北洋軍既然節節勝利，袁世凱系的陞官圖便在南方出現，段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王占元兼湖南護軍使。
上海方面因南京革命軍失敗，亦功敗垂成，袁世凱命第四師師長楊善德為松江鎮守使，鄭汝成為上海鎮守使，海軍總長劉冠雄為福建都督。廣東和四川兩地解決得最快而不吃力，袁世凱派龍濟光、覲光兄弟為廣東正副鎮守使，龍濟光升上將繼任粵督，陳炯明出走。四川方面熊克武雖宣告獨立，但為時只一月就解職下野。
湖南獨立的局面，主要受湖北的壓迫，以及廣東獨立失敗的影響，遂使湘督譚延闓和湘軍師長趙恆惕功虧一簣，不就湖南為環境所迫取消獨立，隨後袁世凱令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦駛入岳州，派第三師曹錕部進駐岳州，又以袁世凱系的卅九混成旅旅長伍祥禎為岳州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁世凱的掌握中。
討袁軍相繼失敗後，孫中山乃乘德輪約克號離滬，本意擬去廣東，不料次日經馬尾，日本駐福州領事館武官多賀京之來告，駐粵將領張義權、蘇慎初已與龍濟光勾結，接受袁世凱的任命，恐不安全，孫中山乃決定改赴台灣。行前召見隨行同志梅光培、李朗如，令梅、李兩人先至香港，自己則偕胡漢民去台灣，並把隨身所帶全部款項600元交梅、李備用。梅、李拒不肯受，胡漢民勸他們接受，大家黯然話別，分道而行。
孫中山偕胡漢民抵台後，張繼、馬君武亦隨後趕至。這時各地的討袁軍都相繼失敗，孫乃轉去日本，不料袁已要求日本拒絕孫上岸，幸孫得船長的掩護，以及國民黨在日本的負責同志丁懷瑾（石僧）的佈置，日本友人萱野長知的協助，才得在神戶秘密登岸。這時隨侍孫在神戶的是胡漢民和廖仲愷，丁懷瑾則往來東京、神戶各地，對外連絡。
隨後，北京總檢察廳秉袁世凱命下令通緝二次革命首要，以黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊五人為寧滬倡亂首魁，其餘孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明亦在通緝之列。不久，黃興、陳其美、居正、戴傳賢、邵元沖、鄧鏗、田桐等亦先後亡命至日本。
這一次戰爭的結果使得北洋軍源源進入南方各省，除了廣西、貴州、雲南、四川省外，其他南方各省都成為了北洋軍及其附屬軍的征服地，袁家天下已囊括了全國十分之九。至於桂、黔、滇、川四省為什麼沒有給北洋軍侵入，一來是這四省的都督都不是屬於國民黨系，二來是這四省地處偏遠，袁覺得鞭長莫及。由於地盤擴大，北洋軍既要鎮攝北方，又要佔領新奪到的南方各省，當然感到兵力不敷分配，於是乃大舉擴充，從此北洋軍的番號便越來越多了。
袁在對南方用兵過程中，在用人問題上充分表露出無制度，無標準，完全是家天下作風，既派劉冠雄為南洋巡閱使（他所指的南洋是江浙一帶），又派雷震春為長江查辦使；既派馮國璋為江淮宣撫使，又派張勳為江北鎮撫使，還有一個江北檢討使蔣雁行；既派段芝貴為江西宣撫使，還有一個連職名也相同的趙惟熙；至於湖南，就派了三個查辦使：曹錕、湯薌銘和郭人漳，又派了兩個檢查使：張學濟和朱樹藩。這一幅多采多姿的陞官圖，據說連袁自己也記不清楚總共發表了多少官職。真是五花八門，疊床架屋，在袁來說是羈糜天下英雄，網羅人才的手段。
不要說有官無職的空頭銜如此，就是有官有職的情形也是亂得一塌糊塗，有些省既有都督，又有護軍使，有些省有護軍使或鎮守使卻無都督，有些省以文人為都督，卻以武人為民政長，有些省則以武人兼軍民兩長。
但是，主要的安排卻沒有含糊，袁先後任命了倪嗣沖為安徽都督，鄭汝成為上海鎮守使，龍濟光為廣東都督，李純為江西都督，馮國璋為江蘇都督，湯薌銘為湖南都督，段祺瑞為湖北都督，劉冠雄為福建都督。此外，又派北洋軍第四師師長楊善德駐松江以扼浙江的咽喉，第卅九混成旅旅長伍禎祥駐長沙，第三師師長曹錦駐岳州以扼湖南的咽喉。
