朱常洛憋屈極了，他異常的痛恨這個嬰兒的身體，現在除了「哇哇」哭兩聲抗議之外，沒有任何辦法，只能坐視事態向著他最不願意看到的方向展。
慈聖皇太后開始出招了，當她知道了此時內閣中僅有的兩個閣臣張四維和申時行不再那麼聽話後，並沒有驚慌，而是從容的開始佈局。
她先是通過馮寶聯絡外臣，繞過內閣，廷推了原兵部尚書梁夢龍為新的吏部尚書，以代替被萬曆皇帝罷免的王國光；接著召回總督薊州、遼東軍務的吳兌為兵部尚書，填補了梁夢龍留下來的空缺，牢牢的控制住了這兩個除了內閣外最重要的部院；緊接著舊事重提，還是採用廷推的方式讓張居正死前推薦的余有丁順利進入內閣，成為了如今內閣的第三位閣臣。
這些大動作過後，慈聖皇太后並沒有罷手，而是又把手伸進了京營。她把一向中立的協理京營戎政王遴調往南京任工部尚書，然後讓兵部右侍郎賈應元轉任協理京營戎政，企圖控制京營。
明朝軍隊分為京軍和地方軍兩大部分。京軍為全國衛軍的精銳，平時宿衛京師，戰時為征戰的主力。洪武初年，京軍有四十八衛。成祖遷都北京，京師接近前線，京軍多達七十二衛，並正式成立了五軍、三千、神機三大營，合稱京營。平時，五軍營習營陣，三千營主巡哨，神機營掌火器，戰時扈駕隨征。
土木之變後，京營主力損耗殆盡。景泰帝時，兵部尚書于謙對京營編制進行改革，於三大營中選精銳十萬，分十營團練，以備緊急調用，稱十團營。後又經過數度變革後，嘉靖帝時，恢復永樂時三大營舊制，不同的是三千營改名神樞營。
由此，京營框架正是確立下來，下轄五軍、神樞、神機三大營，額定兵員十四萬人。以大將一員為統帥，稱總督京營戎政；以文臣一員輔佐，稱協理京營戎政。
總督京營戎政歷來有勳貴擔任，名為京營統帥，實則處處受到限制。上有兵部制約，下有副將、參將、游擊分權，戰時還有監軍掣肘，所以這個京營總督平時反倒要看協理京營戎政的臉色行事。
京營的現任總督乃是自隆慶五年便坐在這個位置上的楊炳，他是楊信之後，世襲彰武伯。這些能夠傳承百年的世襲貴胄，大都懂得明哲保身，只會做好本分之事，很少會參與各種爭鬥。這也是他們這些勳貴得以延續至今的不二法門。
這一番舉措過後，內閣余有丁、吏部尚書王國光、兵部尚書吳兌，加上禮部尚書徐學謨、工部尚書曾省吾、左都御史陳烗等都是慈聖皇太后的人；再加上掌握朱批權、能夠制衡內閣的司禮監、馮寶手中掌控的東廠、劉守有的錦衣衛（並不知道劉守有是萬曆的人），如果能再用賈應元控制了京營……
至少從表面上看來，萬曆皇帝朱翊鈞絕對沒有了翻盤的可能了。
對於慈聖皇太后的連番手段，萬曆皇帝彷彿被打懵了，明面上並沒有採取任何應對措施，似乎是接受了現實。
朱常洛又再次見到了萬曆皇帝。
年輕的皇帝再次恢復了每天必去景陽宮的慣例，同王恭妃談笑一陣，臨走前還會抱著朱常洛親熱一會。表面上看來，他似乎在無聲的向慈聖皇太后妥協了，放棄了同自己的母后爭權。
朱常洛並沒有因此而感到開心。
他不相信歷史上那個調度了幾乎同時進行的萬曆三大征的皇帝會放棄，唯一的解釋，年輕的皇帝在麻痺太后，等待時機或者積蓄力量，準備致命一擊！
朱常洛現在已經能夠想像的到，也許等到皇帝動雷霆一擊之日，就是自己憋屈悲慘人生的開始。
萬曆十年十二月初七，御史江東之彈劾錦衣衛指揮同知徐爵勾結張居正家奴游七，通行賄賂，罔顧國法。
萬曆皇帝這次迅作出反應，直接通過內閣下詔逮徐爵入獄。
