黑暗龍卷山，海洋地帶，被選召的孩子們坐在被改造後的巨鯨獸身上愜意地吹著海風巨鯨獸在海面上緩緩游動，簡直猶如一座真正的島嶼一般，四周是大量的海鷗水鳥相隨，海風輕柔，頗有大海航時代的風姿。
「巨鯨獸，為什麼你現在的樣子和以前差別那麼大？」八神太一放下單筒望遠鏡問道。
從一回到數碼世界，他們就被黑暗四天王帶著在黑暗龍卷山「遊覽」了一番，差點死於小丑皇的「被選召的孩子的死期」劇目。被妖精獸救下之後來到海岸邊。（因為法易路島已經變成了鋼鐵之島飛在空中，他們自然不可能回到那裡去了。）
之後又與鋼鐵海龍獸的手下亞路加獸打了一場，雖然擊敗對方，卻沒能殺死它。現階段的孩子們還不是鋼鐵海龍獸的對手，因此被逼退走。也不知他們的思考回路是什麼樣子，明明鋼鐵海龍獸就是擅長水戰的數碼寶貝，他們還一個勁的往海裡跑，被惡海之王追得上躥下跳，如果不是陸鋒及時派來了巨鯨獸，只怕他們真的要變成海底沉屍了。
如今的巨鯨獸可不再是原先那般空有龐大的體型，卻只能當靶子的悲催貨了。雖然它的攻擊能力還是堪憂，但在黑ri女神的改裝下，全身幾乎金屬化，尤其是覆蓋頭部的都是極其接近數碼合金的超合金鋼板，防禦能力大大提升，攻擊手段也多了加裝在嘴裡的深海能量炮。憑著對海洋的熟悉，將被選召的孩子救走了。
「因為陛下決定提升我的能力，以應對越來越強大的敵人。」巨鯨獸如是回答。
「陛下？」泉光子郎疑惑道：「那是誰？」
「哈哈哈哈……」巨鯨獸發出暢快的笑聲，「你們也認識他的，就是權天使獸x陛下。」
「第一次覺得好厲害的樣子！」太刀川美美感慨道。雖然在怪蛙皇的城堡見識了怪蛙皇對陸鋒的畢恭畢敬，但她確實沒有把陸鋒和真正的皇帝的威勢聯繫起來。
「以前沒聽你說過啊？」城戶丈問道。
「你們也沒問吶？」巨鯨獸幽默道，隨後解釋道：「我和陛下認識還在你們之前，那時候他可是一隻強大的究極體……」
巨鯨獸簡略地渲染了一下陸峰的強大，然後指出陸峰其實為孩子們做了許多事情，只是他們不知道……
愜意地時光總是短暫的，很快魚群就發現鋼鐵海龍獸的手下奇蛙獸追了上來。
「怎麼辦，要去戰鬥嗎？」太刀川美美問道。
「不用，你們進我的肚子吧。」巨鯨獸開口解釋道：「龍蝦獸、貝殼獸、墨魚獸和爛泥獸會去收拾那些奇蛙獸的。」墨魚獸和爛泥獸都是陸鋒在比克海灣的海中收復的數碼寶貝，龍蝦獸和貝殼獸則是則是在數碼寶貝。
巨鯨獸的體內也經過了改造，猶如一座龐大的軍事基地，讓八神太一等人驚歎異常。
「走了！」巨鯨獸翻身猛扎，潛入深海。
另一邊，墨魚獸和爛泥獸找上了在海底搜索的奇蛙獸。別看奇蛙獸不起眼，其實它們都是完全體的數碼寶貝，可惜的是，位階雖高，實力卻水貨至極，除了敏捷還可以之外，其餘一無是處。絕招魚叉重擊（strikefishing）打在爛泥獸身上一點效果都沒有。墨魚獸雖然實力不強，噴出的墨汁卻能使人麻痺。所以四隻數碼寶貝雖然全是成熟期，但配合得當，仍然能夠打得奇蛙獸全都抱頭鼠竄。尤其是龍蝦獸的海龍皇雙鉗（twiune），讓奇蛙獸損失慘重。
