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吐槽結束的陸峰鬱悶地切開盤裡的土豆，話說數碼世界的伙食也太差了，皇帝就吃這玩意兒？還是因為火車上的配餐一向不好的關係？陸峰有些想念修女獸了，尤其是布蘭的燒烤水果大餐。話說她們姐妹其實不應該叫修女獸，而應該叫女僕獸才對嘛~
想起修女獸姐妹，陸峰就不由得記起了那只可憐的使魔獸。話說在暴君國度擴張的途中，它居然進化成了成熟期。使魔獸本質上就是黑化的巴達獸，陸峰滿以為它會進化成惡魔獸之類的墮天使型數碼獸，卻怎麼也沒想到使魔獸居然會進化成杜賓犬獸！
為此陸峰百思不得其解，直到他有一天看到奴瓦兒用狗鏈牽著杜賓犬獸在荊棘之城裡溜躂猜恍然大悟。說起來奴瓦兒是成熟期，杜賓犬獸也是成熟期，杜賓犬獸就算戰鬥力差點也不至於被欺負到這種境地，只能說這兩人是屬性相剋，天敵一般的存在啊。
收兵回城，和陸峰同時到達草原王庭的還有獅鷲獸和超級安杜路獸的人馬。因為大家的行動實在是太順利了，毫無挑戰性。如此欺負暴龍改造者，陸峰都有點兒於心不忍了。
朝會上，三隻究極體向陸峰匯報了一些戰鬥細節和「意外」收穫。超級安杜路獸遵照陸峰事先劃定好的停戰線率領守衛獸、機械裝甲獸、坦克獸組成的軍團一路打到了北方的雪原上。數碼世界的氣候和緯度關係不大，這片雪原當然不是南北極，而是在兩片大陸交匯的狹長地帶，類似巴拿馬的位置。暴龍改造者剛剛在哪裡建立了黑暗之塔。超級安杜路獸擊敗了暴龍改造者的手下之後，在還沒修好的監獄裡找到了城戶丈的搭檔數碼寶貝，哥瑪獸！
「那麼它現在是在我的國度中遊歷是嗎？」陸峰和其他人不一樣，數碼寶貝第一部裡他最喜歡的數碼寶貝不是亞古獸，也不是加布獸，而是哥瑪獸！因為哥瑪獸很有擔當，有自知之明，而且幫助城戶丈完善了他的性格，激發了他的潛力。這一點在城戶丈看到只剩下他沒能進化到成熟期之後鬧彆扭的時候表現的最明顯。陸峰很欣賞這只哥瑪獸，所以……「就讓它繼續遊歷下去吧，別忘了給它辦張數碼身份證！」
就這樣，哥瑪獸開始了在暴君國度的遊歷，它在鋼鐵之島吃拉麵，在機械城聽深夜的鐘聲，在巨蛋城看繁忙的車流，在草原上體驗機車獸疾馳的風景，在夢幻遊樂園看滑稽的馬戲表演，聖塔加西亞的沙漠輪船，磨古鎮的風味濃湯……哥瑪獸感受著這片初定的土地不一樣的風格。
「在這裡生活，簡直……就像是在阿丈身邊，這裡和人類的世界，好像！」旅行結束的哥瑪獸疲憊地癱坐在機車獸的車廂裡，眺望車窗外急速後退的草原風光，天上不時有好奇的浮游獸跟著機車獸，好一派閒風光！
哥瑪獸生活得十分愜意，還有心情將自己的遊歷過程寫成電郵件給城戶丈。相比之下，它的那些同伴，亞古獸、巴魯獸它們可就沒這麼幸運了。
狼狽不堪的暴龍改造者回到他的老巢後為這次失敗耿耿於懷，聽到暴君國度四路出擊，所向披靡後更是怒火中燒。但他的自信也在三隻究極體那恐怖的戰鬥力下動搖了。甚至在聽到暴君天使獸x一路僅僅揮揮手跺跺腳就打翻所有阻撓後失手扔掉了手中的d3武裝暴龍機！
「怎麼可能！怎麼可以！！」暴龍改造者蜷縮在座椅中，陷入了無休止的憤怒和怨恨之中。
「小賢，你還好吧？」蟲蟲獸擔憂地詢問卻只換來了暴龍改造者的又一頓臭罵。
「不行，我一定要，一定要獲得更強大的力量，那只數碼獸……」因為混沌計劃而進化為混沌小丑皇，普通的數碼寶貝大百科裡是絕對不會有混沌小丑皇的資料的。但憑其外形還是可以輕易判斷出其為究極體。還有兩外兩隻同樣強大得過分的數碼獸也就能確定為究極體了，再加上那個暴君……「我必須找到足以對抗究極體的力量！有什麼辦法呢？讓我想想……」一乘寺賢漸漸坐直了身，神色也鎮定下來，開始認真思索辦法。
一乘寺賢雖然只讓蟲蟲獸進化到了飛蟲獸，但見識層次並不低，他可是和秋山遼一起對抗過千年獸的！甚至他還和陸峰一起與月至千年獸戰鬥過！只是那個時候暴君天使獸x還是天國形態，所以一乘寺賢沒能認出來。改變太大的話，就連數碼寶貝也不一定能識別。
