華歷四年56日，帝國聯合艦隊僅以7人受傷的代價，尼拉的西班牙遠東艦隊，並肅清了馬尼拉灣沿岸的所有炮塔。就在人們以為中國會派陸軍佔領呂宋島的時候，帝國統帥部卻下令海軍陸戰隊在關島登陸。5月中旬，帝國.=.亞納群島。當中國陸軍上岸的時候，島上的西班牙總督竟然不知道已經爆發了戰爭。
在外界看來，中國去奪取關島有點捨主求次的意思，但袁世凱下達這樣的命令卻有著兩個更深層的目的。
第一個目的是留下更多的時間，讓呂宋島的西班牙軍隊和菲律賓叛軍爭鬥。這樣就可以利用西班牙人消滅更多的反抗分子，對於將來統治菲律賓有更多的好處。第二個目的是防止美國人趁機將觸鬚伸向西太平洋。在美西間關係緊張的時候，美國民眾對太平洋沿岸卻沒有任何保衛海防和分兵把守的呼聲。實際上，很多美國人根本不知道西班牙人在太平洋還擁有實力。但是，在華盛頓卻有一個人十分清楚西班牙人在太平洋擁有菲律賓，並且還有一支由各種艦隻組成的艦隊，此人就是美國海軍代理部長西奧多-羅斯福（歷史上，就是羅斯福力主美國出兵菲律賓）。
當西美衝突剛一爆發時，羅斯福就決定不僅要在大西洋搶奪西班牙人的地盤，而且要在太平洋準備一場登陸作戰。在他的觀點裡，夏威夷是中國人佈置在美國家門口的一顆釘子，美國如果奪下菲律賓、甚至奪下任何一個西太平洋的島嶼，就能給中國同樣地威脅。所以在加強西太平洋艦隊實力的同時。美國在太平洋地區留下了一支快速艦隊，並任命在國內戰爭期間身經百戰、威名遠揚的喬治-杜威准將為總司令。對於熟悉近代海戰史的袁世凱而言，他自然知道羅斯福對菲律賓的野心。儘管美國艦隊不敢到西太平洋來槍地盤，不過一旦西班牙戰敗，美國人很有可能強迫西班牙人割讓關島和馬裡亞納群島。這樣即便中**隊佔領了關島，也會在「所有權」上與美國人產生糾紛。只有先奪下關島，造成佔領的實事，才能強迫西班牙人把所有權交給中國！
在加勒比海方面，自從西班牙本土艦隊抵達佛得角後，美國民眾強烈要求美國大西洋艦隊據守西海岸的各個戰略要地。但是美國海軍部很清楚。無論在什麼情況下，大西洋艦隊都必須作為一個整體來行動；如果把艦隊零零散散地沿著海岸線部署，那在軍事上無異於自取滅亡。最終，美國海軍部以折衷的辦法解決了這個問題——北大西洋分艦隊被分為兩大股：一股由代理指揮官海軍少將桑普森指揮，駐紮在基韋斯特，準備應付西班牙人對古巴和波多黎各的「挑釁行動」；另一股就是所謂「飛行中隊」，集結於諾福克，由海軍准將施萊指揮，作為一個活動的海上堡壘守衛著大西洋沿岸。由於美國艦隊這種部署，大大拖延了進攻加勒比海地區地速度。5月土艦隊趕到加勒比海，不過美國艦隊卻沒有對他進行任何行動。此時在美**界有一種普遍的共識：大西洋艦隊分開部署。而塞韋拉的艦隊又無損失，因此美國在加勒比還根本不具備兩棲作戰的能力，這導致美軍對古巴的行動一拖再拖。