然後鋼鐵海龍獸到了。龍蝦獸它們自然不是鋼鐵海龍獸的對手，但是突然發生的一件事讓鋼鐵海龍獸氣急敗壞地中途離去了。
「真是的，明明我都準備好出手了！」高天之上，鋼鐵之島漂浮在大海正上方，陸鋒鬱悶道：「這究竟是算太一他們運氣好，還是算鋼鐵海龍獸運氣好？」
站在一旁的武之內素娜若有所思：「那鋼鐵海龍獸為什麼會突然離開呢？」
陸鋒把手往天上一指，女孩就非常震驚地看到一大片黑暗籠罩了天空，不停地向著天變蔓延。這天變的景象太過震撼，尤其是親眼看到這變化的時候。「究竟，發生了什麼事情！？」
陸鋒苦笑：「其實……我也不知道！」
沙漠中的金字塔，巴古拉獸至今仍坐在王座上一動不動。分子獸自然不是他的對手，但那傢伙分外狡猾，早就安排了對付巴古拉獸的手段，以至於巴古拉獸中了分子獸納米崩潰（nanocrash）。和陸鋒對付究極吸血魔獸的時候很相似，這是分子獸特別研製的病毒，可以腐蝕敵人，使敵人的數據直接崩潰！處理起來很是麻煩。
巴古拉獸漠然地看著天變，這點異象對於出身黑暗區域的他來說還不夠看，只是感覺分子獸放出了很麻煩的存在。
啵！
一聲輕微的震響傳遍整個數碼世界，在無數數碼寶貝震驚的目光中，那座看似高不可攀，代表著黑暗四天王無上權勢的黑暗龍卷山中間忽然鼓出了一個大包，像是有著什麼東西就要膨脹衝出來。
慢慢的，黑暗龍卷山被脹成了一個畸形的球體。球體越來越大，越來越大，終於，黑暗龍卷山撐不住了，被「啪」得一聲漲破，彷彿爛西瓜一樣爆開。一時間，山搖地動，森林移位，城市毀滅，海嘯滔天……
黑暗龍卷山折斷了！
無數的地塊紛紛落下，每一塊至少有島嶼大笑，甚至有大陸就這麼雨點似的掉下來，比之黑暗龍卷山建立的時候還要危險，猶如世界末日，天崩地裂，場面異常可怖。
「這是怎麼了！？」躲在巨鯨獸那裡的孩子們也看到了這驚人的變化，在海中即是是巨大無匹的改造巨鯨獸也不過是一葉扁舟，在前所未有的大海嘯面前艱難掙扎。
「無論發生了什麼，數碼世界有大麻煩了！」巨鯨獸驚呼。
「哈哈哈哈哈啊哈…………」熄滅的火牆後面，分子獸還在笑著，多年的夙願達成。它期待地看著從火牆另一邊緩慢現身的存在——由大量進化中消失的數碼寶貝的怨念和人消極的思考所產生的怪物——啟示錄獸！！
分子獸討厭秩序，追求著世界混亂。本來是猩猩獸的手下，曾被黑暗四天王騙去創造了黑暗龍卷山。所以實際上，現在這座黑暗龍卷山也可以算作是分子獸的手筆，但他對黑暗四天王卻非常不滿。
因為黑暗四天王雖然可以是邪惡方，但他們建立黑暗龍卷山，劃分勢力範圍其實是為了更好的統治，實際上還是透過支配讓世界秩序化了，只不過這秩序不是如神聖天使獸、天女獸它們認可的黑暗秩序。這讓追求世界混亂的分子獸十分不滿，甚至對黑暗龍卷山的建立而感到屈辱！
所以它欺騙八神太一他們幫他修復自己，然後假意臣服於巴古拉獸，暗中入侵火之壁。並且在陸鋒打過來的時候抓住機會進行最後的發動，終於成功地接解除了火牆！
於是，啟示錄獸降臨了！
與八神太一等人，與陸鋒相比，其實這個世上最不想啟示錄獸降臨的就要屬黑暗四天王了，這其中大有緣由。
