在女娃身死之時，逍遙突然心中悸動，曲指一算便明白了事情的真相。他實在沒想到元始天尊死也不願向自己低頭而把矛頭對準了神農，女娃之事他也有責任，要不是自己自負聰明，也不會大意之下禍及他人。而如今女娃化作精衛，逍遙要想救她脫身亦是難矣，此乃天意，要等到機緣所至方能解救成功。
於是逍遙便來到了神農所在的部落，求見神農氏。
神農氏在聽到聖父逍遙求見，立即率領全體人族出門迎接。逍遙看見一臉傷痛的神農氏，略有愧疚的說道：「人皇想必正在為女娃公主之事傷心，貧道也是為此事而來。」
神農氏聽到逍遙之言不由地為之一怔，女娃雖然貴為公主，但這也不過是他神農氏一人的恩怨，逍遙為此事而來，卻是做何道理。再者他也不願意因自己之事而連累到整個人族，於是他說道：「聖父在上，女娃只是我一人之女，人族剛剛走上正規，不能因她之事而影響到整個人族，所以此事就當沒發生過就是。」
逍遙怎麼也沒有想到神農氏竟然為了人族能做出如此大的犧牲，於是說道：「女娃之事雖然只是你個人之事，但事情也並非你想的那麼簡單，龍族如此做卻是對人族的挑釁。不過你能做出這樣的決定讓我感到十分安慰，不過你放心有我逍遙在，龍族也不敢太過於放肆。眼下女娃業已身亡化作精衛，不過她的靈魂還沒有轉世輪迴，她與我有緣，我想帶她回蓬萊島，不知人皇是否願意？」
神農聽到女娃還沒有轉世輪迴，聖父想收下女娃，心中不由地又有些高興。只聽，他急忙說道：「聖父能收小女是她的福份，神農沒有異意。」
逍遙笑道：「人皇答應就好，不過你不用為女娃擔心，有我在她不會有太大的事。東海龍王三太子殺死了女娃，有這樣的因果，他也不會有什麼好下場，等女娃修道有成後，我會讓她自行前去了結這個因果。」
逍遙這麼說，主要是想安慰人皇神農氏。他心中明白，這東海龍王的三太子會在封神之戰中被哪吒殺死，女娃即使修煉有成後，他也不會讓其前去了結這個因果，畢竟有了因果對自身修行會有所影響，有別人代勞何須自己動手。
神農氏還是怕因此讓人族受到牽連，說道：「小女既然能隨聖父學習，也算是因禍得福，與龍族之間的因果也就算了，以免牽連到人族。」
逍遙見神農氏到現在還是在為人族考慮，心中不由地感慨萬分，難怪神農氏是天地人三皇中功德最高之人，就他對人族的這番情意，任誰也做不出來的。在人族三皇五帝當中也只有大禹能與之相比。
逍遙見神農如此堅持也就沒有再勸說，只是說道：「神農，你為人皇多年勞苦功高，也即將功德圓滿，不知你可培養好接班人了嗎？」
神農氏聽到逍遙之言，說道：「聖父，神農即為人皇當為人族的發展考慮，一切都是神農應當做的，談不上勞苦功高。至於接班人，神農還沒有找到合適的對象，一時間也不知該如何是好，還望聖父能指點一二。」
逍遙笑道：「你為人皇，這接班人當然由你來選，我卻不便插手此事，依我看你只要仔細觀察其他部落的首領，當有所收穫。」
神農一直以來都在為人族的未來考慮，沒有仔細觀察過其他部落首領的才能，聽逍遙之言頓時恍然大悟，說道：「多謝聖父指點。」
逍遙淡然笑道：「這談不上什麼指點，洪荒廣大，人族人數眾多部落分佈十分廣泛，你為人皇當然不可能瞭解到所有的事情，所以你只要知道那些部落發展的好，然後再從中選取優秀者，以做觀察，這樣想選取出下一任人皇就容易多了。」
逍遙語音一頓，然後又對神農說道：「好了下任人皇之事就說這麼多了，我此行主要是為了女娃之事，既然你已同意我的提意，那我就告辭了。」
神農見逍遙要走急忙說道：「聖父且慢，神農為人皇時感困難，希望聖父能夠多在部落中停頓些時日，也好多多指點神農的不足之處。」