就在美國在加勒比海調兵遣將的時候，中國聯合艦隊則閒適的停泊在馬尼拉灣內，一邊操練，一邊坐觀西班牙與菲律賓獨立分子之間廝鬥。當菲律賓軍隊抵擋不住了，聯合艦隊就向馬尼拉城內轟上幾炮，不過就是不給西班牙軍隊致命的打擊，使得戰事一直僵持！|日，美西艦隊終於進行了第一次交鋒。雖然塞韋拉屢次猜透美國艦隊的意圖。可惜在巨大地實力差距面前他也無力回天，只能帶著艦隊退入三面是陸地環繞的聖地亞哥港，憑藉著岸炮進行抵抗。隨後，美國大西洋兩支分艦隊匯合。並死死地卡住了塞韋拉艦隊的出海的航路。見美西間的戰鬥打響，中國立刻派出代表與阿吉納爾多聯繫。531日，在中國艦炮的支援下。阿吉納爾多的部隊攻克菲律賓群島最重要的軍港及軍事重鎮甲米地。同一天，日阿吉納爾多正式在甲米地發表菲律賓獨立宣言，並下令叛軍開始大舉圍攻西班牙在菲律賓最後一個據點馬尼拉！
就在菲律賓人滿心歡喜的幻想著即將到來的「獨立」時，中、西雙方在德國的「調解」下於南京開始商談停戰事宜。此時西班牙人已經意識到，他們已經失去了菲律賓，與其等著別人佔領，不如把這些地盤賣點錢。最終，整個菲律賓以1000萬中國幣地價格賣給了中國！
中、西在南京商談停戰協議時，已決定由中方佔有馬尼拉城。西班牙守軍在中方發動進攻後，稍作抵抗後順勢將馬尼拉城交由中**隊軍管理，然後由中**隊佈防，以阻止菲軍進入。6月中旬，中國兩萬陸軍以「支援」菲律賓獨立為由在呂宋島登陸。數天後，不知情的菲軍在衝鋒號響起後與中**隊一同衝向馬尼拉城。在付出了「慘烈」的代價後，中**隊順利地進入了馬尼拉城，而在另一個方向發動攻擊的菲軍，則被「英勇」地西班牙守軍頑強地阻隔在城外。當阿吉納爾多及其他的手下在西班牙人舉起白旗投降後，意圖進入馬尼拉城分享「中菲同盟」勝利成果時，卻被中**隊以「肅清西軍殘餘」為由，阻擋在馬尼拉城外。為此，阿吉納爾多一邊安撫感覺上當的菲律賓人，一邊向中國政府提出「抗議」。最終，中國履行了一個盟友地「義務」，向菲律賓政府讓出馬尼拉城……
8日。馬尼拉城原總督府。
這一天的馬尼拉總督府張燈結綵，紅毯鋪地。諾大的宴會廳裡，數百名喜氣洋洋地菲律賓人正在慶祝著獨立的到來——他們就是菲律賓抵抗組織的頭目。在中**隊剛剛撤離馬尼拉城的時候，阿吉納爾多便迫不及待的向各路抵抗組織發出邀請函，讓他們到馬尼拉城共商大事。由於這次會議涉及到政府組建，還有相應的選舉，因此各方頭目都擔心自己在權力分配中吃虧，紛紛帶著得力手下進城。馬尼拉會議一下子成了菲律賓抵抗分子的聚會……
在總督府大廳旁邊的一個小房間內，陸家駿一邊觀察著會場中的「嘉賓」，一邊笑道：「總統先生。您的號召力很強嘛，竟然來了這麼多人……」
一旁地阿吉納爾多道：「陸先生，我的諾言履行了，希望你也能夠履約！」
陸家駿道：「放心，你的妻兒現在都在南京，陛下還專門給你準備了一所豪宅……他們正等著你去享福呢……」
阿吉納爾多道：「陸先生，似乎我們還有一個問題沒談好……」
陸家駿回頭笑笑，然後交給阿吉納爾多一張本票道：「給你的錢絕不會比西班牙人少……不過中國有句古話，拿人錢財替人消災……」
看看本票上的數目，阿吉納爾多笑道：「這個道理我懂。今天來的人都是各支游擊隊的中堅分子！」
陸家駿道：「沒功夫扯閒篇了，人都來齊了嗎？」
阿吉納爾多身邊的一個隨從道：「來齊了。他們的隨從現在也被集中安排在城西的一個莊園裡！」
「很好，總統先生，您先去招待他們，行動前我會通知你！」說罷，陸家駿對身後地一個人道：「命令所有人立刻就位，城外槍聲一響這裡就動手！」
