《靈瞳》電影一開局，就是攝像機模擬一個人的雙瞳去看周圍的世界，見到同事被同事糗，見到老闆被老闆訓，這種手法大膽地被導演運用了近十分鐘，觀眾也基本上知道了男主角阿菜的社會地位：一個可憐的打工仔。
阿菜打小在一對夫妻開的店裡面幫工。夫妻倆做生意了財，小伙子也從一個普通店夥計升到了夫妻倆的專人司機。
這對夫婦中女主人精明能幹，江山幾乎全是她一個人打下來的，而男主人卻為人猥瑣，天天騙老婆的錢，再出去吃喝嫖賭。
女主人的妹妹阿蘭從鄉下來投靠了財的姐姐，這妹妹長得十分漂亮，而且說話不多，十分文靜，有氣質。第一天來，就把阿菜和男主人的眼睛給看直了。惹得姐姐十分不高興，就把她當普通夥計使喚，讓她天天當會計算賬，將一堆做不完的事交給她，讓她沒空去勾引自己的男人。
可自己的男人卻不爭氣，有一天小姨子洗澡，他竟跑去偷窺。被老婆現，老婆對他大打出手，臉上被抓得沒有一塊好皮。
電影情節很快交待到這裡，又是運用男主角的雙瞳去看待整件事情：女主人在做生意，接到老公的電話，電話裡說話的語氣語調典型在撒謊，女主人越想越不放心，過來大聲嚷嚷，拉著自己開車回家。
接著就聽到樓上傳來夫妻倆的打鬧聲和小姨子的哭泣聲，男主角趕緊跑上去，只見場景一片混亂，彪悍的女主人正把男主人打翻在地，騎在他身上用長長的指甲在他臉上亂抓亂撓。而小姨子則披著浴巾縮在一邊嚇得直哭。
女主人連打帶罵，不光打自己的丈夫，還罵自己的妹妹大白天洗什麼澡，擺明了是在勾引自己的丈夫。弄得可憐的妹妹痛哭不止，卻無法申辯。
男主人被女主人推倒，男主角想去扶一下，差點被女主人拉著一道打；女主人一拳打空後自己摔倒，男主角想去扶一下，又差點被自己跳起來的女主人推倒；最後只剩下男主角自己最想扶的女主人妹妹阿蘭，卻現她沒有穿衣服，自己不敢「下手」。
阿菜的無奈和自卑不用導演多說，光是從主角的雙眼視角中就可以表露無遺。
過了幾天，男主角陪女主人出外談生意，突然車子失控與一輛大卡車相撞，女主人被當場撞死，而阿菜也重傷送去了醫院。
從醫院出來，男主角去給女主人上墳，接著又去看女主人的妹妹，想向她道歉。可到了主人家，裡面又傳來男主人得意的淫笑聲，男主角衝上去，只見男主人正光著身子要扒小姨子的衣服。平時膽小的阿菜不知哪來的勇氣，一拳將男主人打翻在地。
男主人氣得翻身拿了一把椅子要砸他，身材矮小的男主角知道自己不是他的對手，情急之下拿起一物來擋，男主人一見，竟嚇得屁滾尿流，丟下椅子大叫一聲連滾帶爬地逃離了小樓：男主角手上拿的，是自己老婆的遺照。
阿菜將阿蘭扶起，阿蘭竟半裸著趴在他身上痛哭不止，一哭就是一夜。阿菜也跟著一夜沒睡，心中百感交集，暗自當著女主人的靈位誓：一定要好好照顧阿蘭。
第二天，阿菜到處去找工作，可處處碰壁，只好跑到出租車公司跟人拼車開，想到昨天自己的宏偉誓言及今天口袋的幾枚泰銖，阿菜鬱悶異常，開車都有點心不在焉。
突然一條人影從公路橋人行道上一躍而下，向自己的車底鑽去，阿菜嚇得急踩剎車，魂飛魄散地下車查看：可公路上竟乾乾淨淨，別說屍體，連滴血都沒有！
阿菜驚魂未定，想找旁邊的人問問，可路過的司機紛紛對這個在大馬路胡亂停車的阿菜伸出了中指，只有一個胖胖的怪人身著白衣，眼神怪怪地看著阿菜，阿菜咳嗽了一聲：「請問你剛才看到一個人跳到－－－－－－」
怪人竟高興得跳了起來，把自己身子側了過來：「你是問我嗎？」－－－－－－只見怪人並不是身胖，而是被壓扁了！他就是剛才從馬路上一躍而下的人！
阿菜嚇得跳上汽車，從觀後鏡一看，怪人竟纏上了他，雙腳離地向他飄了過來。阿菜大叫一聲，一路狂奔，等逃回出租車公司，才現自己雙腿都軟了。
