日本尚未簽署投降書時，美國國務院和麥克阿瑟通過往來電報和信使，就已經達成一致意見，確定了美國政府的對日政策。8月29日，一份名為《日本投降後初期美國對日政策》發給前往日本途中的麥克阿瑟。該文件聲稱美國對日本的終極目標是：……確保日本今後不再成為美國的威脅，不再成為世界和平與安全的威脅，最終建立一個和平與負責的政府，該政府將尊重他國的權利……盟國並無責任強加給日本以任何形式的、未得到人民自由表達的意志支持的政府……鑒於日本社會當前的形勢，以及美國希望使用最低限度的軍隊和資源達到其目的，最高統帥將通過包括天皇在內的日本政府機關團體行使其權力……這一政策旨在利用日本現存的政府形式，而不是支持它。
正是根據這項政策，麥克阿瑟開始執行他改造日本的計劃：解除武裝，懲辦戰犯，進行土地改革，解散財閥，實行宗教、出版自由，解除黨禁，改革教育制度，解放勞工和婦女。一方面將舊日本種種醜惡落後的特徵消滅乾淨，一方面為新日本的民主化培植基礎。
麥克阿瑟面臨的首要任務就是使日本非軍事化，解除日軍的武裝。戰爭結束時，日本有近700萬軍隊需要遣散，其中在海外的有400餘萬。麥克阿瑟通過撤消原日本陸海軍省後新設立的第一、第二復員省，用了一年多的時間才完成這項工作。銷毀日本軍事裝備的任務是由駐日的美國第8集團軍和中國第49集團軍來完成的。他們用了幾個月的時間去尋找能發現的所有武器，炸毀了彈藥庫，燒掉了飛機，把步兵武器扔入大海或者運送到中國，關閉軍工廠並將部分設備作為象徵性賠償交給中國和蘇俄，摧毀海軍基地和軍用機場等軍事設施，總值達數十億美元。
與這項解散陸海軍和解除武裝同時進行的還有清洗軍國主義分子的措施。1946年1月4日，盟軍總司令部向日本政府提交了一份清洗計劃，列舉了要求「罷免和清洗」的七類人：第一類為戰犯；第二類為職業軍人和陸海軍部特別警察和官吏；第三類為極端民族主義、暴力主義和秘密愛國團體的主要成員；第四類為參與大政翼贊會、翼贊政治會和大日本政治會活動的主要分子；第五類為同日本擴張有關的金融機構和開發機構成員；第六類為佔領地行政長官；第七類為其他軍國主義者和極端民族主義者。上述人員均被要求免去公職，剝奪其競選議員的資格，以排除其對政治的影響。這次清洗涉及人數約22萬人，其中18萬為舊軍人。同時，約1300個超國家主義的而且是軍國主義的團體、組織被解散了，甚至舊軍人的遺屬領取撫恤金的權利也被剝奪了。
在這一系列剷除日本軍國主義勢力的措施中，最引人注目的就是逮捕與審判戰爭罪犯了。
9月8日，麥克阿瑟在美國第1騎兵師的8000名官兵的陪同下，進駐東京，隨即展開了逮捕戰犯嫌疑人的工作。
早在1944年11月，美國就指令同盟國戰爭罪行調查委員會遠東太平洋小委員會在重慶制定日本戰犯嫌疑人名單。該委員會於1945年9月7日列出了總計342名日本戰犯嫌疑人名單。不過，該名單是按照與同盟國戰爭罪行調查委員會倫敦總部甲至丙級戰犯標準不同的分類法列出的，其具體內容基本上是相當於乙丙級標準的日軍在中國大陸的殘暴行為，對確定甲級戰犯事宜的幫助不是太大。
