人類四大軍團在數碼世界都有殘部，由西格爾領導。光明獸將兩個數碼世界維度合一的時候，他們也仍然堅守在迷霧之湖，只是這時的迷霧之湖經過上次的戰鬥，湖水也差不多流乾了，因此改名「迷霧森林」。
迷霧森林、破曉之丘是數碼獸的禁區，所以彩羽尼奧的到來並沒有引起任何人的注意。而隨著光明獸的消失，在光明天堂的統治區域內，統治力度變得極弱，那些墮天使們本就不適合管理陽光下的土地，群龍無首之下，被趕回黑暗區域的大有人在。這種情況下，伊古德拉希爾又漸漸被捧上神壇，令出於天界都市成了常態。
但是沒有人知道，在這禁錮伊古德拉希爾的天界都市裡，一個邪惡的存在找上門去。經過一段密談，黑暗的力量徹底籠罩了天界都市，一隻隻不知從何處而來的軍隊傾巢而出，它們四處破壞，抓人，對一切反抗者施以毀滅性的打擊。在眾多數碼獸的血淚之下，天界都市巴爾巴獸城的威名日漸響亮，一道毀滅性的的炎之壁降臨，將所有想要反抗的數碼獸阻攔在巴爾巴獸城之外。
而人類軍團也在這個時候活躍了起來，他們開始了最富人類特色的佔領行為，似乎打定主意要在數碼世界弄到大片的土地來擴張國土。以位於破曉之丘的破曉城為中心，一個即嚴密又鬆散的城邦國度誕生了——魔神國度！
暴君國度、天使國度、魔神國度、東方大世界、巴爾巴獸城五方共存的格局顯現。
第三新東京市，政府大樓頂層，暴君國度的三大首腦之一。頂著可愛白兔子裝的修女獸布蘭邁著優雅的步伐端著盤子走進工作大廳，一切都是那麼地有貴族氣質，但這麼和諧的場景僅僅維持了不到半分鐘，只見布蘭翩飄然而來，好似沒有步與步之間的停頓似的，這也是那份優雅的由來，但是之後她就越「飄」越低，然後猛然和地面來了個親密接觸——她居然在光可鑒人空無一物的大廳中央跌倒了！
但是正在自修《女僕的自我修養》的布蘭不是那麼容易失敗的！就在盤子緩緩墜落的瞬間，布蘭眼中有精芒閃過，麻利地從裙下摸出比自己還高的三叉戟「十字芭比（crossbarbie）」，瞄準射出一氣呵成。
十字芭比切開空氣，帶起一股旋風吹飛了奈奈美正在上se的指甲油……
四個杯子叮叮噹噹地落在盤子上，盤子又被三叉戟托著風馳電掣地射進牆壁，雖然力道控制得剛好，但只看三叉戟的末端還在嗡鳴震顫，就知道布蘭用的力道也不輕。神奇的是，四個杯子都沒有一滴水灑出來，這要在武俠世界裡一定會被一聲驚歎——「入微」！
布蘭見此欣喜地爬起身來，從牆上拔出三叉戟，端著杯子小跑著來到奈奈美身邊，這次她很注意，一路看著自己的腳，總算沒出問題。
「奈奈美小姐，您的紅茶！」儀態完美的女僕小姐布蘭將紅茶遞過來，奈奈美則矜持地抿著紅唇，放下指甲油接過紅茶。
接著布蘭把另外三杯紅茶分別遞給武之內素娜和籐枝淑乃，至於陸峰的那杯則被他堅定地拒絕了，然後一臉訕笑著替籐枝淑乃揉肩。
武之內素娜鬱悶地看了一眼陸峰，然後扭頭看電視。
「淑乃，我的手藝有進步？」陸峰腆著臉道。
籐枝淑乃面無表情，目視前方，將一條白嫩嫩的大腿擱在茶几上。丁香獸x一見也飛過來，把腿擱在茶几上。陸峰像趕蒼蠅一樣把丁香獸x趕走，然後開始給籐枝淑乃捶腿。
丁香獸x扭頭看著一心捶腿的陸峰和面無表情的籐枝淑乃，兩人就像是在演木偶劇一樣，頓時無趣地飛到武之內素娜身邊和她一起看電視。
布蘭終於大廳裡的女僕工作完成，功成身退離開大廳。就聽「噗通」一聲，她又在大廳中央摔倒了……
「話說是誰把布蘭忽悠成女僕的？」陸峰抬頭問道。
奈奈美優雅的舉手。陸峰正想批評幾句時，奈奈美雙眼一瞇，一道強度超過金剛鑽的秋波橫掃過來，陸峰的氣勢頓時一弱：「可是她完全不適合啊，要是怒娃兒知道了……」
「那我們就有兩個女僕了！」奈奈美表示很開心道。
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現在三個姑奶奶都在，陸峰被克得死死的。還是武之內素娜最乖了，和丁香獸x安靜地看電視。正當陸峰嘗試用眼睛jiān、yin籐枝淑乃和奈奈美時，白川惠將最新的事態報告上來了：「天界都市的削除部隊又開始活動了，它們似乎是在尋找什麼！」
