做為科舉考試中最高等級的殿試，其實卻是最簡單的，因為無論成績如何，考完之後都能做官，無非是排名先後而已。一般成績靠前者，往往會被選入翰林院，雖然初期要經過很長時間的煎熬，但因為一直接近權力的中心，以後就有機會入閣拜相，最次也能做到個六部侍郎、郎中。
而成績靠後者，一般會外放，也就是擔任地方官員，從七品知縣做起。雖然從知縣升到閣部大員難度極大，但山高皇帝遠，油水卻比在朝中肥得多。所謂「三年清知府，十萬雪花銀」，清官尚且如此，貪官就更不用說了。因此很多人倒寧願成績靠後，外放撈實惠。
不過殿試的試卷一發下來，卻出乎所有考生的意料之外。過去殿試只考「策問」，即皇帝提出一個時政問題，考生講述自己的見解。
但是這次的試卷卻並非策問，而是羅列出一大堆官職，讓考生填寫任職意向，並說明理由。眾人心想這算什麼考題？但既是殿試，也沒人敢造次，只得認認真真地閱讀起來。
可是這一細看，相當多的考生都大失所望。過去進士任職，無非就是翰林院待詔和知縣這兩種；可試卷上列出來的，卻至少有數十種官職之多，當然全是正七品以下小官。比如：
知縣，正七品，一縣主官，掌管一切事務。
縣丞，正八品，輔佐知縣管理全縣事務。
縣主簿，正九品，管理全縣的文書賬冊。
縣典史，無品級，掌管緝捕、監獄。
府推官，正七品，掌一府刑訟之事。
按察司經歷，正七品，相當於都察院在地方的辦事員，監察地方官員。
中書舍人，從七品，協助內閣處理奏章。
提舉，正八品，負責一項具體事務的襙作，如制鹽、水利等。
大使，正九品，職責與提舉相近，但級別又低了兩級，多供職於過去朝廷認為不太重要的職能部門，如承運庫、顏料局、皮作局、織染所等。
待詔，從九品，即翰林院最低級的官員。
教授，從九品，負責督導地方上的教學與考試事宜。
這些官職裡，像知縣、中書舍人這些都是比較受歡迎的，因為要麼有實權，要麼可接觸到朝中高官。可其他官職就實在太卑微了，與胥吏也差不了多少。而且這些官職一般都是世襲的，朝廷任命只不過走個形式而已。
朱由檢見眾人狐疑，便朗聲笑道：「你們是不是嫌有些官職太小？朕告訴你們，任何官職都有他的用處，任何一個崗位，要想把它做好、做到極致，都是一門高深的學問。而且過去像縣丞、主簿、典史這樣的官職常常世襲，也不能陞遷，朕認為這很不正常。自今日始，這樣的官也要納入吏部的考核之中，能者上庸者下。你們要是做得好，很快就可以陞遷，入閣拜相也並非不可能。
「另外，朕讓你們選官職，是想看看你們對哪種官職更感興趣，覺得自己有能力、有動力做好。若你選的官職，事實證明你不能勝任，朕也只要將你們降級罰俸，可要想好了再選哦！」
雖然如此，選擇「知縣」、「中書舍人」和「翰林院待詔」的人還是佔大多數。朱由檢也預料到這種情況，反正這只是考生們的意向，決定權還是在皇帝手中。
但也有些考生，主動選擇了更「卑微」的官職。比如朱由檢頗為欣賞的熊汝霖，他的任職意向就選擇了品級最低、低到沒有品級的典史。他的理由是：典史掌握一縣衙役，肩負著緝盜的重要責任。如今浙江一代倭寇猖獗，他情願回家鄉做個小小的典史，保境安民，維護大明海疆。
又如袁樞，朱由檢後來才知道他竟是袁可立之子。袁樞卻並不想倚仗父親的職位與威望提攜自己，而情願做一個九品主簿。他認為現在各地衙門賬目混亂，貪腐情況十分嚴重，戶部收不上賦稅，自然也會間接影響到邊軍糧餉的補給。如能讓他做個主簿，他保證可在一個月之內將任何一個縣的所有賬目梳理清楚。
當然，最讓朱由檢欣賞的，還是黃宗羲給出的答案。這些官職黃宗羲全不要，堅持要去戶部，哪怕沒有官職，做個文書小吏也成。
黃宗羲認為朝廷的賦稅制度已經到了非改革不可的程度。一方面，「天下之田賦日增」，並產生了三個嚴重的危害。一是「積累莫返」，即每次稅制改革以後，不管怎麼改，老百姓的稅賦水平總是在提高；二是「所稅非所出」，即田賦折銀，在折銀的過程中會有盤剝百姓的情形發生；三是「田土無等第」，即不分土地的肥瘠程度，也不管種植的是什麼作物，一律按一個標準收稅，造成事實上的不公平。
而在另一方面，大批的商人經商收入遠超種田，這部分收入卻沒有或很少徵稅。朝廷以農為本沒有錯，但是賦稅仍以田賦為主，實際上是鼓勵農戶棄農經商或是做工。如果糧食夠吃，這倒也沒什麼；可現在連年鬧饑荒，種田的人卻越來越少，收成自然也連年下降，田賦則全壓到繼續種田的農戶身上，那些經商賺大錢的商人富戶卻逃避了賦稅，這又是極其嚴重的不公平。
因此黃宗羲堅決要求到戶部任職，那樣他就可以在全國範圍內展開深入的調研，並提出一整套賦稅改革方案。現在這個方案當然還沒有，但黃宗羲已經提出一個原則，那就是「崇本抑末」。
所謂「崇本」，即是把農、工、商都視為立國之本、賦稅之本，加大對工商業的徵稅力度，同時也要對工商業給予和農業一樣的扶持。
「抑末」，則是凡和工農商不太沾邊、不能為社會創造財富的行業，如僧道、倡優；或是一些只能供少數人享用的奢侈品行業，如酒、絲、精製瓷器等，則應著力抑制，以免他們擠佔過多的社會資源。
朱由檢看罷讚不絕口，當即欽點黃宗羲為此次恩科的狀元！