自人類世界出現了能與數碼寶貝產生特殊聯繫的特質，比如勇氣、愛心、知識等等之後，曾有數批被選召的孩子前來拯救數碼世界於危難，啟示錄獸早就是這危機的源頭之一，只不過當時的孩子們與搭檔的數碼寶貝數量不足，無法完全將其封印，因此選召孩子的搭檔數碼獸進化成了四聖獸，自願擔任起保護數碼世界的責任。
（這裡的四聖獸與第四部裡的四聖獸概念略有區別。第四部裡的四聖獸是天生地養的神明一流，但是已經被光明獸封印，而這裡的四聖獸雖然是數碼寶貝進化而來，卻也取得了與最初四聖獸幾乎相同的地位，也算得上是數碼世界的神了。）
四聖獸創造了《數碼獸啟示錄》，這樣的預言書遺留jing喻後世那之後的現在。啟示錄獸的名字就來源於此。以支配世界為目標的黑暗四天王看到了《數碼啟示錄》（當然，玄內老人也看到了），於是利用分子獸設計了黑暗龍卷山。（所以實際上黑暗龍卷山除了將黑暗播撒全世界外，最重要的功能其實是輔助火牆，抵擋啟示錄獸）並與四聖獸戰鬥。
後來最終千年獸在時間長河中來回衝殺，它的力量超越時空影響了火牆，啟示錄獸趁虛而入，意念跨過火之壁，讓黑暗四天王在無意識間被植入了對進化否定的想法。黑暗四天王在直到最後也沒察覺到的狀況下，建設了黑暗螺旋山，破壞了開始之街的機能，將數碼世界的進化給奪走了。
因此黑暗四天王不但不是啟示錄獸的部下，反而雙方的立場完全相反！黑暗四天王只是想要建立黑暗的新秩序，啟示錄獸卻想把悲傷灑遍全世界，讓整個世界化為一片黑暗。這也是為什麼動畫裡，黑暗龍卷山一垮，大片黑暗就席捲整個數碼世界，讓一切都消失的緣故。黑暗龍卷山才是阻擋啟示錄獸的核心啊！
因此當黑暗四天王此時看到黑暗龍卷山崩塌，無盡黑暗噴湧而出的時候，鋼鐵海龍獸連被選召的孩子都顧不上了。四位黑暗掌門人齊聚黑暗龍卷山山頂，面色鐵青。
天空消失了，大地消失了，光明消失了。天地間一片黑暗，只有暗淡的背景發出一點微光，彷彿死寂的宇宙。
宇宙之內，唯有黑黝黝的半截黑暗龍卷山還在屹立，雖然中間開出大洞，卻始終不倒，足可見分子獸的強悍之處。這也是為何它會感到羞辱的原因，明明期盼著世界混亂，卻被誆騙來設計了這種阻擋它夢想的東西，它當然感覺羞辱！
空寂的宇宙中，一個莫名的黑色六方體悄悄出現。分子獸狂熱地看著這一幕，那六方體緩緩打開，表面凸起，伸出數條鋼爪，那鏈條不是一般金屬，而是如同人類的dna一般是雙螺旋的結構，表明其蘊含有不一般的信息。
六方體的正上方，一個渾身裹在黑袍中的人影出現，甫一出現，便展現了強大的氣息。
「等待了多久了，終於又能……又能踏足這個世界了……」啟示錄獸張開細長的雙臂感歎道。
「太好了，太好了！你就是能夠給這個世界帶來無盡混亂的啟示錄獸嗎？」分子獸拖著殘軀走上了這片宇宙。
「是你打開了火牆？」啟示錄獸終於主意到了分子獸，「你要死了。」
分子獸狂熱地朝著啟示錄獸走去。
「和我融為一體吧。」啟示錄獸張開雙手，形成一片恐怖的黑洞，強大的吸力瞬間將分子獸吸了進去。分子獸卻彷彿毫無所覺，甚至最後它還稱呼了啟示錄獸一聲「同志」！