逍遙笑了笑說道：「人族的發展只能靠自身努力，而不能依靠他人，你身為人皇當明白這點，否則日後過多於依賴別人會影響到人族日後的發展。」
神農聽到逍遙這番話後，有些不理解，問道：「聖父此言神農不是很明白，還望聖父能詳細地解說一番。」
逍遙笑道：「也罷，我就為你解說一番。神農有一句話叫做人定勝天，不管是聖人也好，或者其他人也好，人族都不能過於依賴他們，否則日久必心生懶惰之念，此念一生人族就再難有所發展，這點你要緊記，你為人皇受人族眾人注視，一言一行都會影響到人族的發展，所以無論如何你都要謹慎小心，為人族眾人做出表率。」
神農聽到逍遙之言，心中也是一凜，說道：「神農多謝聖父的指點，我一定緊記聖父的教誨。」
聖父笑道：「好了，你只要記住凡事只能依靠自己即可，我此行事已了，就此告辭，也好早點解救女娃，免得再徒生波瀾。」
神農見逍遙定要離開，也就沒有再出言阻攔，而是恭敬地與其他人族將逍遙送離部落。
逍遙見神農識大禮，明大義，心中十分寬慰，他認為神農能夠拋下兒女私情，定能夠振作起來。不過，他又估算錯了。
雖說神農為了人族將女娃之事拋在一邊，但身為人父終覺有愧，心中整日苦悶不已。
而後神農因女娃之事，與妻子女嬌娘娘鬧翻，女嬌娘娘本身為九尾靈狐為妖族大聖，一直以來都沒有參與過洪荒中的爭鬥，龍族殺死了自己的女兒，她原想前去報仇，可有神農的阻攔，所以女嬌娘娘一氣之下離開人族返回了狐族的居住地，與神農斷絕往來。
女嬌娘娘的離開使神農更加傷心，終於倒了下去，整天混混僵僵。
女娃的怨念，神農的悲慼以及家破人亡傳到待熊貓眼裡，熊貓心中不忍，找到神農。在神農那兒傳下了造酒之法以緩解神農之憂愁。
有了酒緩解神農的悲慼，神農心中自然是舒緩多了。但酒能傷身，神農的身體卻是日漸衰弱，再加上神農沒有了牽掛，從此更是一心一意將全身投入到人族的發展大業之中，竟一夜之間變成一垂垂老朽，當真是造化弄人啊！
如此不到十年，神農的身體完全垮了，也是感到大限將至，功德圓滿，神農在尋找著下一任人族共主的繼承人。
另一方面，在軒轅的帶領之下，有熊部落已經成長為一個龐然大物。
軒轅自接任族長的位置之後便開始教授族人更好的農耕之法。
神農教人們將山林焚燬，然後在焚燬的山地上種田，軒轅發現這種方法有時很不好。當人們燒山之時有可能遇上逆風，那樣不但山燒不成，而且還會將放火燒山的族人燒死。而且這樣的田地耕種數年之後肥力會下降，田里收穫的糧食會越來越少，人們就會放其原有的田地，轉而繼續燒山為田，將山林慢慢的毀去。軒轅發現將人或動物的大小便埋在土中可以提高田地的肥力，這樣土地便可以繼續使用而不用繼續冒著被燒死的危險去燒山為田。
軒轅還用廣成子所教授的方法來訓練部落的勇士，使他們的戰鬥力增長了很多。周圍的部落聞聽有熊部落強大且其為三清天尊中的闡教門下弟子，便紛紛率部落歸順，先後有熊、羆、貅、?、虎、雕、?、鷹、鳶九個大部落歸順，使得有熊部落的實力越來越大。
軒轅的名聲慢慢的傳遍了整個洪荒人族部落，神農聽說他的所作所為後又知道軒轅乃是闡教門下。在神農的心目中聖人門下一定是道德高尚，能力非凡之輩，在加之有熊部落武力之強冠稱人族，於是神農對軒轅也上了心，認為他足以擔當共主之位。
神農的兒子榆罔聽說之後非常不服氣，對神農說道：「父親為人皇，日後人皇之位也當由我繼承，他公孫軒轅有何德何能可當天下共主。」這榆罔從小聰明好學，後來習文練武，成長為一位能征善戰的大將軍。曾有東夷部落之人不服神農管教進犯神農氏東部邊境，十七歲的姜榆罔奉命駐守舊都伊川，並且在那裡籌建軍隊，與東夷人作戰，多次擊敗敵人，受到了神農的誇獎和族人的崇拜。
