雖然開局並不順利，但是不管怎麼說隨著科斯島的入手，英國人再度變得信心十足起來，他們並沒有急於向這個關鍵性的島嶼運送後續兵力，而是先在島上部署了兩個中隊「噴火戰鬥機」並海運來的24門高射炮用於保護島上那唯一的一個機場。
與此同時一場討價還價則在英、美兩國之間迅展開。9月22日，認清了對手實力的威爾遜策劃對羅德島實施新的進攻，這一次他提出的最低要求是除了原本計劃投入戰鬥的第第5印度步兵師至少一個旅的兵力。也就是為了奪取羅德島，英國人至少需要一次性運送2個步兵師及部分裝甲部隊的海上運力。好在除了3艘坦克登陸艦和1艘醫療船之外，梅特蘭.威爾遜只要求皇家海軍提供驅逐艦用作護航和炮火支援。
但是即便就是這些物資，對於正全力進行著「霸王」行動準備的英、美盟軍而言也是頗為難得的。為此丘吉爾親自出面向艾森豪威爾求助，他強調只要再增加能運輸1個師兵力的登陸艇，並且有主要的空軍力量給予幾天的協助，羅得島肯定會屬於盟軍。但是艾森豪威爾卻只能表示愛莫能助。
畢竟在目前所急需的物資中，最重要的就是登陸艇，為了保證足夠數量的登陸艇，盟軍不僅將登陸時間推遲了一個月，還將原計劃同時起的在法國南部的登陸推遲到8月。美軍陸軍總參謀長馬歇爾不顧海軍的強烈反對，從太平洋戰場調來一批登陸艇，這才湊夠足夠的登陸艇。因此即便美國人對於英國這個盟友在地中海肆無忌憚到處點火的方式表現出空前的不理解。
最終1o月7日，丘吉爾不得不致電羅斯福說明情況，但後者完全同意艾森豪威爾的意見，但是羅斯福還是出於維護英、美同盟的角度出，許諾將全力支持在羅馬西南展開的安齊奧登陸戰，從美國把與「霸王」計劃有關的5oo多艘登陸艇中抽調出5o艘用於地中海方向，如此一來英國人在安齊奧方向展開登陸作戰的本錢就雄厚的多。要知道在這個方向上英國人原本僅有的87艘登陸艇，甚至達不到運送2個師的最低要求—88艘登陸艇。而計劃在1944年1月展開的安齊奧登陸戰與奪取羅德島之間的時間差也令丘吉爾感到有空子可鑽。
但是就在丘吉爾自以為看到了希望之時，德國人果斷起的反攻卻令他的心情如倫敦的天氣一樣迅糟糕起來。先是德國第1o航空軍主力從意大利轉場到希臘，開始集中力量攻擊愛琴海上的英國艦艇。令英國人向已經控制的各個島嶼運送兵力和物資的行動日益困難。從9月18日開始，德軍的空中打擊變得頻繁起來，9月26日，德軍俯衝轟炸機攻擊了停泊在萊羅斯錨地內的英國艦艇，擊沉英國皇家海軍的驅逐艦「勇敢」號和希臘驅逐艦「韋西利.薩沃爾加」號，1o月1日又擊沉投奔盟軍的意大利驅逐艦「歐洲」號。
而此時英國皇家海軍在整個地中海戰區都頗為不順，9月16日在掩護薩勒莫方向的登陸戰役中，英國伊麗莎白女王級戰列艦「厭戰」號被德國空軍he－177a5
「禿鷹」重型轟炸機所投放的「弗裡茨—x」無線電指導滑翔炸彈直接命中，遭遇重創。這樣一來英國皇家海軍曾經在日德蘭和馬塔潘角海戰大放異彩的伊莉莎白女王級戰列艦除了部署在遠東的「馬來亞」號之外便幾乎全部退出了地中海戰區—巴勒姆早在1941年11月便被德國海軍潛艇u—331號射的魚雷擊沉，而「伊麗莎白女王」號和「勇士」號則在亞歷山大港內為意大利的蛙人偷襲得手。
「厭戰」號蹣跚著駛往馬耳他的身影，令英國皇家海軍不得不重新評估地中海的局勢。雖然自開戰以來，坐擁強大的主力艦隊的意大利海軍並沒有給英國人帶來太大的麻煩。但是德國人的空中打擊卻令皇家海軍失血頗多。僅在第一次克里特島攻防戰中，英國皇家海軍便付出了4艘巡洋艦、6艘驅逐艦、3艘反潛驅逐艦被擊沉，1艘航空母艦、3艘戰列艦、3艘巡洋艦、8艘驅逐艦被擊傷的慘重代價。為了避免在英國皇家空軍掌握愛琴海制海權之前，海軍再遭遇不必要的損失。英國皇家海軍的大部分驅逐艦暫時撤離了愛琴海，坐等登陸艦艇和陸軍完成集結，向羅德島起第二次進攻。