日本人此時也極為不安，他們很想早日知道具體名單。於是，東久邇內閣便放出風來，表示希望同盟國從速公佈戰犯嫌疑人名單。在華盛頓和日本人的催促下，麥克阿瑟責成盟軍總司令部情報處長威洛比將軍與艾克爾伯格將軍率領的憲兵合作，組成了戰爭罪行調查局。9月10日，該局確定了即將逮捕的第一批38名戰犯嫌疑人的名單。東條英機是甲級戰犯的第一名。這個雙手沾滿中國人民和亞洲其他國家人民鮮血的法西斯頭子，早就料到自己可悲的結局。不過，他還存有僥倖心理。3周前，日本內閣討論投降時，他就多方進行阻撓，並於8月12日偷偷與阿南惟幾和火田俊六兩名戰犯進行串連，並要他們作證，他所打的是一場「自衛戰爭」。
9月12日，這個頭號戰犯還故作鎮靜。當一群新聞記者來到他在世田谷的寓所時，東條正大模大樣地坐在一張大書桌前寫東西。室內佈置依然如故：正面掛著一幅這位前首相穿軍禮服的全身像；另一面牆上掛著一張馬來亞某崇拜者送的虎皮。故意擺出一幅威風凜凜不可一世的樣子。
聽說要逮捕東條，外邊的人越來越多，新聞記者們竟湧進花園。到下午3點前後，人聲鼎沸，幾乎水洩不通。東條叫他夫人帶著侍女立刻離開家裡，孩子們早就搬到九州去了。東條夫人不願離開。「多多關照自己。」她說，怕他會自殺。「請多多關照自己。」她又說一遍，鞠了一躬。他只含含糊糊地答應了一聲。
東條夫人帶著侍女從後門出去，繞過圍牆，上了街道，朝汽車道走去。前面亂七八糟擠滿了車和人，使她無法看見自己的家。於是，她走進街對面一幢房子的花園裡。這幢房子地勢較高，是鈴木醫生的家。早些時候，鈴木醫生曾用木炭在東條的胸部給他畫出心臟的位置。她從圍牆上面看過去，美**人、憲兵已把她家包圍。有個美**官在喊：「告訴這個狗雜種，我們等的時間夠長了。把他帶出來」猛然間，她聽見一聲沉悶的槍聲。士兵們開始向屋內衝去。即使身在街道的另一邊，她也能聽到木板破裂的響聲。那時是下午4時17分。
保羅·克勞斯少校和執行逮捕的人，以及跟在後面的記者們衝進東條的辦公室。東條沒穿外衣，搖搖晃晃地站在一張安樂椅旁，鮮血浸透了他的襯衣。他右手還拿著一支0.32口徑的科爾特自動手槍，槍口對著衝進來的人。
「別開槍」克勞斯喊了一聲。
東條並沒有表示他聽見喊聲，但是手槍噹啷一聲落到地板上，東條身不由己地倒在椅子上。他向一個跟進來的日本警官示意要水喝。一杯水他幾口便喝光了，還要喝。
4時29分，東條的嘴唇動了。陪同記者前來的兩名日本翻譯開始記錄東條的話。「要這麼長時間才死，我真遺憾。」他小聲說。他的臉痛苦地抽搐著，但人們看著他毫不同情。「大東亞戰爭是正當的、正義的，」他說，「我對不起我國和大東亞各國所有民族。我不願在征服者的法庭上受審。我等待著歷史的公正裁決。」他的聲音稍大了一些，但吐字並不完全清晰。「我想自殺，但自殺有時候會失敗。」子彈幾乎一絲不差地從鈴木醫生在他胸部所標的位置穿進去，但就是沒有打中心臟。頗具諷刺意味的是，子彈剛巧錯過了他那顆畸型的細長心臟。美軍憲兵叫來醫生，給他縫好前胸後背的貫通傷口後將他送往醫院，在那裡給他輸了幾位美國士兵獻的血。東條逐漸恢復了健康，不得不接受同盟國的審判。
12日，日本內閣匆忙通過一項決議：由日本自己的司法機構搶在盟國審判之前逮捕並審訊戰犯嫌疑人。東久邇首相奏請天皇裕仁批准這項決議，卻遭到拒絕。天皇聲稱這些戰犯都是竭盡忠誠的人，不忍心以自己的名義加以處置。東久邇為了表示日本政府的存在，仍然要求從美軍那裡接過逮捕戰犯嫌疑人的任務，然後再將其轉交給美國憲兵。這一建議立即遭到了盟軍最高司令部的否決。
同一天，尚未被列入逮捕名單的杉山元元帥在第1總軍司令部裡開槍自殺。
