dats基地的高科技監獄裡，倉田明宏不安地咬著指甲，眼珠亂竄，大腦高速運轉著想要謀得一線生機。免費電子書下載他已經做好了一個計劃，包括如何吸引守衛的注意，如何奪取開門卡。基地的每一條道路都在他腦中，構成一幅巨大的立體圖形。作為一名優秀科學家，他自信只要給他一個機會，他一定能夠翻盤。
「倉田，有人想見你！」
守衛的聲音打斷了倉田明宏的思考：「誰要見我？」
「去了就知道了。」
人類與數碼獸的第一次小規模戰爭結束了，雖然憑借一幫不受控制的小孩子、不明人士逼退了數碼獸，卻不妨礙日本政府將這作為人類的一次勝利，官員他們的臉皮總是超乎想像的厚。
怎麼宣傳是一回事，究竟打成什麼樣子又是另一回事。日本政府不會以為僅僅是簽訂一紙和平協議就能順利結束戰爭。無論是從道義上給數碼獸一個交代，還是就這場幾乎毀掉東京的戰爭給民眾一個說法，總要有人出來承當戰爭責任。
積極牽頭的機密省當然不會想要自己頂上，羽柴長官可不是有擔當的人，所以他毫不猶豫地拋棄了倉田明宏，這個向他承諾能夠輕鬆贏得戰爭的傢伙。然後被奈奈美蹂躪的不成人形的倒霉蛋就被關進了監獄。
「倉田明宏，就是你釋放了貝爾菲獸？」彩羽尼奧自信的笑容和倉田明宏蒼白的臉色形成了鮮明的對比。
「你？」倉田明宏想起什麼，「你就是那個電話裡的聲音！」確認了這一點，他的心情立刻就安定下來了。因為對方來見他說明他還有利用的價值，他不用擔心自己被交給那些兇惡的數碼獸了。
「擁有如此的條件，你居然還輸給了那些數碼獸，真是太讓我失望了。」
倉田明宏抬頭看到彩羽尼奧一直在笑，感覺一股惱意直衝上來：「難道換做你就能做的比我更好？」
「當然！」彩羽尼奧傲然道。站在他身後的潮女也開始幫腔：「尼奧可不是你這個糟老頭子能比的！」
倉田明宏氣悶，不再說話。
「不想被交出去吧？」彩羽尼奧帶有誘惑的聲音傳來：「不想永遠生活在監獄裡吧？」
「你有辦法？」倉田明宏心底燃氣希望，卻又帶著濃濃的警戒。
「成為我的手下吧。」彩羽尼奧提出餓了條件。
倉田明宏心下暗喜，只要度過這次難關，東山再起，甚至從彩羽尼奧那裡偷到一些核心技術也未可知。所以他十分開心地同意了。「現在就放我出去吧！」他有些迫不及待了。
「等等，還有最後一道程序！」彩羽尼奧突然道。
在倉田明宏疑惑的目光中，豪德寺瑪麗取出一個小巧的圓珠筆大小的東西：「老早就想試試這個東西了！哈哈~」
一看到這個東西倉田明宏臉色大變，伸手想要遮住眼睛，可惜已經遲了。
「為了讓你老老實實地為我工作……」彩羽尼奧自言自語的同時，豪德寺瑪麗按下了按鈕。
啪~！
劇烈的閃光過後，倉田明宏的臉柔和了下來，流露出孩子般的笑容。
「再讓我試試~」豪德寺瑪麗玩上癮了。
彩羽尼奧伸手取走記憶清除器，轉身走出監控室。「再來一次他可就要成白癡了。我還想留著他為我做事呢。」
當天晚上，dats基地發生爆炸，波及整棟大樓的爆炸破壞了dats的大部分儀器，臨時關押在這裡的挑起數碼獸和人類戰爭的犯人倉田明收在大火中喪生……
「你相信倉田就這麼死了嗎？」奈奈美不屑地把報紙扔進陸峰懷裡，「早知道還不如讓我一腳踩死那傢伙！」
陸峰攤開報紙，dats基地爆炸就是頭條消息：「應該是被隱藏的那夥人救走了吧。人類隱藏的力量比我想像中的要大啊！」
早已回到鋼鐵蒼穹的陸峰為自己在巴別之塔中找了一處房產——帝國大廈的最頂層！只要謊稱是從被暴君陛下從人類世界擄來青年科學家就好了，然後奈奈美是他的家屬——妹妹！
「以前可沒住過這麼好的房子啊！」陸峰興致勃勃地在豪華套房裡走來走去，一一嘗試那些功能獨特的裝飾。可惜這裡的奢華都是傳統意義上的，珠寶、油畫、典雅的裝飾最多只能用來點綴貴族的底蘊和風雅，卻對陸峰本人毫無意義。所以興頭一過，他也就僅僅留戀那張舒服的大床和柔軟的沙發了。
「鄉下的土包子……」奈奈美毫不客氣給了某人這樣的評價，讓陸峰鬱悶不已。