但是德國人並不打算給對手以準備的時間。顯然最高統帥部和和前線的指揮官們都很清楚愛琴海上諸島的爭奪取決於制空權的歸屬。一旦英國人在空戰中佔據上風。那麼將極大的威脅德國人從希臘南部通往羅德島和克里特島的海上航線。而此時英國皇家空軍已經開始對羅得島上各處目標進行轟炸，同時克里特島也被列入了攻擊目標。德國人開始清醒的意識到要避免這些島嶼成為盟軍進攻巴爾幹地區的前進基地。只是固守幾個關鍵性的島嶼是遠遠不夠的，他們必須反攻，將意大利人出賣的群島從英國人手中奪回來。
第一個作戰目標自然鎖定在英國人剛剛接手的科斯島，這個4o公里長、8公里寬的海島之上，英國人至今仍只有1個營的兵力，而且佈防鬆散，在至關重要的機場方面，英國人只部署了1個連。為此德國人制定了頗為大膽的北極熊計劃—從海陸兩線同時起進攻，一舉瓦解英國人的抵抗。
這無疑是一個瘋狂的決定，畢竟德國海軍在愛琴海噸位最大的戰艦也不過是幾艘獵潛艇而已。在海上幾乎無優勢可言，而德國空軍也沒有完全獲得制空權的情況下，德國人之所以敢於主動進攻，除了迫於形勢之外，很大程度上也來源於他們對其地面部隊戰鬥力的自信。而此時駐守克里特島的第第1勃蘭登堡團在內的幾支小規模精銳部隊的支援。
被稱為現代特種部隊鼻祖的勃蘭登堡團最早隸屬於德國諜報局，是一支被賦予特殊使命的武裝分隊。但是隨著閃電戰在整個西歐和蘇聯打響，到1942年秋天，勃蘭登堡團已經擴大到師級規模。但是盛極而衰，隨著東線的戰事進入拉鋸階段，善於從事敵後滲透的勃蘭登堡團開始逐漸不能適應越來越殘酷的陣地防禦戰，為此柏林方面只能將這支部隊暫時撤往西線休整。而此刻這支部隊正好成為了弗雷德裡希.威廉.繆勒中將手中的利劍。
繆勒中將的計劃並不複雜，從克里特島的守軍之中抽調出第22機降步兵師的2個步兵營及其他附屬部隊總計約8個營的部隊從海上向科斯島起進攻，同時由勃蘭登堡團直屬第15空降連乘滑翔機直接在島上機場方向突擊著陸，一舉搗毀英國空軍在島上的防禦力量。
德國人的反擊完全打亂了英國人原有的部署，此時在愛琴海方面英國皇家海軍有驅逐艦「平德斯」號以及隸屬於希臘流亡政府的驅逐艦「地米斯托克利」號，如此微薄的兵力自然無法挫敗得到航空兵支持的德軍護航運輸隊，而勃蘭登堡團的傘兵在科斯島中央機場的成功著陸，更令英國人在島上的防禦迅崩潰。
在經過英國人所謂「短暫而激烈的戰鬥」之後，科斯島上約1個營左右的英國人幾乎全部被俘，當然同時被俘的還有來不及被遣散的3千多名意大利戰俘，或許英國人遲遲沒有向科斯島增兵的理由之一便是島上還有數千名已經「倒戈一擊」的意大利士兵可以協同作戰。但是他們似乎忘記了這些意大利人在他們到來之時是如何「簞食壺漿、以迎王師」的，指望意大利人能奮勇作戰還不如期待愛琴海突然出現颱風來得可能性更大一些。
科斯島的失守令丘吉爾頗為震動，他敏銳的感覺到愛琴海的局勢正在朝著與自己初衷向背的方向展。在攻佔科斯島的同時，德國人也在不停加強對薩摩斯島和勒羅斯島的空中打擊。這兩個島嶼都是愛琴海上重要的航運中樞，可以是英國皇家海軍在該地區的海上柱石。除了海軍艦艇之外，英國海軍航空兵的一個水上飛機中隊也頻頻地從島上出擊，嚴重威脅著當地德國人的海上通道。
雖然英國皇家海軍在科斯島失守之後一度奮起反擊，擊沉了德國人的幾艘運輸艦和佈雷艇。但是在盟軍空中力量不斷被抽調向意大利戰場的情況之下，戰神的天平逐漸開始向德國人有利的一面傾斜。為了穩定戰場態勢英國人開始向勒羅斯島增派地面部隊，除了包括第234旅之外，英國人還向島上運來了由猶太志願者組成的巴勒斯坦旅，顯然比其散漫的印度人來，倫敦更信賴那些與納粹不共戴天的猶太人。
但是增加再多的地面部隊也無助於戰局，在美國人只能提供2個遠程戰鬥機中隊的情況下，進入11月德軍已經完全掌握了制空權，英國船隻惟有在夜間活動才不致遭到損失。而隨著德軍的海空封鎖越加嚴密，英國人甚至不得不利用潛艇想方設法向勒羅斯島運輸人員和補給品。此時土耳其是否參戰便成為了英國人能否守住愛琴海上這些島嶼的關鍵因素。畢竟薩摩斯島和勒羅斯島距離土耳其的海岸線都只有一衣帶水之隔。