前東條內閣的厚生省大臣小泉親彥和前近衛內閣的文部省大臣橋田邦彥二人雙雙服毒自盡。
有著「東條的副官」之稱的前東條內閣海軍大臣海軍大將島田繁太郎被美軍憲兵從家中帶走。
漸漸地，第一批剩下的戰犯嫌疑人除東鄉前外務大臣外，都經美軍憲兵之手，送往橫濱刑務所了。東鄉茂德是因心臟病由美軍軍醫診斷後，被允許在自己家中受監禁的。在這些人自首前，內大臣木戶幸一侯爵的秘書向他們其中最重要的人物傳達了天皇的「慰問」之情。
13日，第二批戰犯嫌疑人的名單轉給日本政府，其中有前首相廣田弘毅等與右翼勢力有關係的人，內閣書記官長緒方竹虎也名列其間。重光外相急忙趕赴盟軍總司令部，聲稱逮捕重臣和內閣閣員並不穩當。結果，緒方的名字被去掉了，但是，盟軍對東久邇內閣的不信任情緒已流露出來。
為此，內閣裡出現了「戰時內閣的閣僚必須去職」的呼聲。當時，東久邇內閣裡有近衛、米內和重光三人曾任戰時內閣閣員。米內倒是想辭職，但是，近衛和重光卻以為自己在戰爭末期曾遭主戰派的迫害，因而不會遭致盟軍仇視。尤其是重光，一手包攬了與盟軍聯絡的工作，不把其他閣僚放在眼裡。結果，在17日的內閣改組中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟軍總司令部命令美軍憲兵，將以荒木貞夫陸軍大將為首的11名戰犯嫌疑人逮捕後關進巢鴨監獄，其中有曾任天皇侍衛長和九一八事變時候的關東軍司令官本莊繁大將。本莊得知消息後立即自殺身亡。
眼看著逮捕戰犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宮，日本統治集團驚慌失措之餘開始謀劃天皇與麥克阿瑟會晤的問題。他們希望通過此舉使天皇擺脫被指為戰犯嫌疑人的可能，從而為天皇制的延續創造條件。
由於美國政府已在內部表明，要利用天皇在日本國民心中的威望來改造日本，因此，麥克阿瑟同意與天皇見面。
日本統治集團聞之大喜。27日，天皇一行乘坐四輛轎車，在沒有摩托車開道的情況下，前往美國大使館。麥克阿瑟為了顯示自己的身份，只在二樓會議廳的門口迎接天皇。隨後，他們兩人通過奧村勝藏的翻譯，進行了大約30分鐘的秘密會談。據麥克阿瑟在其《回憶錄》裡的記載，天皇表示對因為日本推行戰爭而發生的一切問題和事件負有全部責任。天皇的謙卑態度打動了具有貴族派頭的麥克阿瑟，兩人的會談在和諧的氣氛中進行。
天皇和麥克阿瑟會談的具體內容，宮內省和盟軍總司令部都予以高度保密。此時，在同盟國方面，蘇聯和中國都強烈要求廢除天皇制，美國國內的一部分輿論也認為天皇應對戰爭負有責任。因此，盟軍總司令部表現得很謹慎，只是向各報社傳送了一張天皇和麥克阿瑟的合影。在照片上，身著開領襯衣、身材高大魁梧的麥克阿瑟與身著燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了強烈的反差，深刻地反映了日本戰敗後的窘境。東久邇內閣特別召開內閣會議，決定將準備發表照片的「朝日」、「每日」、「讀賣」三大報紙予以停止發行和停刊的處分。
盟軍第二天獲知此事後，立即以麥克阿瑟的名義發出指令，立即撤消對通信及新聞報道所加的一切限制。29日當天下午，登載著那張照片的報紙就與日本國民見了面，在很少有機會看清天皇模樣的國民心中引起了強烈的震動。