陸峰面色一肅，和剛才簡直判若兩人，嚴肅地接過白川惠遞來的報告，上面詳細描述了暴君國度邊境外地區的數碼獸村莊遭削除部隊破壞的情況。天界都市被黑暗力量籠罩已經不是新聞，但對於篡奪伊古德拉希爾權柄的是誰卻還不太明白，炎之壁對於普通數碼獸，哪怕是究極體也是具有強大威懾力的。在光明獸消失後的廣大地區，開始呈現出諸侯自治的格局，天界都市不過是其中最強的一股。
其餘太陽宮裡覺醒的阿波羅獸、雷暴山脈深處的神秘巨人、四處遊蕩的神槍手，甚至拉出一批小團體的ri焰獸，而像喜好周遊世界打抱不平的墨丘利獸、瑪爾斯獸、頑固獸也在四處遊走，林林總總，亂象紛呈。
陸峰最近也在考慮是不是要雷霆出擊，把這些小山頭全都收服了。就算對實力提升毫無幫助，起碼也可以充實一下暴君國度。至於削除部隊，不過是一些突擊龍獸和導彈獸組成的軍團，陸峰並不怎麼重視。讓光之牙和夜之鴉出去歷練一下就好。
在陸峰的命令下，瑪利亞、羅伯特帶隊，光之牙和夜之鴉的隊員們開始四處出擊與削除部隊戰鬥，拯救那些被破壞的村莊城鎮。在暴君國度的二線軍團：金剛獸軍團、無齒翼龍獸軍團的配合下，削除部隊別想佔到一點便宜。即使是其中號稱從100只突擊龍獸中選出來的戰鬥精英海豹龍獸也不可能是射手獸和八咫烏獸的對手。對這些孩子真正的考驗之處，其實是在削除部隊那極似軍隊風格的作戰方式。
導彈獸神出鬼沒就不說了，海豹龍獸卻是最擅長暗殺任務的。它能以肉眼無法看到的速度移動，不裝備迷彩服機能和槍等武器，有著只以體術擊殺目標的能力。是極為優秀的刺客。而突擊龍獸的身體由特殊材質加工包裹，可以通過判斷周圍的顏色，即時改變身上迷彩服的顏色，極善隱藏。
也因此幾隻小隊好幾次灰頭土臉，井上京、加門健太郎等人甚至受了不輕的傷。好在憑藉著無齒翼龍獸軍團的強力空中支援和一點點主角氣運爆發，他們最終都安然度過。
當然，這是建立在削除部隊的三大將都被其他事情絆住的情況下，否則但凡有其他強力人物出來，他們就不會這樣輕鬆了……
而在這時，陸峰做出了派遣旗下兩隻充滿希望，演繹人、獸和諧的隊伍之後可，他本人也準備啟程去探訪那些可能的強力究極體。本來從任務角度考慮陸峰只準備帶上武之內素娜，可此行旅遊性質太濃，在奈奈美漫不經心的目光與籐枝淑乃看死人的眼神下，陸峰帶上了三女，並且臨時徵用獅鷲獸當坐騎。向著遠山飛去……
這是一座與山石林地環境非常相似的山脈，漫天霹靂，雷雲密佈，不同的是，這裡並非常年都是這種天氣，而是近來才出現的。據說雷雲蓄滿溢出山脈的時候，能隱約看到一個巨神揮舞兵刃。又傳說有人在山脈附近看到了不死的骷髏兵。總之雷雲山脈現在已經成了這一片地區的禁地，許多冒險進山的數碼獸都不知所蹤。
陸峰的首個目標就是雷雲山脈，獅鷲獸的速度是非常快的。究極體出行，一般也沒有人敢於阻攔，沿途的飛行數碼獸基本都是主動退避，以獅鷲獸的體型，陸峰四人坐在它背上也不會覺得擁擠。
霹靂——
陸峰來的時機似乎非常好，這一天正是一個電閃雷鳴的日子。當外界艷陽高照的時候，雷雲山脈裡卻是一片陰雲密佈，黑沉沉的天空幾乎蓋壓下來。
「吼——」剛剛進入山脈範圍，一聲巨吼就從山林深處傳出，強橫的音波刮得樹林胡亂飄搖，樹葉凋零。
「前面似乎發生了不得了的戰鬥……」獅鷲獸努力拍打翅膀克服混亂的氣流，同時感應雷雲山脈深處的氣息。
呼啦啦~~~~~
眼尖的獅鷲獸忽然發現地面上出現了一絲異樣，徵得陸峰同意後，它降低飛行高度，接近山麓。陸峰四人赫然看到，一具基於頭蓋骨和雙臂的骷髏兵從地上掙扎著爬了起來，在這個骷髏兵身後，幾根骨頭搖搖擺擺地也要拼合起來，形成第二個骷髏兵——傳言是真的！
然後是第三個、第四個……這處不知何種動作的埋骨之處積攢下的頭蓋骨和臂骨最終造就了十三個骷髏兵。
最先誕生的骷髏兵雖然晃頭晃腦，它的目標卻非常明確向著山脈深處走去。其他的骷髏兵搖搖晃晃地也要跟著去，卻似乎不太完善，不僅動作僵硬錯漏百出，甚至還有跑錯地方的。
「只留下第一個骷髏就行了，我們跟過去！」陸峰一聲令下，獅鷲獸張嘴吐出超級索尼克之聲將後面十二個骷髏兵全部摧毀。