另外，袁世凱從內心深處來講，還是想保一保張勳的，所以他在讓馮國璋去勸說張勳的同時，也發電報叫張勳收斂一點，免得自己難做。
袁世凱給張勳發電報說道：「閱路透電，稱南京城內住宅商店，茅舍草屋，無不被搶，婦女老小貧富，多被奸！『淫』，其餘均入外人家避難，各軍皆然，而張部藍衣兵實佔多數。各官長目睹不理，所謂不傷一人，不驚一戶之宣告，完全背棄。日本民居，亦多被害，有自日領署出者，被兵槍斃三人，受傷一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此強暴行為，如果盡確，則是喪盡名譽，大干軍律。查各**人素尚文明，即俘虜亦無凌虐。吾國削平內亂，自殘同類，已屬可矜，況無辜良民，久困匪中，日望援救，聞者墜淚，見者痛心。若以盜賊之行為，尤而效之，各國傳佈報紙，目為野蠻，於立國大勢，所關非細。且亂黨乘間抵隙，執為口實，更足以煽動人心，東南大局，何時可定？各弁目等，誰無身家妻子，入伍為兵，退伍即民，易地以觀，忍乎不忍？民納稅以給餉，兵出力以衛民，不能衛之，而反擾之，天良何在？為之官長者，目睹何忍？本大總統治軍數十載，素以保民為宗旨，聞此情形，不禁泣下。仰即傳集各該官長，剴切誥誡，並明查暗訪，得有奸搶實據，立按軍法嚴辦，以期湔洗於萬一。至保護外人生命財產，更屬文明通例，尤應格外留意，勿因細故，敗壞大局為要。」
張勳回復袁世凱電報稱道：「大總統鈞鑒：魚電謹悉。此次南京城下之日，各軍爭功，蜂擁而進，與匪軍巷戰一二晝夜，全城鼎沸，子彈紛馳。嗣後匪軍逃竄，乘機搶掠，土匪助虐，益肆凶殘，多有假冒官軍情事。當此之時，秩序已紊，加以各軍號令不一，非以嚴刑，難期整飭。勳因破除情面，隨派幹練弁兵，巡行街市，隨地正！法者二百餘名，截留衣物無算。然後始得漸就平復，此金陵各國旅居洋人之所共見。今路透電，乃以藍衣兵獨佔多數為言。查勳軍入城，僅佔東北一隅，此處荒僻，民戶無多，其餘各處繁盛之區，均由各軍分扎，孰搶孰否，不難按戶而稽。且前次我軍奪取天保城各要隘時，匪軍屢次喬扮勳軍裝服，希圖混進。且藍衣之說，亦難據為確實證據，亦何所用其回護。應請簡派公正大員來寧，親赴被難之家，確實調查，以昭信讞，而全軍譽。」
張勳雖復電給袁，推卸洗劫南京的責任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申復。而張勳也不厭其煩地反覆回電推卸責任：
張勳第二份電報稱：「大總統鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內閭閻，本已重遭糜爛，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰連朝，土匪潰軍，乘機焚掠，於時秩序已紊，諸統將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統一之際，繼匪軍劫掠之餘，見物輒取，固所不免，當經派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正！法。計共斬決二百餘名，截留衣物無算，均交商會分別給主認領，並將約束不嚴之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見。現仍會同諸軍竭力稽查，認真根究，務得實犯，嚴加懲辦。謹此復陳，伏乞垂察。」
第三份電報稱：「大總統鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責問，滋切悚皇。此次叛兵佔據金陵，反覆哄爭，閉關自毒，地方秩序，業已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當戰線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數萬之悍賊驍匪，以及失業遊民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞者寒心。