不過神農認為他這個兒子終究是能力不夠，守成有餘開拓不足，難以帶領人族繼續興旺，於是並沒有將人皇之位傳給榆罔的想法。
在進一步詳細地瞭解了軒轅之後，得知對方有大智慧、大能力，背後又有闡教的支持，神農便決定將人皇之位傳於軒轅。
有此決定神農便很快便開始安排人皇交接的儀式，神農的這個決定讓本部落的族人有些感到不滿，人族發展到現在這個階段，他們已有了尊貴的分別，新任人皇不是出自他們的部落，這對部落的聲望是有所影響。可惜神農為人皇，他這決定是不可更改的。族人們也只能遵從他的命令，開始準備交接的儀式。
軒轅在得知人皇神農氏將傳位於自己，心中十分高興，感覺自己終有施展抱負的一天了，他所在的有熊部落也是歡天喜地、熱熱鬧鬧。
一個月之後。又是陳都中央地高台上。六尊聖像穩穩地立在上方，分別是三清、女媧、后土以及逍遙。似在俯視著人間地一切。陳都又是人山人海。熱鬧非凡。
一聲鐘響。神農拉著軒轅出現在眾人眼前。眾人頓時安靜了下來。靜靜地等待著神農說話。
神農卻並不急著傳位。而是站在高台下等待了起來。有了上次伏羲傳位地經驗。眾人都知道神農在等待太清地法旨。是以也都陪著等待起來。
未幾，只見自三十三天之上飛來一輛九龍御輦，御輦上正端坐著天皇伏羲，他的左手邊正站立著人教弟子玄都法師。
御輦穩穩地停在了眾人眼前，眾人見是伏羲親來，紛紛拜倒山呼不已。神農領著眾人上前拜過伏羲，笑道：「今日神農證道，皇兄能來真是神農之幸也！」
伏羲呵呵笑道：「這些年來倒是有勞皇弟了，如今皇弟證道真是可喜可賀啊！」隨即轉首對身邊的玄都法師道：「道友請宣讀太清法旨吧！」
玄都法師躬身行了個禮，然後從袖中取出太清符詔，展了開來，神農見狀忙領著眾人拜倒於地，恭聽太清法旨。
只見玄都法師念道：「太清太上道德天尊敕令：人族共主姜氏神農，自成為人皇以來治天下，務利之已矣，不望其報；不貪天下之財，而天下共富之；不以其智能自貴於人，而天下共尊之。今可得道，飛昇火雲宮，當歷無量量劫不滅！另著人族公孫軒轅繼位。欽此！」
神農拜了九拜，雙手接過太清符詔，拉著軒轅登上了高台，拈香祭拜了六尊聖像，隨後轉身高聲說道：「神農自成為共主以來不敢有絲毫懈怠，天幸如今下任共主已出，神農也可放心離去，今日神農禪位，天下共知！」
言罷來到軒轅面前，表情嚴肅地說道：「軒轅，今日我把人族的未來交到你的手中，你定要將我人族帶領壯大，莫要辜負了聖父的期望！」
軒轅轉身來到六尊聖像前，跪倒在地，高聲道：「公孫軒轅今日接掌大位，必不辜負教主聖母的期望！天祐我人族！」
下方眾人聞言也高聲說道：「天祐我人族！天祐我人族！天祐我人族！」
不過軒轅的話中未曾提及聖父逍遙，在場的伏羲神農注意到了這一點，顯得有些意外。
就在這時，天邊爆出一陣閃光，逍遙熊貓同時出現，兩人還是如往常一樣，只是逍遙的肩上站立著一隻小鳥兒。神農一見，頓時淚流滿面，激動不已。此鳥見了神農也不認生，發出「精衛、精衛、精衛」之聲，一下子就來到神農的身邊。
良久，當一人一鳥互訴父女之情後，天降無量功德，有兩成落在熊貓的身上，剩餘八成落在神農身上，神農頓時爆發出五彩霞光，照亮了整個陳都，天音鳴唱，無邊金蓮湧起，神農一路道行飆升至准聖大圓滿境界，瞬間證得了地皇道果！
就在此時，老子、原始天尊協同廣成子來了。見神農一下子就到達了准聖大圓滿的境界，驚訝的說不出口來。這也太誇張了，一介凡夫俗子竟突然之間達到這種高度，簡直是前所未聞。不過這也刺激到原始廣成子兩人，既然神農也能達到這種高度，軒轅必不能落人之後。
