從乾隆十二年起，陸續發動對大小金川的征戰，期間曾經派遣岳鍾琪、傅爾丹、張 廣泗、傅恆等人前往征討，直至乾隆四十年八月才完全平定大小金川。
乾隆年間曾經兩次發兵回疆，一次在乾隆二十三年，一次在乾隆二十九年，其中第 二次征討乃因烏什城人民殺害清派駐烏什大臣所致，至乾隆三十年七月，因援兵布哈爾 及阿富汗遲遲未至，終於棄城投降。
巴達克山國在清第一次征討回疆時，因助清廷擒殺霍占吉和布羅尼兩名亂首，遭致 布哈爾和阿富汗及霍占吉等人的餘黨攻打滅亡。
約在乾隆三十六、七年間，蒙古土爾扈特部首領渥巴錫率領部眾遠從俄羅斯歸化清 朝，受封為舊土爾扈特部卓哩克圖汗，在伊犛一帶遊牧。
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