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太平天國的路過和齋桑泊的血腥戰鬥，當然是奠定了大明帝國在新疆的軍事優勢。不過要將新疆變成大明帝國的一個省，實行同漢地一樣的制度，卻不是單憑軍事優勢就可以達成的。新疆這個地方，終清一世（當然是這個時空的清朝）都是個火藥桶，先是準噶爾百年戰爭，然後是大小和卓之亂，再是張格爾之亂。
而這一回更是亂得出了奇，先是喀什噶爾和卓家族的七和卓（都是大和卓波羅尼都的後人，張格爾和玉素普的子侄）在浩罕汗國的支持下反攻倒算。歷史上就有個七和卓之亂，不過沒有鬧大，這回卻藉著反清復明戰爭做大了。一度佔有整個新疆，還成立了一個哲德沙爾汗國。
可惜分裂國家的好夢沒有做幾天，打著十字軍旗的太平軍就像蝗蟲一樣浩浩蕩蕩打過來了，這個什麼勞什子汗國當然不是對手，好不容易組織起來的幾萬人馬也讓太平軍殺了個七七八八，連前來助拳的浩罕、布哈拉、希瓦三汗國的三萬人都被趕盡殺絕了。不過新疆的地盤太大，造反派又太多，太平軍這回急於過境，殺人也不算多。因而各路牛鬼蛇神還都保存著一些實力。特別是在天山以南地區，原來葉兒羌汗國的地盤上面，七個和卓還據著不少地盤在苟延殘喘。
其中卡塔條勒佔據喀什噶爾，倭裡罕佔據了剛剛被西清放棄的葉兒羌，克齊克罕和塔瓦克爾分別佔領了和闐的東西兩部。薩比爾罕據著天山南麓的庫車。阿克恰於領有阿克蘇。伊善罕則據有烏什。除了舊土爾扈特部四旗所佔有的珠勒都斯河流域，當李鴻章抵達迪化州鞏寧城的時候，整個南疆幾乎都在和卓家族的控制當中。
除了和卓家族，蒙古人在新疆的勢力也不小。北疆原是準噶爾汗國的地盤，在准部滅亡之後不久，原來生活在俄國人地盤上的土爾扈特部、和碩特等部歸順，被清政府置於伊犁、塔爾巴哈台、喀喇沙爾、庫爾喀喇烏蘇等地。一共置了五盟十四旗。天山南北和伊犁河谷地都有，有些蒙古部落還和h部雜居。不過沒有什麼來往，關係也不大好。另外，在新疆的伊犁谷地和塔爾巴哈台還有駐防的八旗蒙古，他們和土爾扈特部、和碩特等部不一樣，不屬遊牧蒙古，而是八旗子弟的一部分。不過在朱濟世拿到蒙古大汗的名分之後，這些駐防新疆的八旗蒙古也都把自己的旗人身份丟在一邊，基本上沒有人在追隨西清皇帝奕詝了。
而現在李鴻章所轄的明軍控制之下的地盤，不過是東疆的哈密、巴裡坤、古城、吐魯番和北疆的迪化州等地。還不到整個新疆地盤的四分之一（當然是清代地圖上面的地盤了）。而且這些地盤都是被太平軍蹂躪的最厲害的地方，居民被殺戮裹挾了大半。剩下的人對同為漢家政權的大明也沒有一分錢好感，明軍就是在這樣的氣氛中開進新疆的。
公元1854年5月1日。大隊大隊的明軍官兵，出現在鞏寧的街頭。比他們早到個把月的太平軍，肩扛洋槍，頭裹紅布，軍容肅整。已經讓人覺得氣勢驚人了。但是現在趕來的明軍，更是比太平軍看上去還精銳數倍！
任何時候，穿著同一服色的精壯漢子，行進在街頭整齊前進，那氣勢都是驚人的。更不用說這些身穿統一的西式軍服，背著一色的背包，肩扛上了刺刀的洋槍，腳下都是漆黑軍靴的上萬精兵行軍的洪流！
