方懷忍了下來，他的做法是不與落後勢力作正面衝突，而是去培養先進勢力，讓先進勢力逐步壯大，讓先進的勢力去擊倒落後的勢力。這種做法幾乎貫徹於方懷的一生中，包含了他在軍事、政治、文化等各個領域的改革。
不過方懷也沒有對那十個八旗師放任自流，畢竟那也是中國國防力量的一部分。方懷對中國的事情很清楚，那就是在「法治」的同時還需要「人治」。
「你知道朕找你來有什麼事嗎？」方懷看著站在自己面前的榮祿道。
榮祿低著頭，眼神疑惑地道：「臣不知。」
方懷此時一甩手道：「那朕就來告訴你們，朕要你去任第十三師師長你敢不敢？」第十三師是除拱衛京師的禁衛十一師和禁衛十二師外滿族八旗子弟最集中的地方，禁衛十一師和禁衛十二師是由原京師十二營改編的，而第十三師則是駐守在奉天的旗營改編而來，奉天是清入關之前的都城，就是現在也是清朝的陪都，所以第十三師的旗兵多是滿族人。
不過這都不是最主要的，最主要的是第十三師的旗兵大都是正紅旗，以致十三師被稱為「正紅旗」，而正紅旗的旗主就是禮親王世鐸。榮祿是方懷必須從頑固派那邊拉出來的人，不能為我所用也必須除掉，他的活動能量實在是太大了。現在方懷就是要他交上十二師這份「投名狀」。
「臣遵旨。」榮祿臉色沒變，但眼中卻閃過一絲陰鶩，不過他很快低下頭掩飾了起來，就連方懷也沒有看見。
方懷嘴角劃過一道不易察覺的微笑：「看來你這幾個月閉門思過還是有些成效的嘛，那你就去吧。」榮祿領旨退下。
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