也許是千年獸的黑暗中自的影響，暴龍改造者在回想過往見過的究極體時很自然就想起了基米拉獸。至於為什麼不是機械邪龍獸，暴龍改造者給自己的理由製造起來太過困難，他還沒有這樣的技術實力。生體合成雖然不確定性更高，但操作起來也更簡單——只要收集足夠的素材就好了。
然後，作為曾經與八神太一一起並肩作戰的同伴，他決定去抓亞古獸，畢竟戰鬥暴龍獸可是第一代被選召的孩中唯一的究極體。他很想試試黑暗進化的力量，在屬於他的基米拉獸誕生之前擋住那看起來似乎猛不可擋的暴君國度，也為基米拉獸的更上層樓做準備。
視線回到草原王庭的朝會上，由獅鷲獸報告的另一個意外情況就是，他在西面和死亡之翼的部下遭遇了。對方的部隊很少，只有幾十隻而已，這樣的規模甚至不足暴君國度的一個零頭，但實力卻非常的可怕！
木乃伊獸、地獄使者獸、妖女獸、惡魔獸……死亡之翼麾下全是黑暗區域的中間分啊。因為很難想像，在這個新生的數碼世界上居然能找到這麼多黑暗數碼獸。
死亡之翼在所經之地布設了厲害的結界，結界之內，空間錯位，那裡黑暗氣息濃郁，被稱為「死界」！弱小的數碼獸一經沾染，力量屬性就會發生改變，身體會被「染黑」。比如那邊的花仙獸，如今就已經被染黑，成了花妖獸。
獅鷲獸說，它曾經冒險突入了一個死界，結果在死界中嗅到了熟悉的氣息！
這個消息把陸峰嚇了一跳，獅鷲獸熟悉的氣息，那只能黑暗區域的大人物了。獅鷲獸是不會把雜魚這麼鄭重地說出來的。
「是梅路梅克斯獸？」陸峰試探道。獅鷲獸雖然近來表現良好，但那只是因為天性如此，獅鷲獸本事網絡守護者，專門防範網絡入侵，和病毒種就是天生的對頭，因此陸峰讓它與人類戰鬥，派它去攻佔土地都沒問題。但一旦它的主人來了，那以它的忠誠可就隨時可能反水了。
還好獅鷲獸搖了搖頭，神情很是鎮定。獅鷲獸是那種死忠的坦蕩傢伙，和關羽有些類似。這也是陸峰敢於用它的原因。不過還是再從belldandy層調一兩隻究極體過來吧！「並不是很熟悉，在我的記憶中那個氣息只出現過數次，但肯定很強大！」
連獅鷲獸都說很強大了，那就必定非常厲害。難怪死亡之翼完全不理會暴龍改造者的動作呢，原來是有恃無恐。
rd層明面上暴龍改造者鬧騰得最歡實，死亡之翼虎視眈眈，神龍獸、四聖獸不知所蹤。陸峰是不知道這些人到底在等什麼，但既然本宮大輔已經以第二代背選召的孩的身份開始活躍起來，那麼第三新東京市的井上京和火田伊織也該登場了。
第二部的數碼寶貝合體進化是經過精心設計的，六個孩的數碼寶貝互相組合成三對合體進化達到完全體層次，繞開四聖獸取走徽章後數碼寶貝不能進化到完全體的設定。最後也只有帝皇龍甲獸這麼一隻達到了究極體。這些陸峰都不知道，但帝皇龍甲獸的傳說告訴陸峰，機甲龍獸是需要v仔獸ex和飛蟲獸合體進化的，所以本宮大輔和一乘寺賢最好保留。其餘的，隨便啦。
於是在陸峰安排下，井上京和火田伊織開始正式接觸數碼世界——第三新東京市的跨界傳送開放了！
「數碼世界，是什麼樣的呢？」火田伊織被爺爺牽著一起觀看市中心露天電視上的政府通知。
「我也不知道，但是……」爺爺臉色嚴肅，認真地說道：「你爸爸浩樹一直相信數碼世界是存在的，能夠讓他喜愛的遊戲人物真實的生活在那個世界。我一直以為這只是虛假的妄想，沒想到那個世界卻是真實存在的。如果浩樹還在，一定會想盡辦法去到那裡吧！」
火田伊織低頭：「我有很多疑問，所以要去那裡看一看。」
「……」爺爺皺緊眉頭，沒有說話。
「如果公告上說的是真的，暴君在數碼世界有著龐大的國家的話，就算去了，應該也沒有多少危險。」
爺爺還是沒有說話，但眉頭已經鬆了許多。從東京的那場戰鬥開始，他就知道這個數碼世界一定會成為未來與人類緊密相連的世界，能夠早一點接觸那個世界，並不是一件壞事。但是……rd層有特殊的世界規則設置：它拒絕成年人進入！
雖然有著瑕疵，但陸峰的跨界傳送計劃還是緩慢地展開了，因為有人類少年**官從rd層回到人類世界探親來了！他們的人數雖然極少，卻在第三新東京市引起了轟動。由他們做保證，第一批人類小孩終於踏上了數碼世界的土地。
而這群人中就有火田伊織和井上京！