打卡結算的地方在公司十四樓，阿菜好不容易挪到了電梯旁，電梯卻正好關上了門，口中連呼倒霉。這時電梯門又開了，裡面有一位好心小姐幫他在裡面按了開門鍵，並招呼他上來。
阿菜說了聲謝謝，可又十分為難。小姐奇怪道：「你怎麼不上來啊？」阿菜指著小姐身邊：「人滿了，我上不了。」小姐看著這個奇怪的人笑了：「什麼滿了，這個電梯只有我一個人啊？！」
阿菜這才看清週遭，雙目欲裂：電梯裡其他人均是雙腳離地，不是頭上扁了一塊就是瘸了一條腿、歪了一隻胳膊。這些「人」看阿菜竟能看見他們，均是欣喜異常，竟個個從電梯裡衝了出來要找阿菜。
可憐的阿菜只好咬著牙從一樓上到了十四樓去打好卡。這時才現自己一天都沒有上廁所，膀胱都快漲破，找了個衛生間衝了進去，正在尿尿，突然現一片血跡流到了自己腳上，打開廁所單元小門，只見一個女孩呆坐在男廁所馬桶上，下身大量流血－－－－－－竟是在廁所分娩！
好心的阿菜急忙把大廈管理員找來，大廈管理員來一看，把阿菜罵了個狗血淋頭，說：這兒那有什麼分娩的女孩？胡扯。
可在阿菜的眼中：那個分娩的女孩明明還在，而且將自己生下來沒有斷臍的小孩血淋淋地伸到了他面前！
晚上，身心疲憊的阿菜用僅有的錢買了一些吃的帶給阿蘭，卻現男主人又在家裡，阿菜衝過去用瘦弱的身體擋在阿蘭前面，男主人冷冷地笑了笑：「我不是為阿蘭來的，我是為你來的。你身體好了，從明天開始重新回來上班。」說完就走了。
這個消息對身無分文的阿菜來說不知道是好是壞：自己打心眼裡不想跟這個色狼後面工作，但自己又需要錢來照顧阿蘭。阿蘭安慰他：幫自己姐夫開車就可以隨時掌握他的形蹤，也好保護到自己。
阿菜一想的確不錯，第二天又回到男主人的公司上班。男主人交給他的任務是送一個老頭去飛機場。
去飛機場的路又要路過那個公路橋，阿菜有些心中慌：果然，那個穿白衣服的胖子又在故意跳到車底下挨軋，其它司機看不見也就算了，依舊一飆而過。可阿菜就不行了，明知他是個鬼，可他跳過來的一剎那，阿菜還是本能地減了。
本來坐在車後一聲不吭的老者突然開口了：「你能看見他？」
阿菜驚魂未定：「他？－－－－－哪個他？」愣了半天才反應過來，喜道：「你也能看見他？」
老者輕笑了一聲：「把車倒回去吧！」
阿菜說話聲音都有幾分抖：「開回去？你－－－－－－－」老者歎了口氣：「相見也是緣法，就算我不去渡他，我也要渡你。」
老者緩緩走到胖子身邊，跟他說了幾句話，阿菜只敢遠遠地望著。只見胖子聽了幾句後忽地跪了下來，抱著老者的腳，行五體投地大禮，這時老者用手向天空一招，一道七彩靈虹射在胖子身上，胖子離地而起，一邊磕頭向天邊飄去。
車子繼續向飛機場開去，阿菜終於鼓起勇氣問道：「你、你、你是大師？」老者笑了笑：「你全身黑氣罩身，最近是不是遇到了太多這種東西？」阿菜如蒙冤受屈的犯人突然遇到了青天大老爺，如倒豆子一般將自己車禍重傷後看見的種種靈異事件一一道出。
老者不但沒有說阿菜這是倒霉，反而說這是他上輩子修善積德修來的慧根。說常人想看到這些肉眼凡胎外的景象還要靠緣法苦苦修煉七七四十九天才能行。臨別時在飛機場，老者跟他說：「無論是降妖、除魔、伏鬼還是想要征服人心，天下只有兩個辦法可行：一個是施恩，一個施威。只有恩威並施才是天道。」
說完，老者送給他一塊玉牌：「有了這塊玉牌，萬鬼而近。用它施恩還是施威，全在你一念之間。剛才那個因車禍而死的白衣鬼，就是想用再次撞車的感覺想找到撞他的元兇。我開導了他一番，他才肯放下陳年舊怨，投胎做人。一念天堂，一念地獄，記住，渡人有時也是渡自己。」