隨著馬尼拉城的陷落，整個菲律賓群島的局勢基本已經確定。enxuemi。雖然新幾內亞公國現在不過才佔領了包括馬尼拉在內的3座城市，但西班牙殖民當局的6軍主力和殖民地艦隊都已經被消滅掉了，整個菲律賓群島已經沒有多少抵抗力量。所以在佔領馬尼拉城後，公國一方面組織起了當地的臨時佔領政府，另一方面派出大軍兵分幾路開始攻佔菲律賓群島上的其他城市。一時之間，整個菲律賓群島上是硝煙瀰漫，兵鋒四起。
1874年3月12日，公**隊攻克馬洛洛斯。
3月14日，聖費爾南多城的守軍向新幾內亞公**隊投降。
3月17日，聖克魯斯城幾百西班牙守軍雖然頑強抵抗，但最後全軍覆沒。
3月19日，盧塞納城守軍投降……
3月26日，八打雁守軍投降……
4月2日，巴朗牙守軍竟然早就已經棄城而逃，公**隊輕鬆佔領了已經幾乎是空城的巴朗牙城。不過由於處在一種沒有管制的無政府狀態，當地的犯罪率急上升。打劫、**、偷竊、殺人等惡劣的治安事件不斷生，整座城市都處於一種恐慌狀態。對此公**隊及時出動，當場擊斃作案罪犯幾十人，立即控制了當地的局勢，對此當地原住民表示了歡迎和感謝。
4月6日，公**隊攻克了伊巴城……
4月11日，巴萊爾城守軍放下了武器，向公國投降了……
等時間的指針指向6月份的時候，整個呂宋島已經基本納入了新幾內亞公國的統治之下。至於其他的島嶼目前正處於交戰狀態，不過相信用不了多長時間就能納入新幾內亞公國的版圖之內。
1874年7月22日，經過幾個月的粗略統計——在呂宋島上現在一共有人口346萬左右，其中華人及其後裔有28萬。至於另外的島嶼目前情況還不清楚，不過估計兩百萬人口肯定是有的，而其中的華人及其後裔少說也有十幾萬。所以大致估計整個菲律賓群島擁有的人口過五百萬，而華人及其後裔過4o萬以上。這個人口基數對於新幾內亞公國無疑是非常巨大的，畢竟公國的人口實在是太少了，不過才一百多萬。有了這五百多萬人口，新幾內亞公國立即就會變成一個擁有六七百萬人口的中等國家，這對國家實力的提升無疑是非常巨大的。
為了鞏固整個菲律賓群島的政局，約翰開始大量啟用菲律賓群島上的地主和富人階層，通過收買他們來快完成政權的穩定過渡。對新幾內亞公國政府方面表示出來的善意，這些地主和富人階層都欣然接受。這就和滿清入主中原後收買漢族地主階級其實就是一個道理，都是為了鞏固政權。為此約翰寧願讓這些人掌握一部分的權利，這也是唯一的上策。
正是有了這些人的幫助，整個菲律賓群島的局勢很快就穩定了下來。等時間到1874年1o月的時候，整個菲律賓群島基本上都已經歸入了新幾內亞公國的版圖。為此約翰一方面從當地有聲望的原住民家族和華人家族中挑選了大量的人才擔當中層官員，另外還從公國各部門抽調了幾百個政府工作人員來到菲律賓群島擔任要職。這對這些政府工作人員來說也算是一種提拔，而且有的還是越階提拔。這對一心求取前途功名的官員來說無疑是一個巨大的福音。加上約翰又出台了一系列的惠民措施，整個菲律賓群島一時人心思定，自此以後新幾內亞公國成功的吞併了整個菲律賓群島。
雖然公國吞併了菲律賓群島，但並不是說整個菲律賓群島全部落入了新幾內亞公國的掌控之中，事實其實並不是這樣的。在菲律賓南部的棉蘭老島和中部群島生活著數量眾多的穆斯林，其代表性民族就是摩洛人。菲律賓的摩洛人是一個信奉伊斯蘭教的民族集團，包括許多民族。
「摩洛人」這個名字為西班牙人所取，意思是信奉伊斯蘭教的摩爾人。摩洛人主要分佈在菲律賓南部的蘇祿群島、棉蘭老島、巴西蘭島和巴拉望島等島嶼上面。他們是信奉伊斯蘭教的馬來人與當地土著居民的混血後裔，包括蘇祿人、薩馬爾人、馬京達瑙人、馬拉瑙人、雅坎人、桑吉爾人、陶蘇格人、巴喬人、巴拉望人等都屬於這個大家族的一員。摩洛人各支系除共同信奉伊斯蘭教外，還在政治、社會和生活方面形成了許多共同特點，相互間的差異日益縮小，形成一個獨特的民族集團。各地方政權實行政教合一制，由蘇丹或者酋長統治。他們保留了早期封建制和奴隸制殘餘，社會分為世襲貴族、自由民和奴隸3個等級，社會形式由封建采邑制與農村公社土地公有制相結合。上層盛行一夫多妻制，但婦女有繼承權。他們主要從事農業，種植水稻、旱稻，擅長航海和捕漁業，手工業和商業也比較達。像歷史上比較有名的蘇祿王國也是摩洛人的一個分支，這個王國曾今在明朝時期來中國朝貢。到了乾隆皇帝的時候更是曾經打算將整個王國獻給清朝，但被乾隆皇帝拒絕了。應該說這個小王國的國民對漢人是很有好感的！
摩洛人現在雖然有很多分支，並且每一個分支還可能產生多個統治者，所以擁有不少的蘇丹和酋長。但他們還是比較團結的，加上當地各種形式比較複雜，所以儘管西班牙人在菲律賓殖民了數百年，也只能做到壓縮摩洛人的土地，但始終無法征服摩洛人。而現在這個巨大的難題已經留給了新幾內亞公國政府。如果不妥善的處置這個問題，這始終都是一個巨大的隱患。
而且摩洛人土地上的資源非常豐富，特別是棉蘭老島更是一個巨大的寶地，公國方面不可能放棄對那裡的控制權。不過約翰也不想過於強硬，歷史證明這個民族是一個偉大而頑強的民族。面對壓迫和苦難，他們的韌性非常強！所以約翰準備還是使用對於土著人的那一套，以懷柔為主。如果實在不行，在另外想其它的辦法！
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