半個多小時後，宴會廳內的人熱情不減，依然興高采烈地交談著。就在阿吉納爾多藉故離開不久，，城外突然傳來一陣隱隱約約的槍聲傳來。一個游擊隊頭目醒悟過來，並拔出腰間的左輪手槍道：「不好，可能是……」
「砰、砰、砰……」話音未落，子彈開始從窗外各個角度射來。頓時將一切都打成了篩子……
總督府的槍聲猶如信號一般，那些準備「撤離」的中國部隊，立刻對集結在馬尼拉城外的菲律賓叛軍進行了大規模進攻。並且圍了馬尼拉城。由於抵抗武裝頭目基本都在城內被處死，加上阿吉納爾多早就把這些叛軍的集結地詳細標出，因此這場戰鬥更像屠殺！中**隊在艦炮的掩護下，經過一夜戰鬥便殲滅三萬抵抗分子，整個菲律賓抵抗武裝幾乎全軍覆沒，而馬尼拉也成為一座死城……
馬尼拉雖然有不少華人，然而由於長期的歷史原因，這些人從思想上已經不認同自己是個中國人。在中國的歷史上，一共有三次大規模人口遷，分別是走西口、闖關東、下南洋。下南洋導致明清時期大量華人移居菲律賓，而西班牙人擔心中國人過多移民會動搖他們地統治，於是每過二十年就對華人進行一次屠殺。在先後的五次大屠殺中，累計有十餘萬中國人慘死。後來，西班牙人逐漸意識到華人僑居海外，純屬謀生，並不會對西班牙的殖民統治地位產生威脅，但是他們仍沒有放棄排華，只是不再用人身滅絕和驅逐的辦法來對付華僑。這種背景下，菲律賓統治政府地「甲必丹制」的統治）。甲必丹制說白了就是選出一個華人擔任「甲必丹」，然後管理某個地區的華人，但「甲必丹」須由西督推薦、西王任命，而且絕對忠於西班牙地華人擔任，以此對華人進行人身控制。隨著時間的推移，到十九世紀末，馬尼拉城已經成為歷代「甲必丹」及其後代的聚居地，不能證明自己忠於西班牙的華人沒有資格進入！
儘管如此，西班牙人還是不放心中國人，於是進行出台思想同化政策——鼓勵華人與菲人子女通婚，特別是鼓勵華裔男子與菲律賓女人通婚，並給迎娶菲律賓女人的中國男人提供工作。由於華裔父親忙於工作，這種家庭後代的成長教育全由菲裔母親負責，這樣他們的思想、氣質同母不同父，逐漸失去了一個中國人的思維方式和對祖國的認同感。西班牙人就是用這種方法來逐漸同化華僑的後代，以達到削弱華僑勢力及其影響的目的，而馬尼拉城內的華人大多數就是在這種家庭出生！馬尼拉華菲混血的後代雖然外貌還有中國人的影子，然而經過西班牙的殖民教育，他們的思想已經完全被西班牙人奴役。想要在菲律賓推行「大中國共榮圈」的教育，這些人不僅不能支持中國，反而是一種阻礙！
在攻佔了馬尼拉後，中、西兩國政府正式宣佈由中**隊「接管」菲律賓。1898年7月，中國與西班牙的代表在南京正式締結和約。中國支付西班牙1000萬中國幣，以補償西班:取得菲律賓的「主權」。另外，一些原隸屬於西屬菲律賓管轄的南太平洋島嶼則由德國購得。英國雖然出來干預，不過由於布爾人的反抗勢頭越來越猛，加上英國希望德國不要插手英國與布爾人的爭端，於是在有求於德國的情況下，只能選擇了妥協。
1898年8，中、德簽訂《菲律賓協定》，將菲律賓群島按照原來的約定進行瓜分。隨後，阿吉納爾多正式擔任菲律賓的「總統」，而中國則任命陸家駿為菲律賓「行政總督」。至此，菲律賓被中德兩國瓜分完畢……