這看似普通的行賄事件，卻像是在平靜的湖面上投入了一顆石子，剎那間風雲突變起來。
瞭解內情的人都知道，這徐爵乃是馮寶的心腹，在錦衣衛中是可以直接與掌管錦衣衛的劉守有抗衡的人，專掌錦衣衛南鎮撫司，平時威風八面。
還沒等關注此事的人從這件事情中回過味來，次日，御史李植列數馮寶十二大罪狀，矛頭直指馮寶。
萬曆皇帝當即通過內閣下詔，降司禮監掌印太監兼提督東廠馮寶為奉御，即刻往南京安置，永不得入京。
接著又起一詔，諭錦衣衛掌衛事、左都督劉守有，即刻點齊本衛人馬，分於玄武門、午門、東華門、西華門各門換防，無朕旨意，宮中任何人等不得進出。
筆墨未干，又連下數詔。
諭彰武伯、總督京營戎政大臣楊炳，賜天子劍，嚴格約束京營各部人馬，無朕旨意，任何人不得擅自調動，違者可先斬後奏。
諭都督僉事、神機營副將坐堂官李如松，即刻起率領三千本部人馬進城，換防京城九門，餘部於正陽門至承天門一帶集結，嚴密監控兩旁五府六部各衙門，凡無朕旨意外出之官員，可自行羈押。
諭指揮使、五軍營副將坐堂官管達干，嚴格約束本部人馬，無朕旨意，不得擅自調動，違者按謀逆論處。
諭指揮使、神樞營副將坐堂官侯之胄，嚴格約束本部人馬，無朕旨意，不得擅自調動，違者按謀逆論處。
然後，又諭令內閣知會京中各衙門，所屬人員務必於衙門中恪守職事，禁止外出。
如此，年輕的萬曆皇帝朱翊鈞依靠著錦衣衛和神機營，突然難，更換了京城九門的守衛和內宮各門的守衛，成功的掌控了京師。
為了不至於引起混亂，安撫京城不知情的百姓，內閣對外宣稱這是皇帝陛下在演習「內操」，無需驚慌。
相對於京師得到了安撫的百姓，宮中可以說是亂作一團、人心惶惶。控制了局勢的萬曆皇帝並沒有對他的親生母親慈聖皇太后怎麼樣，也沒有對抱著朱常洛的王恭妃如何，而是僅僅下了兩道簡短的聖旨，一道是下旨處死了慈寧宮和景陽宮所有的宮女太監；第二道是按照一個事先擬好的名單抓捕宮女太監，處死的、貶往各地的不計其數。
至本月十八日，僅僅十來天時間，京師已經恢復了往日的平靜，大局已定。
萬曆皇帝採納御史孫繼先的奏請，下旨恢復了之前在張居正當政時上疏諫言而遭罷斥的各大臣官職。
同時，御史江東之彈劾吏部尚書梁夢龍、工部尚書曾省吾、侍郎王篆等因賄賂馮寶、徐爵而得此官職。萬曆帝當即下旨，罷斥王篆為民，令梁夢龍、曾省吾致仕，召回南京戶部尚書楊巍為工部尚書，改命刑部尚書嚴清為吏部尚書，並批復了判處徐爵、游七等人死罪的奏請。
萬曆十一年，剛過完元旦沒幾天，萬曆皇帝便下詔召回南京兵部尚書潘季馴接任京師刑部尚書。
二月，協理京營戎政賈應元被羈押審問，五月被革職為民。
三月，下詔追奪了張居正的官階，兵部尚書吳兌因被彈劾依附張居正、賄賂馮寶而被罷免。
七月，左都御史陳烗被科道言官彈劾，遭到罷免。
十月，在張居正死後為了自保而聯姻申時行的禮部尚書徐學謨，這最後一個屬於「後黨」的尚書級大員，再次遭到了科道言官的彈劾。這次吏科給事中鄒元標等人彈劾他「勾結張居正、阿附申時行」，此時由於張四維丁憂回家而暫代輔的申時行為了避嫌，不敢再袒護徐學謨，萬曆帝令徐學謨致仕。
至此，張居正時代依附他的所有「後黨」大員，或被勒令致仕，或被罷斥為民，曾風光十多年的「後黨」已不復存在，就連慈聖皇太后也開始專心事佛，輕易不再踏出慈寧宮半步。