眾大臣參加日講，原本是想給年輕的皇帝好好上一課，一來顯示自己學識淵博，讓皇帝增加對自己的尊敬，也好擴大話語權；二來也確實是想用儒家的正統思想影響皇帝，打造出一個他們心目中的「有道明君」。
沒想到朱由檢可倒好，反倒借題發揮，給大臣們上起課來，還讓暫未恢復官職的徐光啟大講世界地圖。這可讓這些滿腹經綸之士大為光火！
而且朱由檢還藉著《皇明祖訓》，第一次明確了大明帝國的疆域。對此很多大臣也並不贊同，只是孫承宗、袁可立和王在晉這三位重臣支持朱由檢，其他人也不好當場反對。但對於世界地圖，他們可就不客氣了，明裡對徐光啟大加抨擊，實則是向皇帝表達自己的嚴重不滿。
從朱由檢這方面來說，雖然預料到了「世界地圖」這個新事物肯定會讓一些人難以接受，但也沒想到大臣們反彈的情緒如此強烈，甚至上升到「異端邪說」的高度。而且不光是這些已為重臣的老頭子，就連那些年輕的國子監監生，也大多不肯相信徐光啟所講。
最後還是孫承宗息事寧人，請徐光啟「稍事休息」，讓來宗道繼續講《詩經》，才將矛盾暫時掩蓋了下去。朱由檢當然也得賣孫承宗幾分面子，耐著性子將這堂日講聽完。這場皇帝與大臣之間的「暗戰」，最終只能算打了個平手，朱由檢也第一次領教到了明代官僚集團的強大力量。
日講結束之後，朱由檢來到皇后蕊兒的坤寧宮，原想著夫妻分別兩個多月，現在剛剛安頓下來，今晚要好好溫存一番的。只是一想到朝中大臣對最基本的世界地圖都拒絕相信，那以後自己再推行任何改革，也必是困難重重，朱由檢的心情就全被破壞了，甚至用膳時都在走神。
蕊兒看出朱由檢的心不在焉，忙溫言詢問其故。朱由檢對蕊兒當然沒什麼好隱瞞的，就把今天日講的經過源源本本說給她聽，說完還鬱悶地道：「你說咱們當日在秦王莊時，想做什麼就做了。現在當了皇帝，反倒受限制更多！」
蕊兒聽罷沉默了一會兒，突然笑道：「蕊兒不懂國家大事，依祖制也不可干預朝政。不過萬歲初登帝位，面對的不再是一個小小的涇陽縣，而是整個大明；權力更大了，但面臨的困難也成倍增多，一時難以適應也是正常的。
「萬歲可先易後難，撿著那些大臣們不怎麼反對的事去做，則萬歲權威日重，以後再做那些難做的事，阻力也就沒那麼大了。而且一件事的推行，如果只是萬歲自己做未免太過費力，若有一部分朝臣相助，就會順利很多。」
朱由檢頓覺豁然開朗，再想想自己登基以後的經過，果如蕊兒所說。像扳倒魏忠賢這麼難的大事，是借重了勳臣張惟賢，以及秦兵的力量才達成的。如果自己直接向魏忠賢開戰，別說碰一鼻子灰了，現在有沒有命在都不一定。
而扳倒魏忠賢以後，自己的一系列決策之所以沒有受到朝臣的反對，是因為這些決策實際是對被閹黨打壓了太久的東林黨以及其他中立派有利的。順水推舟當然容易，現在自己要逆水行舟，觸動這些人最頑固堅守的理念，甚至是實際利益，遭到反對也是必然的。
而蕊兒給他出的主意，實際上就是「溫水煮青蛙」，將前任皇帝分散出去的權力一點一點地收回手中。等到人事、財政、軍事等所有大權盡在掌握時，再推行新政也就容易多了。而且要著力培養一批忠於皇帝、執行力強的大臣，這樣才能迅速統一輿論，確保政策的有效實施。
想通了這一節，朱由檢大為興奮，連飯也不吃了，直接把蕊兒抱上了龍床，用實際行動好好感謝了她一番。
第二天早朝時，朱由檢果然改變了策略，對朝臣們提出的一些涉及到人事上的調整一概詔准，尤其是「枚卜」，這讓東林系大臣不禁大喜過望。
所謂「枚卜」，其實就是重選內閣成員。但閣臣位高權重，大臣們誰都覺得自己最有資格做，難免為此爭論不休；皇帝也左右為難，遲遲不能定下人選，以至於耽誤朝政。
後來不知道是從哪任皇帝開始，發明了「枚卜」之法，說白了就是抓鬮。也就是從一大堆候選名單中隨機抽取幾個，抽上誰，誰就做閣臣；然後按照年齡排序，年齡最長者為首輔，次長者為次輔，以此類推。
朱由檢之前一是認為此法形同兒戲，二是也不願意讓東林黨人完全控制內閣，因而一直沒有批准「枚卜」，讓那些急著取代施鳳來等閣臣的大臣們焦躁不已。今天終於同意，自是「大快人心」。
不過朱由檢也提出了自己的要求，那就是枚卜大典要放在恩科之後進行，而且皇帝也可親自提名幾個人選。眾大臣一想皇帝好不容易同意了，可別節外生枝，於是也滿口答應，心想反正候選人有幾十人之多，絕大多數是東林黨，抽中其他人的概率實在微乎其微。
定下這件大事之後，朱由檢以宮中四衛在京師兵變中表現不佳為由，要求裁撤宮中四衛，新設皇城警衛團。
對朱由檢這個要求，大臣們倒沒有太大反對，畢竟這是關係到皇宮宿衛的大事，也算是皇帝的家事，和朝政關係不大。雖然也有人覺得四衛乃宣德年間所設，算是祖宗成法，不宜輕動；但朱由檢以「衛所增減，多有先例」為由堅持己見，他們也就沒什麼可說的了。
於是朱由檢立即降詔，任命燕凌為皇城警衛團指揮使，品級為正三品，警衛團的人員則全部從特戰隊員和秦兵中選拔。至於原來的宮中四衛，則併入三大營中，暫歸解勝、李定國、郝永忠統轄。
如此一來，朱由檢不但確保了皇城內的安全，也不動聲色地撤銷了四衛的建制，邁出了機構改革的第一步。
就在準備散朝時，一名兵部官員突然闖入乾清宮，氣喘吁吁地奏道：「陛下，遼東緊急塘報！」