胎藏界曼荼羅的組織胎藏界曼荼羅是根據《大日經》而圖繪的，《大日經》的中心教義，就是「菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟」三句。因此胎藏界曼荼羅的組織也就是標誌這三句的意旨，而繪出三重現圖的曼荼羅。胎藏界曼荼羅的圖位，說法極不一致，普通說有三種不同。一、經疏曼荼羅經疏曼荼羅，即《大日經》和《疏》中所說的圖位。《大日經》《具緣品》所說的屬於「大曼荼羅」，表示身無盡莊嚴藏；《轉字輪品》所說的屬於「法曼荼羅」，表語無盡莊嚴藏；《秘密曼荼羅品》所說的屬於「三昧耶曼荼羅」，表意無盡莊嚴藏，這三種中，以《具緣品》所說的大曼荼羅為圖位的基本依據。二、阿闍黎所傳曼荼羅阿闍黎所傳曼荼羅，是善無畏三藏在他所著的兩部儀軌，《攝大毗盧遮那佛神變加持經入蓮華胎藏海會悲生曼荼羅廣大念誦儀軌方便會》（簡稱《攝大軌》）和《大毗盧遮那經廣大儀軌》（簡稱《廣大軌》）中所說的圖位。三、現圖曼荼羅現圖曼荼羅，即現行流布的圖畫曼荼羅中的位次。1、中台八葉院的含意（1）提心德中台第一院，八葉蓮花表菩提心德。胎藏界以蓮花表心，是八瓣肉團心，音譯汗栗馱，譯云「肉團心」，即物所的心臟，通有情及非情，其狀如蓮花合而未開，佛心則如開敷蓮花。金剛界以月輪表心，是質多心，梵語citta，音譯質多，曰「慮知」，限於有情。今此中台八葉院是使行者在自心觀八葉九尊之德，開發自己本有的菩提心，所以表菩提心德，（2）大悲德第二重表大悲德。（3）攝化方便德第三重表攝化方便德。《大疏》第三解釋說：「從佛菩提自證之德現八葉中台胎藏身，從金剛密印現第一重金剛手等諸內眷屬，從大悲萬行現第二重摩訶薩諸大眷屬，從普門方便現第三重一切眾生喜見隨類之身。若以輪王灌項示之，則第三重如萬國君長，第二重如朝廷百揆，第一重如宗枝內弼，中台如垂拱之君，故花台常智為大曼荼羅王也。若自本垂跡，則從中台一一門各流出第一重種種門，從第一重一一門各流出第二重種種門，從第二重一一門流出第三重種種門，若行因至果，則第三重之所引攝成就能通第二重，第二重之所引攝成就能通第一重，第一重之所引攝成就能見中胎藏。」這三重曼荼羅分作十三大院（實際上十二院）。中央的八葉院畫八葉蓮花，最中央的蓮台上是大日如來；八葉上面畫四佛、四菩薩，表示大日如來的四智四行，總稱八葉九尊，為毗盧遮那全體，又為胎藏界曼荼羅的根本總體。《大疏》第四說明四佛的意義是：「東方寶幢佛是菩提心義，菩提心猶如大將幢旗，如來萬行變以一切智願為幢旗。南方開敷華王佛是大悲萬行開敷義。北方天鼓雷音佛是如來涅盤說法智，不同二乘涅盤永寂，故以天鼓為喻。西方無量壽，是如來方便智，以眾生界盡故，大悲方便亦無盡，故名無量壽。」又捲二十說明花台四隅四菩薩的意義是：「東南普賢是菩提心，若無此妙因，終不能至大果，故最初得名。西南殊是大智慧，斷無始無明之根。雖有菩提心而無慧行，即不能成果，故次明之。西北彌勒佛是大悲，若慧而無悲，則方便不具不得菩提，故次說也。東北觀音即是行願成滿，若未成果時觀之，此則差次淺深，今以如來平等慧觀，從因至果但是如來一身一智行耳，是故八葉皆是大日如來一體也。」2、中台八葉院周圍的諸院圍繞著前後左右的十二院是由總體所具的無量差別慧所現。如上方的遍知院，中央畫三角的「遍知印」又名「一切如來智印」，象徵大圓鏡智一切遍知的功德。中台北方的觀音院以觀自在為主尊，又稱蓮花部院，相當於妙觀察智，表示如來的大悲下化，南方的金剛手院以金剛薩埵為主尊，以稱薩埵院，相於成所作智，表示大智上求。