做完了該做的事，神農上了九龍御輦，對軒轅說道：「皇弟，從此人族就交給你了，吾去也！」隨即與伏羲大笑著乘九龍御輦而去，到火雲宮去了。
而一側的逍遙見神農離去，也不願多待，尤其是對於元始天尊這個皮笑肉不笑的傢伙，逍遙簡直是到了胃口。
話也不說，人也不看，直接帶著熊貓精衛不打招呼就轉身離去。
老子元始未曾想到這逍遙這麼放肆，當著這麼多人的一點面子也不給，可惡至極！而人族見聖父自來了以後就只與神農攀談，未曾與下一任人皇交流過，連待會軒轅的繼任儀式也沒留下來。要知道上次他們可是在逍遙的全程陪同之下親自觀看伏羲禪讓，神農接位。而這個軒轅，好像，好像並不得聖父的歡心啊，或者是這人族共主之位似乎他並無得到聖父的認同。於是人族也對軒轅的繼位感到擔憂對這場繼位也沒有剛才的歡喜。
老子原始對於人族心裡的變化顯然是注意到了，不過這並不重要，木已成舟，還能翻得了天？當場，元始天尊就頒下自己的玉清符詔，立軒轅為皇。有老子和自己的支持，人皇這位置軒轅是無憂矣。而廣成子此刻正歡天喜地的將軒轅給擁立上人皇之位，一場人皇繼位的劇目就這樣度過了！
且說當初巫妖大戰之時，卻是有一部分巫人存得了性命，正是那十二祖巫中水之祖巫共工部落之眾。原來共工為水之祖巫，掌控洪荒萬水，其族人自也是極擅控水，因此，九天渾水雖然是厲害無比，卻是傷不了性命，這些巫人只被九天渾水沖得七零八落，待九天渾水過後，巫人們養好精氣，又各自來到了不周山腳下尋找族人，卻哪裡找得著，只當巫妖兩族其他人已全部被九天渾水淹死。這些巫人清點了一下人數，共有八十一名之眾，眼下巫族大衰，眾巫人不敢以巫族自居，也不想躲到極北之地那等窮鄉僻壤。於是便隱姓埋名，在人族聚集地偏遠之處留了下來，取九九八一之數，號稱九黎部落，和當地人族之眾聚集在一起。
經過了千多年來和人族的融合，九黎部落也發展有了千萬之眾，因為有巫人血統，九黎部落民風尚武，個個身強力壯，武藝高強，不過卻不遵教化，性格極是蠻橫，鬥毆乃是常有之事。因此，天皇伏羲與地皇神農教化萬民，卻是沒有能普及到九黎部落。
九黎一族於三十年前曾誕下一兒，那時恰逢軒轅降生不久，當時天有大變，方圓千里之地盡暗，雲層中更有紅黑色閃電糾結交纏，天有血光降下於九黎族中，更有萬鬼齊哭於天，嚇得一干族人心驚膽戰不已，紛紛關緊門窗躲避在家裡不敢出來。
如此持續了三日，方才散盡異象，卻有九黎族族長之妻誕下一麟兒，哭聲震天，直將天上的浮雲震散。那嬰兒小小年紀便長得濃眉大眼，叫聲響亮，手腿壯碩且頭上長角。族長大喜不已，認為是天將神子於他，並為他取名為：蚩尤，將希望都寄托在蚩尤身上。
蚩尤乃是天生神力，少時就以力大聞名於族中。每次在族中的比武中蚩尤都大獲全勝，且其為人豪爽異常，那些戰士因其武勇，故而對他言聽計從，小小年紀就在族中的威望甚高，族長看後心中興奮不已，暗歎九黎族終於有了傳人！且蚩尤生而有大神通，能操縱天地間的元素力量，更為讓族人敬重的是他身體極具強悍，莫說尋常的刀刃，即便是神兵利器也無法在他身上留下一絲一毫的痕跡，皆謂為天人也！
那八十一名巫人在蚩尤身上感覺到濃厚的巫族氣息，卻又見蚩尤絲毫不記得過去之事，於是也就對之隱瞞巫妖兩族之事，只齊心將蚩尤培養成人，又扶植蚩尤做了九黎部落首領，
其實這蚩尤乃是原本是巫族大巫之一，其生而奇異，竟然無緣無故有了元神，此事震驚巫族，十二祖巫費盡苦心卻不能找出原因，只能遺憾了事。當初巫妖大戰，蚩尤身死，，卻留下元神飄蕩在天地之間，直到后土建立六道之後投胎轉世。歷經十數世，終於秉承天命而生。
