藍光星各個方面漸漸走入正軌，前進艦隊難得地進入休養生息的狀態，段平不再像最開始那樣忙碌，葉飛則是每天都盯著突擊隊的訓練，除了戰神號上原本的飛行機甲部隊之外，其它換裝飛行機甲的部隊是訓練的重點，那些隸屬於天鷹級戰艦的突擊隊員，也在葉飛的命令下開始接受基礎飛行訓練，為將來換裝飛行機甲做準備。
葉飛手裡沒有充足的兵源，但是這一次他有充足的時間，完全可以慢慢磨練這些突擊隊員，不過畢竟不是什麼人都有飛行的天賦，其中的一部分人注定要被淘汰出局。
好在換裝之後需要的突擊隊員數量大大減少，淘汰一部分人對艦隊的整體戰鬥力應該沒有什麼影響。
除了從現有的突擊隊員中選拔之外，葉飛還把主意打到了藍光星的克隆人身上，通過嚴格的選拔，為突擊隊補充了一批新兵。
不過新兵除了接受飛行訓練之外，還必須進行突擊隊固有的陸戰訓練，訓練週期比各艦上的突擊隊員長得多，短時間內形成戰鬥力的可能性很小。
一名合格的飛行員至少要接受幾年的訓練，訓練克隆人時可以將大量的數據和飛行知識直接輸入他們的大腦，因而可以大大縮減訓練週期，不過再短也不是幾個月就能完成的。
藍光星的飛行機甲訓練艱難地逐步展開，與此同時，基地星的也開始大規模地換裝飛行機甲。
徐世傑掌握的資源比葉飛多出千百倍之多，凡是不合格的立即調出機甲部隊，所以全軍的換裝十分順利，讓得到消息的葉飛羨慕得不得了。
機甲部隊開始大規模地成軍，不再是實驗性質的非正規編製。而且機甲部隊使用突擊隊的番號並不適合，軍方對新組建的機甲部隊進行了改組，將陸戰力量一分為二，一部分為保留下來的突擊隊。機甲部隊則命名為機甲突擊兵團。
藍光星和基地星的同時發展。讓共和國的武裝力量進入了蟄伏期，除了留在太陽系的四艘天鷹級戰艦還時不時地襲擊一下亞特蘭蒂斯人之外。再也沒有任何軍事行動。
人類雖然退讓，可亞特蘭蒂斯人並沒有停止擴張的腳步。
前進艦隊被迫退出雲州星之後不久，亞特蘭蒂斯人的艦隊就趕到了雲州星，面對只剩下空殼子的雲州星系。佩裡安德暴怒萬分，下令摧毀了前進艦隊留下的宇宙基地和衛星工廠等設施。
雲州星上的星際大炮雖然做了一定的偽裝，但仍然被亞特蘭蒂斯人找出了一多半兒，徹底摧毀星際大炮給雲州星帶來了一場全球性的生態災難。
由於擔心亞特蘭蒂斯人拿留在雲州星上的克隆人洩憤，葉飛曾經刻意交待過留下的克隆人，無論發生什麼情況都不要暴露，因而哪怕亞特蘭蒂斯人摧毀星際大炮。藏在地下城裡的克隆人都沒有進行分毫的反擊。
亞特蘭蒂斯人誤以為人類徹底放棄了這顆行星，所以才沒有對雲州星進行大規模的破壞，反而將這裡確定為新的殖民星，不久的將來。莫羅星域就會將延伸到這裡——ym174上的傷痕需要足夠的時間扶平，佩裡安德一時半會兒肯定抽不出人手和物資繼續擴張，但也只是時間的問題罷了。
如果亞特蘭蒂斯人殖民雲州星，地上亞特蘭蒂斯人地下克隆人，不知道將是一幅什麼樣的景象。
佔領雲州星系之後，亞特蘭蒂斯艦隊兵分兩路，佩裡安德帶領莫羅艦隊返回ym174舔傷口，來自於中央星域的艦隊則繼續尋找前進艦隊的蹤跡，試圖一勞永逸地消滅這支小動作不斷的人類艦隊。
亞特蘭蒂斯人的艦隊指揮官已經意識到人類的殖民星很可能位於太陽系與莫羅星域之間，兩千多艘戰艦兵分數路，一個星系一個星系地向太陽系方向搜索，沒過多久，允許和凌州相繼陷落。
ym174一戰的影響沒有限制在莫羅星域，中央星域得知ym174的情況之後大為火光，立即進行了新的部署，駐守地球的亞特蘭蒂斯佔領軍一改之前的懷柔政策，開始實行鐵血手段，不管哪裡出現判亂，都會立即進行強勢鎮壓，全球各地的抵抗戰士死傷無數，地球上的反抗運動在佔領軍不擇手段的打壓之下不可避免地陷於低潮。
哪裡有壓迫哪裡就有反抗，佔領軍的強勢打壓令各國苦不堪言，原本打算等待時機的美方高層再也等不下去，秘密向仍然與碟族保持接觸的勝利號下達命令，要求勝利號不惜一切代價，慫恿碟族與亞特蘭蒂斯人再次開戰！
不過美方總算還沒有失去理智，並沒有將碟族引向地球的想法。
這個任務讓勝利號的傑克艦長萬分為難，好在經過幾個月的接觸，勝利號已經初步取得了碟族的信任，經過一番努力，碟族終於再次向亞特蘭蒂斯人發動了襲擊——經過兩年的休養生息，恢復元氣的碟族原本就想找亞特蘭蒂斯人的晦氣，勝利號只不過是恰逢其會。
打成了廢墟的ym174直到碟族入侵仍然沒能恢復，莫羅星域的其它殖民星就更不用提了，碟族艦隊如入無人之境，兵鋒直指ym174。
收到消息的佩裡安德大吃一驚，向仍然尋找人類艦隊的援軍求救的同時，再次向中央星域要求支援。
對亞特蘭蒂斯人來說，人類只是癬疥小疾，碟族才是生死大敵，接到消息的支援艦隊立即回撤，中央星域也答應再派一批援軍，ym174成為了碟族與亞特蘭蒂斯人角逐的核心，莫羅星域一時間風起雲湧。
不得不說碟族出現的時機十分恰當，支援艦隊已經把共和國建立的殖民星掃蕩得差不多了，只剩下遠在太陽系附近的巨人星沒有遭到襲擊。再繼續下去，美俄歐三方的殖民星就該遭殃了，特別是距離太陽系八十一光年的俄方殖民星伯利州，亞特蘭蒂斯偵察艦距離伯利州最近的時候，直線距離只有二十多光年。
幸好美俄歐三方均對亞特蘭蒂斯人的行動一無所知，否則各殖民星恐怕又會出現一輪逃亡潮。