建安十六年（公元211年）馬超、韓遂率眾反叛，並佔據了潼關。《三國演義》裡說，馬超是因為父親馬騰被曹操殺了才反叛的，事實正好相反，當時馬騰活得好好的，在京師做衛尉，是因為馬超造反，他才被殺的。這年的七月曹操西征，與馬超「夾關」對峙。他一面吸引馬超的注意力，一面派徐晃、朱靈從蒲阪津夜渡黃河，佔據河西。那麼曹操是怎樣吸引馬超注意力的呢？那就是交戰。戰果怎樣《三國誌》沒說，但根據推斷應該是曹操敗了，不然就不會派人夜渡黃河了。然後曹操主力北渡渭河，準備斷馬超的後路。馬超當然不能讓曹操這樣做，於是來了個「半渡而擊之」。
關於此戰，《三國演義》的描寫與史書的記載大同小異。曹操的部隊剛渡過一半，馬超突然出現。曹操和另一半人馬還在渭河北岸，眾人一看馬超殺到立刻一擁下岸，去搶渡船。只有曹操很鎮靜，坐在胡床上沒動，「按劍指約休鬧」。曹操這樣做大概是為了穩定軍心吧？他手下的大將許褚（《曹瞞傳》說是張郃）一看不妙，連扶帶拽的把曹操弄上一艘小船。其他的士卒也要上這隻船，搞得小船嚴重超載，眼看就要沉了。許褚揮刀「斬攀船者」，這才把船划出岸。可是船工已經「中箭死」了（也不排除許褚殺紅眼了，連船工一併做掉），小船順流向下漂了四、五里，馬超帥騎兵沿岸追下來，「矢下如雨」。許褚左手舉馬鞍為曹操擋箭，右手撐船，形勢十分危急。多虧了校尉丁斐在岸邊放出牛馬，引得馬超的士兵去搶，曹操這才脫險。曹操手下的諸將看到兵敗，急忙找曹操，可是一直沒找到（他們不知道，曹操已經漂到下游了），可把大家急壞了。後來曹操自己回來了，諸將又悲又喜，「或流涕」。這是真實感情的流露，由此可見曹操還是深得諸將之心的，也因此得他們死力相輔。曹操御下有方，賞罰並行，獎懲分明，這點比曹丕強多了，曹丕上任沒多久就把曹洪逮捕了，這事後文會有介紹。曹操回到大營，大笑曰：「今日幾為小賊所困！」他的這股勁真是讓人不得不服。曹操敗給張繡之後，赤壁大戰後，還有這次，幾次死裡逃生之後都「大笑」，從來沒有垂頭喪氣的時候，這種樂觀的精神確實值得學習。
曹操渡河之後，馬超等人看到形勢不利就「請和」。請注意，是請和不是請降。曹操已經佔據了主動，當然不會接受請和。曹操曾說過：「馬兒不死，吾無葬身地也！」他下定決心要徹底剷除馬超這股勢力。於是雙方接著開打。馬超「固請」，並願意割地，還要送子為質。曹操可不上當，暗想：你老爸還在京師呢，你都能反，送個兒子來有什麼用？我即使殺了他你也不會心痛，該反還是反。曹操本不打算同意，但是「用賈詡計，偽許之」。於是與韓遂在陣前相會，兩人「交馬語」，嘮了好半天。原來，曹操與韓遂的父親是同年舉的孝廉，算是故人，所以與韓遂比較有共同語言。他們只談了些京都舊事，一點沒提「軍事」。《魏書》說，當時韓遂的士兵都往前擠，想看看曹操長什麼樣。曹操笑著說，你們想看看我嗎？我也和常人一樣，不是長了四目兩口，「但多智耳」。瞧這份灑脫，這份自信！韓遂回來後，馬超問他和曹操都說了什麼，韓遂一想，好像沒什麼要緊的，都是些舊事。馬超見韓遂說不出什麼不由得起了疑心。然後就是「抹書間韓遂」了。曹操讓人招搖過市般的到韓遂營中送了一封經過塗抹的信，韓遂看了正在納悶，馬超聽到消息來了。一看信被塗抹過，自然認定是韓遂作了手腳，於是「愈疑」，以為韓遂要算計自己。兩人合夥打仗，總這麼互相猜疑還能贏嗎？曹操見差不多了，該決戰了，「乃與克ri會戰」。「先以輕兵挑之，戰良久，乃縱虎騎夾擊」。此役曹操取得全勝，馬超、韓遂敗走，逃往涼州。順便說明一下，韓遂並沒有像《三國演義》說的那樣降了曹操，還被授予侯爵，而是繼續戰鬥，與曹操為敵。後來他又投靠到金城的氐王那裡，最後於建安二十年（公元215年）在金城被殺。馬超後來投奔張魯，曹操佔領漢中後馬超隻身逃走，庶妻和兒子馬秋都被曹操俘虜。曹操恨透了馬超，把他的庶妻「賞給了」張魯手下，把馬秋交給了張魯，張魯「自手殺之」。