「好好，我是土包子。」陸峰把自己窩在沙發裡，像只蜷縮的貓一樣翻看報紙和手下送來的各項工程的進度說明。
戰爭結束後，陸峰就返回了鋼鐵蒼穹，黃金鄉獸則在墨丘利獸的幫助下準備返回數碼世界，製造那麼大的世界之門並不是那麼容易的。尤其是他們還拒絕了人類的幫助。
大門大等人又回到了dats基地，這個組織由於其強大的戰力又獲得了政府了青睞，可惜的是，沒過幾天就被炸掉了，他們只能在條件簡陋的地下室裡辦公，由托馬出手重新製造那些精密的儀器。
好不容易再次見到陸峰的武之內素娜在遊覽了鋼鐵蒼穹後立刻回到人類世界，她擔心父母會在這次動盪中受傷。
然後日本政府公佈了《東京重建計劃》。因為可預見的、與數碼獸的衝突，政府判斷東京需要全新的，高強度的防護能力，要修建運用最新科技的城防工程，以至於新的城市預覽圖景中出現了一座高科技新城，被人戲稱為「第二新東京都市」。
在數碼世界，這場戰鬥細節被廣泛傳播。經過一次又一次口耳相傳的戰鬥經過被歪曲到了誇張的程度，讓那些頭腦發熱的數碼獸從側面瞭解了人類的戰鬥力，壓下了大部分的激進派。因此從兩面來看，都進入了一個蟄伏以待再次大戰的局面。但陸峰相信，在戰爭準備這方面，人類要比數碼獸強得多。
所以原本準備的利用鋼之帝國的工廠量產改造軍團的計劃要提上日程了。鋼鐵之島上的製造工廠在人類科學家的幫助下也修復的差不多了。以現在的開發能力，可以生產的有守衛獸、坦克獸、機械裝甲獸、導彈獸、爆彈獸、刃古加獸……再加上陸峰這段時間在數碼世界的搜羅的金剛獸軍團和用於水下的蝠虹獸軍團，這樣的軍隊規模事實上已經超過了此時的任何一個究極體。
但只論數量，還是比不上能夠複製粘貼的基茲獸軍團。
僅僅複製、粘貼就能製造一隻數碼獸當然不是那麼簡單的，儘管數碼獸包括數碼世界都是數據的世界，甚至澀果子這些人能夠憑空創造出數碼合金幫葛拉尼進化。但要看到的是那集合了數名頂尖科學家幾個小時的努力。「複製數碼獸需要的龐大恐怖計算力和統籌能力絕不是普通電腦能夠負擔的！」這是朵兒芬的判斷：除非對方擁有一台超級主機！畢竟在現實世界中量子計算機還只存在於傳說中。
統治者蓋亞！
彩羽尼奧用統治者蓋亞幫助倉田明宏複製出了大批基茲獸，只是倉田明宏自己不知道。彩羽尼奧是不大看得上這些基茲獸的，如果不是那種直接破壞數碼核的戰鬥方式讓他讚賞的話，他甚至不會看這些簡陋的人造數碼獸一眼。
對彩羽尼奧來說，現在還值得他追求的，只有絕顛的戰鬥力，是如啟示錄獸、貝爾菲獸那樣的存在。他要那種一個人壓服世界，站在巔峰的感覺。
所以他現在的目標就是那些居住在黑暗區域的魔王們……
所有人都開始了他們新的計劃，有條不紊。但是僅僅一個月，所有事情都停了下來。
時空壁壘，崩潰了！人類世界將和數碼世界相撞！兩個世界都將滅亡！
「開什麼玩笑！？」陸峰聽到這個消息的時候極度震驚了，他感覺自己是不是聽到了某美國好萊塢大片的劇本。
「據說是某個黑客發現了數碼世界和網絡世界的聯繫，想要做什麼實驗而引爆了時空壁壘，把自己也搭進去了。」為某個黑客默哀，因為作者君也不知道他是誰，只知道他曾利用某只祖利獸做出了黑暗四天王之一的木偶獸。
對那些數控裂縫托馬層做出過估計，從它們擴張的速度來看，這種情況本來應該實在幾年之後才會發生的。有著充足時間緩衝，人類科學家相信他們是可以把時空裂縫修復的，沒想到……
時空通道在爆炸後急速擴大，能互相從天空看到對面世界的景象。相對於平靜的人類世界，更加脆弱的數碼世界被劇烈時空能量湧入，形成恐怖的風暴席捲森林大海。想想當初人類士兵進入數碼世界開啟的小小時空通道都能形成龍捲風，就可以知道這次拿覆蓋了半個天空的時空空洞在數碼世界造成了怎樣的災難。
當備受災難璀璨的數碼獸的祈禱傳到世界樹，當數碼世界的聖之守護者皇家騎士帶來世界即將毀滅的消息時，「數碼世界的神」伊古德拉希爾終於現身，以人類的姿態盤坐於世界樹之巔。