下方持明院化五大尊忿怒明王，是大日如來所現的教令輪身，稱為持明使者，所以叫持明院，又稱五大院，相當於平等性智，表示淨除其他的煩惱入平等實相，象徵折伏攝受二德。以上是第一重受用身的曼荼羅。第二重上方的釋迦院以變化身的釋迦牟尼為主尊，表示方便攝化德。上方第三重殊院。這裡面的殊院，除蓋障院，地藏院，虛空藏院，蘇悉地院等五院，是為了開發中台大日如來三無盡莊嚴藏的實相而證悟向上的菩薩大眷屬曼荼羅。殊院居東方，表示開悟實相的般若妙慧。左方第二重除裝蓋障院以除蓋障菩薩為主，從金剛手菩薩的大智慧門，除一切眾生煩惱、所知蓋障，而悟入三無盡莊嚴藏的實相。左方第二重地藏院以地藏菩薩為主，這是得了除蓋障功德的結果，不但有耐怨害、安受苦、諦察法的三種忍，而且從觀音的大悲門爭取到最苦的惡道裡面去，解救一切眾生的苦難，譬如大地載負萬物不以為勞，反能出生萬物，所以名為地藏。下方第二重虛空藏院在持明院之西，以虛空藏菩薩為主，這是得了地藏耐苦功德的結果，譬如虛空無有障礙，又如虛空包含萬德，滿一切眾生願。下方第三重蘇悉地院，此院實際就是虛空藏院裡面的第三列位次，經軌不另開一院，但因上方有釋迦、殊二院，下方不能不別開一院，取得畫面上的相稱，所以用虛空藏院的蘇悉地羯羅菩薩為主，表示二利成就之德。最外一重外金剛部院，在外圍四方畫著諸天、藥叉、人、非人、七星、十二宮、二十八宿等，表示隨類應化凡聖不二之理。此院包括極廣，凡一切經典中所說的諸天神等，乃至世人所信奉的外道五通仙圍陀事火之類都可列入。《大疏》第六說：「凡此等諸尊若余經中具說形相者，亦可依彼畫入曼荼羅中，……其山海池、林樹谷藥，城邑道路等神，各以本名為標幟相，山神坐山、河神在河，其樹藥等或手執持，或依其上，當以類推之，華嚴經中有足行神、身眾神……亦可依次列之……當知毗盧遮那普門身中雜類鬼神傍生等，圖中無別名相者，多在其中，所攝極廣也。」3、胎藏界曼荼羅的部族胎藏界曼荼羅十二院，總數四百十四尊，從它的部族分類來說，有三部類——佛部、蓮花部、金剛部。這三個部類表示胎藏界為本覺下轉的化他門，所以就大日如來的大定、大悲、大智三德而分三部。（1）佛部佛部是佛果上理智慧具足之尊，即中台八葉院及上下諸院，屬大定德。（2）大悲蓮花部是如來大悲三昧，能滋潤萬善，故比作蓮花，即可放觀音院、地藏院等，屬大悲德。（3）大智金剛部是佛的智慧力用，能摧破惑業苦三障，故比作金，即左方金剛手院，除蓋障院等，屬大智德。這三德在表現上雖然有三部，實際是互具不離的。如《大疏》第五云：「大凡此第一重上方（遍
知院）是佛身眾德莊嚴；下方（持明院）是佛持明使者，皆名如來部門；右方（觀音院）是如來大悲三昧，能滋榮萬善，故名蓮花部；左方（金剛手院）是如來大慧用，能摧破三障，故名金剛部也。」佛陀瞿耶的《大日經廣釋》說：「佛部從大圓鏡智和平等性智發生是大定德，蓮花部從妙觀察智發生是大悲德，金剛部從成所作智發生是大智德。」如果配四種法身，則中台八葉名自性身，三部眷屬是自受用身，第二重的諸大心眾生是他受用身，第三重的釋迦佛等是變化身，九界眷屬為等流身。為了表示色心二法、理智二門，所以為金胎兩部。胎藏以蓮花為體，即表眾生八葉肉團心，在此處建立壇場，故曰胎藏界。金剛界以五股金剛杵為體，五股金剛杵表五智，即大日如來的三昧耶形，在五股金剛杵上建立壇場，故曰金剛界。胎藏界從生煩惱欲處起，金剛界從佛果智上起。因此，胎藏為生界本有，屬理，故諸尊住在蓮花瓣的月輪中。蓮花表理，月輪表智，智住理內，表示不二。金剛界為佛界修生，屬智，故諸尊住在月輪內蓮花中，理住智中。理住智內，也是不二。因此金胎兩部是色心、理智互具不二，為了說明便利，所以分成兩個部分。