在戰後的總結會上有將軍問，與馬超相持時，為什麼一聽說敵人援軍到來，您就很高興呢？曹操說，敵人如果在原地「各異險阻」，要逐個蕩平少說也要一、二年，現在都聚集在這裡，「一舉可滅也」。曹操的軍事能力非常出眾，《魏書》說他行軍打仗大體上依「孫吳之法」，但又能「因事設奇，謀敵制勝，變化如神」。有時還以手令的形式，就是所謂的「錦囊」，指導前線的將軍，「從令者克捷，違教者負敗」。與敵人對陣時，「意思安閒」，好像沒有開打的意思，可一旦戰機出現，立刻傾力出擊，「氣勢盈溢」。每次克敵都不是僥倖獲勝。曹操還給《孫子兵法》作注，而且自己也寫了一部十餘萬字的兵書，還讓各級指戰員們在實際臨敵時按照這本書的指導來行事。曹操的軍事能力不但被部下認可，就連他的敵人也甘拜下風，自歎弗如。在劉備屯兵小沛的時候，曹操曾派劉岱、王忠「擊之」。劉備對他們說，像你們這樣的來一百個也奈何不了我，如果曹操親自來，那還真「未可知耳」。真的未可知嗎？讓我們來看看劉備的表現。劉岱、王忠敗了之後，曹操果然親自來打劉備。當時官渡之戰就要打響，劉備不信曹操會在這個時候親自來打他，於是帶人登高遠望，一看見曹操的帥旗，劉備立刻「棄眾而走」。還有官渡之戰時，汝南的劉辟、共都反叛曹操，相應袁紹，袁紹派劉備協助他們。曹操打敗袁紹後，親往汝南，劉備聽說曹操來了，故技重施，沒等開打就跑了。就連諸葛亮在《後出師表》中也提到「先帝每稱cāo為能」。由此可見，對於曹操的本事，劉備不但「知」，而且大大的「知」。連劉備這樣的梟雄、這樣的敵人都稱曹操「能」，看來曹操還真不是一般的「能」。
馬超雖然被擊敗了，但沒能徹底摧毀他的勢力總讓曹操不太放心，於是再回兵前曹操留夏侯淵駐守長安，以鎮西北。
打了這樣的大勝仗，朝廷總要表示一下，於是賜給曹操一想特權：贊拜不名，入朝不趨，劍履上殿。古時大臣在大殿上發言時要先說「臣某某」，也就是先報一下名字，而且上殿時要小跑著進來，還有不但不能帶寶劍等兵器，連鞋都不能穿。現在曹操這些都免了，就和當年的蕭何一樣。這更是一個榮譽，其實這些曹操都已經有了，對於這樣的賞賜他當然不會滿足。他已經想好怎樣「賞賜」自己了，不過還要等一等。建安十七年，曹操以朝廷的名義把臨近幾個郡的十幾個縣劃給了魏郡，擴大了魏郡的領地。這年的十月，曹操東征孫權。
孫權得到消息，立刻在蕪湖附近的長江岸邊修築了濡須口，以待曹兵。曹操看到東吳威風凜凜的戰陣不禁歎道：「生子當如孫仲謀」。後世辛棄疾乾脆把曹操的感慨直接用到了詞裡「生子當如孫仲謀，天下英雄誰敵手？曹劉！」關於這一戰同是《三國誌》卻有不同記載。《三國誌魏武帝紀》裡說曹操小勝，「獲權都督公孫陽」。可是《孫權傳》卻說雙方相持月餘，曹操見佔不到便宜就退兵了。似乎《武帝紀》更準確一些。總之曹操是退兵了。曹操回到鄴郡（其實曹操自打敗袁紹奪得鄴郡後就一直住在這裡，而不是像《三國演義》裡說的那樣住在許都），覺得時機差不多了，該「賞賜」自己了。果然沒多久，建安十八年（公元213年）五月，皇帝派御史大夫卻慮持節來冊封曹操。他代表漢獻帝冊命曹操為「魏公」，並加九錫。封地為河東、河西、魏郡、趙國、中山、常山、巨鹿、安平、甘陵、平原共十個郡。按照爵位的順序「公、侯、伯、子、男」，「公」是最高一級。而「公」又有郡公和國公之分，曹操的封地有十個郡之多，他一定是國公。現在的曹操的爵位是最高一級裡最高的一等，這是真正的位極人臣。再高就是「王」了，但那是只有皇家宗室才能被冊封的爵位，不是「人臣」所能享有。曹操曾經上書「三辭不受」，但在漢獻帝的「一再堅持」下「只好」接受了。
曹操不但受封「魏國公」，還受「九錫」。下面來解釋一下「九錫」。「錫」是通假字，應該是「賜」，是賞賜的意思。「九錫」是天子賞賜給有極高功勳的諸侯、大臣的九種禮器。得賜「九錫」基本上是臣子所能得到的最高禮遇了，比「贊拜不名，入朝不趨，劍履上殿」還要高，這個制度最早源於西周。據《禮記》記載，這九種禮器是：車馬、衣服、樂則、朱戶、納陛、虎賁、斧鉞、弓矢、秬鬯圭瓚。這九種禮器每一樣都有寓意，不是隨便就可以賞賜的。現在詳細說明一下：