東久邇內閣雖然在盟軍總司令部的壓迫下，被迫作了一些改革，但其反動的本性依然未改變。內務大臣山崎嚴聲稱，充滿法西斯色彩的《治安警察法》的精神應予以保存，仍然要取締有損國家組織的言論和行動，對釋放政治犯也不予考慮。
盟軍不能容忍山崎的倒行逆施。10月4日，盟軍總司令部突然下令立即釋放政治犯，廢除思想警察(特別高等課)，罷免山崎內務大臣、警察首腦和處理思想案件的檢察官。第二天，東久邇內閣被迫總辭職，由74歲的老資格政治家幣原喜重郎出任新首相。
10月6日，即幣原首相開始組閣的那天，麥克阿瑟收到了華盛頓的簡明答覆：「立即繼續拘捕戰犯……未經進一步協商，不得採取有損於天皇的行動。」12月2日，盟軍總司令部公佈了第四批59名戰犯嫌疑人名單，其中包括以皇族梨本宮守正親王為首的原首相平沼騏一郎、高級特務兒玉譽士夫等人。幣原內閣曾經懇請盟軍總司令部暫緩逮捕72歲的梨本宮親王，但遭拒絕。更令日本統治集團吃驚的是，四天後，包括近衛公爵、內大臣木戶幸一侯爵在內的9人也收到了逮捕令。天皇的親屬和近臣相繼被逮捕，一時間讓人預感到似乎天皇也在所難逃。
16日，曾經三次組閣、對發動侵華戰爭負有不可推卸的責任的近衛文在他的宅邸「荻外莊」服毒自盡，逃脫了遠東國際軍事法庭的審判。
雖然看上去天皇的好日子似乎就要到頭了，但是，直到美國人在戰後與日本人做了大量骯髒交易的劉建業明白，如果照目前的形勢繼續發展下去，天皇的罪責會在東京審判的過程裡中被有意的掩蓋下去，並由其他的戰犯們承擔。這種局面對於渴望把天皇送上軍事法庭受審的劉建業來說，是絕對不能接受的。
劉建業為了要對美國政府和麥克阿瑟將軍施加強大的輿論壓力，不得不從幕後站到前台。
在劉建業的授意之下，中國駐日佔領軍總部連續多日召開記者招待會，連續向全世界各主要通訊社爆出猛料。
「這些文件都是我們從日本皇宮的御文庫和首相府的內閣文庫裡搜查到的。這些文件主要是日本最高決策會議——御前會議的會議記錄。文件的內容是關於日本策劃並發動珍珠港事件的決策過程。」
「這些文件是日本大本營發出的大陸命和大海命的文件存檔。這些都證明了日本在戰爭中的每一次大規模軍事行動，都是得到了日本天皇的許可和批准。」
「這些文件是日本皇宮御文庫保存的日本天皇從天皇本人的私人賬戶對日本從事細菌戰和化學戰撥款的證明文件。這直接證明天皇本人不但對於日本在戰爭期間從事細菌武器和化學武器研究不但知情，而且大力支持。」
「這些文件是日本皇族成員對日本設立在中國東北的從事細菌武器研究和生產的秘密部隊進行視察和指導後給日本天皇本人提交的報告。這些文件上都有日本天皇本人的簽字和私人印章。」
「這些文件是日本軍部向天皇請示如何處理大批同盟國戰俘的報告。文件上還有日本天皇對處理戰俘的意見。」
「這些文件是日本軍隊在中國首都南京進行大規模的慘無人道的大屠殺以後，日本天皇對如何應對國際輿論壓力，隱瞞事實所作的指示。」
「這些文件是日本天皇對九一八事變，一二八事變，盧溝橋事變和南京大屠殺的元兇授勳的證明文件。」
諸如此類的文件接連被劉建業向世界公開，使得各大通訊社的記者們忙得不亦樂乎。
世界輿論也被這些文件所揭示出的事實所震驚。愛好和平的善良人們很難想像一個國家的政府竟然以國家的名義作出了這麼多的違反人類所有良知的行為。賊還捉賊，屠殺，虐待戰俘，慰安婦，非法強征勞工，化學武器，細菌武器，活人試驗，這些只有在最恐怖小說裡才能出現的畫面一個個的被這些公開出來的文件所展現出來。