這支部隊，每一個官兵身上都是銳氣十足，隊伍迎面而來給人的感覺，就是真正的百戰精銳，屍山血海裡出來的殺神！是一路從廣東殺到東北，再從中原殺到新疆的強兵。讓那些有異心的人們，看著他們的身影就不由發抖顫慄！
帶領他們來到鞏寧的李鴻章當然知道這種感覺是錯誤的，和他一起入疆的明軍第16軍是不折不扣的新建番號，從來沒有打過仗。現在這樣的氣勢，完全是靠隊列訓練擺出來的架子。
而他之所以要讓這些戰士擺出一副殺神的唬人模樣，就是為了震懾！為了讓這裡向來桀驁難馴的百姓用敬畏匍匐的眼光來看待大明！並不是因為李鴻章是一個徹頭徹尾的鐵血主義者，而是因為沒有辦法。
大明帝國的財政狀況根本不允許在新疆實行任何綏靖和懷柔政策。而且新疆開發公司很快將會成立，來自漢地的移民將要在新疆建立起武裝的集體農莊！在這之前，新疆總督府必須初步恢復新疆的社會秩序。
所以明軍每到一地，都會舉行這種氣勢驚人的入城式！既然沒有施恩的條件，那就讓人們感到恐懼吧！
大軍行進之下，整個鞏寧安靜無聲。上萬人整齊的動作。起落都是一個聲音的軍靴敲擊地面，讓整個城市都震驚，都在發抖。因為太平天國的離開，才稍稍驚魂定下的鞏寧百姓們都躲進了殘破的建築物裡面，呆呆地看著這股可怕的軍人洪流。
……
「公爺，有今日這番震懾，迪化州當有三個月的安泰吧？」
在一萬明軍浩浩蕩盪開進鞏寧州的時候，李鴻章早已經到了自己的總督衙門裡面，正在和幾個手底下人談事情呢。
現在的新疆總督衙門幾乎和哈薩克汗國內閣府重疊，在中亞大戰分出勝負之前，李鴻章和他的汗國內閣府根本不可能就任，朱濟世乾脆就先讓他們料理新疆的事情了。在李鴻章這個哈薩克汗國的一把手之下，朱濟世還給他配了兩個副手，還是一文一武。
武的是潘鼎新，也是李系淮軍出身的將領，秀才出身（歷史上是舉人），投筆從戎跟隨李家父子在安徽練兵，李鴻章父子歸明後，他又保送皇家陸軍軍校，現在是陸軍第16軍軍長兼新疆總兵。
文的是副總督袁甲三，他在北京被太平軍攻陷之後就和大明朝廷勾搭上了。在奕欣投降明朝當了渤海公以後就順理成章當了大明臣子，在大明和太平天國的爭鬥中出力頗多。之後一直在河南當地方官，在安撫地方、治理黃淮、招募移民等各方面都有不錯的表現，是個辦事情的官員，所以才高昇到新疆來當副總督。現在和李鴻章說話的，就是袁甲三。
看著五短身材的矮胖子袁甲三，李鴻章含笑點了點頭：「午橋兄的看法和我差不多，不過有三個月時間也夠了。」
一旁有儒將之稱的潘鼎新搖搖頭：「公爺，天山南北都是不歸王化的蠻夷，末將的這個軍還有一個師鎮著河西，能用在新疆的兵馬不過三萬。而且補給困難，糧彈兩缺，想要在三個月內討平不諸夷可不容易。」
李鴻章一笑，要是朱皇帝想要用武力討平新疆，就不會派他李鴻章過來了。他雖然練過兵也帶過兵，但畢竟不是什麼名將，大明朝廷裡面比他能打的可是車載斗量。
他笑了笑道：「討平諸夷不易，以夷斗夷卻不難。七個和卓、一堆蒙古、英法二列強、西域三汗國還有一個藏王僧格林沁，真個是亂成一鍋粥了！琴軒（潘鼎新），你的兵只管守住迪化州、吐魯番和哈密就成，其他的事情，我自有辦法……現在這些蠻夷已經被我天朝大軍打怕了，正好是可以為我所惑的時候，我要讓他們自己打起來，我天朝做個漁翁。」