自蚩尤擔任首領之後，蚩尤也是為九黎部落的發展作出了自己的貢獻。
蚩尤命八十一名巫人為長老分管四方，自己居中協調，為洪荒最早的管理模式；蚩尤發明了長弓長矛，增加的捕獵的容易程度，改善了族人生活水平；蚩尤又命八十一名巫人將一些普通巫法傳給百姓，使百姓能夠改善體質，壽命變長；如此等等，使蚩尤在九黎部落中聲望無兩。
蚩尤慢慢的便積累了一些功德，睡覺的時候腦海中便經常出現了一座宏偉的宮殿，蚩尤甚覺奇怪，但也想不清到底是哪裡，又因為為部落首領，事物繁忙，因此也不大將此事放在心上。
這一日，卻有一位族人來向蚩尤匯報，說在深山打獵時候發現了一把刀，那刀殺氣甚烈，方圓十里丈內寸草不生，若是鳥獸走盡，頃刻間便血肉無存，化做一堆枯骨。蚩尤聞此情況後十分驚奇，便親自去查探那刀。
那把刀卻正是幾千年以前聞名洪荒的火神祝融之兵器『吳刀』，這吳刀本是火神祝融之兵器，但在祝融共工大戰之時遺失了，沒想到卻是在這裡出現了。
那吳刀見得蚩尤前來，突然陰風怒號，化做一道黑光，逕直裡向蚩尤刺來，蚩尤大駭，只覺渾身冷汗直冒，趕忙運功抵抗，促不及防之下卻是被吳刀劃了一道傷口，鮮血直噴在吳刀上。
那吳刀在接收了蚩尤的鮮血後，突的劍身一彈，由黑色變成了血色，又飛了起來，卻是繞在蚩尤身邊飛了三圈，便直插在蚩尤腳下泥土中。
蚩尤長噓了一口氣，暗道好險，差點就將小命給無緣無故的丟在了這裡，又想到這把刀真是鋒利，自己早就煉成金剛不壞之身，卻是被它輕輕一帶就給割得鮮血直流。
蚩尤看到那刀此刻甚是安靜的插在地裡，想到這把吳刀在被自己鮮血侵染過後的狀態，心中一想，暗道神兵利器都有其認主過程，這把吳刀剛才舉動卻是像極了認主動作。
心念一動，吳刀卻是直接飛到了蚩尤手中，蚩尤手一接觸，頓時感覺到一股冰寒氣息直接由刀上向腦海內傳去，腦袋內轟隆作響，片刻後，蚩尤卻是將自己的前世今生全部記起。
蚩尤終於想起了那時常在自己夢中出現的宮殿便是巫族聖地祖巫殿，而十二大祖巫，卻早已經煙消雲散了，曾經稱雄洪荒的巫族，只不過是千多年前的歷史……
蚩尤虔誠的向巫神殿方向深深一拜，一言不發，向九黎族走來。
蚩尤回到族中後，只立即將族中八十一名巫人長老召來，這些長老經歷了人間千多年後，如今已個個有地仙後期修為，只是礙於資質，再不能寸進半步。此刻聽得蚩尤相召，自然全部前來，待看到蚩尤手持吳刀，淚流滿面的向祖巫殿方向拜倒。八十一名巫人哪裡還不知道是何事發生，只個個失聲痛哭，跟著蚩尤一起下拜。
千多年的壓抑，此刻才能夠盡情釋放……
既然明瞭自己身份，蚩尤自然要肩負起讓巫族重新在洪荒大興的使命，八十一名巫人等這一日已經等了一千多年，自然唯蚩尤之命是從，只個個回去操練族人，幾年下來，九黎族本就是戰力強悍經此鍛煉，幾乎人人都能搏虎裂豹。
蚩尤又根據十二祖巫的十二天都煞神大陣，將八十一名巫人長老聯合起來，一起練成了九九寂滅大陣，自己親自手握虎魄刀主持陣眼。虎魄刀即是那吳刀，如今在蚩尤手中，經過蚩尤祭煉，將鎮壓西方的神獸白虎封印於內，更添凶氣。九九寂滅大陣雖不如十二天都煞神大陣那般毀天滅地，但也是威力巨大，殺氣沖天，配合起虎魄刀施展開來，怕是一般準聖級別者也只有逃命的份。
有了這些準備，蚩尤雄心萬丈，九黎部落在他的帶領之下也走上了擴張的道路。不過蚩尤沒有妄動，他在等待軒轅犯錯，畢竟軒轅是人族共主，無故而伐之會不得人心。而軒轅自從從神農手上接受人皇之位後也開始對人族施政