人們很難理解，這樣的一個國家還有什麼形象可言？這樣的一個國家的國家元首為什麼還沒有被列入戰犯名單？
社論，譴責，遊行，抗議，尤其是在美國本土上，大規模的民眾抗議遊行相繼在全美的各大城市爆發。一些戰功卓著的將軍也公開發表聲明，對於日本天皇至今仍然逍遙法外，深表不解。
迫於強大的國際壓力，美國總統杜魯門被迫在白宮南草坪向記者公開表示，盟軍駐日最高司令部將對日本天皇的戰爭罪行予以全面而深入的調查，只要有足夠的證據，天皇本人將難以逃脫被送上法庭受審的命運；日本天皇的受審，不代表日本皇室被推翻，日本可以通過另外推選一位天皇的方式解決皇室危機。
而劉建業並沒有打算就此收手，只要日本天皇一天沒有被送進巢鴨監獄，他是一天也不打算停下。
為了繼續施加壓力，劉建業每天上下午都要召開一次記者招待會，向等候著的記者們公開一批剛剛整理出來的文件。這些文件無一例外的都是直接指向日本軍隊和政府的戰爭罪行，以及日本財閥利用戰爭強行在受到日本侵略的各國掠奪資源，大發戰爭財的罪行。文件裡面相當多的部分都表明日本皇室與這些罪行有著直接或者間接的關係。最驚人的就是日本在戰爭期間把大量的從東亞和東南亞國家掠奪的黃金珠寶等隱藏在菲律賓山區，試圖供以後東山再起之用的「金百合計劃」。
所謂「金百合計劃」是日本為在戰後侵佔東亞12國財富而由日本皇室在菲律賓親自參與的財富侵吞活動，他們將大量的黃金埋藏於諸多島嶼的同時也埋葬了眾多參與其中的勞工。
在1895年至1945年間，日本從中國掠奪的財寶最多。日本對中國的掠奪從東北開始，然後波及上海、南京和全國數百個城鎮，中國價值數十億美元的金塊、財寶、鑽石、色彩多樣的寶石、瓷器、藝術品、遠古化石、無價的線裝典籍、宗教文物和祖傳寶貝都成了日本人的囊中之物。除中國內地外，從中國香港地區到新加坡、從馬尼拉到雅加達，幾乎海外所有華人的居住區也遭到了同樣的命運。
文件顯示，在二戰期間，日本天皇曾經派其叔父到中國搶劫財寶；日本掠奪中國財寶至少包括直接的戰爭行為、黑吃黑的「黑社會」行為和打著民間搜集幌子的行為；戰爭期間，日本掠走的中國財寶不計其數，並將其藏匿在菲律賓。
中國人有著喜歡私下裡收藏財富的習慣。日本為了得到這些民間財富，曾與中國黑社會合夥打劫，遂造成中國20世紀三四十年代民間財富大量流失，而且，流失的速度和規模前所未有。據文件披露，1937年，日本天皇裕仁及其顧問建立了「金百合」皇家組織，成員包括金融、會計、簿記、船運專家及各種寶物專家，該機構由皇族成員監督，通過操縱日本軍隊和黑社會來實行，該組織就像擠牙膏似地搾取中國財富。
日本進攻南京前，裕仁天皇將其叔父朝香宮鳩彥親王派到中國指揮作戰。朝香宮鳩彥對手下發佈的命令就是：「給中國兄弟一次永遠也不會忘記的教訓。」南京大屠殺發生。與此同時，「金百合」正在實施，由天皇弟弟秩父宮親王負責。
在南京，金百合行動第一批執行者就是日本憲兵隊。憲兵特別行動小分隊扣壓中國政府財產，炸開銀行庫房，搶劫富裕人家的黃金、珠寶、藝術品和貨幣。書中說：「在這一階段，秘密憲兵至少搜集了6000噸黃金。對這個問題的文件顯示，官方報道的掠奪數量往往只是實際數目的一個零頭。另外還有無數中國人喜歡儲存的小金塊、白金、鑽石、紅寶石、藍寶石、藝術品和古董也遭搶劫。這些都來自私人家庭和農村的墳墓。日本人做得如此徹底，甚至把屍體鑲的金牙也敲下來。」