勳等逆料及此，迭經通飭營隊，曉諭軍人，務以恪守紀律，不擾善良為第一要義。復傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰鬥中而復責以保護，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如牆而進，肉搏衝鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵禦，黠者褫裝棄械，隨處搜括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機劫奪，快意須臾。與勳前攻天保城時，叛軍多草帽藍衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其後，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團營，參伍綜錯，注重佔領要隘，警備非常，不能遽爾分兵四出剿捕。營壘粗就，始得派遣游騎周匡偵巡，餘孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勳等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，並分別嚴申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百餘人，所有贓物，概發商會招領，市面略定，人心少安。勳與國璋，督師分道南來，既未能不戰而屈人，又無從臨戰而弭禍，彷徨中夜，內疚良多。而路透電竟以賊匪強暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勳等難甘默認，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆毀，淆惑聽聞。應請大總統派員來寧，切實調查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑒。」
當張勳在南京胡鬧時，辮子兵亂燒、亂殺、亂搶，無所不為。有一天殺錯了人，殺傷了三個日本人，日本全國為之震動，軍人們竟向日本外相牧野請願出兵中國。日本駐華公使山座向袁政府提出了嚴重抗議，要求中國！政府向日本謝罪，同時黜免張勳。袁派張勳的同鄉李盛鐸到南京來調查，李勸張對日本人讓步，以免引起兩國關係惡化。張乃和日本駐南京領事船津直接談判，談判的結果是張勳親自到日本領事館道歉，日本放棄了要求撤換張勳的要求。可是日本問題雖告解決，美國和英國也一而再提出了撤換張勳的要求。由於外國人有這樣的要求，正好給袁撤換張勳的好借口，何況袁這時在外交上正親！美英，使他對美國和英國的建議愈加認真。袁世凱又派張勳的老友阮忠樞前來南京，把外交團的意見委婉地告訴張勳，要他自動辭職，以免引起外交上的更大壓力。
張勳正興高采烈做他的「兩江總督」，聽了阮忠樞的話，直氣得一佛出世，二佛升天，跺著腳說：「我的這個印把子，是拿自己的性命拼來的，袁宮保要怎辦就怎辦，用不著拿洋人來嚇唬我，也用不著勞你的大駕來勸我。」阮敗興而歸，把張的一切回報了袁。袁對這位張辮帥也有點傷腦筋，又派李盛鐸、劉恩源、錢能訓、段芝貴陸續前往南京勸張，接受新命——長江巡閱使。段芝貴最長辭令，他說：「總統確有苦衷，不願意惹起外交上困難。」然後他傳達袁的意旨，請張改任長江巡閱使，他描繪巡閱使在官職上是比都督大一級，都督只管一省的軍事，而巡閱使卻管好幾省的軍事。
張果然動心了，同時他也沒有能力敢於抗命，於是提出了三個調職條件：一是他在江蘇都督任內開支的65萬元准予報銷；二是調職後請再撥開拔費50萬元；三是他奉調長江巡閱使必需有實際的權力，要節制湖南、湖北、江西、安徽、江蘇五省的水上警察。
段芝貴把張勳的條件回報給袁，袁毫不考慮便全部接受。
張勳是接受了袁世凱的條件，但是如此一來一去，生生地就把時間給耽誤了。就在張勳整裝待發，準備會徐州的時候，東北軍已經做好了討伐辮子軍的準備。