一曰車馬。指大輅、戎輅各一，輔以玄牡二駟。大輅是指金車，戎輅是兵車。玄牡二駟也就是黃馬八匹，用以拉這兩輛車。賜以車馬，表示受賜者其德可行；
二曰衣服。指袞冕之服，赤舄為副。袞冕是指王者之服，赤舄即朱履。能安民者賜之；
三曰樂則。樂則是指王者之樂，在這裡就是定音、校音器具。使民和樂者賜之；
四曰朱戶。指紅漆大門。表示受賜者極得民心，民眾眾多；
五曰納陛。陛，階也。大概是登殿時特製的階梯，能進善者賜以納陛；
六曰虎賁。虎賁三百人，虎賁就是守門之軍。能退惡者賜以虎賁；
七曰斧鉞。斧和鉞都是古代的兵器，但後來在實戰中很少用到，更多是用於禮儀場合。受賜斧鉞表示給了受賜者誅殺有罪者的權力；
八曰弓矢。指特製的紅、黑色的專用弓箭。具體就是紅色的弓一張，紅色的矢百隻，黑色的弓十張，黑色的矢千隻。賜予弓矢表示給了受賜者征討不義的權力；
九曰秬鬯圭瓚。秬鬯一杯，圭瓚為輔。秬是黑黍，鬯是美酒。秬鬯指用黑黍和香草釀成的酒，主要用於祭祀。圭瓚是宗廟祭祀用的器具，多為玉製，這裡指酒具。秬鬯圭瓚，就是美酒一杯，酒具一套，用於祭祀。受賜者可以用來祭祀宗廟和先人。
經過介紹我們知道，「九錫」本身並不是多麼值錢的物品，但它代表著極高的榮譽，而且對受封者的要求極高，所以一直以來受「九錫」的人少得可憐。在曹操之前上一個受「九錫」的人是王莽，但他後來篡漢而立「新」，終結了西漢二百多年的統治，因此當時大家對曹操的受封議論紛紛，就連曹操集團內部意見也不統一，很多人持反對意見。王莽和曹操還有後來的司馬昭先後受「九錫」，使得世人對「九錫」頗不感冒，認為那是篡位的前奏，以至於「九錫」一度成為貶義詞。後世的權臣見了「九錫」都躲著走，即使皇帝賞賜，多數也都不敢接受。比如東晉的恆溫，他就曾拒絕過天子加「九錫」的賞賜。
曹操的這個做法引起了很多人的不滿，尤其是那些以「保曹」的方式來實現「保漢」目的的人，甚至就連曹操集團內部也有很多人看不下去。曹操手下最得力的謀士之一——荀彧就是個例子。這段歷史和《三國演義》的描述基本一致：早在建安十七年，董昭等人商議為曹操請封的時候，荀彧就提出了反對意見。他認為，曹操起義兵是為了「匡朝寧國」，「不宜如此」。他的反對讓曹操很是意外，可能也很傷心，「太祖（曹操）於是心不能平」。這就直接導致了荀彧的失寵，直至死亡。關於荀彧和這段歷史後文會有詳細評述。不過話說回來，以曹操的功勞封個國公應該不算過分，只是王莽的前車之鑒影響實在不好，而且曹操又確實有欺君罔上之實，所以才會有這麼多人反對。荀彧的態度代表了很多人，尤其是那些為了「保漢」才「保曹」的人的態度。曹操在銅雀台發的「令」好容易爭取到這部分人的心，現在全白費了。他的這一舉動，刺激了許多人。馬超就是其中一個，現在他更有理由與曹操為敵了。馬超在漢陽不斷騷擾，同時西北的一些少數民族也相應馬超，紛紛叛亂，並佔領了興國。當年曹操留夏侯淵鎮守長安就是防的這一手，現在用上了，於是令夏侯淵「討之」。
建安十九年正月，夏侯淵大軍還沒到，馬超就被曹操的地方衛戍部隊擊敗，老婆孩子都被殺了。馬超逃亡漢中，韓遂跑到金城。夏侯淵轉而攻佔了興國，隨即屠城。在當時隴西有個叫宋建的人自稱「河首平漢王」，定都在枹罕。他不但有自己的年號，還設立了文武百官，這樣一個政權竟然存在了三十多年！由此可知當時的漢政府是多麼的闇弱。興國離枹罕不算太遠，夏侯淵順便討伐宋建。這年的十月攻下了枹罕，斬了宋建，同時夏侯淵再下屠城令，血洗枹罕。這裡先簡單介紹一下夏侯淵，後面會有詳細記敘。很多人尤其是通過《三國演義》瞭解這段歷史的人都低估了夏侯淵，其實他的能力相當突出。曹操對他的評價是「虎步隴右，所向無前」，更引用孔子的一句話「吾與爾不如也」。後來曹操會見羌胡豪帥，都讓夏侯淵在一旁，以起到震懾作用。但他動輒屠城，殺伐太重，最後陣亡在兩軍陣前。這大概就是宿命吧？