被搶劫後的中國財寶由上海直接船運日本，或由火車、汽車運往「滿洲」處理，稀有金屬進行分等，其他的首飾被融化後，重新澆鑄為統一尺寸的金錠，然後再運回日本。在這個階段，有數名皇族成員參與監督和執行任務，其中包括天皇的兄弟朝香宮、秩父宮、三笠宮和竹田宮等人。
在南京成為廢墟時，中國珍貴藏書、文件等還被嚴密保護。後來，曾有1000多名日本專家來到南京，為日本皇家圖書館優先挑選最珍貴的物品，天皇曾親自過目最珍貴物品的目錄。選中的物品都被一一編號和打包，然後放入防水的箱子裡。大約2300名中國勞工為物品打包，400名日本士兵監督，曾用300多輛卡車把這些箱子運往上海，然後裝船。
這些書的一部分被用來建立位於東京的東亞研究所、東方文化研究所、東亞經濟研究所、東亞地方病研究所、大東亞圖書館等。日本至少有17處地方存放這些戰時搶來的書籍，其中有日本皇宮、皇室內宮、靖國神社、東京科學博物館、東京美術學院、早稻田大學、東京帝國大學和慶應大學。保守結論是，日本有300萬冊從中國各地圖書館搶來的珍貴圖書和手稿。今天的學者們稱日本的圖書館是亞洲最好的，因為日本僅歸還了其搶來的圖書中的一小部分，大約16萬冊，不足6%。
日本軍方還專門派遣黑社會老大兒玉譽士夫到中國，專門打劫中國黑社會的不義之財。兒玉在中國時，出沒於上海和南京之間無防的農村，到城鎮和村莊，召集地方士紳，強迫地方把財產「捐獻」給天皇。在戰爭初期，兒玉在飛往日本的飛機上裝了太多白金，起飛前起落架曾被壓垮。後來，他只搜集最大粒、最優質的紅寶石、藍寶石和鑽石，這些儲存運回日本時要方便得多。
此外，一些日本大亨也在干同樣的勾當，其中就包括住友公司總裁。
這個罪惡計劃，開始的時間恰好就是南京大屠殺期間，計劃組織者是日本的皇室成員。他們有計劃地把亞洲各國的黃金字畫、宗教文物運送出國，藏寶的地點選在菲律賓。許多幫著運送寶物以及挖掘地洞的各國勞工與士兵，最後也被殺人滅口，使得這些藏寶之地顯得撲朔迷離。這175個皇家藏寶金庫，成為日本準備應對戰敗以後重新崛起的資金保障。
這些文件的披露，使得東南亞各國一片嘩然，尤其是作為受日本侵略傷害最深的中國政府立即據此向美國政府和菲律賓政府以及盟軍駐日最高司令部提出交涉，要求盟軍命令日本必須盡快無條件交換這些被掠奪走的財富。
儘管日本政府和皇室對此進行了多次的抵賴，狡辯說這些文件是中國駐日佔領軍偽造的，是要給日本政府和皇室的臉面抹黑。但是，一個已經在國際輿論面前徹底沒有了形象可言的國家政府和皇室所說的話，還有多少人會相信呢？
針對日本政府和皇室的抵賴狡辯，劉建業並沒有直接回擊，而是連續不斷的繼續爆料。一份份的文件向世人顯示，究竟是誰在胡扯，是誰在說謊？
這個時候，美國政府也不得不打消了原本的與日本合作吞沒這筆帶著血的財富的計劃，公開表示，將對此進行深入細緻的調查，並將在發現這些財富以後，將其歸還給受到日本掠奪的亞洲各國。
雖然，劉建業的行動獲得了意料之中的效果，但是，他的行為也不可避免的觸及了美國人的利益，使得他原本與美國人之間的良好合作關係開始產生了一些外界不易察覺的微妙的變化。
12月6日，被任命為國際檢察團首席檢察官的美國人約瑟夫·季南率領手下38人飛抵厚木機場。8日，日軍偷襲珍珠港4週年紀念日，麥克阿瑟任命基南為盟軍總司令部所屬的國際檢察局局長，從此加快了對日本戰犯嫌疑人的調查取證工作。